청구법인이 합병 전 보유하고 있던 포합주식과 관련하여 자기주식 처분시점에 지분법평가손실 유보잔액을 손금으로 추인하는 세무조정을 투락하였다는 청구주장의 당부

청구법인이 쟁점자기주식을 실체 처분하였는지 여부가 불분명하므로, 처분청이 이를 재조사함이 타당함

1. 처분개요

가. 청구법인은 1981.2.1. OOO에서 개업하여 음식업 및 종합체육시설운영업 등을 영위하고 있는 법인으로서 2009.8.7. 청구법인이 최대주주(지분 37.32%)로 있는 종속회사인 OOO 주식회사(이하 “OOO”라 한다)를 흡수합병 하고, 청구법인이 보유하고 있던 OOO 주식(이하 “포합주식”이라 한다)에 대하여 합병신주 4주(1주당 액면가액 OOO원)를 교부함에 따라 청구법인이 합병 전 보유한 포합주식이 합병 후 자기주식(이하 “쟁점자기주식”이라 한다)으로 대체되었다.그후, 청구법인은 쟁점자기주식 4주를 2009.8.31. 청구법인의 대표이사 및 주주인 이OOO과 이OOO에게 OOO원(1주당 OOO원)에 처분한 후, 2009.1.1.～12.31. 사업연도 법인세 신고시 청구법인이 합병 전 보유하고 있던 포합주식에 대한 지분법평가손실 손금불산입 유보 잔액 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 합병에 따른 자본거래로 보아 합병시점에 손금산입(유보)함과 동시에 익금산입(기타) 양편으로 세무조정하여 신고하였다.

나. OOO지방국세청장은 2010년 12월 청구법인에 대하여 2007～2009사업연도를 대상으로 법인세 세무조사를 실시한 결과, 접대성 경비 OOO원과 업무무관경비 OOO원(이하 “이 건 세무조사 적출사항”이라 한다)을 손금불산입 하였고(쟁점금액과 관련된 내용은 없음), 청구법인은 이 건 세무조사 적출사항에 대해 이견이 없어 조세불복을 하지 아니하였다.한편, 청구법인은 세무조사가 종결된 후, 청구법인이 2009사업연도 법인세를 신고·납부함에 있어 합병 전 보유하고 있던 포합주식에 대한 지분법평가손실 손금불산입 유보잔액인 쟁점금액을 합병에 따른 자본거래로 보아 합병시점에 지분법평가손실 유보잔액을 손금산입(유보)함과 동시에 익금산입(기타) 양편으로 세무조정하는 오류를 범하였고 동시에 기업회계상 자본잉여금에 반영된 자기주식처분이익 OOO원을 익금산입(기타)으로 세무조정하는 오류를 범하여 결과적으로 자기주식(포합주식이 자기주식으로 대체) 처분시점에 지분법평가손실 유보잔액인 쟁점금액(세무상 취득가액)을 자기주식처분손실로 손금으로 추인하는 세무조정을 누락하는 오류가 발생하였다는 사실을 알게 되었고,이에 따라 청구법인은 2012.1.31. 처분청에 2009사업연도 법인세 OOO원과 2010사업연도 법인세 OOO원을 각각 환급해 달라고 경정청구를 하였으나, 처분청은 청구법인의 경정청구에 대하여 2012.3.19. 청구법인이 2007사업연도부터 2009사업연도에 대한 세무조사결과통지를 받은 날로부터 90일(불복청구기한)을 경과하여 경정청구를 한 것이므로 「국세기본법」(법률 제10405호로 개정되기 전의 것) 제45조의2 제1항에 따라 경정청구 대상이 되지 않는다는 이유로청구법인의 경정청구를 거부(각하 처리)하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.6.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 경정이 있는 경우에도 경정에 따른 증가분에 한하여 90일의 불복청구기한이 적용될 뿐 경정과 전혀 관련이 없는 오류내용에 대한 경정청구기한은 법정신고기한 경과 후 3년임이 명확하다고 할 것이므로, 세무조사결과통지일로부터 90일을 경과하여 경정청구 하였다는 사유로 청구법인의 경정청구를 거부하는 것은 위법·부당하다. 즉, 청구법인의 2009사업연도에 대한 법인세 세무조사로 인한 법인세 증액경정 처분(이 건 세무조사 적출사항)은 경정청구 대상인 ‘자기주식처분손실 손금산입’ 건과는 전혀 상관이 없는바, 증액경정처분이 없는 당초 신고분에 대한 하자(신고 누락, 과대신고분 등)에 대하여는 ‘불가쟁력이 발생한 세액’이 아니므로 당연히 원칙적인 경정청구기한(3년)내 경정청구가 가능한 것이다. 「국세기본법」제45조의2제1항에 따른 경정청구기한에 대해 잘못 해석될 여지가 있어 2010.12.27. 동 법을 개정하였으며 동 개정과 관련된 기획재정부 개정세법 해설책자에도 ‘결정 등에 따른 증가분에 한해 90일의 경정청구기간이 적용될 뿐 최초ㆍ수정신고분에 대한 경정청구기간은 3년임을 명확화’하는 것으로 언급하여 동 규정은 창설적인 규정이 아니라 확인적인 규정임을 명확히 하고 있다.

처분청이 근거로 제시한 예규(재조세-682, 2007.6.4. 징세과-389, 2009.12.7.)의 경우 증액경정처분과 관련이 없는 당초 신고내용에 대한 경정청구기한에 대해 명시적인 답변이 없으며, 처분청이 제시한 심판례(조심 2011서2304, 2011.10.4.)의 경우 청구법인과 사실관계가 다르므로(동 심판례에서는 주택 1건 양도에 대해 처분청의 직접적인 증액처분이 있으므로 양도세의 특성상 증액처분건과 구분되는 당초 신고항목 자체가 존재한다고 보기 어려움), 동 예규 및 심판례에 근거한 처분청의 주장은 이유가 없다고 판단된다. 처분청의 논리대로라면 세무조사로 특정 사업연도에 특정 항목에 대해 법인세 증액결정이 있는 납세자와 그렇지 않은 납세자간에 당초 신고항목(증액경정처분되지 않은 항목)에 대해서 각각 다른 경정청구기간이 적용되어야 하는 것인바, 이는 납세자간 조세형평을 심각하게 저해하는 불합리한 결과를 초래하여 부당하다.

(2) 합병으로 인하여 합병법인이 보유하던 피합병법인의 발행주식(포합주식)에 대하여 합병신주를 교부하는 경우에는 합병법인이 자기주식을취득한 결과가 되는 것이고, 이와 같이 취득한 자기주식은 세법상 합병법인이 보유하고 있는 자산으로서피합병법인으로부터 승계취득한 것이 아니며, 자기주식 처분이익(손실)은 세법상손익거래에 해당한다고 할 것이고, 청구법인은 쟁점자기주식을 처분하였으므로 쟁점금액을 세법상 손금의 일부분인 자기주식처분손실로 단편조정하여손금산입함이 타당하다.한편, 쟁점자기주식이 실제로 매각되었다는 사실과 관련하여자기주식 매각대금을 계좌이체 등이 아닌 현금으로 수령하여 처분대금 수령과 관련한 금융증빙은 없으나 처분대금이 소액으로 현금으로 거래가 가능한 점,자기주식처분 당시(2009년 3분기분)에 증권거래세를 신고·납부하지 않았지만, 본 경정청구 접수시점(2012년 1월31일)이전인 2011년 4월 4일 본세와 가산세 OOO원에 대해 수정신고 및 납부한 사실이 확인되는 점(원천적으로 주식양도의 효력이 증권거래세 신고·납부 여부로 판단하는 것도 아님), 청구법인의 2009사업연도에 대한 세무조정계산서상 주식등변동상황명세서 서식에서 청구법인이 취득한 자기주식 4주를 이OOO 및 이OOO에게 각각 1주와 3주를 매각하였음이 명확하게 확인되는 점, 청구법인은 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」에 따라 외부감사대상법인인바, 외부감사인인 대주회계법인의 2009사업연도 감사보고서의 재무제표 및 주석공시에서도 합병에 따른 자기주식의 취득과 이후 자기주식 처분내역이 명확하게 확인되는 점 등에 비추어 객관적으로 확인된다고 할 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 OOO지방국세청장으로부터 2009사업연도에 대해 법인세 일반통합조사를 받고 2010.12.9. 법인세 OOO원에 대한 처분의 통지를 받았다. 「국세기본법」 제45의2 제1항을 보면 일반적인 경우와 달리 결정 또는 경정으로 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날부터 90일 이내에 청구하여야 하고, 질의회신 등 관련 사례(조세정책과-682, 2007.6.4., 조심 2011서2304, 2011.10.4., 징세과-389, 2009.12.7., 서면인터넷방문상담1팀-1544, 2007.11.8.)를 보면 세무조사에 의하여 과세표준 및 세액을 경정 또는 결정하고, 당해 경정 또는 결정에 대한 국세기본법상 불복청구기간이 경과하여 처분이 확정되는 경우「국세기본법」 제45조의 2제1항의 경정청구 대상이 되지 아니하는 것으로 회신하고 있다.특히 세무조사는 과세관청에서 납세자의 신고내용 적정여부 등을 광범위하게 검증하여 과세표준 및 세액을 증액하거나 감액하는 경정 또는 결정을 하는 절차로써 과세표준 및 세액을 감액하는 사항이 당초 신고에 누락되어 경우 납세자가 세무조사 진행 중에 관련 내용을 검증 받거나 불복청구기간 내에 불복청구 또는 90일 내에 경정청구를 하는 것이 타당하다. 아울러 OOO 합병은 2009사업연도의 중대한 사건으로 관련 세무조정 사항은 세무조사 과정에서 충분히 검증받을 수 있음에도 불복청구기간을 경과하여 신청한 것은 일반적으로 세무조사 보다 경정청구 확인절차를 통한 청구내용 검증의 한계를 기대한 측면이 강하다. 따라서 청구법인의 경정청구는「국세기본법」제45조의2제1항에 따른 청구기간을 경과한 것이므로 당초 경정청구에 대한 각하처분은 정당하다.

(2) 일반적으로 합병하는 경우 피합병법인 주식에 대한 지분법평가손실 금액은「법인세법」 제17조, 제49조 등에 따라 합병법인의 각사업연도 소득금액 계산시 동 금액을 손금산입(유보)하고 손금불산입(기타) 처분하는 것이나, 합병으로 취득한 자기주식을 처분하여 발생한 손익은「법인세법 시행령」 제11조에 따라 합병법인의 각 사업연도 소득금액계산상 익금 또는 손금에 산입하는 것이다.청구법인은 합병과 관련하여 취득한 쟁점자기주식 4주에 대해서 특수관계인인 대표이사 등 2인에게 처분한 것으로 주장하고 있으나, 주식 양도대금 OOO원[2009.6.30. 청구법인의 주당가치 OOO원(상속세 및 증여세법상 주식평가액)의 130%]에 대해서 청구법인이 이OOO과 이OOO으로부터 계좌이체 등 금융증빙 없이 현금으로 수령하였으며 이와 관련한 증권거래세 납부여부를 확인한 결과 2009년에는 납부한 사실이 없는 등 2009년 8월 합병 이후에 자기주식을 실제로 처분했다고 보기 어렵다.

따라서 2009년 8월 합병 이후 포합주식과 관련한 쟁점자기주식 4주에 대한 처분내용이 분명하지 않으므로 당초 신고내용과 같이 지분법평가손실 OOO원을 양편조정하여 손금산입(유보) 및 손금불산입(기타) 처분하는 것이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 이 건 심판청구가 본안심리대상인지 여부

② 청구법인이 합병 전 보유하고 있던 포합주식과 관련하여 자기주식 처분시점에 지분법평가손실 유보잔액인 쟁점금액을 손금으로 추인하는 세무조정을 누락하였다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

별지 참조

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 살펴본다.처분청은 경정일로부터 90일이 경과된 이후에는 경정청구기한이 미경과하였음에도 증액경정처분과 관련없는 사항에 대하여 경정청구를 할 수 없다는 의견이나, 결정·경정이 있는 경우에도 경정 등에 따른 증가분에 한해 90일의 경정청구기간이 적용될 뿐 최초·수정신고분에 대한 경정청구기간은 3년으로 봄이「국세기본법」제45조의2제1항에 대한 개정취지, 문리해석 등에 비추어 타당하므로 이 건 심판청구는 본안심리대상이라고 판단된다.

(2) 쟁점②에 대하여 살펴본다.

(가) 청구법인의 합병회계처리에 대하여 보면, 청구법인은 피합병법인의 최대주주로서 청구법인과 피합병법인은 지배·종속관계가 성립하므로 청구법인과 피합병법인간의 합병은 기업회계기준(기업 인수·합병 등에 관한 회계처리준칙)에 따라 청구법인은 피합병법인의 자산·부채를 연결재무제표상의 장부가액으로 승계하였고,「기업 인수·합병 등에 관한 회계처리준칙」상 합병대가가 합병으로 인수한 순자산가액 보다 큰 경우에는 동 차액을 영업권 계정과목이 아닌 자본잉여금의 감소로 처리하도록 규정하고 있어 청구법인은 동 차액(영업권 상당액) OOO원을 재평가적립금 및 기타 자본잉여금에서 차감한 것으로 나타나고, OOO와의 합병분개를 요약하면 아래와 같다.OOO(나) 피합병법인의 주주구성 현황(2009.8.7. 현재)은 아래 <표>와 같다.OOO(다) 청구법인은 피합병법인 투자주식(취득가액 OOO원)에 대하여 기업회계기준(기업회계기준 제15호 지분법의 회계처리규정)에 따라 지분법을 적용하여 왔고, 이에 따라 합병이 속한 사업연도 전인 2008사업연도 말까지 누적 지분법평가손실 총 OOO원(지분법적용 투자주식 OOO원 + 장기대여금 대손충당금 추가 인식 OOO원)을 인식하였으며, 2008년 청구법인 감사보고서상 주석 공시사항 중 지분법적용투자주식에 대한 내용은 다음과 같다.OOO(라) 청구법인은 쟁점자기주식에 대한 세무조정과정에서 오류가 있었다고 하면서, 합병계약서 및 합병의사록, 쟁점자기주식 매매계약서 등의 증빙과 함께 아래와 같이 주장하였다.1)청구법인의 2008사업연도 세무조정계산서의 자본금과 적립금조정명세서상 OOO 지분법적용투자주식 관련 유보잔액은 OOO원(기업회계상 반영한 총누적지분법평가손실 OOO원과 OOO원차이발생)이고,청구법인의 OOO 지분법적용 투자주식의 정확한 취득가액은 OOO원으로서 감사보고서상

주석공시 금액이 정확한 금액임에도 지분법적용 투자주식 유보잔액(대손충당금 계상 금액 OOO원 제외)은 OOO원으로OOO원이불일치 하는바, 회계처리 과정에서 오류가 발생한 것으로 추정되며, 결과적으로 지분법적용 투자주식(포합주식에 대한 신주교부로 인한 자기주식) 매각에 따른 손금추인금액은 OOO원이어야 하나, 이보다 OOO원 적은 OOO원을 2008사업연도 유보잔액으로 하여 경정청구 하였다.2)청구법인은 포합주식에 대하여 합병신주를 교부함에 따라 발생한 합병 후 자기주식 4주를 2009.8.31. 청구법인의 주주인 이OOO에게 1주를, 이OOO에게 3주를 각각 1주당 OOO원에 처분하였다.

3) 자기주식 매각가액 주당 OOO원의 산정 근거는 2009.6.30. 평가기준일로 하여 청구법인의 비상장주식의 시가가 불분명하다고 보아 「상속세 및 증여세법」에 따른 보충적 평가방법으로 평가한 금액인 1주당 OOO원에 최대주주 할증 30%를 적용한 금액으로서, 자기주식 양도일인 2009.8.31. 주식가치평가에 큰 변동이 없다고 보아 최근 결산일인 2009.6.30.에 주식가치 평가한 자료를 사용한 것이다.

4) 청구법인이 합병 전 보유하고 있던 포합주식에 대한 지분법평가손실 손금불산입 유보잔액 OOO원을 합병신주교부에 따른 자기주식에 대한 유보로 대체 한 후, 자기주식처분 시점에 동 유보를 단편조정으로 손금추인 해야 할 것임에도 불구하고 동 세무조정이 누락되어(세무상 자기주식처분손실 OOO원 + 세무조정 오류 자기주식처분이익 OOO원 = 지분법 평가손실 OOO원 ⇒ 손금산입 누락), 2009사업연도 귀속분 법인세 OOO원과 2010 사업연도 귀속분 법인세 OOO원(2009사업연도 경정시 이월결손금의 발생으로 2010사업연도에 영향을 미침)을 과다납부하였다.

5) 쟁점자기주식 처분 관련 회계처리 내역은 아래와 같다.OOO(마) 위 사실관계 및 제시증빙과 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점자기주식에 대한 세무조정과정에서 오류가 있었던 것으로 쟁점자기주식 처분시점에 지분법평가손실 유보잔액인 쟁점금액을 손금으로 추인하여야 한다고 주장하나, 법인과의 거래금액은 많고 적음에 관계없이 거래내역 및 증빙에 명확하게 나타나야 하는바, 이 건의 경우 쟁점자기주식을 실제로 처분하였는지 여부가 불분명하므로 처분청이 쟁점자기주식이 실제 처분되었는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 결정함이 타당하다고 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지>

관련법령【쟁점

① 관련】

ㅇ 국세기본법제45조의2【경정 등의 청구】(2010.12.27. 개정 전)

① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 법정신고기한 경과 후 3년(각 세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 이의신청·심사청구 또는 심판청구 기간을 말한다) 이내에 관할세무서장에게 청구할 수 있다제45조의2【경정 등의 청구】(2010.12.27. 개정 후)

① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일이내(법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 한한다)에 경정을 청구할 수 있다부칙(2010.12.27. 법률 제10405호)제1조【시행일】이 법은 2011년 1월 1일부터 시행한다.【쟁점2 관련】

(1) 법인세법(2008.12.26. 법률 제9267호로 일부개정된 것)제17조【자본거래로 인한 수익의 익금불산입】

① 다음 각 호의 수익은 내국법인의 각 사업년도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입하지 아니한다.

3. 합병차익. 다만, 대통령령이 정하는 합병평가차익(이하 "합병평가차익"이라 한다)을 제외한다.제19조【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.제49조【합병 및 분할시의 자산·부채의 승계 등】내국법인이 합병 또는 분할하는 경우 이 법 또는 다른 법률에 다른 규정이 있는 경우를 제외하고는 피합병법인·분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인(이하 "피합병법인등"이라 한다)의 각 사업년도의 소득금액 및 과세표준의 계산에 있어서 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액등의 처리 및 그 금액 기타 자산·부채의 합병법인등에의 승계등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 법인세법 시행령제11조【수익의 범위】법 제15조 제1항의 규정에 의한 수익은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.2의

2. 자기주식(합병법인이 합병에 따라 피합병법인이 보유하던 합병법인의 주식을 취득하게 된 경우를 포함한다)의 양도금액(2009.2. 4. 신설)제19조【손비의 범위】법 제19조 제1항에 따른 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

2. 양도한 자산의 양도당시의 장부가액제72조【자산의 취득가액 등】

① 법 제41조 제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

5. 합병 또는 분할(물적분할은 제외한다)에 따라 취득한 주식등 : 종전의 장부가액에 법 제16조 제1항 제5호 또는 제6호의 금액 및 제11조 제9호의 금액을 가산한 금액제85조【합병 및 분할시의 자산·부채의 승계 등】

① 내국법인이 합병하는 경우에 법 또는 다른 법률에 다른 규정이 있는 경우를 제외하고는 피합병법인의 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준의 계산에 있어서 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액은 다음 각호에 의한다. <개정 2005.2.19>

3. 감가상각, 법 제42조의 규정에 의한 평가 그 밖에 세무조정과 관련하여 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 합병법인에게 승계되지 아니한다. 다만, 다음 각목의 규정에 의한 금액은 합병법인이 이를 승계할 수 있다.

가. 기업회계기준에 의한 퇴직급여충당금의 적립, 대손충당금의 적립 및 유가증권의 평가와 관련하여 익금에 산입하지 아니하거나 손금에 산입하지 아니한 금액* 법인세법 기본통칙 15-11…7 【자기주식처분손익의 처리】

① 자기주식을 취득하여 소각함으로써 생긴 손익은 각 사업연도 소득계산상 익금 또는 손금에산입하지 아니하는 것이나, 매각함으로써 생긴 매각차손익은 익금 또는손금으로 한다. 다만, 고가매입 또는 저가양도액은 그러하지 아니한다.

② 제1항 본문을 적용할 때 에 자기주식의 취득가액은 해당 주식의 취득목적에 따라 매각목적 자기주식과 소각목적 자기주식으로 구분하여 영 제75조를 적용한다. <신설 2009.11.10.>