세금계산서를 발급받지 못한 경우 매입세액 공제 가능여부

청구인은 쟁점금액에 대한 매입세금계산서를 발급받지 못하였고, 청구인은 공급시기로부터 3개월이 경과하여 매입자발행세금계산서 발급용 거래사실확인 신청서를 접수한 점, 청구인은 쟁점부동산을 취득하여 임대하던 2~3층을 직접 사용한 것 외에 사업을 포괄적으로 양수하여 재화의 공급으로 보지 아니하는 사업의 양도에 해당하는 점 등에 비추어 이 건 처분은 잘못이 없음

1. 처분개요

가. 청구인은 2014.4.15. 전소유자인 하OOO(이하 “전소유자”라 한다)로부터 경기도 OOO를 총매매대금 OOO에 취득한 후 같은 날 소유권이전 등기를 하였으나, 세금계산서 등을 수취하지 아니하여2014년 제1기 확정부가가치세 신고시 이를 신고하지 아니하였다.한편, 전소유자는 2014.5.26. 쟁점부동산 중 상가부분에 대하여 공급가액 OOO의 매출세금계산서를 발급한 것으로 하여 2014년 제1기 확정 부가가치세를 신고하였다.

나. 청구인은 2014.7.16. 매입자발행세금계산서 발급용 거래사실확인신청서를 접수하였으며, 이에 대하여 처분청 담당공무원이 쟁점부동산 취득일로부터 3개월이 경과하였다고 구두로 통보하자 2014.9.2. 쟁점부동산의 취득에 대하여 전소유자의 부가가치세 신고내용에 따라 쟁점금액을 매출세액에서 공제되는 매입세액으로 하여 2014년 제1기 부가가치세 OOO의 환급을 요구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 청구인이 쟁점금액에 대한 세금계산서를 발급받지 아니하여 매입세액공제대상이 아니라고 보아 2014.11.4. 경정청구를 거부통지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2015.1.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 쟁점부동산을 취득한 후 전소유자의 아들이자 대리인 하OOO에게 근린생활시설(상가부분)에 대한 세금계산서 발급을 수차례 요구하던 중 2014.5.21. 전소유자의 세무대리인 OOO에서 세금계산서를 발급하려고 하니 사업자등록증 사본을 전송(FAX)하라고 하여 보내주었음에도 차일 피일 미루고 세금계산서를 발급해 주지 않았다.

(2) 청구인은 2014.7.16. 매입자발행세금계산서 발급용 거래사실확인신청서를 접수하였고, 2014.9.1. 처분청 담당공무원으로부터 전화로 전소유자가 쟁점금액을 매출로 부가가치세 신고를 하였으므로 경정청구만 하면 된다고 하여 담당공무원으로부터 전소유자의 신고내역을 제공받아 2014.9.2. 경정청구를 한 것임에도 세금계산서 실물을 발급받지 못하였다는 이유로 경정청구를 거부한 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

전소유자가 신고한 매출처별세금계산서합계표에 쟁점금액에 대한 신고내역에 의해 부동산 거래내역이 확인된다 하더라도 세금계산서 실물을 발급받지 아니하였고, 매매가액 중 부가가치세를 별도로 표시하지 아니하였으며, 전소유자가 세금계산서를 발급하였다는 입증서류도 없으므로 경정청구를 거부한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

세금계산서를 발급받지 못한 경우 매입세액 공제 가능여부

나. 관련 법령

(1) 부가가치세법제38조 【공제하는 매입세액】

① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

2. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액

② 제1항 제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.

③ 제1항 제2호에 따른 매입세액은 재화의 수입시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.제39조 【공제하지 아니하는 매입세액】

① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.2.세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

3. 삭제 <2014.1.1.>

4. 사업과 직접 관련이 없는 지출로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액5.「개별소비세법」 제1조제2항 제3호에 따른 자동차(운수업, 자동차판매업 등 대통령령으로 정하는 업종에 직접 영업으로 사용되는 것은 제외한다)의 구입과 임차 및 유지에 관한 매입세액

6. 접대비 및 이와 유사한 비용으로서 대통령령으로 정하는 비용의 지출에 관련된 매입세액

7. 면세사업 등에 관련된 매입세액(면세사업 등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

8. 제8조에 따른 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액. 다만, 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 등록을 신청한 경우 등록신청일부터 공급시기가 속하는 과세기간 기산일까지 역산한 기간 내의 것은 제외한다.

② 제1항에 따라 공제되지 아니하는 매입세액의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 부가가치세법 시행령제23조 【재화의 공급으로 보지 아니하는 사업 양도】법 제10조 제8항 제2호 본문에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 사업장별(「상법」에 따라 분할하거나 분할합병하는 경우에는 같은 사업장 안에서 사업부문별로 구분하는 경우를 포함한다)로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것(「법인세법」 제46조제2항 또는 제47조 제1항의 요건을 갖춘 분할의 경우,「조세특례제한법」 제37조제1항 각 호의 요건을 갖춘 자산의 포괄적 양도의 경우 및 양수자가 승계받은 사업 외에 새로운 사업의 종류를 추가하거나 사업의 종류를 변경한 경우를 포함한다)을 말한다. 이 경우 그 사업에 관한 권리와 의무 중 다음 각 호의 것을 포함하지 아니하고 승계시킨 경우에도 그 사업을 포괄적으로 승계시킨 것으로 본다.

1. 미수금에 관한 것

2. 미지급금에 관한 것

3. 해당 사업과 직접 관련이 없는 토지·건물 등에 관한 것으로서 기획재정부령으로 정하는 것

(3) 조세특례제한법(2014.12.23. 법률 제12853호로 개정되기 전의 것)제126조의4【매입자발행세금계산서에 의한 매입세액 공제 특례】 ①「부가가치세법」 제32조에도 불구하고 납세의무자로 등록한 사업자로서 대통령령으로 정하는 사업자가 재화 또는 용역을 공급하고「부가가치세법」 제34조에 따른 세금계산서 발급 시기에 세금계산서를 발급하지 아니한 경우 그 재화 또는 용역을 공급받은 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할 세무서장의 확인을 받아 세금계산서(이하 “매입자발행세금계산서”라 한다)를 발행할 수 있다.

(4) 조세특례제한법 시행령(2014.11.4. 대통령령 제256770호로 개정되기 전의 것)제121조의4【매입자발행세금계산서의 발행대상 사업자 및 매입세액공제 절차 등】

② 법 제126조의4 제1항에 따른 매입자발행세금계산서를 발행하려는 자(이하 이 조에서 “신청인”이라 한다)는「부가가치세법」 제34조에 따른 세금계산서 교부시기부터 3개월 이내에 기획재정부령이 정하는 거래사실확인신청서에 거래사실을 객관적으로 입증할 수 있는 서류를 첨부하여 신청인의 관할세무서장에게 거래사실의 확인을 신청하여야 한다.

나. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점부동산의 매매계약서 및 거래당시 층별 사용용도는 다음 <표1>과 같으며, 매매계약서상 토지와 건물의 매매가액을 구분하거나 부가가치세를 구분하여 표기한 사실은 나타나지 않는다.OOO

(2) 전소유자가 폐업시 신고한 2014.1.1.～2014.4.15. 과세기간에 대한 2014년 제1기 확정 부가가치세 신고서 및 매출처별세금계산서합계표의 기재내용은 다음 <표2>와 같이 청구인의 사업자등록번호를 기재하여 신고한 사실이 나타난다.다만,전소유자가 총매매가액OOO 중 부가가치세가 과세되는 상가건물 부분의 가액을 OOO으로 산정한 근거는 제시하지 아니하였으며, 전소유자의 매출 신고내역으로 보아 부동산임대업 및 자동차 관련 용품소매업을 영위하였고, 청구인은 PC방 및 자동차 관련 용품 소매업을 직영한 것으로 나타난다.OOO

(3) 청구인은 2014.7.16. 매입자발행세금계산서 발급용 거래사실확인신청서를 접수한 데 대하여 처분청이 서면으로 결과통보를 하지 아니하고 취득일로부터 3개월이 경과하였다고 구두로 통보한 것으로 나타나고, 청구인은 2014.11.4. 처분청이 이 건 경정청구를 거부통지함에 따라 2014.11.13. 위 경정청구와 동일한 내용의 고충신청서를 제출하였으나, 2014.11.19. 처분청은 위 경정청구 거부와 동일한 사유로 받아들이지 아니한 사실이 고충민원에 대한 의견회보서 등에 나타난다.

(4) 재정경제부가 발간한 「2006 간추린 개정세법」책자에 기재된「부가가치세법 시행령」제17조제2항의 개정OOO 내용은 다음 <표3>과 같다.OOO

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대,「부가가치세법」제39조에서 세금계산서를 발급받지 아니한 경우에는 매입세액을 공제할 수 없다고 규정하고 있는바, 청구인이 쟁점금액에 대한 매입세금계산서를 발급받지 아니한 점,「조세특례제한법 시행령」 제121조의4제2항에서「부가가치세법」 제34조에 따른 세금계산서 교부시기부터 3개월 이내에 기획재정부령이 정하는 거래사실확인신청서에 거래사실을 객관적으로 입증할 수 있는 서류를 첨부하여 신청인의 관할세무서장에게 거래사실의 확인을 신청하도록 규정하고있는바, 청구인은 공급시기(2014.4.15.)로부터 3개월이 경과한 2014.7.16.에신청한 점, 양수자가 승계받은 사업을 직접 사용하는 경우에도 사업의 양도로 보는 것인바, 청구인은 쟁점부동산을 취득하여 임대하던 2～3층의 PC방을 직접 사용한 것 외에 사업을 포괄적으로 양수하여 재화의 공급으로 보지 아니하는 사업의 양도에 해당하는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점금액 관련 매입세액을 공제하지 아니하는 매입세액으로 보아 부가가치세 환급 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.