종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 이전까지의 양도소득이 조세특례제한법 제99조의3 에서 규정한 감면대상에 해당하는지 여부

종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 이전까지의 양도소득은 조세특례제한법 제99조의3 에서 규정한 감면대상에 해당한다고 보기 어려움

1. 처분개요

가. 청구인은 1992.3.16. OOO(이하 “구주택”이라 한다)를 취득하여 재건축 조합에 출자하고, 2004.12.14. 사용승인된 OOO(이하 “신축주택”이라 한다)를 분양받아 보유하다가 2007.3.27. 양도한 후 양도소득세 OOO원을 납부하였다가, 2008.7.2. 「조세특례제한법」제99조 3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례) 규정을 적용하여 신고납부한 양도소득세 100분의 100을 감면하는 내용의 경정청구를 제기하였다.

나. 처분청은 2008.10.2. 청구인의 경정청구를 받아들여 신고납부한 양도소득세 100분의 100을 감면하는 것으로 경정하고 농어촌특별세 OOO원을 차감한 금액을 청구인에게 환급하였다가, 2013.4.12. 「조세특례제한법」제99조의3 규정을 적용함에 있어서 구주택의 취득일로부터 신축주택 취득일까지의 양도소득금액은 감면대상에 해당하지 않는다고 보아 청구인에게 납부불성실가산세 OOO원을 포함한 2007년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2013.7.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 「조세특례제한법 시행령」제40조 제1항의 양도소득세 감면 산식에서 분모와 분자에 동일하게 “취득당시의 기준시가”라고 규정되어 있고, 여기에서 말하는 “취득 당시의 기준시가”라 함은 신축주택의 신축 당시 기준시가를 말한다고 할 것임에도 처분청이 분자에 있어서는 신축주택의 신축 당시 기준시가를 적용하고 분모에 있어서는 신축주택의 신축 당시 기준시가가 아니라 구주택의 기준시가를 적용하여 구주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지 발생한 양도소득을 감면소득에서 제외하는 것은 법리의 오해 및 법리 적용의 오류가 있어 위법·부당하고 비과세 관행이 성립되어 있으므로 취소되어야 한다.

(2) 처분청은 2008.10.2. 청구인의 경정청구를 받아들여 신고납부한 양도소득세 100분의 100을 감면하는 것으로 경정하고 농어촌특별세 OOO원을 차감한 금액을 청구인에게 환급하였다가, 구주택의 취득일로부터 신축주택 취득일까지의 양도소득금액은 감면대상에 해당하지 않는다고 보아 청구인에게 납부불성실가산세 OOO 원을 경정고지하였는 바, 설령, 처분청의 이 건 양도소득세 과세가 정당하다고 하더라도 청구인은 2008.10.2. 경정처분으로서 양도소득세 100% 감면을 신뢰할 수 밖에 없어 납부의무를 이행하지 아니한 정당한 사유가 성립되었으므로 「국세기본법」제48조 제1항에 따라 이 건 납부불성실가산세는 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 「조세특례제한법」제99조 제1항의 규정은 신규주택의 수요를 촉진하여 주택건설경기를 부양하고자 도입된 것으로 신축주택을 취득 후 양도 당시 신축주택의 보유기간 중에 발생한 양도소득을 감면하는 조항일 뿐 당초부터 보유하던 구주택에서 발생한 양도소득까지 감면 하는 것은 아니므로 「조세특례제한법 시행령」제40조 제1항의 산식에서 분모의 “취득당시의 기준시가”는 양도자산 전체의 기준시가 변동 내용이 반영되어야 하는 바, 구주택의 최초 취득 당시 기준시가로 해석하는 것이 타당하다.

(2) 「조세특례제한법」제99조 제1항은 신축주택을 취득 후 양도시 신축주택의 보유기간 중에 발생한 양도소득세를 감면해주는 조항이므로 처분청이 당초부터 보유하던 구주택에서 발생한 양도소득은 감면소득에 해당되지 않는다고 보아 납부불성실가산세를 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 「조세특례제한법」제99조의3 규정에 의한 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세는 구주택 취득일부터 신축주택 양도일까지의 양도소득 전부에 대하여 감면하여야 한다는 청구주장의 당부

② 이 건 납부불성실가산세를 과세한 처분의 당부 나. 관계법령

(1) 국세기본법 제48조(가산세 감면 등)

① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

(2) 조세특례제한법 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】( 2001.8.14. 법률 제6501호로 개정된 것)

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고급주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간 내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

(3) 조세특례제한법 시행령 제40조 【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】

① 법 제43조 제1항에서 “당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 「소득세법」 제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는 「법인세법」 제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. ┌ 취득일부터 5년이 ┐－┌ 취득당시의 ┐ └ 되는 날의 기준시가 ┘ └ 기준시가 ┘ 양도소득금액 × ───────────────────── ┌ 양도당시의 ┐ － ┌ 취득당시의 ┐ └ 기준시가 ┘ └ 기준시가 ┘ 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

② 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 조사서 등 심리자료에 의하면, 청구인은 1992.3.16. 구주택를 취득하여 재건축 조합에 출자하고, 2004.12.14. 사용승인된 신축주택를 분양받아 보유하다가 2007.3.27. 양도하고 양도소득세 OOO원을 납부하였다가, 2008.7.2. 양도소득세 100분의 100을 감면하는 내용의 경정청구를 제기하였으며, 이에 대하여 처분청은 2008.10.2. 청구인의 경정청구를 받아들여 신고납부한 양도소득세 100분의 100을 감면하는 것으로 경정하고 농어촌특별세 OOO원을 차감한 금액을 청구인에게 환급하였다가, 2013.4.12. 청구인에게 납부불성실가산세 OOO원을 포함한 2007년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정고지한 사실이 확인된다.

(2) 쟁점①에 대하여 본다. 구주택을 취득하여 보유하다가 주택재건축사업에 따라 신축주택을 취득하여 이를 양도한 경우, 「조세특례제한법」제99조의3 에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 그 감면대상은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액인 바, 구주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은「조세특례제한 법」제99조의3에 따른 감면대상 양도소득에 해당하지 아니하는 것이고, 「조세특례제한법 시행령」제99조의3 제2항은 「조세특례제한법」제99조의3 에서 규정하고 있는 양도소득세 감면대상소득인 ‘당해 신축주 택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 명시하고 있는 바, 「조세특례제한법 시행령」제40조 에서 규정하고 있는 산식에 있어 취득당시의 기준시가 중 분자에 적용되는 기준시가는 ‘신축주택의 취 득당시 기준시가’이고, 분모에 적용되는 기준시가는 ‘구주택의 취득당시 기준시가’를 말하는 것이라 할 것이므로(조심 2011서1349, 2011.6.30. 같은 뜻임), 구주택 취득일부터 신축주택 양도일까지의 양도소득 전부에 대하여 감면하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(3) 쟁점②에 대하여 본다. 청구인은 이 건 양도소득세 납부의무를 이행하지 아니한 정당한 사유가 있어 납부불성실가산세는 취소되어야 한다고 주장하나, 「조세특례제한법」제99조의3 제1항은 신축주택을 취득 후 양도시 신축주택의 보유기간 중에 발생한 양도소득세를 감면해주는 조항으로서 이 건 양도소득세는 구주택에서 발생한 양도소득은 감면소득에 해당되지 않는다고 보아 정당하게 과세한 것이고, 납부불성실가산세는 지연이자의 성격도 있으므로 처분청이 납부불성실가산세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.