신축주택 취득하고 5년이 경과한 후 양도하는 경우, 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득을 과세소득에서 차감하여 과세표준 및 세액을 계산하여야 한다는 청구주장의 당부

신축주택 취득하고 5년이 경과한 후 양도하는 경우, 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득을 과세소득에서 차감하여 과세표준 및 세액을 계산함이 타당함

1. 처분개요

가. 청구인은 1994.12.26. 서울특별시 OOO 나대지 40㎡(이하 “종전토지”라 한다)를 OOO에 취득하여 보유하다가 OOO으로 OOO을 추가로 부담하고 2002.9.26.(임시사용승인) 서울특별시 OOO(이하 “쟁점신축주택”이라 한다)를 취득하였으며, 2008.3.24. 쟁점신축주택을 OOO원에 양도하고 2008.6.2. 양도소득세 산출세액 OOO원 전액을 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다)상 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면대상으로 하여 양도소득세 예정신고를 하였다.

나. 처분청은 청구인의 쟁점신축주택에 대한 양도소득세 신고내용을 검토하여 쟁점신축주택 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득만 감면대상이 아니라고 보아 2012.6.8. 청구인에게 2008년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.8.29. 이의신청을 거쳐 2012.12.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인이 양도한 쟁점신축주택은조특법 제99조(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면) 및조특법 제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례), 조특법 부칙 제29조의 규정에 의하여 양도소득세 산출세액 전액이 감면되어야 한다.

나. 처분청 의견

조특법 제99조의3신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례규정은 신축주택을 취득하여 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득으로 한정하는 것이지 종전토지를 취득한 때로부터 신축주택을 양도할 때까지 전 기간에 발생할 소득으로 확대해석할 수는 없으므로 종전토지의 취득일로부터 쟁점신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액에 대한 감면을 배제하여 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

신축주택 취득 전 양도소득에 대하여 세액감면을 배제하여 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1)조세특례제한법 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 해당 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 80(2009년 12월 31일까지의 양도분에 대하여는 100분의 100)에 상당하는 세액을 감면하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 해당 신축주택이「소득세법」 제89조제1항 제3호에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 : 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 : 신축주택취득기간에 사용승인 또는 사용검사(임시 사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

④ 제1항을 적용할 때 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2)조세특례제한법 시행령 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

② 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.제40조【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】

① 법 제43조 제1항에서 “당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은「소득세법」제95조제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는「법인세법」제99조제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다.{양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}

다. 사실관계 및 판단

(1) 부동산등기부등본 및 과세자료 등에 의하면 아래 사실들이 확인된다.(가) 청구인은 1994.12.26 종전토지를 취득하여 보유하던 중 재개발사업으로 인하여 2002.9.26.(임시사용승인) 쟁점신축주택을 취득하였고, 쟁점신축주택을 취득한 날로부터 5년이 경과한 이후인 2008.3.24. 이를 양도하고 2008.6.2. 양도소득세 산출세액 OOO원을 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면대상으로 하여 양도소득세 예정신고를 하였다.(나) 처분청은조특법 시행령 제40조제1항에 의한 산식을 적용하여 감면소득금액을 산출하고, 전체 양도소득금액에 따른 산출세액에 감면소득금액이 과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 감면세액을 계산하는 방식으로 양도소득세액을 계산하여 이 건 양도소득세를 과세하였다.

(2) 살피건대,조특법 제99조제1항 명문의 규정상 신축주택 양도에 따른 양도소득 중 그 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우, 5년간 발생한 양도소득금액만이 감면대상인 것이 명확하므로 종전토지 취득시점부터 쟁점신축주택 취득일 전일까지 발생한 양도소득금액과 신축주택 취득일로부터 5년이 경과한 후에 발생한 양도소득금액은 감면대상이 아닌 것으로 보아야 할 것이며, 이러한 명문의 규정내용 상 위조특법 제99조의 위임에 따라 감면대상 소득금액을 계산하는 같은 법 시행령 제40조 제1항 산식에 따라 처분청이 감면대상 소득금액을 계산한 것은 타당하다고 할 것이다(조심 2012서2934, 2012.8.22. 외 다수 같은 뜻임).

다만, 조특법 및 그 시행령에서는 세액의 감면뿐만 아니라 소득공제 등 다양한 형태의 조세특례를 규정하고 있는데,조특법 제99조는 신축주택을 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와 그 이후에 양도하는 경우를 구분하여 전자에 대하여는 세액을 감면하고, 후자에 대하여는 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 과세대상소득금액에서 차감하도록 명문으로 달리 규정하고 있는 점, 양자에 대하여 동일한 방법으로 양도소득세를 감면하여야만조특법 제99조의 입법 목적을 달성할 수 있다고 보기도 어려운 점, 그리고 조세법규에 대한 엄격해석의 원칙 등을 종합하여 보면,조특법 제99조에서 규정한 신축주택을 그 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우 그에 따른 양도소득세의 과세표준 및 세액은 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하는 방법으로 산정하여야 하고, 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와 마찬가지로 그 양도소득금액에 대한 세액을 감면하는 방법으로 산정할 것은 아니라고 할 것이다(대법원 2012.6.28. 선고 2010두3725 판결, 같은 뜻임). 따라서, 이 건 양도소득세 과세처분은 처분청이 계산한 감면대상 양도소득금액을 양도소득금액에서 직접 차감하여 그 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다(조심 2012서3421, 2012.12.31. 같은 뜻임).

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.