쟁점주식의 양도가액에서 법인세 미납액과 부동산 평가액 및 예금보유액을 차감하여야 한다는 청구주장의 당부

주식매매협약서 및 당사자 간 체결된 협정서를 보면 쟁점주식과 위 주주들이 보유한 주식 5,000주의 평가액, 위 부동산의 평가액 및 예금보유액을 합한 금액을 위 주식 5,000주의 매매가액으로 하기로 한 점 등에 비추어 볼 때 매매가액에서 쟁점금액을 차감한 금액을 쟁점주식의 양도가액으로 보기는 어려우므로 이 건 처분은 달리 잘못 없음

1. 처분개요

가. 청구인은 그 설립등기일인 2003.11.28.부터 2016.5.26.까지의 기간동안 OOO 주식회사(연구용 시약 등의 제품을 개발하여 생명과학 연구시장에 공급하는 사업 영위, 이하 “OOO이라한다)의 대표이사로 재직하였고, 2003.11.28.～2012.5.29. 기간 동안 4회에 걸쳐 액면가액인 1주당 1만원에 취득한 동 법인의 발행주식 OOO주(이하 “쟁점주식”이라 한다)와 더불어 다른 주주들 3명의 위임을 받아이들이 보유한 같은 주식OOO이 발행한 주식의 전부에 해당)를 2016.5.26.OOO 이하 “이 건 양수법인”이라 한다)에게 양도한 후 2016.8.31. 쟁점주식의 양도가액을 OOO으로 하여 양도소득세 예정신고를 하였다.

나. 이후 청구인은 이 건 양수법인과 체결한 쟁점주식의 매매협약서에 따라 부채가액으로서 매매가액에서 제외하기로 한 법인세 미납액 OOO과 쟁점주식과 별도로 매매하기로 한 OOO의 사무실과 관련한 부동산의 평가액OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 차감한 OOO원만을 쟁점주식의 양도가액으로 하여야 한다는이유로 2017.9.11. 양도소득세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2017.11.8. 쟁점금액이 포함된 예정신고당시의 양도가액이 양도당시 쟁점주식의 실지거래가액에 해당한다는 이유로 이를 거부하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2018.2.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

쟁점주식의 양도가액은 쟁점금액을 제외한 OOO만원으로 보아야 한다.첫째, 거래당사자간의 협약에 따라 부채가액인 법인세 미납액OOO만원을 쟁점주식의 양도가액에서 제외하여야 한다.청구인은 쟁점주식의 양도 후 양도가액을OOO만원으로 하여 양도소득세 예정신고를 하였으나 2016.4.19. 이 건 양수법인과 체결한매매협약서에서 부채가액을 제외하기로 약정하였는데도 법인세 미납액OOO을 위 양도가액에서 차감하지 아니한 사실을 위 예정신고 후에 확인하였다.둘째, 거래당사자간의 협약에 따라 쟁점주식과 별도로 수수하기로한 부동산의 평가액 OOO만원은 기타소득에 해당하므로 동 주식의 양도가액에서 제외하여야 한다.OOO은 이 건 양수법인의 모회사인OOO가 제조한 제품(실험용 시약)의 국내대리점으로서 10년 정도의 기간 동안 매년 100%의 매출성장을 이루었고 동 미국법인으로부터 그 공로를 인정받아OOO이 발행한 쟁점주식을 위 매매협약의 체결일 전 1년 동안의 매출액 합계인OOO만원으로 평가하기로 하면서, 청구인이 쟁점주식의 매매가액과 별도로 동 법인의 사무실과 관련한 부동산의 평가액OOO만원, 위 매매협약 체결 당시 동 법인의 예금보유액OOO을 별도로 지급받기로 하였다.일반적으로 비상장주식의 경우 발행법인의 자산, 부채, 영업권 등으로 평가하는 것이므로 그 자산에 부동산 및 예금보유액도 포함되는 것이 당연하다 할 것이나, 위 부동산의 평가액 및 예금보유액의 경우청구인이 10년 이상 OOO을 성장하도록 노력한 공로의대가라 할 것이므로 쟁점주식과 관련한 양도소득이 아니라「소득세법」제21조제1항 제7호에 따른 기타소득(영업권 등의 양도대가)으로 보아야 한다.

따라서 쟁점주식의 양도가액의 경우 동 주식의 순수한 평가액인 OOO원만이 해당한다 할 것이므로 예정신고한 양도가액에서 쟁점금액만큼 차감하여야 한다.

나. 처분청 의견

쟁점주식의 양도가액은 실지거래가액으로서 쟁점금액을 포함한OOO원으로 보아야 한다.첫째, 청구인은 이 건 양수법인으로부터 쟁점금액 중 법인세 미납액을 차감하지 아니한 금액을 쟁점주식의 매매가액으로 받았다.「소득세법」제88조제1호에서 자산에 대한 등기 등과 무관하게매도 등을 통하여 자산을 유상으로 사실상 이전하는 것을 양도로 규정하고 있고, 같은 법 제5호에서 자산의 양도 당시 양도자와 양수자가 실제로 거래한 가액으로서 자산의 양도와 대가관계에 있는 금전 및그 밖의 재산가액을 실지거래가액으로 규정하고 있으며, 실지거래가액이라 함은 객관적인 교환가치를 반영하는 일반적인 시가가 아니라실지의 거래대금 그 자체를 의미한다(대법원 1989.7.11. 선고 88누12011 판결).둘째, 쟁점금액 중 부동산 평가액 및 예금보유액은 쟁점주식의 매매가액에 포함된다.비상장주식의 양도시 경영권의 양도를 수반하는 것은 해당 주식의 양도에 따른 부수적인 효과에 불과하므로 특별한 사정이 없는 한 경영권 그 자체를 별개의 독립적인 거래의 객체로 볼 수는 없고(국심 1998경1642, 1999.1.15.), 그렇다면 비장장주식을 양도함에 있어 해당주식의 매매가액 외에 경영권을 별도로 평가하여 주식과 함께 양도하는 경우 이들 가액 모두를 양도소득으로 보는 것이 타당한바, 청구인과 이 건 양수법인 간에 체결된 매매협약서에 의하면 부동산 평가액및 예금보유액을 청구인이 OOO의 경영을 관리한 것에 대한경영권의 평가액(프리미엄)으로 보는 것이 타당하고, 그렇다면 동평가액을 비상장주식인 쟁점주식의 매매가액과 더불어 양도소득으로 보아야 한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점주식의 양도가액에서 법인세 미납액과 부동산 평가액 및 예금보유액을 차감하여야 한다는 청구주장의 당부나.관련 법률

(1) 소득세법(2016.12.20. 법률 제14389호로 일부개정되기 전의 것)제21조[기타소득]

① 기타소득은 이자소득·배당소득·사업소득·근로소득·연금소득·퇴직소득 및 양도소득 외의 소득으로서 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.7.광업권·어업권·산업재산권·산업정보, 산업상 비밀, 상표권·영업권(대통령령으로 정하는 점포 임차권을 포함한다), 토사석(土砂石)의 채취허가에 따른 권리, 지하수의 개발·이용권, 그 밖에 이와유사한 자산이나 권리를 양도하거나 대여하고 그 대가로 받는 금품제88조[양도의 정의]

① 제4조 제1항 제3호 및 이 장에서 “양도”란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다. (후단 생략)제94조[양도소득의 범위]

① 양도소득은해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.3.다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권과 대통령령으로 정하는 증권예탁증권을 포함한다. 이하 이 장에서 “주식등”이라 한다)의 양도로 발생하는 소득가.「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 주권상장법인(이하 "주권상장법인"이라 한다)의 주식등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 “대주주”라 한다)가 양도하는 것과 같은 법에 따른 증권시장(이하 "증권시장"이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것나.주권상장법인이 아닌 법인의 주식등제96조[양도가액] ①제94조 제1항 각 호에 따른 자산의양도가액은그 자산의 양도 당시의양도자와 양수자 간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 따른다.

(2) 소득세법(2016.12.20. 법률 제14389호로 일부개정된 것)제88조[정의] 이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.1.“양도”란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환,법인에 대한 현물출자 등을 통하여그 자산을 유상(有償)으로 사실상 이전하는 것을 말한다. (후단 생략)5.“실지거래가액”이란 자산의 양도 또는 취득 당시에 양도자와 양수자가 실제로 거래한 가액으로서 해당 자산의 양도 또는 취득과 대가관계에 있는 금전과 그 밖의 재산가액을 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1)처분청이 제출한 결의서 등의 심리자료를 보면 청구인이 2003.11.28.～2016.5.26. 기간 동안 OOO의 대표이사로 재직하였고, 2016.5.26. 쟁점주식과 더불어 다른 주주들 3명의 위임을 받아 이들이보유한 같은 주식 OOO주를 이 건 양수법인에게 양도한 후 2016.8.31. 쟁점주식의 양도가액을 OOO원으로 하여 양도소득세 예정신고를 하였으며, 2017.9.11.쟁점금액을 차감한 OOO을 쟁점주식의 양도가액으로 하여야 한다는 이유로 양도소득세OOO원의 환급을 구하는 경정청구를하였으나, 처분청은 2017.11.8. 쟁점금액이 포함된 예정신고당시의 양도가액이 양도당시 쟁점주식의 실지거래가액에 해당한다는 이유로 이를 거부한 것으로 나타난다.

(2) 처분청이 확인한 사실관계 등은 아래와 같다. (가)청구인(쟁점주식 보유) 및 다른 주주들 3명(합계 OOO보유)은OOO(비상장주식) 전부를 보유하다가, 2016.5.26. 이 건 양수법인에게OOO에 양도하였다. (나)청구인의 양도소득세 예정신고 및 이 건 경정청구를 비교하면 아래 <표1> 기재와 같다.OOO(다)2016.4.19. 청구인 및 이 건 양수법인 간에 체결된 주식매매협약서(Share Sale & Purchase Agreement)를 보면 매수인인 이 건 양수법인이 매도인인 청구인에게 주식의 평가금액(협약체결일 이전의 가장 최근 월을 기준으로 산출된 ‘12개월의 순매출액’의 1.0배), OOO 사무실의 부동산에 대한 평가액 OOO 및 경영관리에 대한 프리미엄 평가액 등의 매입가액을 지급하는 것으로 나타난다. (라)2016.5.23. 청구인 및OOO의 다른 주주 3명과 이 건 양수법인 간에 체결된 협정서(Letter Agreement)를 보면 청구인과 위 다른 주주들이 보유한 주식OOO주(쟁점주식 포함)의 매매가액을위 주식매매협약서’에 따른 주식의 평가금액인OOO 및 2016.5.23. 현재 위 법인 명의의 예금보유액 OOO으로 하는 것으로 나타난다.

(마)처분청은 자산의 양도당시 양도자와 양수자가 실제로 거래한 가액으로서 해당 자산의 양도와 대가관계에 있는 금전 등이 실지거래가액에 해당하는 점, 쟁점금액 중 부동산 평가액 및 예금보유액의 경우개인의 일시·우발적 성격인 기타소득이 아니라 OOO이 10년 이상 계속적으로 매출을 신장함으로써 얻은 동 법인의 가치를 반영한영업권으로 보아야 하고, 이 건 양수법인에서 청구인이 동 법인을 성장시킨 공로를 인정하여 쟁점주시의 매매가액에 위 부동산 평가액 및예금보유액을 포함시킨 점, 청구인이 이 건 양수법인으로부터 쟁점금액을 포함한 금액을 쟁점주식의 매매가액으로 지급받은 점 등을 감안할 때 청구인이 예정신고한 금액이 쟁점주식의 양도가액에 부합한다고 보았다.

(3) 청구인이 제출한 증빙자료 등은 아래와 같다.(가) 이 건 양수법인이 2016.11.29. 작성한 것으로 보이는 확인서(Confirmation Letter)를 보면 그 대표이사인OOO 2016.4.19. 동 양수법인이 양도자인 청구인과OOO의 발행주식 전부에 해당하는 OOO주를 양수하는 내용의 협약을 체결하였고, 매매가액의 경우 주식의 평가액인OOO(직전 12개월의 순매출액 합계)에 프리미엄인 OOO[체결일 현재의OOO의 예금보유액(cash remaning in the Messenger Biotech's bank account)]을 합하고, 부채액(체결일 현재의 대차대조표상의 것)을 차감하나 그 금액이 ‘0’이었으며, 사무실의 평가액인OOO원을 더하여 산정하였음을 확인한 것으로 나타난다.(나)2016.4.19 체결된 위 쟁점주식의 매매협약서를 보면OOO의 전체 발행주식 중 94%를 보유하고 있는 매도인인 청구인이나머지 주주들의 권리를 행사할 수 있는 권한을 위임받은 것으로 나타난다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 이 건 양수법인과 체결한 주식매매협약에 따라OOO(각 금액의 합계 : 쟁점금액)을 각각 부채가액및쟁점주식과 별도로 수수하기로 한 기타소득으로 보아 2016.8.1. 예정신고한 양도가액OOO을쟁점주식의 정당한 양도가액으로 보아야 한다고 주장하나,「소득세법」제96조 제1항에서 자산의 양도가액은 해당 자산의 양도당시의 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액에 의한다고 규정하고 있는바,위 주식매매협약서, 청구인 및 OOO의 다른 주주 3인과 이 건 양수법인 간에 체결된 협정서를 보면 쟁점주식과 위 주주들이 보유한 주식OOO의 평가액, 위 부동산의 평가액 및 예금보유액을 합한 금액을 위 주식 OOO의 매매가액으로 하기로 한 점, 동 양수법인의 대표이사인 OOO이 작성한 확인서를 보면 그 매매가액을 산정할 때 동 주식 OOO의 평가액에 부동산 평가액과 더불어 프리미엄인 예금보유액을 합하되 위 협약서의 체결당시의 대차대조표상의 부채액을차감하도록 하였으나 그 금액이 ‘0’인 것으로 나타나는점, 청구인이 이 건 양수법인으로부터 쟁점금액이 포함된 금액을 쟁점주식의 매매가액으로 수취한 점 등에 비추어 볼 때, 그매매가액에서쟁점금액을 차감한 금액을 쟁점주식의 양도가액으로 보기는 어려우므로 처분청에서 쟁점금액이 포함된 위 예정신고당시의 OOO원을 쟁점주식의 양도가액으로 보아 이 건 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.