신축주택 취득자에 대한 양도소득세 특례의 적용범위 등

관련법령은 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있고, 동 특례규정은 입법 당시 침체된 주택건설경기의 활성화에 그 취지가 있으므로, 청구주장을 받아들이기 어려움

1. 처분개요

가. 청구인은 1988.4.7. OOO 토지 26.07㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하여 2002.4.17. 다세대주택(이하 “쟁점주택”이라 한다)을 신축하였으며, 2008.4.17. 쟁점주택 중 203호를 유OOO, 401호를 유재건에게 각각 양도하고 2008.5.23. 「조세특례제한법」제99조의3 에 의한 양도소득세 과세특례 규정을 적용하여 처분청에 2008년 귀속 양도소득과세표준 예정신고 및 농어촌특별세 OOO원을 자진납부하였다.

나. 처분청은 청구인의 신축주택 감면에 대한 양도소득세 신고에 대하여 「조세특례제한법」제99조의3 ( 신축 주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) 에 의한 감면 소득 중 종전토지의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지 의 양도소득금액은 감면대상이 아니라고 보아 2012.7.9. 청구인에게 2008년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다. 다 . 청구인은 이에 불복하여 2012.8.31. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 「조세특례제한법」제99조의 3 및 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정에 의하여, 양도소득세 감면세액 계산시 감면되는 양도소득금액은 분모와 분자가 취득당시의 기준시가임에도 불구하고 처분청에서는 분모는 종전주택의 기준시가, 분자는 신축주택 취득당시의 기준시가로 해석하여 산정하는 것은 법령에 정하지 아니한 사항을 유추해석하는 것으로 조세법률주의에 위배되며, 세법을 해석·적용할 때에는 과세의 형평과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다는 「국세기본법」제18조 제1항에 의한 세법해석의 원칙에 위배된다.

(2) 「조세특례제한법」제99조의 3 제1항에 신축주택 취득일로부터 5년이내에 양도하는 경우에는 100% 감면을 적용하도록 되어있기 때문에, 신축주택 취득일로부터 5년이 경과되기 전까지 양도하는 경우 「조세특례제한법시행령」 제40조 제1항에 열거된 산식 [분자 “취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가”]을 적용할 수 없고, 100% 감면 규정을 적용하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 「조세특례제한법시행령」제40조 제1항의 감면산식은 분모와 분자가 취득당시 기준시가 임에도 분모는 종전주택 기준시가, 분자는 취득당시 기준시가로 해석하여 산정하는 것은 조세법률주의에 위반한 유추해석이라는 주장에 대하여 살펴보면, 종전 국세청 예규가 과세특례 대상소득금액을 전체 양도소득금액으로 본다고 명확히 답변하지 않아 소급과세나 신의·성실의 원칙에 위배되지 않으며, “신축주택의 취득일로부터 5년내 양도한 양도소득금액만을 감면한다”는 법령에 따라 적정하게 신고납부한 납세자도 다수 있어, 이들과의 과세형평에 비추어 본 과세처분은 정당하다(조심 2012서121, 2012.2.23. 외 다수 같은 뜻임).

(2) 「조세특례제한법」제99조의3 제1항에 의거 신축주택취득일로부터 5년이내에 양도하는 경우에는 100% 감면 하도록 되어 있기 때문에, 「조세특례제한법 시행령」제40조 제1항의 산식을 적용할 수 없어 100% 감면이 적용되는지 여부에 대하여 살펴보면, 위 규정에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 신축주택의 취득일로부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 그 감면대상 양도소득금액은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 볼 수 없으며, 같은 법 제99조의3 제1항의 양도소득세 감면대상은 전체문언을 고려할 때, 신축주택을 취득하여 5년이내에 양도함으로써 발생하는 소득으로 한정하는 것이지 구주택을 취득한 때로부터 신축주택을 양도할때까지 전 기간에 발생한 소득으로 확대해석할 수 없으므로 신축주택 취득일로부터 계산하여 감면한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

종전토지 소유자가 재개발사업으로 신축주택을 취득하였다가 양도한 경우 종전토지의 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액이 「조세특례제한법」제99조의3 에 의한 양도소득세 과세특례의 적용대상인지 여부

나. 관련법령

(1) 조세특례제한법 제99조의 3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 「소득세법」 제89조 제1항 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

(2) 조세특례제한법 시행령 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

② 법 제99조의 3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다. 제40조【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】

① 법 제43조 제1항에서 “당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 「소득세법」 제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는 「법인세법」 제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. 양도소득금액 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 － 취득당시의 기준시가 × 양도당시의 기준시가 － 취득당시의 기준시가

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 종전토지의 취득일부터 신축주택 양도일까지 발생된 양도소득 전체에 대하여 양도소득세를 감면하여야 함에도 처분청이 양도 소득세 과세처분 과정에서 적용한 감면소득금액 산출방법은 분모와 분자의 취득시 기준시가를 각각 달리 해석하여 분자의 취득당시 기준시가는 신축주택 취득당시의 기준시가로, 분모의 취득당시 기준시가는 토지 취득 당시 기준시가로 적용한 것으로서 종전토지 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액에 대해 감면을 배제한 것이므로 법조문을 자의적으로 해석하여 납세자의 재산권을 침해한 것이어서 부당하다고 주장한다.

(2) 「조세특례제한법」제99조의3 소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 “ 신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있는 점, 같은 법 제99조의3 제1항에 의하면, 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액” 으로 규정하고 있어 명문상 종전토지의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함 되는 것으로 보기 어려운 점 등으로 볼 때 , 종전토지의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 「조세특례제한법」제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니하므 로 청구 주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다(조심 2010서2935., 2011.6.30. 같은 뜻).

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.