주식의 양도당시를 기준으로 대주주 요건충족 여부를 판단하여야 한다는 청구주장의 당부

「소득세법」제94조 제1항 제3호 가목

1) 및 같은 법 시행령 제157조 제4항 제1호는 주주가 “직전사업연도 종료일 현재 소유한 주식등의 합계액이 해당 법인의 주식등의 합계액에서 차지하는 비율이 100분의 1 이상인 경우” 당해 양도하는 주식에 대해서 양도소득세를 과세한다고 규정하고 있고, 직전사업연도 종료일을 기준으로 대주주 여부를 판단하도록 규정하고 있는 「소득세법 시행령」제157조 제4항이 모법의 위임의 한계를 벗어났다고 판단 받은바 없으므로 이 건 처분은 정당하다고 판단됨

1. 처분개요

가. 청구인은 2017.4.11. AAA로부터 BBB 주식회사(2001년 12월 경 코스피시장에 상장된 회사, 이하 “BBB”라 한다) 발행주식 400,000주를 OOO원(1주당 OOO원)에 장외거래로 취득하고, 2018.4.19. 14,000주를 배당받아 합계 414,000주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 보유하고 있다가, 2018.5.8.부터 2018.6.15.사이 장내거래로 쟁점주식 전부를 합계 OOO원(1주당 OOO원)에 매도하였는데, 양도 당시 BBB 총 발행주식OOO 대비 쟁점주식의 비율이 1/100 미만이므로 대주주에 해당하지 않는다고 보아 이에 대한 양도소득세 신고를 하지 아니하였다.

나. 처분청은 「소득세법 시행령」 제157조 제4항 제1호가 대주주의 해당여부를 직전사업연도 종료일 현재 소유한 주식을 기준으로 하고 있고, 2017.12.31. 기준 BBB 총 발행주식(31,265,881주) 대비 청구인 보유주식(400,000주)의 비율이 1/100 이상이므로 대주주에 해당한다고 보아 2021.7.8. 청구인에게 2018년 귀속 양도소득세 OOO원을 결정·고지(이하 “이 사건 처분”이라 한다)하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2021.9.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

「소득세법」제94조 및 같은 법 시행령 제157조의 입법취지를 고려할 때 납세자의 관여행위 없이 외부적인 요인, 즉 해당법인의 유상증자 등에 기인한 총 발행주식수의 증가로 인하여 납세자의 소유주식비율이 1/100에 미치지 못하게 된 경우에는 양도소득세를 과세할 수 없다고 보아야 한다.

(1) 「소득세법 시행령」제157조 제4항은 법인이나 주주에게 중대한 영향을 미칠만한 일정 규모 이상의 주식거래를 하는 이른바 대주주에게 양도소득세를 부과한다고 규정하고 있는데, 이는 상장주식을 이용한 변칙증여를 방지하고 부동산 등 다른 자산을 양도하는 경우와의 과세형평을 기하기 위한 것이고, 이 때 대주주에 해당하는지 여부는 지분율 또는 시가총액을 기준으로 판단하고 있다.

(2) 그러나 지분율을 기준으로 대주주를 판단하는 경우 분자인 보유자의 주식이 변동하는 경우도 있고, 분모인 해당법인의 주식이 변동하는 경우도 있는데, 「소득세법 시행령」제157조 제4항 제1호는 후자에 대해서는 별도로 규정하고 있지 않고 있는바, 결국 해석을 통하여 과세가능성을 판단하여야 한다.

(3) 이 건의 경우 BBB가 제3자 배정 유상증자를 함으로써 발행주식수가 증가하였고, 이로 인해 청구인의 지분율이 1% 이하로 하락한 것인데, 어떠한 법인이 차등감자를 실시함에 따라 주주의 지분율이 1% 이상이 된 경우(최대주주 및 특수관계자의 지분만을 5:1로 무상감자한 경우 감자이전 지분율이 0.2% 이던 일반주주는 차등감자 이후 지분율이 2.2%로 증가하게 됨) 일반주주가 대주주 지위를 취득한 것으로 보아 과세를 하고 있는 사정을 감안하면, 반대로 청구인과 무관하게 BBB의 제3자 배정 유상증자로 청구인의 지분율이 감소한 경우라면 대주주에 해당하지 않는다고 보는 것이 합리적인 해석이다.

(4) 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」제147조는 주주가 장내매수 등으로 상장법인이 발행한 주식을 5% 이상 보유하게 된 경우, 장내매도 등으로 지분율이 5% 미만으로 떨어진 경우에는 공시의무를 규정하고 있으나, 주주가 5% 이상의 주식을 보유하고 있다가 당해 상장법인의 발행주식 총수가 늘어나 주주의 지분율이 5% 미만이 되는 경우에는 주주에게 어떠한 공시의무도 부과하지 않고 있는 것을 보면 위와 같은 해석이 충분히 타당하다고 볼 수 있다.

(5) 과세형평성 측면에서 보더라도 위와 같은 해석이 타당하다고 할 수 있는데, 가령 어떤 주주가 2018년 초 BBB 주식 500,000주를 취득하여 보유하고 있다가 청구인과 같은 기간 전부 매도하였다고 가정할 때, 위와 같은 해석에 따르지 않는다면 쟁점주식(414,000주)을 보유한 청구인은 대주주인 반면 500,000주를 보유한 위 주주는 일반주주가 되는 모순이 발생한다.

(6) 마지막으로 대주주인지 여부에 대한 또 다른 판단기준인 시가총액기준의 경우 주가가 수시로 바뀌는 관계로 양도당시를 기준으로 대주주 여부를 판단하는 것이 기술적으로 매우 어렵고 실무적으로 감당하기 어려운 문제가 발생할 수 있으나, 지분율 기준의 경우 해당 법인의 주식수가 자주 변동하는 것도 아니고 발생시점 및 변동범위도 선명하게 특정되므로 위와 같은 해석을 하더라도 전혀 문제 없다.

나. 처분청 의견

「소득세법」제94조 제1항 제3호 가목 1)의 위임에 따른 같은 법 시행령 제157조 제4항 제1호는 직접 사업연도 종료일 현재를 기준으로 특정법인 발행주식의 1% 이상을 보유하고 있는 사람을 대주주로 규정하고 있고, 대주주 판단시점은 입법자의 정책목적에 따른 것으로 위임입법의 한계를 벗어났다고 볼 수 없는바(조심 2021서1195, 2021.5.18. 같은 뜻임), BBB의 2017사업연도 종료일 기준 청구인의 보유주식 비중이 1% 이상인 점이 확인되는 이상 청구인을 대주주로 보아 양도소득세를 과세한 이 사건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

주식의 양도당시를 기준으로 대주주 요건충족 여부를 판단하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 소득세법(2018.12.31. 법률 제16104호로 개정되기 전의 것) 제94조(양도소득의 범위)

① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식등의 양도로 발생하는 소득 가. 주권상장법인의 주식등으로서 다음의 어느 하나에 해당하는 주식등

1) 소유주식의 비율ㆍ시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주권상장법인의 대주주가 양도하는 주식등

2) 1)에 따른 대주주에 해당하지 아니하는 자가 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 증권시장(이하 “증권시장”이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 주식등. 다만, 「상법」 제360조의2 및 제360조의15에 따른 주식의 포괄적 교환ㆍ이전 또는 같은 법 제360조의5 및 제360조의22에 따른 주식의 포괄적 교환ㆍ이전에 대한 주식매수청구권 행사로 양도하는 주식등은 제외한다.

(2) 소득세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29523호로 개정되기 전의 것) 제157조(주권상장법인대주주의 범위 등)

④ 법 제94조 제1항 제3호 가목 1)에서 “대통령령으로 정하는 주권상장법인의 대주주”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 장 및 제225조의2에서 “주권상장법인대주주”라 한다)를 말한다.

1. 주식등을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(이하 이 장에서 “주주 1인”이라 한다) 및 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 그와 다음 각 목의 구분에 따른 자(이하 이 장에서 “기타주주”라 한다)가 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 소유한 주식등의 합계액이 해당 법인의 주식등의 합계액에서 차지하는 비율(이하 이 장에서 “소유주식의 비율”이라 한다)이 100분의 1 이상인 경우 해당 주주 1인 및 기타주주. 이 경우 직전사업연도 종료일 현재 100분의 1에 미달하였으나 그 후 주식등을 취득함으로써 소유주식의 비율이 100분의 1 이상이 되는 때에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타주주를 포함한다.

가. 주주 1인 및 그와 「법인세법 시행령」 제43조 제8항 제1호에 따른 특수관계에 있는 자(이하 이 조에서 “주주 1인등”이라 한다)의 소유주식 비율의 합계가 해당 법인의 주주 1인등 중에서 최대인 경우 : 다음의 어느 하나에 해당하는 자

1) 「국세기본법 시행령」 제1조의2 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자

2) 「국세기본법 시행령」 제1조의2 제3항 제1호에 해당하는 자 나. 주주 1인등의 소유주식 비율의 합계가 해당 법인의 주주 1인등 중에서 최대가 아닌 경우 : 다음의 어느 하나에 해당하는 자

1) 직계존비속

2) 「국세기본법 시행령」 제1조의2 제1항 제3호에 해당하는 자

3) 「국세기본법 시행령」 제1조의2 제3항 제1호에 해당하는 자

2. 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 기타주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식등의 시가총액이 다음 각 목의 구분에 따른 금액 이상인 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주 가. 2018년 3월 31일까지 주식등을 양도하는 경우 : 25억원 나. 2018년 4월 1일부터 2020년 3월 31일까지의 기간 동안 주식등을 양도하는 경우 : 15억원 다. 2020년 4월 1일부터 2021년 3월 31일까지의 기간 동안 주식등을 양도하는 경우 : 10억원 라. 2021년 4월 1일 이후 주식등을 양도하는 경우 : 3억원

⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정에 따른 시가총액을 계산할 때 시가는 다음 각 호의 금액에 따른다.

1. 주권상장법인의 주식등의 경우에는 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재의 최종시세가액. 다만, 직전사업연도 종료일 현재의 최종시세가액이 없는 경우에는 직전거래일의 최종시세가액에 따른다.

2. 제1호 외의 주식등의 경우에는 제165조 제4항에 따른 평가액

(3) 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제147조(주식등의 대량보유 등의 보고)

① 주권상장법인의 주식등(제234조제1항에 따른 상장지수집합투자기구인 투자회사의 주식은 제외한다. 이하 이 절에서 같다)을 대량보유(본인과 그 특별관계자가 보유하게 되는 주식등의 수의 합계가 그 주식등의 총수의 100분의 5 이상인 경우를 말한다)하게 된 자는 그 날부터 5일(대통령령으로 정하는 날은 산입하지 아니한다. 이하 이 절에서 같다) 이내에 그 보유상황, 보유 목적(발행인의 경영권에 영향을 주기 위한 목적 여부를 말한다), 그 보유 주식등에 관한 주요계약내용, 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 금융위원회와 거래소에 보고하여야 하며, 그 보유 주식등의 수의 합계가 그 주식등의 총수의 100분의 1 이상 변동된 경우(그 보유 주식등의 수가 변동되지 아니한 경우, 그 밖에 대통령령으로 정하는 경우를 제외한다)에는 그 변동된 날부터 5일 이내에 그 변동내용을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 금융위원회와 거래소에 보고하여야 한다. 이 경우 그 보유 목적이 발행인의 경영권에 영향을 주기 위한 것(임원의 선임ㆍ해임 또는 직무의 정지, 이사회 등 회사의 기관과 관련된 정관의 변경 등 대통령령으로 정하는 것을 말한다)이 아닌 경우와 전문투자자 중 대통령령으로 정하는 자의 경우에는 그 보고내용 및 보고시기 등을 대통령령으로 달리 정할 수 있다.

② 제1항에 따른 주식등의 수 및 주식등의 총수는 총리령으로 정하는 방법에 따라 산정한 수로 한다.

③ 제1항에 따라 주식등의 대량보유상황ㆍ보유 목적 또는 그 변동내용을 보고하는 날 전일까지 새로 변동내용을 보고하여야 할 사유가 발생한 경우 새로 보고하여야 하는 변동내용은 당초의 대량보유상황, 보유 목적 또는 그 변동내용을 보고할 때 이를 함께 보고하여야 한다.

④ 제1항에 따라 보고한 자는 그 보유 목적이나 그 보유 주식등에 관한 주요계약내용 등 대통령령으로 정하는 중요한 사항의 변경이 있는 경우에는 5일 이내에 금융위원회와 거래소에 보고하여야 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) BBB의 감사보고서 및 주식등변동상황명세서, 청구인의 BBB 주식매매내역 등의 심리자료를 종합하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) BBB는 OOO “CCC 주식회사”로 설립된 후 소재사업, 부품사업, 조명사업, 바이오사업, 기타사업 총 5개의 사업을 영위하고 있는 법인으로 1997년 9월 경 OOO에 상장되었다가 2001년 12월 경 OOO에 이전상장되었고, 2000년 6월 경 “주식회사 DDD”로, 2021년 3월경 현재의 상호로 변경되었다. (나) BBB 및 청구인의 주식수 변동내역에 따르면 청구인의 BBB 주식 보유지분율은 2017.12.31. 기준 1.28%였다가, 청구법인의 출자전환 및 유상증자 등으로 발행주식 수가 증가하면서 2018.4.17. 기준 0.83%로 감소하였고, 청구인이 쟁점주식을 양도할 당시는 0.8%였다. ＜표＞ BBB 총발행주식 및 청구인 보유주식 OOO

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴보건대, 청구인은 제3자 배정 유상증자 등으로 법인의 총발행주식 수가 증가함에 따라 보유지분율이 감소한 경우에는 양도당시를 기준으로 대주주 여부를 판단하여 양도소득세를 과세하여야 한다고 주장하나, 「소득세법」제94조 제1항 제3호 가목

1) 및 같은 법 시행령 제157조 제4항 제1호는 주주가 “직전사업연도 종료일 현재 소유한 주식등의 합계액이 해당 법인의 주식등의 합계액에서 차지하는 비율이 100분의 1 이상인 경우” 당해 양도하는 주식에 대해서 양도소득세를 과세한다고 규정하고 있고, 위 조항들의 입법목적이 부동산 등 다른 자산을 양도하는 경우와의 과세형평을 도모함과 아울러 상장주식 등을 이용한 변칙증여를 방지하려는 데 있다(대법원 2015.1.15. 선고 2014두12116 판결 같은 뜻임)는 점을 고려해 보면, 주권상장법인의 주식 등의 양도에 따른 소득의 발생에도 불구하고 일정한 경우 그 양도소득세 과세대상에서 제외하고 있는 위 조항들은 그 입법 취지와 내용에 비추어 양도소득세의 비과세 혹은 감면 요건을 규정한 특혜규정이라 할 것이어서 그 범위의 해당 여부에 관한 판정은 조세공평의 원칙에 입각하여 엄격히 이루어져야 할 것인바, 직전사업연도 종료일을 기준으로 대주주 여부를 판단하도록 규정하고 있는 「소득세법 시행령」제157조 제4항이 모법의 위임의 한계를 벗어났다고 판단받은 바 없고, 위 조항이 제3자 유상증자 등으로 보유비율이 감소한 경우에 대해서만 양도 당시를 기준으로 대주주 여부를 따져 양도소득세를 과세하여야 한다는 취지라고 해석하기 어려우므로 청구인을 BBB의 대주주에 해당한다고 보아 쟁점주식의 양도에 대하여 양도소득세를 과세한 이 사건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.