중소기업 해당여부의 판정기준일을 직전사업연도 종료일로 보아야 한다는 청구주장의 당부 등

「조세특례제한법 시행규칙」제2조 제2항부터 제6항까지 당해 과세연도를 기준으로 종업원수, 자기자본, 자산총액을 계산하도록 규정하고 있으며, 특히 창업ㆍ분할ㆍ합병의 경우 그 등기일의 다음 날이 속하는 과세연도의 매출액을 연간 매출액으로 환산하는 것으로 보아 중소기업 여부를 판단하는 규모기준으로서의 매출액은 당해 과세연도인 ○○사업연도의 매출액으로 보는 것이 타당함

1. 처분개요

가. 청구법인은 건설업을 영위하는 외부감사 대상 사업자로, 2010사업연도의 매출액이 OOO원으로 OOO원을 초과하여 중소기업에 해당하지 아니하나,「조세특례제한법 시행령」 제2조제2항의 규정에 따라 2012사업연도에도 중소기업 유예기간에 있다고 하여 중소기업에 대한 특별세액감면 등 조세특례를 적용하여 법인세를 신고·납부하였다.

나. 청구법인은 OOO㈜(이하 “OOO”이라 한다)의 비상장주식 40%를 소유하고 있어 최다출자자에 해당한다.

다. OOO국세청장은 청구법인과 OOO의 2012사업연도 매출액이 각각 OOO원과 OOO원 합계 OOO원으로조세특례제한법 시행령 제2조에서 규정하는 중소기업 졸업기준 매출액인 OOO원을 초과하여 중소기업에 해당하지 않음에도 2012사업연도 법인세를 신고하면서 중소기업특별세액감면 등 중소기업을 요건으로 한 조세특례를 적용한 사실을 확인하고, 처분청에게 중소기업 관련 조세특례 적용을 배제하도록 통지하여 처분청은 이에 따라 2013.11.15. 청구법인에게 2012사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2014.2.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 중소기업해당여부에 대하여「중소기업기본법 시행령」 제3조의2에 직전사업연도말 현재 기준으로 산정하도록 되어 있으므로 조세특례제한법 시행령의 규정은 모법인 「중소기업기본법 시행령」의 규정에 따라야 하는 것으로 2011사업연도말 기준으로 청구법인과 관계기업인 OOO의 매출을 합산한 매출액은 OOO원으로 기준금액인 OOO원에 미달하므로 청구법인은 중소기업에 해당한다.

(2) 청구법인은 2010사업연도의 매출액이 OOO원을 초과하여 이미 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다)상 중소기업에 해당하지 않음에도 청구법인을 중소기업으로 보아 2012사업연도에 관계기업의 실질적 독립성 위배를 사유로 중소기업 유예기간을 배제한 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 관계기업기준이란 지배·종속관계에 해당하는 기업들의 종업원수 등을 합산하여 중소기업규모 초과여부를 판단하고자 하는 것으로 조세특례제한법을 적용함에 있어 납세의무가 성립되는 해당 사업연도말을 기준으로 하는 것이 합리적이다.

(2) 실질적인 독립성이「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항 제2호에 적합한 기업외 기업인 청구법인은조세특례제한법 시행령 제2조제2항 단서에서 유예기간을 적용하지 아니하므로 중소기업 유예기간을 배제한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 중소기업 해당여부의 판정기준일을 직전사업연도 종료일로 보아야 한다는 청구주장의 당부②중소기업 유예기간 중에 있는 청구법인에 대하여「중소기업기본법 시행령」 제3조제2호 다목의 개정으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우로 보아「조세특례제한법 시행령」 제2조제2항에 따른 유예기간을 적용하지 아니하고, 중소기업관련 세액감면을 배제한 처분의 당부

나. 관련 법령 등

: <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 토목 및 건축을 하는 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」이 적용되는 건설사업자로「조세특례제한법 시행령」 제2조제1항 본문에 따른 중소기업에 해당하는 업종을 영위하고 있으나, 전자공시시스템에 의한 청구법인의 손익계산서에 2010사업연도 매출액은 OOO원 이상인 OOO원으로 2010사업연도부터 2013사업연도까지 중소기업 유예기간에 해당하는 것으로 보아 2012사업연도 법인세 과세표준 및 세액 신고를 하면서 연구·인력개발비 세액공제 등 중소기업과 관련된 OOO원을 다음 <표1>과 같이 공제 및 감면하여 신고·납부하였다.OOO

(2) 청구법인이 출자하고 있는 OOO에 대한 2011사업연도와 2012사업연도말 현재 주주현황을 전자공시시스템으로 보면, 아래 <표2>와 같이 청구법인이 40%의 출자지분을 보유하고 있어「중소기업기본법 시행령」 제3조의2제1항 제1호의 최다출자자인 것으로 나타나며, OOO의 2012사업연도 매출액은 <표3>과 같이 OOO원으로 청구법인과 합산하면 OOO원이다.OOO

(3) 처분청이 제시한 법인세 경정 결의서 등에 의하면, 청구법인이 2012사업연도에 OOO 주식 40%를 소유한 최다출자자로 관계기업에 해당하므로 중소기업 관련 조세특례를 배제하여 법인세 OOO원을 고지하면서 농어촌특별세 OOO원을 환급하였다.

(4) 청구법인은 OOO국세청장이 송부한 “청구법인은 OOO 발행 비상장주식 40%를 실질적으로 직접 소유하고 있으며, 최대출자자에 해당되어 지배·종속관계에 있는 관계기업에 해당하고, 2012사업연도 청구법인 매출액 OOO원, OOO 매출액OOO원으로 ‘졸업기준 매출액 OOO원 미만’을 충족하지 못하므로 일반기업에 해당하여 중소기업의 세액공제 부당감면 혐의”가 있다는 “법인세 감면 사후관리 해명자료 제출 안내”와 “과세예고 통지”를 제시하면서 청구주장을 입증하기 위하여 출처미상의 “과세기준자문 신청에 대한 회신”, 관계기업 기준 적용 판단시점에 대한 “질의 및 회신문(당해 사업연도 종료일 기준)”,조세특례제한법 시행령 제2조제4항 및조세특례제한법 시행규칙 제2조제8항에서 관계기업 해당 여부를 국세청 예규(법규과-794, 2013.7.11.)와 같이 과세연도 종료일로 하여 판단시점을 명확화했다는 국세청 국세법령정보시스템의 <표4>와 같은 내용의 “개정세법 해설”, 출처미상의 “독립성 기준” 책자, 청구법인과 청구법인의 관계기업인 ㈜OOO, OOO, OOO㈜의 전자공시시스템에 등재된 재무제표 및 주석과 2011년 12월분 원천징수이행상황신고서를 제시하고 있다.OOO

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 중소기업 여부를 판단함에 있어조세특례제한법 시행규칙 제2조제2항 내지 제6항에 따르면 당해 과세연도를 기준으로 종업원수, 자기자본, 자산총액을 계산하도록 규정하고 있으며, 특히 창업·분할·합병의 경우 그 등기일의 다음 날이 속하는 과세연도의 매출액을 연간 매출액으로 환산하는 것으로 볼 때, 중소기업 여부를 판단하는 규모기준으로서의 매출액은 당해 과세연도인 2012사업연도의 매출액으로 보는 것이 타당하므로직전사업연도인 2011사업연도말 매출액을 기준으로 청구법인과 관계기업인 OOO의 매출액을 합산하여 중소기업 해당여부를 판단하여야 한다는 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 OOO의 지분 40%를 소유한 최다출자자로「중소기업기본법 시행령」 제2조제3호에 따른 관계회사에 해당되는 점, 청구법인과 OOO의 2012사업연도 매출액의 합계액이 OOO원 이상(청구법인 OOO원, OOO OOO억원)에 해당하는 점에 대해서는 다툼이 없고, 2009.3.25.「중소기업법 시행령」 제3조제2호 다목의 신설로 관계회사제도가 도입되어 2011.1.1.부터 시행된 점, 같은 법 제2조 제3항은 중소기업이 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 그 사유가 발생한 연도의 다음 연도부터 3년 동안 중소기업으로 본다고 규정하면서 단서 및 같은 법 시행령 제9조 각 호의 하나에 해당하는 경우에는 유예기간을 적용하지 아니한다고 규정하고 있는 점 등에 비추어 청구법인은 2010년부터 3년간은 중소기업으로 보는 유예 중인 기업에 해당되었으나 2011.1.1.부터 관계회사제도가 새로이 도입되고 청구법인과 그 관계기업인 OOO의 2012사업연도 매출액을 합산한 결과 관계회사제도상의 중소기업기준을 초과함에 따라 2012사업연도에는 중소기업 및 유예기업 모두에 해당되지 아니하므로중소기업 유예기간의 적용을 배제하고 중소기업 관련 조세특례 적용을 부인하여 이 건 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」 제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.