학교법인인 청구법인이 수익사업용 자산을 시가 평가증하여 비영리사업회계에 전입할 당시 그 평가차익을 고정자산처분이익으로 보아 법인세를 과세한 처분의 당부 등

학교법인인 청구법인이 수익사업회계에 속하는 쟁점부동산을 비영리사업회계로 전입한 것에 대하여 「법인세법 시행규칙」제76조 제4항에 따라 단순한 회계의 이전이 아닌 처분(지출)으로 의제하여 처분청이 그 전입일 현재 쟁점부동산의 평가이익을 수익사업에 익금에 산입하여 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없음

가. 청구법인은「사립학교법」에 따른 학교법인으로 고유목적사업과 수익사업을 병행하던 2007사업연도(2007.3.1.～2008.2.29.) 중 수익사업(부동산 임대)에 사용하던 OOO 토지 1,607.5㎡, 건물 5,062.78㎡(감정가 OOO만원, 장부가액 OOO만원, 이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 고유목적사업OOO에 전입처리하면서, 시가(감정가) OOO만원과 장부가액 OOO만원의 차액인 OOO만원(이하 “쟁점평가증액”이라 한다) 상당액을 임의평가증하여 시가상당액인 OOO만원 상당을 기존에 계상된 고유목적사업준비금과 상계하고 쟁점평가증액을 세무상 익금불산입(△유보)하였다. OOO 나. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 청구법인의 회계처리에 대하여 신고분석을 하여 「조세특례제한법」제74조 제1항에 따른 학교법인이 수익사업회계에 속하는 금전 외의 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우 「법인세법 시행규칙」제76조 제4항 후단의 규정에 따라 이를 비영리사업에 지출한 것으로 본다는 기획재정부 유권해석(법인세제과-364, 2012.5.16.)에 따라 익금불산입(△유보)처리된 쟁점평가증액을 고정자산처분이익을 보아 과세하도록 처분청에 통보하였다.

다. 처분청은 이에 따라 쟁점평가증액을 익금산입하고, 신고불성실가산세 OOO원, 납부불성실가산세 OOO원을 적용하여 2013.1.16. 청구법인에게 2007사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지하였다 .

라. 청구법인은 이에 불복하여 2013.3.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 비영리 내국법인의 과세소득은 「법인세법」제3조 에서 그 범위를 구체적으로 열거하여 엄격히 규정하고 있는바, 비영리내국법인인 청구법인이 수익사업용 자산을 고유목적사업에 전출하는 경우 이는 수익사업과 관련하여 발생하거나 지출된 것이 아니고, 자산의 양도도 아닌 단순한 이관에 불과하여 고정자산처분이 아니므로 위 규정에 열거된 과세소득에 해당하지 아니하며, 유형자산평가차액은 비영리회계 뿐만 아니라 영리법인회계에서도 익금불산입하여 과세에서 제외되는 것이다. 비수익사업이 수익사업회계에서 자산을 전입 받을 때 동 자산은 수익사업잉여금으로 취득한 것이 아니므로 부동산 xx / 고유목적사업준비금 xx 로 분개하여 비수익사업에서 전입 받은 자산가액만큼 준비금(부채)을 증액시켜 5년 후에 과세할 수도 없는 것이며, 비수익사업에서 수익사업으로 전입 시 이를 처분으로 보아 과세할 수도 없는 것이므로 거래단위나 자산별로 고유목적사업준비금 상계의 적정성을 따지는 것이 아니라 잔액이 존재하는 한 준비금범위에서 우선 상계하는 것이다. 따라서 이 건 처분은 부당한 처분이므로 취소되어야 하다.

(2) 학교법인이 고유목적사업에 전출하는 수익사업용자산은 법정기부금에 해당하므로 그 가액은 장부가액으로 하여야 하며, 평가차액을 과세하는 것은 부당한 것으로 청구법인이 과세대상이 되면 이는 공평과세에 위배되고, 새로운 기획재정부 예규를 이 건에 적용하여 과거의 사안에 대하여 소급과세한 것에 해당하며, 최소한 경정청구기한(3년, 2011.5.31.)이전에 처분청의 입장을 표명하여 납세자에게 검토기회를 주지 않고 시효만료(2013.5.31.)가 임박한 시점에 과세함은 신의성실의 원칙에 위배되는 부당한 처분이다. 이 건 관련 기획재정부 예규는 모든 비영리법인이 아니라 조세특례제한법상의 학교법인만을 대상으로 하는 예규로서, 기타 일반비영리법인들은 기존 예규를 앞으로도 계속 적용하고 준비금 설정한도가 100%인 학교법인은 불이익이 되지 않으므로 평가차익을 익금산입하라는 것인데, 이는 앞으로 학교법인에 대한 역차별 문제가 있을 수 있고, 동 예규는 평가차익에 대한 구체적인 최초의 예규로서 시가상당액으로 통칙에 따라 순차적으로 상계함에 있어 평가차익은 학교법인 뿐 아니라 일반비영리법인도 발생하는 것인데 과거와 같이 비영리법인 일반에 대하여 명시하지 아니하고 학교법인만을 별도로 구분한 새로운 예규에 해당된다.

(3) 과거 다수의 예규는 일관되게 수익사업에서 사용하던 자산을 비수익사업에 전출하는 경우 당해 자산의 시가상당액을 기준으로 「법인세법 기본통칙」(113-156...3, 제2항)에 따라 상계처리 하라는 것이고, 청구법인의 질의에 대한 답변에서도 국세청은 과거의 예규를 참조하라는 답변뿐이었고, 전문서적들도 지금까지 과거의 해석과 예규에 따른 것으로 이는 일반적으로 받아들여진 것이며, 처분청도 기획재정부에 예규를 의뢰할 정도의 난해한 사안이므로 납세의무자인 청구법인이 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있으므로 이 건 신고 및 납부가산세는 모두 감면되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 비영리내국법인 중 「조세특례제한법」제74조 제1항 제1호에 따른 학교법인이 수익사업회계에 속하는 금전외의 자산을 비영리사업 회계에 전입한 경우 이는 「법인세법 시행규칙」제76조 제4항 후단에 비영리사업에 지출한 것으로 본다고 규정하고 있고, 비영리사업에 지출한다함은 처분을 의미하므로 청구법인이 평가차익이라고 주장하는 쟁점평가증액은 처분이익에 해당하고, 처분된 자산의 가액이 명확하지 아니할 경우 「법인세법 시행령」제89조 에 의거 시가로 평가하는 것이며, 시가와 장부가액과의 차액은 처분이익으로 「법인세법」제3조 제2항 제5호에 규정된 수익사업에서 생기는 수입에 해당한다.

(2) 기획재정부의 예규는 기존에 규정된 「법인세법 시행규칙」제76조 제4항의 규정에 대한 확인적인 해석에 불과하므로 이 예규에 근거하여 과세한 처분은 소급과세에 해당되지 아니한다.

(3) 법률의 부지·착오 등은 가산세 감면의 정당한 사유에 해당하지 아니하고(대법원 1999.8.20.선고 99두3515 외 다수), 수익사업에 사용하던 자산을 비수익사업에 전출하는 경우 자산의 시가와 장부가액과의 차액을 수익사업의 이익(고정자산처분이익)으로 인식하고 고유목적사업준비금 설정 후 고유목적사업에 사용하는 정상적인 방법으로 과세 이연할 수 있으나, 청구법인은 고정자산처분이익을 평가이익으로 처리하여 1차적으로 손금처리한 후 동 금액을 고유목적사업준비금으로 사용한 것으로 처리하여 이중 손금 처리하였고, 세무관련 전문서적은 과세관청의 공적인 견해표명이라 볼 수 없고 이에 따라 세무처리를 한 법인을 제시하고 못하며, 기획재정부의 해석은 기존의 해석(국세청 서면2팀-1376, 2006.7.20., 법인 46012-400, 1997.2.26.)을 확인하는 새로운 해석이 아니다. 따라서 처분청의 청구법인에 대한 가산세 적용은 정당하며 가산세를 감면할 정당한 사유에 해당하지 아니한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점 ⓛ 학교법인이 수익사업용 자산을 시가평가증하여 고유목적사업에 전입하는 경우 평가차액을 고정자산처분으로 보아 법인세를 과세한 처분의 당부(주위적 청구)

② 기획재정부 유권해석이 새로운 유권해석이므로 이 건 과세가 소급과세라는 청구주장의 당부(예비적 청구1)

③ 가산세를 감면하여야 한다는 청구주장의 당부(예비적 청구2)

나. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 관련 법령은 별지와 같다.

(2) 청구법인의 2007사업연도 결산서 중 과목별소득금액조정명세서(별첨참조), 고유목적사업준비금조정명세서(갑), 고유목적사업지출명세서, 감정평가현황, 계정별원장 등 심리자료를 보면, 청구법인의 2007사업연도(2007.3.1.～2008.2.29.)의 회계처리는 아래와 같다. (가) 청 구법인은 2007사업연도 중 수익사업(부동산임대업)에 사용하던 쟁점부동산을 고유목적사업OOO에 전출하면서, 장부가액이 OOO만원인 쟁점부동산을 주식회사 OOO감정평가법인의 평가액 OOO만원과 주식회사 OOO평가법인의 평가액 OOO만원의 평균가인 OOO만원으로 감정평가하고, 아래 <표>의 고유목적사업준비금명세서와 같이 2002～2005사업연도의 준비금설정액 OOO만원과 상계처리하였고, 임의평가증한 OOO만원(쟁점평가증액)을 세무상 익금불산입(△유보)처리하였다.

○○○

(나) 고유목적사업지출액명세서를 보면, 청구법인은 2007사업연도 고유목적사업지출액 중 2008.2.29. 쟁점부동산에 해당하는 OOO만원을 포함하여 지출로 처리하였다. (다) 청구법인의 계정별원장을 보면, 청구법인은 2008.2.29. 쟁점평가증액OOO 상당을 (대변) 유형자산평가증 과목으로 하여 같은 날 (차변) 손익계정에 대체하여 처리하였고, 과목별소득금액조정명세서를 보면, 청구법인은 쟁점부동산의 시가OOO와 장부가액OOO의 차액인 쟁점평가증액OOO 상당을 익금불산입(△유보)처리한 것으로 나타난다.

(3) 2007사업연도 법인세과세표준 및 세액결정결의서를 보면, 처분청은 청구법인과 같이 수익사업을 영위하는 비영리법인이 수익사업용 자산을 고유목적사업에 전출하는 경우 기획재정부 해석(법인세제과-364, 2012.5.16.)에 따라 시가상당액을 기준으로 고유목적사업에 지출한 것으로 보아 장부가액과 시가와의 차액은 세무상 수익사업 회계처리 시 이를 익금에 반영되어야 한다며, 익금불산입된 유형자산평가이익 OOO만원(쟁점평가증액)을 2007사업연도 청구법인의 익금에 산입하여 법인세를 경정하였다.

(4) 이 건과 관련하여 국세청장의 질의(2011.5.3.)에 대하여 기획재정부(법인세제과-364, 2012.5.16.)의 유권해석의 내용은 아래와 같다.

「조세특례제한법」제74조 제1항 제1호에 따른 학교법인이 수익사업회계에 속하는 금전외의 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우 「법인세법 시행규칙」제76조 제4항 후단에 따라 비영리사업에 지출한 것으로 보는 것입니다.

이 경우 그 자산의 가액은 시가로 평가 하는 것이며, 자산의 평가이익(장부가액과 시가와의 차액)은 전입일이 속하는 사업연도의 수익사업의 익금에 해당하는 것 입니다.

(5) 청구법인은 조세는 법률에 의해서만 과세되어야 되는 것임에도 본법을 위임받은 규정도 아닌 시행규칙의 규정을 확대해석하여 한 과세는 조세법률주의 대원칙에 어긋나는 것(대법원 2007.10.26.선고 2007두9884 판결 등)이라 할 것이고, 비영리내국법인 중 「조세특례제한법」제74조 제1항 제1호에 따른 학교법인이 수익사업회계에 속하는 금전외의 자산을 비영리사업 회계에 전입한 경우 「법인세법 시행규칙」제76조 제4항 후단에 비영리사업에 지출한 것으로 본다고 한 규정에 대하여 처분청은 이 후단의 지출한 것으로 본다 함을 처분을 의미하는 것으로 자의적으로 과세를 위해 확대해석을 한 것이고, 따라서 이 후단 비영리사업에 “지출한 것으로 본다” 함은 결코 처분을 의미하는 것이 아니라 사용한 것으로 본다는 의미로 즉, 학교법인의 경우 사후관리도 필요하지 않으며, 전입 즉시 사용된 것으로 의제하여 본다는 의미로, 또한 이는 학교법인의 경우 교육의 공공성, 특수성을 고려하여 사립학교법에 따른 각종 자금유용 방지수단을 담보로 학교법인에 대하여 일반 비영리법인과 달리 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입하였다는 형식적인 사실만으로 비영리사업에 지출한 것으로, 즉 사용한 것으로 의제하는 특례 조항이라 할 수 있다며, 2007년 결산서, 전문서적 사본, 감정평가서 사본, 쟁점부동산 등기부등본, OOO 이사회회의록 등을 제출하였다.

(6) 주위적 청구에 대하여 살펴본다. 「법인세법」제113조 제1항을 보면, 비영리법인이 수익사업을 영위하는 경우에는 자산·부채 및 손익을 당해 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 기타의 사업에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분 경리하도록 규정하고 있어 처분이익을 인식하도록 규정하고 있고, 같은 법 제29조 제1항에서는 비영리내국법인이 고유목적사업 등에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금에 계상한 경우 그 범위 내에서 이를 손금에 산입하도록 규정하고 있어 이는 결산조정사항으로 보이며, 같은 법 제3조 제5항에서는 당해 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 사용하지 아니한 경우 익금에 산입하도록 엄격히 규정하고 있다. 이 건의 경우 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계로의 지출은 단순한 회계의 이전이 아닌 처분을 전제로 하거나 포함되는 개념으로 해석될 수 있고, 자산의 시가와 장부가액과의 차액인 쟁점평가증액을 수익사업의 이익으로 인식하고 고유목적사업준비금을 설정한 후 이를 정상적으로 사용하는 경우 세법상 과세이연을 적법하게 할 수 있음에도 청구법인은 이를 손금처리하고 기존의 고유목적사업준비금으로 사용하였으므로 이는 이중 손금처리로 보인다. 따라서 쟁점평가증액 상당액은 전입일이 속하는 사업연도의 수익사업의 익금에 산입(처분이익 의제)되어야 할 것으로 처분청의 이 건 과세는 잘못이 없다고 판단된다.

(7) 예비적 청구1,2에 대하여 본다. 이 건 기획재정부의 유권해석은 「법인세법 시행규칙」제76조 제4항 등과 기존의 해석(국세청 서면2팀-1376, 2006.7.20., 법인 46012-400, 1997.2.26.)에 대한 행정기관의 확인적인 해석으로 보이고, 동 해석 시부터 새롭게 이 해석을 시행한다는 단서도 없는 해석인 만큼 동 유권해석에 근거하여 과세한 처분은 소급과세에 해당하지 아니한 것으로 보이며, 법률의 부지·착오 등은 가산세 감면의 정당한 사유에 해당되지 아니하므로(대법원 1999.8.20. 선고 99두3515 판결 참고) 주위적 청구에서 살펴본바와 같이 청구법인의 잘못된 회계처리에 대하여 가산세를 경감할 수 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지>

(1) 법인세법 제3조 (과세소득의 범위)

① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 이를 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호의 소득에 대하여만 이를 부과한다.

1. 각 사업연도의 소득

2. 청산소득 ②비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입 제29조 (고유목적사업준비금의 손금산입) ①비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령이 정하는 단체에 한한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금(이하 이 조에서 “고유목적사업 등”이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우 에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위 안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.

1. 소득세법 제16조 제1항 제1호 내지 제11호의 규정에 따른 이자 소득금액 및 동법 제17조 제1항 제5호의 규정에 따른 투자신탁이 익

2. 소득세법 제17조 제1항 제1호·제2호 및 제6호의 규정에 의한 배당소득금액. 다만, 상속세법 및 증여세법 제16조 또는 같은 법 제 48조의 규정에 의하여 상속세 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식 등으로부터 발생한 배당소득금액을 제외한다.

3. 특별법에 의하여 설립된 비영리내국법인이 당해 법률에 의한 복지사업으로서 그 회원 또는 조합원에게 대출된 융자금에서 발생한 이자금액

4. 제1호 내지 제3호 외의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50을 곱하여 산출한 금액

② 비영리내국법인이 제1항의 규정에 의하여 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 고유목적사업 등에 지출하는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금으로부터 순차로 상계하여야 한다. 이 경우 직전 사업연도종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과하여 당해 사업연도의 고유목적사업등에 지출한 금액이 있는 경우 그 금액은 이를 당해 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 보아 제1항의 규정을 적용한다.

③ 제1항의 규정에 의하여 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인이 다음 각 호의 1에 해당하게 된 경우 그 잔액은 당해 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입한다.

1. 해산한 때

2. 고유목적사업을 전부 폐지한 때

3. 법인으로 보는 단체가 「국세기본법」제13조 제3항의 규정에 의하여 승인취소되거나 거주자로 변경된 때

4. 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업등에 사용하지 아니한 때(5년 내 사용하지 아니한 잔액에 한한다). ④제3항 제4호의 규정에 의하여 고유목적사업준비금의 잔액을 익금에 산입하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 당해 사업연도의 법인세에 가산하여 납부하여야 한다. 제113조(구분경리)

① 비영리법인이 수익사업을 영위하는 경우에는 자산·부채 및 손익을 당해 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 기타의 사업에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하여야 한다.

(2) 법인세법 시행령 제2조 (수익사업의 범위) ②법 제3조 제2항 제5호에서 "대통령령이 정하는 것"이라 함은 당해 고정자산의 처분일 현재 3년이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항의 규정 에 해당하는 수익사업을 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경 우 당해 고정자산의 유지·관리 등을 위한 관람료·입장료수입 등 부수수익 이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다. 제56조 (고유목적사업준비금의 손금산입) ⑥법 제29조 제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 다음 각호의 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 본다.

1. 비영리내국법인이 당해 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 고정자산 취득비용 및 인건비 등 필요경비로 사용하는 금액 제89조 (시가의 범위 등)

① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다. 제156조(구분경리) 법 제113조 제1항 내지 제3항의 규정에 해당하는 법인은 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산·부채 및 손익을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 재정경제부령이 정하는 바에 따라 구분경리하여야 한다.

(3) 법인세법 시행규칙 제76조 (비영리법인의 구분경리 )

③ 비영리법인이 기타의 사업에 속하는 자산을 수익사업에 지출 또는 전입한 경우 그 자산가액은 자본의 원입으로 경리한다. 이 경우 자산가액은 시가에 의한다.

④ 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 기타의 사업에 지출한 경우 그 자산가액 중 수익사업의 소득금액(잉여금을 포함한다)을 초과하는 금액은 자본원입액의 반환으로 한다. 이 경우「 조세특례제한법」제74조 제1항 제1호의 규정을 적용받은 법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리회계에 전입한 경우에는 비영리사업에 지출 한 것으로 한다.

(4) 조세특례제한법 제74조 (고유목적사업준비금의 손금산입특 례)

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인에 대하여는 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 사업연도까지 법인세법 제29조 의 규정을 적용하는 경우 동법 제1항 제4호의 규정에 불구하고 당해법인이 수익사업에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다.

1. 사립학교법에 의한 학교법인, 산업교육진흥및산학협력촉진에 관한 법류에 의한 산학협력단 및 평생교육법에 의한 원격대학 형태의 평생교육시설을 운영하는 민법 제32조 에 의한 비영리법인

(5) 국세기본법 제47조 (가산세의 부과)

① 정부는 세법에 규정하는 의무를 위반한 자에 대하여 세법이 정하는 바에 의하여 가산세를 부과할 수 있다. 제48조 (가산세의 감면)

① 정부는 세법에 의하여 부과하였거나 부과할 가산세에 있어서 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항의 규정에 의한 기한연장사유에 해당하는 때에는 이를 감면한다.