「조세특례제한법」 제97조 에 따른 장기임대주택에 대한 양도소득세 감면규정 적용시 공동소유 여부와 상관없이 주택 전체 호수를 기준으로 하여야 한다는 청구주장의 당부

임대주택호수 계산 방법을 명확화하기 위하여 2019.2.12. 대통령령 제29527호로 조특법 시행령 제97조 제1항을 개정하여 감면대상자인 ‘임대주택을 5호 이상 임대하는 거주자’의 5호 이상 임대주택에 대한 계산시 임대주택을 여러 사람이 공동으로 소유한 경우에는 공동으로 소유하고 있는 임대주택의 호수에 지분비율을 곱하여 호수를 산정하도록 하였고 동 개정 시행령 부칙 제14조에서 ‘제97조 제1항의 개정규정은 이 영 시행 이후 결정ㆍ경정하는 분부터 적용한다’고 규정한 점 등에 비추어 처분청이 장기임대주택에 대한 양도소득세 감면을 배제하여 청구인들에게 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨

1. 처분개요

가. 청구인 AAA 및 청구인 BBB(이하 “청구인들”이라 한다)은 1997.9.22. CCC 외 4인과 공동으로 OOO 지상에 OOO 아파트 46세대(이하 “쟁점주택”이라 한다)을 신축하고 임대주택으로 등록하여 장기임대하다가 2020.7.6. 이를 OOO원에 양도한 후 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제97조의 장기임대주택에 대한 양도소득세 감면 규정을 적용하여 2020년 귀속 양도소득세(납부세액 0원)를 아래와 같이 신고하였다.(단위 : %, 백만원)OOO나. 처분청은 2021.7.12.~2021.7.31. 청구인들에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과, 장기임대주택 공동소유자의 감면대상 임대주택은조특법 시행령 제97조제1항(이하 “쟁점규정”이라 한다)에 따라 임대주택 호수에 지분비율을 곱하여 계산된 호수가 5호 이상이어야 함에도 청구인들의 지분별 임대주택 호수가 각 5호 미만이어서 장기임대주택에 대한 양도소득세 감면요건을 충족하지 못한 것으로 보아 2021.9.6. 청구인들에게 2020년 귀속 양도소득세 OOO원(AAA OOO원, BBB OOO원)을 경정.고지하였다.

다. 청구인들은 이에 불복하여 2021.10.27. 심판청구를 각 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

가. 청구인들 주장

공동소유 임대주택의 경우 공동사업자 각자의 권리는 임대주택 전부에 미치는 것이어서 공동사업자 각자는 그 지분비율에 무관하게 임대주택 전부를 임대한 것으로 볼 수 있으므로 청구인들은 46채를 임대한 것이다.

(1)조특법 시행령 제97조의 수인이 공동으로 주택임대사업을 영위한 경우 임대주택의 호수의 판단과 관련하여, 대법원은 “여러 사람이 공동으로 소유하는 주택을 임대하여 공동사업을 영위하는 경우에는 이 사건 특례조항에서 임대주택의 호수를 계산할 때 특별한 사정이 없는 한 공동소유자 각자가 그 임대주택을 임대한 것으로 보아야 한다. 여러 사람이 공동으로 소유하는 주택을 임대하여 공동사업을 영위하는 경우 그 임대주택은 민법상 조합을 이루는 공동사업자의 합유에 속하고, 공동사업자 각자의 권리는 임대주택 전부에 미친다. 따라서 공동사업자 각자는 그 지분비율과 무관하게 조합체를 통하여 임대주택 전부를 임대한 것으로 볼 수 있다고 판시(대법원 2017.8.18. 선고 2014두42254 판결)하였고, 이후 2019.2.12.조특법 시행령 제97조제1항의 개정(대통령령 제29527호)으로 후단에 ‘임대주택을 여러 사람이 공동으로 소유한 경우에는 공동으로 소유하고 있는 임대주택의 호수에 지분비율을 곱하여 호수를 산정한다’고 규정하면서 그 시행시기를 2019.2.12. 이후 결정ㆍ경정하는 분부터 적용하도록 하였다.

(2) 대법원의 판례는 사실상 법률과 동일한 효력이 있는 것에 비해 법률의 규정을 시행하기 위하여 본법을 부연ㆍ보충하는 집행명령 또는 법률의 개별위임을 받아 규정하는 위임명령인 시행령은 법률에 구속되는 하위 법원에 불과한바, 그렇다면, 비록 시행령이 개정된 이후인 2020.7.6. 청구인들이 쟁점주택을 양도하였더라도 시행령 보다 상위의 법원성을 가진 위 대법원 판례를 신뢰하고 양도소득세 감면을 적용하여 이를 신고한 것은 정당하다.

(3) 쟁점규정의 개정 행위는 납세자의 재산권을 보호하고자 한 대법원 판례를 뒤집고, 시행령과 그 부칙 개정만으로 과세권을 강화하고자 한 것으로 볼 수밖에 없어 위법하며,수인이 공동으로 주택을 소유하고 있는 경우 양도소득세 계산 시 중과세 판단과 감면에 따른 임대주택 수의 계산이 동일하게 적용되지 아니하고, 쟁점규정의 개정 전·후 같은 조건의 양도에 따른 세액감면혜택이 달라 조세평등주의에 반하며,또한, 세법을 신뢰하고 해당 법률에 근거하여 임대사업을 개시한 임대사업자에게 쟁점규정의 개정은 납세자의 법적 안정성 및 예측가능성을 심각하게 침해하게 되어 사실상의 소급과세에 해당한다.

나. 처분청 의견

청구인들이 공동으로 소유하고 있는 쟁점주택의 임대호수가 쟁점규정의 감면요건인 5호 이상을 충족하지 못한 것으로 보아 과세한 것이므로 적법하다.

(1) 기획재정부는 ‘임대주택 수의 계산방법은 임대주택 호수에 지분비율을 곱하여 산정한다’, ‘임대주택을 지분형태로 소유하는 공동사업자의 경우에는 임대주택의 호수에 지분비율을 곱하여 5호 이상인 경우 해당 감면규정이 적용된다’고 각 질의회신(OOO, 2006.7.3. 및 OOO, 2018.6.18.)하였고, 대법원이 조특법령에 임대주택 수의 산정하는 방법에 관한 규정이 없어 위법하다고 판결(대법원 2017.8.18. 선고 2014두42254 판결)함에 따라 이를 입법화하여 조특법 시행령에 그 방법을 명확히 규정하였다.

(2) 또한 2019.2.12. 법률 29527호로 쟁점규정이 개정된 이후 대법원 등에서 쟁점규정이 위헌·위법하다는 판단이 없었다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

「조세특례제한법」 제97조에 따른 장기임대주택에 대한 양도소득세 감면규정 적용시 공동소유 여부와 상관없이 주택 전체 호수를 기준으로 하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법제97조(장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면)

① 대통령령으로 정하는 거주자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 국민주택(이에 딸린 해당 건물 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다)을 2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 그 주택(이하 “임대주택”이라 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 「민간임대주택에 관한 특별법」 또는 「공공주택 특별법」에 따른 건설임대주택 중 5년 이상 임대한 임대주택과 같은 법에 따른 매입임대주택 중 1995년 1월 1일 이후 취득 및 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 임대주택(취득 당시 입주된 사실이 없는 주택만 해당한다) 및 10년 이상 임대한 임대주택의 경우에는 양도소득세를 면제한다.1.1986년 1월 1일부터 2000년 12월 31일까지의 기간 중 신축된 주택2.1985년 12월 31일 이전에 신축된 공동주택으로서 1986년 1월 1일 현재 입주된 사실이 없는 주택②「소득세법」 제89조제1항 제3호를 적용할 때 임대주택은 그 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

③ 제1항에 따라 양도소득세를 감면받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 주택임대에 관한 사항을 신고하고 세액의 감면신청을 하여야 한다.

④ 제1항에 따른 임대주택에 대한 임대기간의 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 조세특례제한법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29527호로 개정되기 전의 것)제97조(장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면)

① 법 제97조 제1항 각 호 외의 부분 본문에서 “대통령령으로 정하는 거주자”란 임대주택을 5호 이상 임대하는 거주자를 말한다

(3) 조세특례제한법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29527호로 개정된 것)제97조(장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면)

① 법 제97조 제1항 각 호 외의 부분 본문에서 “대통령령으로 정하는 거주자”란 임대주택을 5호 이상 임대하는 거주자를 말한다. 이 경우 임대주택을 여러 사람이 공동으로 소유한 경우에는 공동으로 소유하고 있는 임대주택의 호수에 지분비율을 곱하여 호수를 산정한다.부 칙 (2019.2.12. 대통령령 제29527호)제2조(일반적 적용례)

③ 이 영 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 영 시행 이후 양도하는 분부터 적용한다.제14조(장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면에 관한 적용례) 제97조 제1항의 개정규정은 이 영 시행 이후 결정ㆍ경정하는 분부터 적용한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인들은 CCC 외 3인과 1997.9.22. 쟁점주택을 공동으로 신축하고 임대사업자등록(1995.4.4. 주택임대업 등록 및 1997.10.2. 부동산/공동주택임대로 사업자등록)하여 장기임대하다가 2020.7.6. 총양도가액 OOO원(청구인들 지분 양도가액 OOO원)에 OOO에 양도한 후 장기임대주택에 대한 양도소득세 감면규정을 적용하여 양도소득세를 신고하였다.

(2) 처분청은 쟁점규정에 따라 청구인들의 임대주택 수를 청구인 AAA은 1.2호(전체 46호×2.7%), 청구인 BBB은 2.2호(전체 46호×4.8%)로 계산한 후 그 임대주택 수가 감면요건인 주택 5호 이상에 미달하자 장기임대주택에 대한 감면요건을 충족하지 못한 것으로 보아 청구인들에게 이 건 양도소득세를 과세하였다.

(3) 한편, 2019.2.12.조특법 시행령 제97조제1항 후단 신설과 관련한 2019년 간추린개정세법(기획재정부 발간)에 의하면 쟁점규정의 개정취지를 ‘납세자 혼란방지를 위한 임대주택호수 계산 방법의 명확화’라고 기재되어 있다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인들은 공동소유 임대주택에 대한 공동사업자의 권리는 임대주택 전부에 미치는 것이어서 공동사업자 각자는 그 지분비율에 무관하게 임대주택 전부를 임대한 것으로 보아야 한다고 주장하나, 조세법규는 특별한 사정이 없는 한 확장해석과 유추해석은 허용되지 않고 법문대로 해석되어야 하는 점, 임대주택호수 계산방법을 명확화하기 위하여 2019.2.12. 대통령령 제29527호로조특법 시행령 제97조제1항을 개정하여 감면대상자인 ‘임대주택을 5호 이상 임대하는 거주자’의 5호 이상 임대주택에 대한 계산시 임대주택을 여러 사람이 공동으로 소유한 경우에는 공동으로 소유하고 있는 임대주택의 호수에 지분비율을 곱하여 호수를 산정하도록 하였고 동 개정 시행령 부칙 제14조에서 ‘제97조 제1항의 개정규정은 이 영 시행 이후 결정ㆍ경정하는 분부터 적용한다’고 규정한 점, 쟁점규정에 대하여 대법원 등이 위헌.위법이라고 판결하지 아니한 점 등에 비추어 청구인들은 쟁점규정상의 임대주택을 5호 이상 임대하는 거주자에 해당하지 아니하므로 처분청이 장기임대주택에 대한 양도소득세 감면을 배제하여 청구인들에게 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.