공동상속주택(소수지분)을 1채 보유하고 있는 1세대가 일반주택을 양도하는 경우 1세대 1주택 비과세 적용 여부

선순위 우선주택인 쟁점상속주택2에 대해서만 일반주택 양도시 주택 수에서 제외할 수 있고, 나머지 공동상속주택(소수지분)인 쟁점상속주택1에 대해서는 주택 수에 포함하여 1세대 1주택 비과세 특례 적용여부를 판단하는 것이 타당하다고 보이는 점 등에 비추어 처분청이 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

1. 처분개요

가. 청구인은 父 OOO(이하 “피상속인”이라 한다)의 2001.12.24. 사망으로 취득한 OOO 소재 주택(이하 “쟁점상속주택1”이라 한다)이 「소득세법 시행령」제155조 제3항의 1세대 1주택 특례가 적용되는 공동상속주택에 해당되므로 2019.6.14. OOO(이하 “쟁점양도주택”이라 한다)의 양도를 1세대 1주택 비과세 대상으로 보아 양도소득세를 신고하였다.

나. 처분청은 쟁점상속주택1이 1세대 1주택의 특례가 적용되는 선순위 상속주택에 해당하지 아니한다고 보아 무신고가산세를 적용하여 2020.4.17. 청구인에게 2019년 귀속 양도소득세 OOO을 결정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2020.6.10. 이의신청을 거쳐 2020.10.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 쟁점양도주택을 양도할 당시에 청구인은 쟁점상속주택1의 소수지분(1/3)만을 소유하고 있었다. 쟁점상속주택1은 공동상속인인 OOO의 지분이 2/3이고, 공동상속인인 OOO이 거주하고 있던 주택으로 소수지분주택인 쟁점상속주택1은 청구인의 양도소득세 계산 시 주택수에서 제외하고 1세대 1주택 여부를 판단하여야 한다.

(2) 이러한 사항은 국세청 실무에서 적용되는 소득세 집행기준 104-167의 3-5[공동상속주택의 주택수 계산]에도 “상속지분이 가장 큰 상속인의 소유로 하여 주택수를 계산하며, 상속지분이 가장 큰 자가 2인 이상인 경우에는 당해 주택에 거주하는 자, 최연장자의 순서로 해당 공동상속주택을 소유하고 있는 것으로 본다.”(2018.8.22.개정)는 규정에 비추어 보더라도 명확하다.

(3) 국세청은 「소득세법」제155조 제3항이 개정(2017.2.3.)되기 전에는 양도자가 “공동상속주택 소수지분을 2채 이상 보유한 상태에서 일반주택을 양도할 때에는 1세대 1주택 비과세를 적용할 수 없다.”고 해석하고 있었는바(상담4팀-813, 2008.3.27.), 「소득세법 시행령」제155조 제3항의 선순위 1주택 규정은 피상속인이 주택을 2채 이상 소유하고, 공동상속받은 주택이 2채 이상인 경우에 선순위 1주택만 소수지분을 인정해야 하고, 청구인과 같이 공동상속받은 주택이 1채인 소수지분자인 경우에는 주택 수에서 제외하는 것으로 해석되어야 한다.

(4) 그리고 2017.2.3. 개정된 「소득세법 시행령」제155조 제3항에 불구하고 1세대 1주택 판정은 양도인을 기준으로 판정하여야 하므로, 피상속인이 2채 이상 보유하고 있더라도, 상속인이 1채만 공동상속받은 경우에는 선순위 주택을 판단할 필요가 없다. 따라서 소수지분 주택은 관련 법령 및 국세청 질의회신과 같이 주택수에 포함하지 않는 것으로 해석함이 합리적이라고 판단된다.

(5) 앞에서 설명한 바와 같이 청구인은 피상속인이 소유하던 2주택 중 1주택만을 소수지분으로 공동상속받았으므로, 쟁점양도주택의 양도는 「소득세법」제89조 및 같은 법 시행령 제155조 제3항에 규정한 1세대 1주택 비과세 요건을 충족하고 있다.「소득세법」상 1세대 1주택 비과세제도의 입법 취지를 살펴보면, 부득이하게 여러 사람이 공동으로 1주택을 소유하게 된 경우 공동상속주택의 소수지분자가 해당 공동상속주택 이외에 다른 일반주택을 양도하는 경우 다른 일반주택에 대한 1세대 1주택 비과세 여부를 판정할 때, 공동상속주택은 소수지분자의 주택으로 보지 아니하고,

① 상속지분이 가장 큰 상속인,

② 해당 주택에 거주하는 자,

③ 최연장자 순의 소유 주택으로 보도록 규정하고 있는 것이며 청구인 세대가 3년 이상 거주하고 양도한 쟁점양도주택은 1세대 1주택 비과세에 해당므로 처분청이 부과결정 고지한 이 건 양도소득세는 취소되어야 한다.

(6) 또한 청구인은 처분청의 상담결과 쟁점양도주택은 1세대 1주택 비과세대상이라는 안내를 받고 양도소득세 예정신고를 하였는데, 처분청은 1세대 1주택 비과세 신고를 정당한 신고로 보아 확정 결정한 사실이 있음에도 불구하고, 처분청이 무신고로 간주하여 신고불성실 가산세 20%를 부과한 처분은 잘못된 처분이므로, 1세대 1주택을 인정하지 않더라도 신고사실은 인정하여 무신고 가산세가 아닌 과소신고 가산세를 부과하는 것이 적법한 과세처분이다.

나. 처분청 의견

(1) 「소득세법」제89조 제1항 제3호 나목의 상속주택 취득에 따른 일시적 1세대 2주택 특례규정을 적용하는 상속주택은 피상속인이 소유기간이 가장 긴 OOO(이하 “쟁점상속주택2”라 한다) 주택만 해당하나, 청구인은 해당주택을 상속받지 않았고, 쟁점양도주택 양도 시 상속주택인 쟁점상속주택2가 양도되었다 하더라도 일시적 1세대 2주택 특례규정을 적용하는 상속주택이 쟁점상속주택1로 변하지 않는 것이므로 청구인이 쟁점상속주택1을 1/3 지분으로 소유하고 있는 상태에서 쟁점양도주택을 양도한바, 비과세 적용을 받을 수 없다.

(2) 2017.2.3. 「소득세법 시행령」제155조 제3항을 개정하여 공동상속주택을 여러 채 소유하는 경우 다른 일반주택의 비과세 판정 시 주택수로 보지 않는 공동상속주택의 범위를 명확히 하였는바, 공동상속주택은 상속으로 여러 사람이 공동으로 소유하는 1주택을 말하며, 피상속인이 상속개시 당시 2 이상의 주택을 소유한 경우에는

① 피상속인이 소유한 기간이 가장 긴 주택,

② 피상속이 소유한 기간이 같은 주택이 2 이상일 경우에는 피상속인이 거주한 기간이 가장 긴 1주택의 순위에 따른 주택을 말한다. 따라서 2017.2.3. 이후 양도분부터 공동상속주택을 여러 채 소유하는 경우 상기 순위에 따른 1채를 제외한 나머지 소수지분은 주택수에 포함되는 것이다.

(3) 본 건에 대한 이의신청 등의 판단도 공동상속주택 소수지분의 경우 선순위 주택에 대하여만 일반주택 양도시 주택수에서 제외하고 나머지 공동상속주택(소수지분)에 대하여는 주택수에 포함하여 1세대 1주택 비과세 특례규정 적용여부를 판단하여야 하며, 상속개시일 현재 피상속인이 보유한 주택이 2 이상인 경우 1주택에 대하여만 1세대 1주택 비과세 특례규정 적용 시 주택수에서 제외하고 판단하여야 함을 결정하였는바, 주택수에 제외되지 않는 공동상속주택(소수지분)을 보유하고 있던 청구인이 양도한 쟁점양도주택은 1세대 1주택 비과세에 해당하지 않으므로 비과세 신고를 부인한 처분청의 부과처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 공동상속주택(소수지분)을 1채 보유하고 있는 1세대가 일반주택을 양도하는 경우 1세대 1주택 비과세 적용 여부

② 양도소득세 무신고가산세(20%)를 적용하여 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법(2019.12.31. 법률 제16841호로 개정된 것) 제47조의2(무신고가산세)

① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 「교육세법」제9조 에 따른 신고 중 금융·보험업자가 아닌 자의 신고와「농어촌특별세법」및「종합부동산세법」에 따른 신고는 제외한다)를 하지 아니한 경우에는 그 신고로 납부하여야 할 세액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 "무신고납부세액"이라 한다)에 다음 각 호의 구분에 따른 비율을 곱한 금액을 가산세로 한다.

1. 부정행위로 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고를 하지 아니한 경우 : 100분의 40(역외거래에서 발생한 부정행위인 경우에는 100분의

60)

2. 제1호 외의 경우: 100분의 20 제47조의3(과소신고·초과환급신고가산세)

① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 「교육세법」제9조 에 따른 신고 중 금융·보험업자가 아닌 자의 신고와「농어촌특별세법」에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고(이하 이 조 및 제48조에서 "과소신고"라 한다)하거나 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조 및 제48조에서 "초과신고"라 한다)한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과신고한 환급세액을 합한 금액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 "과소신고납부세액등"이라 한다)에 다음 각 호의 구분에 따른 산출방법을 적용한 금액을 가산세로 한다.

1. 부정행위로 과소신고하거나 초과신고한 경우 : 다음 각 목의 금액을 합한 금액 가. 부정행위로 인한 과소신고납부세액등의 100분의 40(역외거래에서 발생한 부정행위로 인한 경우에는 100분의 60)에 상당하는 금액 나. 과소신고납부세액등에서 부정행위로 인한 과소신고납부세액등을 뺀 금액의 100분의 10에 상당하는 금액

2. 제1호 외의 경우 : 과소신고납부세액등의 100분의 10에 상당하는 금액

(2) 소득세법(2018.12.31. 법률 제16104호로 개정된 것) 제89조(비과세 양도소득)

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택 나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택 제92조(양도소득과세표준의 계산)

② 양도소득과세표준은 제94조부터 제99조까지, 제99조의2, 제100조부터 제102조까지 및 제118조에 따라 계산한 양도소득금액에서 제103조에 따른 양도소득 기본공제를 한 금액으로 한다. 제105조(양도소득과세표준 예정신고)

① 제94조 제1항 각 호(같은 조 같은 항 제5호는 제외한다)에서 규정하는 자산을 양도한 거주자는 제92조 제2항에 따라 계산한 양도소득과세표준을 다음 각 호의 구분에 따른 기간에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

1. 제94조 제1항 제1호·제2호 및 제4호에 따른 자산을 양도한 경우에는 그 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월.

② 제1항에 따른 양도소득 과세표준의 신고를 예정신고라 한다.

③ 제1항은 양도차익이 없거나 양도차손이 발생한 경우에도 적용한다. 제110조(양도소득과세표준 확정신고)

① 해당 과세기간의 양도소득금액이 있는 거주자는 그 양도소득 과세표준을 그 과세기간의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지[제105조 제1항 제1호 단서에 해당하는 경우에는 토지거래계약에 관한 허가일(토지거래계약허가를 받기 전에 허가구역의 지정이 해제된 경우에는 그 해제일을 말한다)이 속하는 과세기간의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지] 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

② 제1항은 해당 과세기간의 과세표준이 없거나 결손금액이 있는 경우에도 적용한다.

③ 제1항에 따른 양도소득 과세표준의 신고를 확정신고라 한다.

④ 예정신고를 한 자는 제1항에도 불구하고 해당 소득에 대한 확정신고를 하지 아니할 수 있다. 다만, 해당 과세기간에 누진세율 적용대상 자산에 대한 예정신고를 2회 이상 하는 경우 등으로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

⑤ 확정신고를 하는 경우 그 신고서에 양도소득금액 계산의 기초가 된 양도가액과 필요경비 계산에 필요한 서류로서 대통령령으로 정하는 것을 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. 제114조(양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지)

① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 하여야 할 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 경우에는 해당 거주자의 양도소득과세표준과 세액을 결정한다.

(3) 소득세법 시행령(2017.2.3. 대통령령 제27829호로 개정된 것) 제154조(1세대1주택의 범위)

① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간의 제한을 받지 아니한다.

⑪ 법 제89조 제1항 제3호 나목에서 "대통령령으로 정하는 주택"이란 제155조에 따른 1세대1주택의 특례에 해당하여 이 조를 적용하는 주택을 말한다. 제154조의2(공동소유주택의 주택 수 계산) 1주택을 여러 사람이 공동으로 소유한 경우 이 영에 특별한 규정이 있는 것 외에는 주택 수를 계산할 때 공동 소유자 각자가 그 주택을 소유한 것으로 본다. 제155조(1세대1주택의 특례)

② 상속받은 주택[법 제89조 제2항 본문에 따른 조합원입주권(이하 "조합원입주권"이라 한다)을 상속받아 사업시행 완료 후 취득한 신축주택을 포함하며, 피상속인이 상속개시 당시 2 이상의 주택을 소유한 경우에는 다음 각 호의 순위에 따른 1주택을 말한다]과 그 밖의 주택(상속개시 당시 보유한 주택 또는 상속개시 당시 보유한 조합원입주권에 의하여 사업시행 완료 후 취득한 신축주택만 해당한다. 이하 이 항에서 "일반주택"이라 한다)을 국내에 각각 1개씩 소유하고 있는 1세대가 일반주택을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. (단서 생략)

1. 피상속인이 소유한 기간이 가장 긴 1주택

2. 피상속인이 소유한 기간이 같은 주택이 2이상일 경우에는 피상속인이 거주한 기간이 가장 긴 1주택

3. 피상속인이 소유한 기간 및 거주한 기간이 모두 같은 주택이 2이상일 경우에는 피상속인이 상속개시당시 거주한 1주택

4. 피상속인이 거주한 사실이 없는 주택으로서 소유한 기간이 같은 주택이 2이상일 경우에는 기준시가가 가장 높은 1주택(기준시가가 같은 경우에는 상속인이 선택하는 1주택)

③ 제154조 제1항을 적용할 때 공동상속주택(상속으로 여러 사람이 공동으로 소유하는 1주택을 말하며, 피상속인이 상속개시 당시 2 이상의 주택을 소유한 경우에는 제2항 각 호의 순위에 따른 1주택을 말한다) 외의 다른 주택을 양도하는 때에는 해당 공동상속주택은 해당 거주자의 주택으로 보지 아니한다. 다만, 상속지분이 가장 큰 상속인의 경우에는 그러하지 아니하며, 상속지분이 가장 큰 상속인이 2명 이상인 경우에는 그 2명 이상의 사람 중 다음 각 호의 순서에 따라 해당 각 호에 해당하는 사람이 그 공동상속주택을 소유한 것으로 본다.

1. 당해 주택에 거주하는 자

2. 삭제 ＜2008.2.22＞

3. 최연장자 제169조(양도소득과세표준 예정신고)

① 법 제105조 제1항에 따라 예정신고를 하려는 자는 기획재정부령으로 정하는 양도소득과세표준예정신고및납부계산서에 다음 각 호의 구분에 따른 서류를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

1. 법 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산을 양도하는 경우에는 다음 각 목의 서류 라. 당해 자산의 매도 및 매입에 관한 계약서 사본 제173조(양도소득과세표준 확정신고)

① 법 제110조 제1항에 따라 확정신고를 하는 때에는 기획재정부령으로 정하는 양도소득과세표준확정신고및납부계산서에 제2항 각호의 서류를 첨부하여야 한다.

② 법 제110조 제5항에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 서류를 말한다.

1. 제169조 제1항 및 제2항 각 호의 서류

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구인이 제출한 심리자료에 따르면 다음의 사실관계가 나타난다. (가) 등기사항전부증명서 등에 나타나는 상속일 현재 피상속인의 보유한 주택현황은 다음 ＜표1＞과 같다. OOO (나) 쟁점상속주택1의 등기사항전부증명서에 의하면, 쟁점상속주택1은 2002.5.10. 매매를 원인으로 2002.6.19. OOO의 소유지분(1/2) 전부가 OOO에게 이전되어 쟁점양도주택의 양도일 현재 청구인이 1/3, OOO이 2/3의 지분을 소유하고 있는 것으로 나타난다. (다) 위 상속 이후 청구인과 청구인의 배우자인 OOO가 주택을 취득하고 양도한 현황은 다음 ＜표2＞와 같다. OOO (라) 청구인은 쟁점양도주택의 양도와 관련하여 2019.8.22. 처분청에 청구인의 배우자와 함께 각각 매매계약서를 첨부하여 ‘양도소득세 비과세 신고서’(비정형양식)를 제출한 것으로 나타난다. (마) 쟁점양도주택과 관련하여 처분청에서 양도소득세를 결정·고지한 내역은 다음 ＜표3＞과 같다. OOO

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 2017.2.3. 개정된 「소득세법 시행령」제155조 제3항에서 1세대 1주택 비과세를 적용함에 있어 공동상속주택 외의 다른 주택을 양도하는 때에는 해당 공동상속주택은 해당 거주자의 주택으로 보지 아니한다고 규정하면서, 공동상속주택에 대하여 상속으로 여러 사람이 공동으로 소유하는 1주택을 말하며, 피상속인이 상속개시 당시 2 이상의 주택을 소유한 경우에는 제2항 각 호의 순위(피상속인의 소유기간, 거주기간, 기준시가)에 따른 1주택을 말한다고 규정하고 있는바, 이 건에 있어 상속주택은 총 2채로 「소득세법 시행령」제155조 제2항 각 호의 우선 순위에 따른 1주택을 제외한 나머지 상속주택은 주택수에 포함하는 것이 동 시행령의 문언에 부합하다고 보이는 점, 상속주택 2채에 대한 ‘피상속인이 소유한 기간’을 비교해보면, 피상속인이 쟁점상속주택1은 1999.7.31., 쟁점상속주택2는 1994.6.25. 취득하였으므로 쟁점상속주택2의 소유기간이 쟁점상속주택1 보다 긴 것으로 나타나는 점, 선순위 우선주택인 쟁점상속주택2에 대해서만 일반주택 양도시 주택수에서 제외할 수 있고, 나머지 공동상속주택(소수지분)인 쟁점상속주택1에 대해서는 주택수에 포함하여 1세대 1주택 비과세 특례 적용여부를 판단하는 것이 타당하다고 보이는 점 등에 비추어 처분청이 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점양도주택이 1세대 1주택 비과세 대상에 해당된다는 내용을 양도소득세 신고서에 기재하여 신고한 이상 과소신고가산세를 적용하여야 한다고 주장하나, 청구인은 쟁점양도주택이 1세대 1주택에 해당하지 아니함에도 ‘양도소득세 비과세 신고서’(비정형양식)에 인적사항과 양도부동산 명세 등만 표기한 채 세액 산출내역은 기재하지 아니하고 처분청에 제출한 점, 이를 세법이 규정한 자산을 양도한 거주자가 양도소득세 과세표준(양도소득금액에서 양도소득 기본공제를 한 금액)을 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고한 경우로 보기는 어려운 점 등에 비추어 처분청이 청구인에게 무신고가산세를 적용하여 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.