신축주택 취득자에 대한 양도소득세 특례의 적용범위

관련법령은 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있고, 동 특례규정은 입법 당시 침체된 주택건설경기의 활성화에 그 취지가 있으므로, 청구주장을 받아들이기 어려움

1. 처분개요

가.청구인은 1998.8.5. 취득한 OOO 404-5(이하 ‘종전주택’이라 한다)이 1999.9.27. 재건축사업계획이 승인되어 재건축됨에 따라 2002.5.31. OOO아파트 108동 1601호(이하 ‘쟁점신축주택’이라 한다)를 대체취득하였다가 2006.4.27. 쟁점신축주택을 양도한 후, 2006.6.27. 처분청에 양도소득세 과세표준 예정신고시 양도가액 OOO원, 취득가액 OOO원, 양도차익 OOO원으로 하고,「조세특례제한법」제99조의 3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례) 규정을 적용하여 산출세액 전액을 감면신고하였다.

나. 처분청은 OOO지방국세청장의「조세특례제한법」제99조의3의 감면적용 대상주택에 관한 특정감사지시에 의해 쟁점신축주택 양도에 대하여 조사한 결과, 종전주택 취득일(1998.8.5.)부터 신축주택사용승인일 전일(2002.5.30.)까지의 양도소득금액에 대한 감면적용을 배제하여 2012.5.9. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.6. 이의신청을 거쳐 2012.10.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

처분청은「조세특례제한법」제99조의3신축주택 감면과 관련한 종전 예규(서면4팀-320, 2006.2.17.)에 의해 종전주택 취득일부터 신축주택 양도일까지의 양도소득금액 전체를 감면대상으로 인정하여 오다가 2009.1.20. 생산한 재산세과-227(종전주택 기준시가와 신축주택의 기준시가를 적용하는 것임)에 의해 신축주택 취득일부터 신축주택 양도일 까지의 양도소득금액에 대하여만 감면적용하고, 종전주택 취득일부터 신축주택 준공일 전일까지의 양도소득금액에 대하여 감면적용을 부인한 것은 소급과세금지원칙·신의성실원칙에 위배되고,「조세특례제한법」 제99조의3규정에는 준공 후 5년 이내 양도시와 5년 이후 양도를 구분하도록 되어 있으므로 청구인과 같이 신축주택취득일로부터 5년이내 양도하는 경우 전체 양도소득이 감면되는 것으로 해석해야 조세법규 엄격해석의 원칙에 합당하며, 청산금을 납부한 신축주택의 경우 신축주택 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 계산할 때에는「소득세법 시행령」 제166조제2항 제1호에 따른 양도차익으로 계산한 양도소득금액을 적용하여야 하므로「조세특례제한법」 시행령 제40조제1항에 대해 분모의 “취득당시 기준시가”에는 신축주택 취득당시 기준시가를 적용하여 감면대상 양도소득금액을 산정하여야 한다.

나. 처분청 의견

「조세특례제한법」 제99조의3제1항에서 신축주택의 취득일부터 5년이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 양도소득세의 100분의 100을 감면하도록 규정하였는바, 재건축사업으로 인하여 조합원이 조합용 주택을 취득하는 경우 사용승인일이 취득일이 되는 것이므로, 양도소득세의 감면대상이 되는 취득일로부터 5년 이내에 발생하는 소득이라 함은 신축주택의 취득일로부터 양도시까지 발생하는 소득을 의미하는 것이고, 기준시가를 기준으로 하여 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 비율을 계산하도록 규정한「조세특례제한법 시행령」 제40조제1항의 산식에 따른 이 건 과세처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

「조세특례제한법」제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】적용시 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액도 감면적용대상인지 여부

나. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점신축주택 감면세액계산 적정여부 검토서 및 처분청 결의서 등 이 건 심리자료에 의하면, 청구인은 1998.8.5. 취득한 종전주택이 1999.9.27. 재건축사업계획이 승인되어 재건축됨에 따라 2002.5.31. 쟁점신축주택을 대체취득하였다가 2006.4.27. 양도한 후, 2006.6.27. 처분청에 양도소득세 과세표준 예정신고시 양도가액 OOO원, 취득가액 OOO원, 양도차익 OOO원으로 하고,「조세특례제한법」제99조3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례) 규정을 적용하여 산출세액 전액을 감면신고하였는데, 처분청은 종전주택 취득일(1998.8.5.)부터 쟁점신축주택 사용승인일 전일(2002.5.30.)까지의 양도소득금액에 대한 감면적용을 배제하여 청구인에게 이 건 양도소득세를 부과한 것으로 나타난다.

(2)「조세특례제한법」제99조의3제1항에서 ‘거주자가 자기가 건설한신축주택(주택조합 또는 재개발조합원이 취득하는 주택 포함)을취득하여 그 취득일로부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 양도 소득세 과세대상소득금액에서 해당 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 차감한다’고 하면서제4항에서는 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정하도록 규정하고, 이를 위임받은 같은 법 시행령 제99조의3 제2항에서는 ‘신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도 소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다’고 규정하고 있다.

(3) 청구인은 처분청이 종전예규에 의해 종전주택 취득일부터 신축주택 양도일까지의 양도소득금액 전체를 감면대상으로 인정하여 오다가 2009.1.20. 생산한 예규에 의해 신축주택 취득일부터 신축주택 양도일까지의 양도소득금액에 대하여만 감면적용하고, 종전주택 취득일부터 신축주택 준공일 전일까지의 양도소득금액에 대하여 감면적용을 부인한 것은 소급과세금지원칙·신의성실원칙에 위배되고,「조세특례제한법」 제99조의3규정에는 준공 후 5년 이내 양도시와 5년 이후 양도를 구분하도록 되어 있으므로 청구인과 같이 쟁점신축주택취득일로부터 5년 이내 양도하는 경우 전체 양도소득이 감면되는 것으로 해석해야 조세법규 엄격해석의 원칙에 합당하며, 청산금을 납부한 신축주택의 경우 신축주택 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 계산할 때에는「소득세법 시행령」 제166조제2항 제1호에 따른 양도차익으로 계산한 양도소득금액을 적용하여야 하므로「조세특례제한법」 시행령 제40조제1항에 대해 분모의 “취득당시 기준시가”에는 신축주택 취득당시 기준시가를 적용하여 감면대상 양도소득금액을 산정하여야 한다고 주장하나,「조세특례제한법」제99조의3소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있는 점,「조세특례제한법」제99조의3제1항에 의하면,신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점 등으로 볼 때, 종전 단독주택의 취득일로부터 쟁점신축주택의 취득일 전일까지의

양도소득금액은「조세특례제한법」제99조의3규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니하고(조심 2012중964, 2012.4.17.외 다수 참조),「조세특례제한법 시행령」제99조의3제2항은「조세특례제한법」제99조의3에서 규정하고 있는 양도소득세 감면대상소득인 ‘당해신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’은 같은 법 시행령제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 명시하고 있고, 그 산식에 있어 취득당시의 기준시가 중 분자에 적용되는 기준시가는 ‘신축주택의 취득당시 기준시가’이고, 분모에 적용되는 기준시가는 ‘구주택의 취득당시 기준시가’를 말하는 것이므로 청구주장을 받아들이지 아니한 처분청의 이 건 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2010중2363, 2011.4.19.외 다수 참조).

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.