장기간 보유한 쟁점토지가 1년 미만 보유한 쟁점주택의 부수토지라는 이유로 단기 보유 주택에 대한 세율을 적용하는 것은 부당하다는 청구주장의 당부

소득세법§104①3에서 보유기간 1년 미만인 주택에 대해서는 70%의 세율을 적용하도록 하였고, 같은 항 제2호에서 주택에는 이에 딸린 토지로서 부수토지를 포함하도록 명시하고 있는 점 등에 비추어 이 건 처분은 잘못이 없음

1. 처분개요

가. 청구인은 2008.7.16. 인천광역시 강화군 OOO 답 1,652㎡를 OOO원에 취득하였고, 2022.3.8. 위 토지 중 992㎡를 같은 리 31-2로 분할하였으며, 2022.7.14. 잔여면적 660㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)의 지목을 ‘답’에서 ‘대’로 변경하였다.청구인은 2022.9.23. 쟁점토지에 단독주택(면적 60㎡, 이하 “쟁점주택”이라 하고, 쟁점토지와 쟁점주택을 합하여 이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 신축하고, 2023.2.1. 쟁점부동산을 A에게 OOO원에 양도하였다.

나. 청구인은 2023.5.1. 쟁점부동산의 양도에 대해 「소득세법」제104조 제1항 제3호에 따른 주택의 단기 양도 시 적용되는 세율(70%)을 적용하여 2023년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고하였으나, 2023.6.30. 쟁점토지에 대하여는 「소득세법」제104조 제1항 제1호에 따른 기본세율을 적용하여 양도소득세를 OOO원으로 감액하여야 한다는 내용으로 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2023.8.28. 법률의 근거가 없다는 이유로 청구인의 경정청구를 거부하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2023.11.17. 이의신청을 거쳐 2024.5.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 「소득세법」제94조 제1항 제1호는 양도소득의 범위를 규정하면서 토지와 건물을 별개의 과세대상으로 구분하고 있고, 필요경비 계산 시에도 별개의 기준을 적용하도록 하고 있는바, 양도소득세율 역시 토지와 건물을 구분하여 적용되어야 한다.

(2) 주택과 그 부수토지를 양도하는 경우 양도차익은 대부분 토지에서 발생되는 것인데, 토지의 보유기간이 오래됨에 따라 장기간에 축적된 양도차익을 주택의 보유기간에 따라 일시에 고율로 과세하는 것은 조세법의 기본원칙인 실질과세원칙 및 응능과세의 원칙에 위배된다.

(3) 비록 1년 미만 보유한 주택에 대하여 중과세하는 것이 투기를 막기 위한 것이라 하더라도, 장기간 보유한 부수토지에 대해 70%의 세율을 적용하는 것은 목적과 수단 사이에 합리적 비례관계가 결여된 것으로, 그 결과 재산권이 과도하게 침해되었다.

(4) 만일 쟁점토지와 쟁점주택의 소유자가 다를 경우 토지와 건물은 별개의 과세대상으로 구분되어 과세표준과 세율을 산출하였을 것이고, 쟁점토지에 대하여 70%의 세율을 적용할 수는 없었을 것이므로, 쟁점토지에 대해서는 기본세율이 적용되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 「소득세법」제104조 제1항은 각 호의 세율 중 둘 이상이 해당될 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다고 명시하고 있고, 같은 항 제2호에서 주택의 범위를 ‘이에 딸린 토지로서 대통령령으로 정하는 토지를 포함한다’고 명확하게 규정하고 있으므로, 같은 법 시행령 제167조의5에 따라 단기보유 주택부수토지의 범위에 포함되는 쟁점토지 중 600㎡에 대해서는 70%의 세율이 적용되어야 한다.

(2) 기획재정부 및 국세청은 1년 이상 소유한 나대지 위에 주택을 지어 1년 미만 소유한 주택과 부수토지를 함께 양도하는 경우, 부수토지에 대해서는 「소득세법」제104조 제1항 제3호의 세율을 적용하는 것으로 해석하였다(기획재정부 재산세과-1354, 2022.10.27., 사전-2021-법규재산-1231, 2022.10.31.).

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

장기간 보유한 쟁점토지가 1년 미만 보유한 쟁점주택의 부수토지라는 이유로 단기보유 주택에 대한 세율(70%)을 적용하는 것은 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 소득세법제94조(양도소득의 범위)

① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지[「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 발생하는 소득가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 딸린 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다)나. 지상권다. 전세권과 등기된 부동산임차권제104조(양도소득세의 세율)

① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득 산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다.

1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호에 따른 자산　 제55조 제1항에 따른 세율(분양권의 경우에는 양도소득 과세표준의 100분의

60)

2. 제94조 제1항 제1호 및 제2호에서 규정하는 자산으로서 그 보유기간이 1년 이상 2년 미만인 것　 양도소득 과세표준의 100분의 40[주택(이에 딸린 토지로서 대통령령으로 정하는 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다), 조합원입주권 및 분양권의 경우에는 100분의 60]

3. 제94조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 자산으로서 그 보유기간이 1년 미만인 것　양도소득 과세표준의 100분의 50(주택, 조합원입주권 및 분양권의 경우에는 100분의

70)

(2) 소득세법 시행령제167조의5(단기보유 주택부수토지의 범위) 법 제104조 제1항 제2호에서 “대통령령으로 정하는 토지”란 해당 주택이 정착된 면적에 지역별로 다음 각 호의 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지를 말한다.

1. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제6조 제1호에 따른 도시지역 내의 토지 : 다음 각 목에 따른 배율가. 「수도권정비계획법」제2조 제1호에 따른 수도권(이하 이 호에서 “수도권”이라 한다) 내의 토지 중 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역 내의 토지 : 3배나. 수도권 내의 토지 중 녹지지역 내의 토지 : 5배다. 수도권 밖의 토지 : 5배

2. 그 밖의 지역의 토지 : 10배

(3) 국토의 계획 및 이용에 관한 법률제6조(국토의 용도 구분) 국토는 토지의 이용실태 및 특성, 장래의 토지 이용 방향, 지역 간 균형발전 등을 고려하여 다음과 같은 용도지역으로 구분한다.

1. 도시지역 : 인구와 산업이 밀집되어 있거나 밀집이 예상되어 그 지역에 대하여 체계적인 개발ㆍ정비ㆍ관리ㆍ보전 등이 필요한 지역

2. 관리지역 : 도시지역의 인구와 산업을 수용하기 위하여 도시지역에 준하여 체계적으로 관리하거나 농림업의 진흥, 자연환경 또는 산림의 보전을 위하여 농림지역 또는 자연환경보전지역에 준하여 관리할 필요가 있는 지역

3. 농림지역 : 도시지역에 속하지 아니하는 「농지법」에 따른 농업진흥지역 또는「산지관리법」에 따른 보전산지 등으로서 농림업을 진흥시키고 산림을 보전하기 위하여 필요한 지역

4. 자연환경보전지역 : 자연환경ㆍ수자원ㆍ해안ㆍ생태계ㆍ상수원 및 문화재의 보전과 수산자원의 보호ㆍ육성 등을 위하여 필요한 지역

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점부동산의 양도와 관련하여 청구인이 신고 및 경정청구한 내역과 처분청이 경정한 내역은 아래 ＜표1＞과 같다.

＜표1＞

청구인의 신고.경정청구, 처분청의 경정내역

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(2) 쟁점부동산의 등기사항전부증명서 주요내용은 아래 ＜표2＞ 및 ＜표3＞과 같다.

＜표2＞

쟁점토지의 등기사항전부증명서

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ㅇ＜표3＞ 쟁점주택의 등기사항전부증명서

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(3) 쟁점토지의 토지이용계획 확인원에 따르면, 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 용도지역은 농림지역으로 확인된다.

(4) 기획재정부 발간 ‘2020 간추린 개정세법’에 따르면, 단기보유 주택에 대한 과세형평 제고를 위해 2년 미만 보유 주택에 대한 양도소득세율을 인상한다는 내용이 확인된다.

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(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 장기간 보유한 쟁점토지가 1년 미만 보유한 쟁점주택의 부수토지에 해당한다는 이유로 쟁점토지에 대하여 단기보유 주택에 대한 세율(70%)을 적용하는 것은 부당하다고 주장하나,「소득세법」제104조 제1항 제3호에서 보유기간이 1년 미만인 주택에 대해서는 70%의 세율을 적용하도록 하였고, 같은 항 제2호에서 주택에는 이에 딸린 토지로서 대통령령으로 정하는 토지를 포함하도록 명시하고 있는바, 같은 법 시행령 제167조의5 제2호에 따라 쟁점토지 중 주택 정착 면적의 10배 이내의 토지(600㎡)에 대해서는 70%의 세율을 적용하는 것이 규정의 해석상 타당하다 할 것인 점, 기획재정부는 2020.8.18. 단기보유 주택에 대한 과세형평 제고를 위해 2년 미만 보유 주택에 대한 양도소득세율을 인상하는 것으로 관련법령을 개정하였고, 주택부수토지로서의 보유기간이 1년 미만인 경우 「소득세법」제104조 제1항 제3호에 따른 세율을 적용하는 것으로 해석(기획재정부 재산세제과-1354, 2022.10.27.)하고 있는 점 등에 비추어 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.