쟁점입주권이 양도소득세가 비과세되는 입주권에 해당하는지 여부

처분청이 쟁점입주권을 「소득세법」 제89조 제1항 제4호에 따른 양도소득세가 비과세되는 입주권에 해당하지 아니한다고 보아 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨

1. 처분개요

가. 청구인은 서울특별시 관악구 OOO 내 무허가 주택을 소유하던 중 2005.6.16. 주택재개발사업 환지계획에 따라 OOO 분양지 면적 3,672㎡ 중 3,672분의51 지분(면적 51.8㎡로 이하 “이 건 분양지”라 한다)을 서울특별시 관악구청장으로부터 매매를 원인으로 취득하였고, 이 건 분양지는 2019.7.30. 관리처분계획인가에 의하여 조합원입주권(서울특별시 관악구 OOO 입주권으로 이하 “쟁점입주권”이라 한다)으로 전환되었으며, 청구인은 2023.12.29. 쟁점입주권을 OOO원에 양도한 후 2024.2.29. 2023년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고ㆍ납부하였다나. 이후 청구인은 2024.3.28. 쟁점입주권이 「소득세법」 제89조 제1항 제4호에 따라 양도소득세가 비과세되는 입주권에 해당된다고 보아 양도소득세 OOO원을 환급하는 경정청구를 처분청에 하였고, 처분청은 청구인의 경정청구를 검토한 결과, 쟁점입주권의 양도가 비과세 대상에 해당하지 않는다고 보아 2024.6.11. 경정청구를 거부하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2024.8.28. 이의신청을 거쳐 2024.11.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 「도시개발법」 제42조에서는 “환지계획에서 정하여진 환지는 그 환지처분이 공고된 날의 다음 날부터 종전의 토지로 본다”라고 규정하고 있는바, 청구인이 서울특별시 관악구의 환지계획에 따라 취득한 이 건 분양지의 종전토지는 무허가 주택(기존주택)이고, 이 건 분양지가 쟁점입주권으로 전환된 것이므로 무허가 주택이 쟁점입주권으로 전환된 것으로 보아 「소득세법」 제89조 제1항 4호에 따른 비과세 특례를 적용하여야 한다. (가) 청구인이 무허가 주택을 짓고 거주하던 서울특별시 관악구 OOO일대는 1960년 서울특별시의 정책에 따라 OOO 등에 불법으로 거주하던 철거민들을 강제 이주시킨 정착촌 중 한 곳으로 철거민이었던 청구인은 관할구청의 용인하에 무허가 주택을 짓고 거주하던 중 1982.9.28. 재개발(자력주택재개발사업 방식)로 인하여 무허가 주택을 철거하게 되었다. (나) 이후 서울특별시 관악구청장이 환지 방식으로 청구인에게 이 건 분양지를 분양하였고, 이후 이 건 분양지가 쟁점입주권으로 전환되었는바, 이 건 분양지는 정착민이 아닌 사람은 취득이 불가능한 것으로 당초 철거된 무허가 주택이 이 건 분양지로 변환된 것이지 청구인이 별개로 취득한 것이 아니다. 따라서 청구인이 서울특별시 관악구청장으로부터 매매계약에 의하여 이 건 분양지를 취득하였다는 처분청의 의견은 실질적인 내용을 파악하지 못한 잘못된 의견이다.

(다) 2009.2.2.자 서울특별시 관악구청 도시건설위원회 심사보고서에 따르면 공동환지로 지정받은 세대는 72세대이고, ‘OOO 현황’자료에서는 청구인의 분양 번호가 OOO으로 확인되는바, OOO에서 무허가 주택을 짓고 살던 사람들 중 무허가 주택이 있는 해당 토지를 분양받아 조합원입주권을 취득한 사람들은 비과세 대상이 되고, 청구인과 같이 서울특별시 관악구의 재개발계획에 따라 다른 곳으로 이주하였다가 공동환지로 15평씩 분양받아 조합원입주권을 취득한 사람들은 과세대상이 된다면 양자 간 매우 불공평한 결과가 초래된다. (라) 청구인이 거주하던 무허가 주택이 이 건 분양지로 환지되었다가 쟁점입주권으로 변환되었으므로 쟁점입주권의 전신은 무허가 주택으로 보아야 하는바, 쟁점입주권의 양도에 대하여 「소득세법」 제89조 제1항 4호에 따른 조합원입주권 비과세 특례규정을 적용하여야 한다.

(2) 처분청 의견에 대한 항변은 다음과 같다.(가) 조합원입주권의 양도는 원칙적으로 과세되는 것이나, 입주권의 양도에 대하여 비과세 특례규정을 둔 취지는 조합원입주권의 전신이 주택이고, 당해 주택의 지위를 조합원입주권이 승계함으로써 해당 입주권을 주택으로 보아 비과세하기 위함이며, 이는 「도시개발법」 제42조의 환지처분의 효과를 적용한 것이다.(나) 처분청은 이 건 분양지가 쟁점입주권으로 변환된 것은 인정하면서도, 무허가 주택이 이 건 분양지로 환지된 것은 인정하지 아니하는바, 청구인이 단순히 서울특별시 관악구청장으로부터 매매계약에 의하여 이 건 분양지를 취득했다는 처분청의 의견은 매매계약이라는 외형만 보고 그 실질은 보지 못한 것이다.(다) 이 건 분양지는 무허가 주택에 거주하던 사람들이 해당 무허가 주택이 있는 토지를 서울특별시 관악구청장과 매매계약에 의해 취득할 수 있었던 것으로 일반적인 매매계약과는 성격이 다르다. 서울특별시 관악구 OOO에 무허가 주택을 짓고 거주하던 철거 이주민들 중 무허가 주택이 있던 토지를 취득하여 해당 토지가 조합원입주권으로 전환된 경우는 비과세이고, 청구인의 경우와 같이 무허가 주택을 철거하고 환지를 분양받았다가 해당 분양지가 조합원입주권으로 전환된 사람들은 과세라는 처분청의 의견은 「소득세법」 제89조 제1항 제4호의 비과세 특례규정의 입법 취지를 잘못 이해한 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점입주권은 「소득세법」 제89조 제1항 제4호에서 비과세로 규정한 조합원입주권에 해당하지 않는다.(가) 쟁점입주권의 취득 및 양도 과정을 보면, 환지가 두 번 발생하는데,

① 무허가 주택이 이 건 분양지로,

② 이 건 분양지가 쟁점입주권으로 변환된다. 청구인이 주장하는 환지처분의 효과는 단지 「도시개발법」 상 환지처분의 효과가 그러하다는 것이지, 「소득세법」 제89조 제1항 제4호에는 청구인이 주장하는 사례(무허가 주택 → 환지인 분양지 → 조합원입주권 변환 → 입주권 양도)에 해당하는 경우 조합원입주권을 비과세한다는 내용이 열거되어 있지 않다.(나) 청구인의 무허가 주택이 1982.9.29. 철거된 것은 서울특별시 관악구의 OOO주택재개발사업환지계획에 따른 것이고, 이는 서울특별시 관악구청장의 공문(OOO, 2006.7.18. 시행, OOO, 2003.6.19. 시행)에 의하여 확인되며, 청구인이 이 건 분양지를 2005.6.16. 서울특별시 관악구청장으로부터 매매계약에 의해 취득한 사실이 ‘분양지 매매(분양)계약서’ 등에 의하여 확인된다.(다) 청구인은 무허가 건물을 철거하지 않고 계속 거주하다가 조합원입주권을 취득한 경우와의 형평성을 주장하나, 비과세 여부는 관련 법령과 사실 관계 등에 따라 판단하는 것으로 쟁점입주권의 양도가 양도일 현재 「소득세법」제89조에 따른 비과세 대상에 해당되지 아니함에도 유사한 경우와의 과세 형평성을 고려하여 비과세를 적용할 수는 없다.(라) ‘서울특별시 도시 및 주거환경정비조례’ 제27조에 의하면 조합원입주권을 취득할 수 있는 자격은 관리처분계획기준일 현재, 주거용 건축물(주택등)을 소유한 자(제1호), 환지를 지정받은 자(제4호)에게 부여되는 것인바, 관악구청의 주택재발사업 환지계획에 따라 청구인이 이 건 분양지를 취득하였고, 이후 2010.7.29. OOO주택재개발정비사업조합이 설립되어 2019.7.30. 관리처분인가 후 위 정비조례 제27조 제4호에 따라 이 건 분양지가 쟁점입주권으로 변환된 것으로 보인다.

(2) 쟁점입주권의 취득 및 양도 과정, 부동산 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 변환시기 등은 아래 ＜표1＞과 같은바, ⅰ) (A)무허가건물이 ②조합원입주권으로 변환된 경우 해당 입주권의 양도는 비과세 되는 것이나, ⅱ) ①분양지가 ②조합원입주권으로 변환된 경우 해당 입주권의 양도는 과세대상이다.

＜표1＞

쟁점입주권 취득 및 양도과정

○○○

(가) 「소득세법」 제89조 제1항 제4호에 따른 조합원입주권을 1개 소유한 1세대가 당해 조합원입주권을 양도하는 경우는 같은 법 제154조 제1항에 따른 1세대1주택으로 보아 비과세를 적용하는 것이나, OOO 주택재개발정비사업조합이 작성한 청구인의 ‘분양대상자별 관리처분내역서’을 보면, 종전 부동산 평가금액란에 청구인이 분양받은 분양지(토지 OOO 면적 51.8㎡) 평가금액 OOO원만 기재되어 있을 뿐, 건축물에 대한 내역은 없는 것으로 확인되고, 청구인은 관리처분인가일(2019.7.30.) 현재 이 건 분양지 외 주택을 소유하였다거나 「도시 및 주거환경정비법」(이하 “도정법”이라 한다) 제81조 제2항에 따라 철거되는 주택도 없는 것으로 나타난다. (나) 도정법 제18조에 따른 정비사업조합이 같은 법의 규정에 따른 주택재개발사업 또는 주택재건축사업, 도시환경정비사업을 시행하는 경우 조합원이 소유한 토지ㆍ건물을 정비사업조합에 현물출자하고 사업시행완료 시 조합으로부터 건설된 건물의 관리처분계획에 따라 재개발ㆍ재건축한 건물을 분양받은 것은 환지에 해당하는바,쟁점입주권은 이 건 분양지가 환지되어 취득한 것이고, 그렇다면 이 건 분양지가 비과세 요건을 갖춘 종전주택에 해당되어야 하나, 이 건 분양지는 주택재개발구역 내 무허가건물을 소유하고 있던 청구인에게 서울특별시 관악구청장이 매매계약을 체결하여 분양한 토지에 불과할 뿐, 과거 종전토지에 무허가 주택이 있었고, 해당 무허가 주택에서 청구인이 오랜 기간 거주하였다는 사정만으로 쟁점입주권의 양도가 비과세 요건을 갖춘 것으로 볼 순 없다.

(다) 이 사건의 쟁점은 쟁점입주권이 「소득세법」 제89조 제1항 4호에 따른 조합원입주권에 해당되는지 여부인바, 위 규정에 따른 조합원입주권에 해당되기 위해서는 쟁점입주권으로 환지된 종전토지(이 건 분양지)가 비과세 요건을 갖춘 주택이거나, 주택의 부수토지에 해당되면 되는 것이지, 이 건 분양지의 종전토지 지상에 비과세 요건을 충족한 무허가 주택이 존재하였으므로 「도시개발법」 제42조(환지처분의 효과)에 의하여 쟁점입주권의 양도가 비과세 대상에 해당한다는 주장은 지나친 논리의 비약이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점입주권이 양도소득세가 비과세되는 입주권에 해당하는지 여부

나. 관련 법령

(1) 소득세법제89조【비과세 양도소득】

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

4. 조합원입주권을 1개 보유한 1세대[「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획의 인가일 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 제3호 가목에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대]가 다음 각 목의 어느 하나의 요건을 충족하여 양도하는 경우 해당 조합원입주권을 양도하여 발생하는 소득. 해당 조합원입주권의 양도 당시 실지거래가액이 12억원을 초과하는 경우에는 양도소득세를 과세한다.

가. 양도일 현재 다른 주택 또는 분양권을 보유하지 아니할 것나. 양도일 현재 1조합원입주권 외에 1주택을 보유한 경우(분양권을 보유하지 아니하는 경우로 한정한다)로서 해당 1주택을 취득한 날부터 3년 이내에 해당 조합원입주권을 양도할 것(3년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)제94조【양도소득의 범위】

① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지[「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 발생하는 소득가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 딸린 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다)

(2) 소득세법 시행령제152조【환지 등의 정의】

① 법 제88조 제1호 가목에서 환지처분이란 「도시개발법」에 따른 도시개발사업, 「농어촌정비법」에 따른 농업생산기반 정비사업, 그 밖의 법률에 따라 사업시행자가 사업완료후에 사업구역 내의 토지 소유자 또는 관계인에게 종전의 토지 또는 건축물 대신에 그 구역 내의 다른 토지 또는 사업시행자에게 처분할 권한이 있는 건축물의 일부와 그 건축물이 있는 토지의 공유지분으로 바꾸어주는 것(사업시행에 따라 분할ㆍ합병 또는 교환하는 것을 포함한다)을 말한다.제154조【1세대1주택의 범위】

① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」 제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다.(단서 생략)

(3) 도시재개발법제42조【환지처분의 효과】

① 환지계획에서 정하여진 환지는 그 환지처분이 공고된 날의 다음 날부터 종전의 토지로 보며, 환지계획에서 환지를 정하지 아니한 종전의 토지에 있던 권리는 그 환지처분이 공고된 날이 끝나는 때에 소멸한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에서 아래와 같은 사실이 나타난다.(가) OOO주택재개발사업 현황은 아래 ＜표2＞와 같다. 청구인이 OOO주택재개발구역 내 무허가건물을 소유하고 있었고, OOO주택재개발사업 환지계획에 따라 청구인이 서울특별시 관악구청장으로부터 이 건 분양지를 2005.6.16. 매매계약(매도자 : 서울특별시장, 위임관리자 : 서울특별시 관악구청장)에 의하여 취득하였다는 사실에는 처분청과 청구인 간 다툼이 없다.

＜표2＞

OOO 주택재개발사업 현황

○○○

(나) 청구인의 2023년 귀속 양도소득세 신고내역은 아래 ＜표3＞과 같다.

＜표3＞

청구인의 양도소득세 신고내역

○○○

(다) 분양지 매수가격 통지 및 매수요구 공문을 보면, 서울특별시 관악구청장이 2002.12.11. 분양지지정자인 청구인에게 이 건 분양지를 매수할 것을 요구(평가액 : OOO원)하였고, 2005.6.17.자 서울특별시 관악구청장의 공문 등에서는 청구인(분양번호 : OOO)이 2005.6.16. 매매대금 OOO원에 이 건 분양지 매수계약을 서울특별시(위임관리자 : 서울특별시 관악구청장)와 체결한 것으로 나타난다.

○○○

(라) 처분청이 서울특별시 관악구청장에게 요청하여 회신받은 매매계약 대상자 여부 및 분양지 현황 관련 자료 등에서는 청구인의 분양번호가 OOO이고, 건물번호는 OOO이며, 해당 건물이 1982.9.28. 철거된 것으로 나타난다.(마) 청구인의 2019년 10월∼2023년 9월 지방세 세목별 과세증명서에서는 청구인에게 토지분 재산세만 부과되었음이 확인되고, ‘분양대상자별 관리처분내역서’에서는 종전 부동산 평가금액란에 이 건 분양지의 평가금액만 기재되어 있으며, 건축물에 대한 내역은 없는 것으로 확인된다.

○○○

(바) 청구인은 증빙으로 ‘OOO 주택개발정비사업 정비구역 지정 및 정비계획안에 관한 의견청취안 심사보고서’(2009.2.2.)와 주민등록초본 등을 제출하였고, 해당 심사보고서에는 OOO는 1973.12.1.에 구역지정되어 1975.2.8. 사업시행인가 후 1984.9.5. 관리처분계획된 이래 환지방식인 자력재개발로 추진되어 왔으나, 2007.6.26. 사업시행방식을 합동개발 방식으로 전환하여 사업을 추진하고 있고, OOO 지역은 환지가 공동으로 지정(72세대)되어 주택개량이 전혀 이루어지지 않고 있다는 내용이 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점입주권 양도에 대하여 「소득세법」 제89조 제1항 제4호의 비과세 특례가 적용되어야 한다고 주장하나,조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하고(대법원 2020.6.11. 선고 2017두36953 판결 참조), 조세감면의 혜택을 받고자 하는 자는 적용을 주장하는 조세감면에 관한 관계 법령에 따른 조세감면의 요건을 갖추었음을 과세관청에 입증하여야 하는 것으로서 비과세요건, 감면요건에 대한 입증책임은 이를 주장하는 납세의무자에게 있다 할 것으로(대법원 2008.10.23. 선고 2008두7830 판결 등 참조),「소득세법」 제94조 제1항 제2호 가목에 의하면 조합원입주권을 양도한 경우 원칙적으로 그 양도소득은 과세대상이 되는 것이고, 다만 같은 법 제89조 제1항 제4호에 의하여 조합원입주권에 관한 1세대1주택의 특례 규정에 해당하는 경우 비과세 혜택을 받을 수 있는 것이며, 「소득세법」 제89조 제1항 제4호 가목은 조합원입주권을 1개 보유한 1세대가 양도일 현재 다른 주택을 보유하지 않은 경우 해당 조합원입주권을 양도하여 발생하는 소득에 대하여 과세하지 않는다고 규정하면서, 위 비과세 혜택의 적용을 받는 1세대에 대하여 관리처분계획의 인가일 등 현재 같은 법 시행령 제154조에서 규정한 보유 및 거주요건 등을 충족한 1세대1주택에 해당하는 기존주택을 소유한 세대’일 것을 요건으로 하고 있는바,청구인은 보유하던 무허가

주택이 철거된 후 별개의 이 건 분양지를 매매로 취득하였고, 이후 주택이 아닌 이 건 분양지가 관리처분계획인가에 의하여 쟁점입주권으로 변환된 후, 청구인이 이를 양도한 점 등에 비추어 처분청이 쟁점입주권을 「소득세법」 제89조 제1항 제4호에 따른 양도소득세가 비과세되는 입주권에 해당하지 아니한다고 보아 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.