신축주택 취득하고 5년이 경과한 후 양도하는 경우, 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득을 과세소득에서 차감하여 과세표준 및 세액을 계산하여야 한다는 청구주장의 당부 (쟁점2 관련)

신축주택 취득하고 5년이 경과한 후 양도하는 경우, 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득을 과세소득에서 차감하여 과세표준 및 세액을 계산함이 타당함

1. 처분개요

가. 청구인은 1999.12.13. 서울시 OOO 주택(이하 “종전주택”이라 한다)을 취득하여 보유하다가 재개발로 인하여 2003.3.21.(사용승인일) 서울특별시 OOO OOO OOO OOOOOOOO OOO-OOO(이하 “신축주택”이라 함)를 분양받아 2003.5.27. 보존등기를 한 후, 2007.12.28. 이를 양도하고,「조세특례제한법」제99조의3규정을 적용하여 2008.2.15. 양도소득세 OOO원을 전액 감면 적용하여 양도소득세를 신고하였다.

나. 처분청은「조세특례제한법」제99조의3및 같은 법 시행령 제40조에 의하여 종전주택 취득시점부터 신축주택 사용승인일 전일까지의 양도소득금액에 대하여 감면금액을 재산정하여 2012.7.19. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.9.4. 이의신청을 거쳐 2012.12.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 처분청은「조세특례제한법」제99조의3규정에 의거 청구인의 경우와 같이 5년 이내 양도하는 경우 발생하는 소득에 대한 양도소득세 전액을 감면하여야 하며, 국세청이 새로운 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)를 소급적용하여 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 소급과세금지 원칙 및 신의성실원칙에 위배되고, 법령에 재개발사용승인일 이전과 이후로 구분하여 양도소득을 계산한다는 규정이 없음에도 이를 구분하는 것으로 해석하여 양도소득세를 과세한 처분은 조세법률주의 중 엄격해석의 원칙에 어긋나는 부당한 처분이다.

(2) 종전주택을 보유하다가 재개발사업으로 청산금을 납부하고 신축주택을 취득하는 경우 신축주택의 양도차익은 종전주택을 보유함으로써 발생한 양도차익과 청산금을 납부함으로써 발생하는 양도차익으로 구분되므로 양도소득금액 계산시「소득세법 시행령」제166조제2항 제1호에 따른 양도차익으로 계산한 양도소득금액을 적용하여야 하므로「조세특례제한법 시행령」제40조의 감면소득금액 계산시 분모의 취득시 기준시가는 신축주택 취득당시 기준시가를 적용하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인은 국세청이 새로운 예규를 소급적용하여 과세한 처분은 소급과세금지 원칙 및 신의성실원칙에 위배된다고 주장하나, 종전 국세청 예규(서면4팀-2109, 2005.11.8.)가 과세특례대상 소득금액을 전체 양도소득금액이라고 본다고 명확히 답변하고 있지 않은 점, 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기 어려운 점 등으로 볼 때, 처분청이 신의성실의 원칙 또는 소급과세금지의 원칙을 위배하였다고 볼 수 없으므로 과세특례 적용대상이 아닌 것으로 보아 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다.

(2) 또한, 청구인은 청산금 납부분에 대한 양도차익은 신축주택취득일 이후 양도차익으로「소득세법 시행령」제166조에 따라「조세특례제한법 시행령」제40조의 감면소득금액을 계산하여야 한다고 주장하고 있으나,「소득세법 시행령」제166조에서 청산금 납부 여부로 구분한 것은 장기보유특별공제대상 양도차익을 계산하기 위하여 규정한 조항으로 신축주택 취득자의 감면대상 양도소득을 산정하는 규정이 아니므로 당초 처분은 정당하다

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점①종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면소득에 해당하지 아니하는 것으로 양도소득세를 과세한 처분의 당부

② 신축주택 양도차익 중 청산금 납부분에 대한 양도차익은 신축주택 취득일 이후의 양도차익이므로 감면소득을 재계산하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①·②에 대하여 본다.

(2) 처분청 심리자료에 의하면, 청구인은 보유하고 있던 종전주택이 재개발됨에 따라 2003.3.21.(사용승인일) 신축주택을 취득하였고 이를 2007.12.28. 양도한 후, 2008.12.15. 양도가액(실거래가) OOO원, 취득가액(환산가액) OOO원으로 하여 양도차익 계산 후「조세특례제한법」제99조의3에 의한 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정을 적용하여 양도소득세 OOO원 전액 감면을 신청하였으며, 처분청은「조세특례제한법 시행령」제40조제1항에서 규정하고 있는 산식에 따라 청구인의 감면신청 세액중 OOO원을 부인하고 납부불성실가산세를 가산하여 2012.5.2. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지한 사실이 확인된다.

(3)종전 국세청 예규(서면4팀-2109, 2005.11.8.)는「조세특례제한법」제99조 제1항 및동법 시행령 제99조제1항의 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 규정을 적용함에 있어 “당해 신축주택(이에 부수되는 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 토지를 포함)을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말하는 것이며, 당해 산식에서 “취득당시”란 자기가 건설한 신축주택(「주택법」에 의한 주택조합 또는 「도시 및 주거환경정비법」에 의한 정비사업조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함)에 있어서는「소득세법 시행령」제162조제1항 제4호의 규정에 의하여 사용검사필증교부일이 되는 것이나 사용검사전에 사실상 사용하거나 임시사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인일 중 빠른 날로 하는 것이라고 되어 있고,새로운 국세청 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)는 종전주택을 취득하여 보유하다 주택재개발사업에 따라 신축주택을 취득(사용승인일)한 경우 종전 단독주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은「조세특례제한법」제99조의3규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니하는 것이라고 해석하고 있다.

(4) 청구인은 당초 처분청이「조세특례제한법」제99조의3제1항에서 규정한 신축주택을 5년 이내 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여 전액을 감면한다는 해석만을 해오다가 새로운 예규(2009.1.20. 재산세과-227)를 통하여 “종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면소득에 해당하지 아니한다”는 새로운 해석을 하여 이를 근거로 청구인에게 양도소득세를 과세하였으나, 이 건은 새로운 해석이 나오기 전에 양도한 것으로 새로운 해석을 적용하여 양도소득세를 고지한 것은 소급과세금지의 원칙 및 신의성실의 원칙에 위배되는 것이며, 또한 법규정에 재개발사용승인일 이전과 이후로 나누어 양도소득을 계산한다고 규정한 사실이 없음에도 취득당시의 기준시가를 종전주택 취득일로 해석하는 것은 조세법률주의 중 엄격해석의 원칙에 어긋나는 유추ㆍ확대해석으로 위법한 처분에 해당하며,또한 종전주택을 보유하다가 재개발사업으로 청산금을 납부하고 신축주택을 취득하는 경우 그 신축주택은 종전주택을 제공하고 취득한 부분과 청산금을 납부하여 취득한 부분으로 구성되며, 신축주택의 양도차익은 종전주택을 보유함으로써 발생한 양도차익(종전주택취득일로부터 신축주택양도일까지의 양도차익)과 청산금을 납부함으로써 발생하는 양도차익(신축주택취득일부터 신축주택양도일까지의 양도차익)으로 구분되어 청산금을 납부하는 신축주택의 경우 양도소득금액 계산시「소득세법 시행령」제166조제2항 제1호에 따른 양도차익으로 계산한 양도소득금액을 적용하여야 하므로 감면소득금액 계산시 분모의 취득시 기준시가는 신축주택 취득당시 기준시가를 적용하여 산정하여야 한다고 주장한다.

(5) 이에 대하여 처분청은 청구인이 이 건 과세처분은 소급과세금지의 원칙 및 신의성실의 원칙에 위배된다고 주장하고 있으나, 종전 국세청 예규가 과세특례대상 소득금액을 전체 양도소득금액이라고 본다고 명확히 답변하고 있지 않으며, 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해표명을 하였다고 인정하기 어려운 점 등으로 볼 때, 처분청이 소급과세금지의 원칙 또는 신의성실의 원칙을 위배하였다고 볼 수 없으며,「조세특례제한법」제99조의3제1항에 의하면, 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 처분청이 조세법규를 유추·확대해석하였다고도 볼 수 없는 것이며,또한 청구인은 청산금 납부분에 대한 양도차익은 신축주택취득일 이후 양도차익으로「소득세법 시행령」제166조에 따라「조세특례제한법 시행령」제40조의 감면소득금액을 계산하여야 한다고 주장하고 있으나,「소득세법 시행령」제166조에서 청산금납부 여부로 구분한 것은 장기보유특별공제대상 양도차익을 계산하기 위하여 규정한 조항으로 신축주택 취득자의 감면대상 양도소득을 산정하는 규정이 아니므로 당초 처분은 정당하다는 의견이다.

(6) 살피건대,「조세특례제한법」제99조의3에서 규정하고 있는 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있고, 동조 제1항에 의하면, 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지와 신축주택 취득일부터 5년이 경과한 이후에 발생한 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것은 어려운 것으로 판단되며,또한, 청구인은 청산금 납부분에 대한 양도차익은 신축주택취득일 이후 양도차익으로「소득세법 시행령」제166조에 따라「조세특례제한법 시행령」제40조의 감면소득금액을 계산하여야 한다고 주장하고 있으나,「소득세법 시행령」제166조는「소득세법」제100조에 따라 양도차익을 산정하는 경우의 양도차익 계산 규정으로서 당해 규정을「조세특례제한법」제99조의3에서 규정하고 있는 양도소득세 감면대상 양도소득을 산정함에 있어 준용하도록 하는 근거규정이 없을 뿐 아니라, 구체적인 산정방법에 있어서도 청구인의 주장과 같이 청산금 납부 분을 새로운 취득으로 간주하여 감면대상 양도소득을 자의적으로 산정할 수도 없다 할 것이므로 처분청의 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다