쟁점토지의 양도와 관련하여 자경농지에 대한 양도소득세 감면 및 장기보유특별공제의 적용을 배제하여 과세한 처분의 당부

쟁점토지는 양도일 현재 시 지역에 소재하는 농지로서 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따라 주거지역에 최초로 편입된 후 3년이 경과하여 양도되었으므로 자경농지에 대한 양도소득세 감면 및 장기보융특별공제의 적용대상에 해당하지 아니함.

1. 처분개요

가. 청구인은 1981.1.27. 취득한 OOO 토지 2,071㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)을 2015.12.15. 양도한 후「소득세법」제95조에 의한 장기보유특별공제 및 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제69조에 의한 자경 농지에 대한 양도소득세 감면을 적용하여 2015년 귀속 양도소득세를 신고하였다.

나. 처분청은 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시하여 쟁점토지가 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시지역(주거지역)으로 지정된 토지라는 이유로 비사업용 토지로 보아「소득세법」제95조에 의한 장기보유특별공제 및조특법 제69조에 의한 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 배제하여 2016.8.16. 청구인에게 2015년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2016.10.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 50여년간 쟁점토지 인근에 거주하며 쟁점토지를 직접 경작 하였는바 쟁점토지가 도시지역 내 편입된 토지라고 하여 자경농지에 대한 양도소득세 감면 및 장기보유특별공제 적용을 배제한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

조특법 제69조제1항 및「소득세법」제104조의3제1항 제1호 등에 의하면 양도일 현재 특별시, 광역시 또는 시에 있는 농지 중「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역, 상업지역, 공업지역 안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날로부터 3년이 지난 농지는 자경농지에 대한 양도소득세 감면 및 장기보유특별공제 적용을 배제하도록 규정하고 있는바, 이 건의 경우 쟁점토지는 1978.8.29.「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의거 도시지역(주거지역)으로 지정되었고 2011.8.4. 도시지역(제2종 일반주거지역)으로 변경 지정된 사실이 OOO의 공문, 토지이용계획원 등을 통해 확인되므로 청구인이 쟁점토지를 직접 경작하였는지 여부와는 무관하게 자경농지에 대한 양도소득세 감면 및 장기보유특별공제대상 농지에 해당되지 아니한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지가 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면 및 장기보유특별공제 적용대상에 해당하는지 여부

나. 관련 법령

(1) 소득세법(2015.7.24. 법률 제13426호로 개정되기 전의 것)제95조(양도소득금액)

① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조제3항에 따른 미등기양도자산 및 제104조의3에 따른 비사업용 토지는 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및주거환경정비법」제48조에 따른 관리처분계획 인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. (단서 생략)제104조의3(비사업용 토지의 범위)

① 제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제8호에서 "비사업용 토지"란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

1. 논·밭 및 과수원(이하 이 조에서 "농지"라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것나. 특별시·광역시(광역시에 있는 군은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)·특별자치시(특별자치시에 있는 읍·면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)·특별자치도(괄호안 생략) 및 시지역(괄호안 생략) 중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시지역(대통령령으로 정하는 지역은 제외한다. 이하 이 호에서 같다)에 있는 농지. 다만, 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하며 스스로 경작하던 농지로서 특별시·광역시·특별자치시·특별자치도 및 시지역의 도시지역에 편입된 날부터 대통령령으로 정하는 기간이 지나지 아니한 농지는 제외한다.

(2) 조세특례제한법(2015.6.22. 법률 제13372호로 개정되기 전의 것)제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면)

① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[생략] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (단서 생략)

(3) 조세특례제한법 시행령(2015.11.20. 대통령령 제26659호로 개정되기 전의 것)제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면)

④ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(괄호 생략) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

1. 양도일 현재 특별시·광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시{「지방자치법」제3조제4항에 따라 설치된 도농(都農) 복합형태의 시의 읍·면 지역 및 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한특별법」 제15조제2항에 따라 설치된 행정시의 읍·면 지역은 제외한다}에 있는 농지 중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역·상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. (단서 생략)

다. 사실관계 및 판단

(1) OOO장이 처분청에 보낸 ‘도시지역(주거지역) 편입일자 회신’공문(2016.4.25.)과 토지이용계획확인서(2016.4.19.)에 따르면, 쟁점토지는 1978.8.29. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따라 도시지역(주거지역)으로 최초 편입되었고 이후 2011.8.4. 도시지역(제2종 일반주거지역)으로 변경 지정된 사실이 나타난다.

(2) 청구인은 쟁점토지를 8년 이상 자경하였다고 주장하면서 그에 대한 증빙으로 농지원부, 조합원증명서, 출하실적확인서, 거래자별 매출상세내역 등을 제출하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인이 쟁점토지를 8년 이상 자경하였는지 여부와 관계없이, 쟁점토지는 양도일 현재(2015.12.15.) OOO 지역에 소재하는 농지로서 청구인이 쟁점토지를 취득하기 전인 1978.8.29. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따라 주거지역에 최초 편입되었고 그로부터 3년이 경과하였으므로조특법 제69조에 의한 자경농지에 대한 양도소득세 감면대상에 해당하지 아니하고,「소득세법」제95조및 제104조의3에 따라 쟁점토지는 비사업용 토지로서 장기보유특별공제대상에도 해당하지 아니한 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.