종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 이전까지의 양도소득이 조세특례제한법 제99조의3 에서 규정한 감면대상에 해당하는지 여부

종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 이전까지의 양도소득은 조세특례제한법 제99조의3 에서 규정한 감면대상에 해당한다고 보기 어렵고 조세특례제한법 제40조 제1항에서 규정한 준용산식과 달리 감면소득을 계산하여야 한다는 청구주장도 받아들이기 어려움

1. 처분개요

가. 청구인은 1997년 중 OOO 재개발지구내 주택(이하 “종전 주택 ”이라 한다)을 취득하여 보유하다가, OOO 재개발사업으로 종전주택 멸실 후, 2003.4.30. 같은 동 222 OOO호(이하 “ 신축주택 ”이라 한다)를 취득하였고, 2011. 5.31. 신축주택을 OOO원에 양도한 후 2011년 7월 해당 양도소득세 예정신고시「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제99조의3에 따라 산출세액 OOO원 중 OOO원을 감면세액으로 계산하여 신고·납부하였다가, 2012.9.10. 당초 신고시 감면소득금액 계산에 잘못이 있었다며 같은 법 시행령 제40조 제1항의 공식을 적용하면서 종전주택 취득당시 기준시가에 조합원분담금 납부분을 가산하 여 전체 분모금액에서 공제하여 달라는 취지로 경정청구를 제기하였다.

나. 처분청은 같은 법 시행령 제40조 제1항을 적용함에 있어 분모 에 청산금 상당의 기준시가를 공제하는 것은 정당하지 아니하다 하여 2012.11.9. 경정청구를 거부하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2013.1.31. 이의신청을 거쳐 2013.5.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 감면소득계산 규정인 「조세특례제한법 시행령」제40조 의 계산공식에서 분모의 소득금액은 양도시 기준시가에서 종전주택기준시가만을 차감한 당초 신고는 분자의 감면기간의 양도소득이 상대적으로 감소하여 신축주택의 감면제도의 취지에 어긋난다.

(2) 신축주택 양도소득 중 감면소득을 계산함에 있어 관련 법령의 계산공식에 의하여 분모의 양도시 기준시가에서 차감한 취득시 기준시가는 청산금 납부액에 해당하는 기준시가를 반영하여 계산하는 것이 타당하다.

나. 처분청 의견

청구인은 종전주택 취득당시 기준시가에 청산금 해당 기준시가를 반영해서 감면소득금액을 계산하는 것이 타당하다고 주장하나, 「조세특례제한법 시행령」제40조 제1항의 산식 중 분모의 취득당시 기준시가는 종전주택의 취득당시 기준시가를 적용하는 것이고, 감면소득을 계산함에 있어 같은 법 시행령 제40조 제l항을 준용한 것은 청산금이 공제된 전체 양도소득금액을 기준시가를 이용하여 안분하여 환산하는 방법에 해당하므로 분모부분에 다시 청산금을 공제하는 것은 적절한 환산방법이 아니므로 청구주장을 받아들일 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

「조세특례제한법 시행령」제40조 제1항을 적용함에 있어 분모의 취득당시의 기준시가에 청산금 납부분을 반영하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

(1) 조세특례제한법 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 「소득세법」제89조 제1항 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(「주택법」에 의한 주택조합 또는「도시 및 주거환경정비법」에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(「주택법」에 의한 주택조합 또는「도시 및 주거환경정비법」에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간 내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

(2) 조세특례제한법 시행령 제40조 【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면등】

① 법 제43조 제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은 「소득세법」제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는 「법인세법」제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)} 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

② 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

(3) 소득세법 시행령 제166조 【양도차익의 산정 등】

② 법 제100조에 따라 양도차익을 산정하는 경우 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우 실지거래가액에 의한 양도차익은 다음 각호의 산식에 따라 계산한다.

1. 청산금을 납부한 경우 [관리처분계획인가후양도차익 × 납부한 청산금 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)](이하 이 조에서 "청산금납부분양도차익" 이라 한다) + {[관리처분계획인가후양도차익 × 기존건물과 그 부수토지의 평가액 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)] + 관리처분계획인가전양도차익}(이하 이 조에서 “기존건물분양도차익”이라 한다) 나. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 1997년경 종전주택을 취득하였고, 2003.4.30. 신축주택을 취득(사용승인일)하였으며, 신축주택을 2011.5.31. 양도한 사실이 처분청 심리자료에 의하여 나타난다.

(2) 심판청구서 등에 나타나고 있는 청구인이 주장하는 계산방식은 다음과 같다.

양도소득금액 ×

취득일로부터 5년이 되는 날 기준시가-

준공일 기준시가

양도당시 기준시가-

(청산금 해당 기준시가+종전주택 기준시가)

(3) 살피건대, 청구인은 「조세특례제한법 시행령」제40조 제1항에서 5년간 양도소득금액을 계산하는 산식에서 감면대상소득금액 계산시 분모에서 구하는 전체 양도차익에는 청구인이 납부한 청산금 납입분 해당액도 기준시가로 계산하여 취득당시 기준시가 계산에 반영되어야 한다고 주장하나, 조특법 제99조의3 소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례규정은 신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화에 그 입법취지가 있는 점, 같은 법 제99조의3 제1항에 의하면, 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점, 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 따른 감면소득금액 계산에 관하여는 같은 법 시행령 제99조의3 제1항에서 같은 법 시행령 제40조 제1항을 준용하도록 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제40조 제1항에 규정한 산식〔양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가-취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가-취득당시의 기준시가)〕에는 청산금을 반영하도록 규정하고 있지 아니한 점 등을 감안하면, 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다(조심 2012서5150, 2013.2.18., 조심 2012서4640, 2013.1.7. 같은 뜻).

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」제81조 , 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.