입주권 양도시 장기보유 특별공제 기간 계산(경정)

분양권이 1세대1주택으로 의제되고 고가주택인 경우 장기보유특별공제 적용시 분양권을 주택으로 의제하여 주택과 동일한 보유기간에 해당하는 공제율을 적용함

1. 처분개요

청구인이 1993. 2. 24. 취득한 OOOOO OOO OOO OOOOO OOOOO OOO OOOO(OO OOOOOOOO OOO)의 재건축 사업시행으로 취득한 재건축아파트입주권(이하 “쟁점입주권”이라 한다.)을 2004. 6. 25. 양도하고 2004. 8. 양도소득세 예정신고를 하면서 장기보유 특별공제율을 10년이상 보유시 적용되는 100분의 50을 적용하여 2004년 귀속 양도소득세 55,119,360원을 자진 신고·납부하였다. 처분청은 쟁점입주권 보유기간을 종전아파트 취득일인 1993. 2. 24.부터 재건축사업승인일인 2002. 1. 14.까지로 보아 장기보유특별공제율을 100분지 25를 적용하여 2005. 1. 7. 청구인에게 2004년 귀속 양도소득세 51,113,450원을 경정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2005. 6. 20. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인이 1세대 1주택을 보유하다가 재건축사업시행으로 쟁점입주권을 취득한 것은 청구인의 의사와 관계없이 이루어진 일로 재건축 아파트의 입주권을 주택으로 보아 양도소득금액을 계산한다면 장기보유특별공제율을 적용함에 있어서도 입주권보유기간을 주택을 보유한 것으로 보아야 한다.

나. 처분청 의견

재건축사업시행으로 1세대 1주택 소유자가 재건축아파트입주권을 취득한 경우 종전주택 보유기간은 종전주택 취득일로부터 재건축사업 시행일까지이므로 처분청의 당초처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점 1세대 1주택 보유자가 재건축사업시행으로 취득한 재건축아파트입주권을 양도한 경우 종전아파트 취득일로부터 재건축사업승인일까지의 기간에 대한 장기보유특별공제율을 적용한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 소득세법 제89조 【비과세양도소득】 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득

(2) 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】

① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

1. 토지(지적법에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

2. 다음 각목의 1에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 인하여 발생하는 소득 가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 부수되는 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다)

(3) 소득세법 제95조 【양도소득금액】

① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 “장기보유특별공제액”이라 함은 제94조 제1항 제1호에 규정하는 자산(제104조 제1항 제2호의 3의 규정에 의한 세율을 적용받는 자산 및 동조 제3항에 규정하는 미등기양도자산을 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 다음 각호의 구분에 따라 계산한 금액을 말한다.

1. 당해 자산의 보유기간이 3년 이상 5년 미만인 것 양도차익의 100분의 10

2. 당해 자산의 보유기간이 5년 이상 10년 미만인 것 양도차익의 100분의 15[제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)으로서 대통령령이 정하는 면적기준 미만인 주택(이하 이 항에서 “기준면적 미만 고가주택”이라 한다)에 해당하는 경우에는 100분의 25]

3. 당해 자산의 보유기간이 10년 이상인 것 양도차익의 100분의 30[기준면적 미만 고가주택에 해당하는 경우에는 100분의 50]

④ 제2항에 규정하는 자산의 보유기간은 당해 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다.

(4) 소득세법시행령 제154조 【1세대 1주택의 범위】

① 법 제89조 제3호에서 “대통령령이 정하는 1세대 1주택”이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 “1세대”라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(서울특별시, 과천시 및 「택지개발촉진법」 제3조 의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정ㆍ고시된 분당ㆍ일산ㆍ평촌ㆍ산본ㆍ중동 신도시지역에 소재하는 주택의 경우에는 당해 주택의 보유기간이 3년 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것)을 말한다.

(5) 소득세법시행령 제155조 【1세대 1주택의 특례】

(16) 「도시 및 주거환경정비법」에 의한 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원( 동법 제48조 의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 그 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일 현재 제154조 제1항의 규정에 해당하는 기존주택을 소유하는 자에 한한다)이 당해 조합을 통하여 취득한 입주자로 선정된 지위(이에 부수되는 토지를 포함한다)를 양도하는 경우 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우에는 법 제94조 제1항 제2호 가목의 규정에 불구하고 이를 제154조 제1항의 규정에 의한 1세대 1주택으로 본다.

(6) 소득세법시행령 제159조의 2 【기준면적 미만 고가주택】 법 제95조 제2항 제2호에서 “대통령령이 정하는 면적기준 미만인 주택”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다.

2. 공동주택(다가구주택을 포함하되, 제155조 제15항의 규정에 의하여 단독주택으로 보는 경우를 제외한다)으로서 주택의 전용면적(주거전용으로 사용되는 지하실 부분의 면적을 포함한다)이 149제곱미터 미만인 주택

(7) 소득세법시행령 제166조 【양도차익의 산정 등】

① 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 「도시 및 주거환경정비법」에 의한 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각호의 산식에 의하여 계산한다.

1. 청산금을 납부한 경우 ［양도가액 - (기존건물과 그 부수토지의 평가액＋납부한 청산금) - 법 제97조 제1항 제2호 및 제4호의 규정에 의한 필요경비］＋［(기존건물과 그 부수토지의 평가액 - 기존건물과 그 부수토지의 취득가액) - 법 제97조 제1항 제2호 내지 제4호 또는 제163조 제6항의 규정에 의한 필요경비］

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 쟁점분양권 양도일 현재 다른주택을 소유하고 있지 않은 경우로서 쟁점분양권은 소득세법시행령 제155조 제16호에 의한 1세대1주택에 해당하며, 양도가액이 6억원을 초과하여 고가주택에 해당한다는 사실에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다.

(2) 기존주택의 등기부등본에 의하면, 청구인은 기존주택(건물 전용면적 43.28㎡)을 1993. 2. 24. 취득하여 2002. 6. 20. OOOOOOOOOOOOOO OOO에 신탁을 원인으로 소유권이전한 사실이 확인된다.

(3) 조합원분담금납부계약서에 의하면, 청구인은 OOOOOO아파트재건축조합 조합장과 2002. 6. 20. 조합원분담금납부계약을 체결하고 전용면적 143.2635㎡(44.3372평형)의 신규 아파트인 쟁점분양권(OOOOOOOOO OOOO OOOOO)을 취득하였으며, 분담금으로 187,892천원을 2003. 6. 15.부터 2005. 7. 15.까지 6회에 걸쳐 납부하기로 약정되어 있다.

(4) 관계법령을 종합하여 보면, 양도자산의 종류에 관하여 소득세법 제94조 (양도소득의 범위) 제1항에서는 그 제1호에 토지 또는 건물, 제2호의 가목에 부동산을 취득할 수 있는 권리를 구분 규정하여 부동산과 쟁점입주권은 각각 서로 다른 양도자산임을 명시하고 있으나, 같은법시행령 제155조 제16항에서는 1세대1주택자인 재건축조합원이 기존주택을 제공하고 당해 조합을 통하여 취득한 분양권은 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우에는 부동산을 취득할 수 있는 권리임에도 불구하고 이를 1세대1주택으로 본다고 규정하여 분양권을 1세대1주택으로 의제할 수 있도록 규정하고 있다. 따라서, 1세대 1주택인 동 분양권의 양도가액이 6억원을 초과하는 경우 이를 고가주택으로 판단하여 6억원을 초과하는 부분의 양도차익에 대하여 양도소득세를 과세하고 있는 바, 이 건과 같이 분양권이 1세대1주택으로 의제되고 고가주택에 해당되어 양도소득세를 과세하는 경우에는 장기보유특별공제를 함에 있어서도 분양권을 주택으로 의제하여 주택과 동일한 보유기간에 해당하는 장기보유특별공제율을 적용하는 것이 타당하다고 판단된다.

라. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.