공급가액이 없을 때 공통매입세액은 어떻게 나누나요?

계약내용과 거래 사실 등이 불분명한 과·면세 겸영사업자의 공통매입세액 안분계산 사안이다.

사업자가 과・면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 따라 계산하는 것임.

귀 질의의 경우 계약내용 및 거래 사실 등이 불분명하나 공통매입세액 안분계산과 관련하여서는 기 질의회신사례(서면3팀-2826, 2006. 11. 16)를 참고바람.

【 서면3팀-2826, 2006.11.16 】

사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 함)은 부가가치세법 시행령 제61조 제1항의 규정에 의해 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 따라 계산하는 것이며,

다만, 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 공통매입세액 안분계산은 부가가치세법 시행령 제61조 제4항 각호의 순(다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용)에 의해 계산하는 것임.

이 경우에 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정 신고하는 때에 같은 법 시행령 제61조의 2의 규정에 따라 공통매입세액을 정산하는 것임.

질의

과·면세 겸영사업자의 공통매입세액 안분계산 방법.

회답

1. 면세사업 관련 매입세액은 실지귀속에 따르며, 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 부가가치세법 시행령 제61조 제1항에 따라 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율로 계산한다.

2. 해당 과세기간에 양 사업의 공급가액이 없거나 어느 한 사업의 공급가액이 없으면 같은 조 제4항 각호의 순서로 계산한다. 다만, 건물의 예정면적을 구분할 수 있으면 제3호를 우선 적용한다.

3. 공급가액 또는 사용면적이 확정되는 과세기간의 납부세액을 확정신고할 때 같은 법 시행령 제61조의 2에 따라 정산한다.

국세청 법령해석 서면인터넷방문상담3팀-47 (2008.01.08 회신), "공급가액이 없을 때 공통매입세액은 어떻게 나누나요?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000046812/