사업의 양도에 해당하지 아니한다는 청구주장의 당부 등

자산ㆍ부채 출연계약서에는 전소유자가 제반 권리ㆍ의무를 포함한 자산ㆍ부채를 청구법인에게 출연하는 것으로 기재되어 있어 쟁점거래는 사업의 동질성이 유지되는 사업의 양도에 해당한다고 보이는 점, 사업자가 취득한 감가상각자산은 「부가가치세법 시행령」 제62조의2 에 따라 납부세액을 재계산하는 것이 타당한 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려움

1. 처분개요

가. 주식회사 OOO(이하 “OOO”라 한다)는 2008년 3월부터 OOO 외 5필지에서 부동산임대업을 영위하였고, 청구법인은 2008년 4월 설립되어 OOO로부터 OOO을 출연받아 의료업을 영위하고 있었는데, 2008.12.29. 청구법인과 OOO는 ‘자산·부채 출연(무상증여) 계약’을 체결하고 2008.12.31. 청구법인이 OOO로부터 OOO 외 5필지의 토지 및 건물(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 포함한 일체의 자산·부채 및 권리·의무를 출연받았다(이하 “쟁점거래”라 한다).청구법인은 쟁점부동산을 출연받은 다음날인 2009.1.1.부터 쟁점부동산의 소재지에 ‘OOO 부동산’이라는 상호로 부동산임대업을 목적으로 하는 지점법인(청구법인과는 별도로 사업자등록이 되어 있음)을 설립하였고, 지점법인은 쟁점부동산의 당초 임차인[OOO에서 상호가 변경됨), OOO]을 모두 승계하여 부동산임대업을 영위하였으며, 2010.10.31. 청구법인이 OOO을 인수하여 직영하였다.

나.처분청은 2013.8.19.부터 2013.10.13.까지 OOO에 대한 부가가치세 조사를 실시하여 청구법인이 쟁점부동산 중 일부를 면세사업인 의료업에 사용한 것으로 보아「부가가치세법 시행령」 제49조제2항을 적용하여2014.4.7. 청구법인에게부가가치세 합계 OOO원)을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.7.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) (주위적 청구) 청구법인은 「의료법」에 의해 설립된 의료법인으로서, 의료법인은 임대 목적용 부동산 취득은 사실상 어려우며 과세사업자로부터 과세·면세 겸영사업자가 부동산 등을 이전받아 사업의 동일성이 유지되지 아니하므로 세법상 사업양수도에 해당되지 않고, 부동산임대업자가 임차인에게 부동산임대업에 관한 일체의 권리와 의무를 포괄적으로 승계시킨 경우(임대차계약서에 불구하고 실제 임차인은 청구법인임)에 해당하여 세법집행기준에 따라 사업양도에 해당하지 않는다. 따라서, 이 건은 사업의 양수도에 해당하지 않으므로 이 건 부가가치세는 취소되어야 한다.

(2) (예비적 청구) 설령, 쟁점거래가 사업의 양도에 해당한다 하더라도, 2011년 제1기 부가가치세 OOO원은 납부세액 재계산의 대상이 아니므로 취소되어야 한다. 처분청은 2011년 제1기 부가가치세 OOO원에 대하여「부가가치세법 시행령」 제62조의2제2항을 근거로 결정하였으나, 같은 법 시행령 제62조의2 제4항에서 “제49조의 규정이 적용되는 경우에는 제1항 및 제2항의 규정을 적용하지 아니한다.”고 규정하고 있으므로 이에 해당하는 2011년 제1기 부가가치세 결정은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) (주위적 청구) 임차인 등 부동산임대업에 관한 모든 권리와 의무가 OOO에서 부동산임대업을 영위하는 지점법인으로 이전된 사실이 확인되므로 이는 사업의 동일성이 유지되면서 자산·부채 등이 승계된 것이고 이러한 사실로 미루어 볼 때, 쟁점거래는 사업장별로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계한 경우에 해당하고, 세무조사 당시 청구법인이 쟁점부동산에 대한 실제 임차인이라는 사실은 확인되지 아니하였다.

(2) (예비적 청구)「부가가치세법 시행령」 제62조의2제4항은 자가공급 등에 대한 과세표준의 계산을 할 때 그 과세기간에 대하여 납부세액의 재계산을 중복하여 적용할 수 없다는 것을 의미하는 것으로, 청구법인이 이를 오인하여 자가공급 등에 대한 과세표준을 계산하면 그 이후에도 납부세액을 재계산할 수 없다고 주장하고 있어 이를 받아들일 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 쟁점거래가 「부가가치세법」상 사업의 양도에 해당되는지 여부

② 2011년 제1기 부가가치세 과세기간에 대해 납부세액의 재계산 규정을 적용하여 부가가치세를 과세한 처분이 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 부가가치세법(2013.6.7. 법률 제11873호로 전부개정되기 전의 것)제6조【재화의 공급】

⑥ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다.

2. 사업을 양도하는 것으로서 대통령령으로 정하는 것

(2) 부가가치세법 시행령(2013.6.28. 대통령령 제24638호로 전부개정되기 전의 것)제17조【담보제공·사업양도 및 조세의 물납】

② 법 제6조 제6항 제2호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 사업장별(「상법」에 따라 분할 또는 분할합병하는 경우에는 같은 사업장 안에서 사업부문별로 양도하는 경우를 포함한다)로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것(「법인세법」 제46조제2항의 요건을 갖춘 분할의 경우,「조세특례제한법」 제37조제1항 각 호의 요건을 갖춘 자산의 포괄적 양도의 경우 및 양수인이 승계 받은 사업 외에 새로운 사업의 종류를 추가하거나 사업의 종류를 변경한 경우를 포함한다)을 말한다. 이 경우 그 사업에 관한 권리와 의무 중 다음 각 호의 것을 포함하지 아니하고 승계시킨 경우에도 해당 사업을 포괄적으로 승계시킨 것으로 본다.

1. 미수금에 관한 것

2. 미지급금에 관한 것

3. 당해 사업과 직접 관련이 없는 토지·건물 등에 관한 것으로서 기획재정부령이 정하는 것제49조【자가공급 등에 대한 과세표준의 계산】

② 과세사업에 공한 감가상각자산을 면세사업에 일부 사용하는 경우에는 다음 각 호의 산식에 의하여 계산된 금액을 과세표준으로 하되, 당해 면세사업에 의한 면세공급가액이 총급가액 중 100분의 5 미만인 경우에는 과세표준이 없는 것으로 본다.

1. 건물 또는 구축물당해 재화의 취득가액 × {1 - (5/100×경과된 과세기간의 수)} × (면세사업에 일부 사용한 날이 속하는 과세기간의 면세공급가액 / 면세사업에 일부 일부 사용한 날이 속하는 과세기간의 총공급가액) = 과세표준제62조의2 【납부세액 또는 환급세액의 재계산】

① 법 제17조 제5항 및 제6항에 따른 납부세액 또는 환급세액의 재계산은 감가상각자산에 대한 매입세액이 법 제17조 제1항, 이 영 제61조, 제61조의2 및 제63조에 따라 공제된 후 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율과 해당 감가상각자산의 취득일이 속하는 과세기간(그 후의 과세기간에 재계산한 때에는 그 재계산한 기간)에 적용하였던 비율간의 차이가 100분의 5 이상인 경우에 한하여 적용한다.

② 제1항의 규정에 의한 납부세액 또는 환급세액의 재계산에 의하여 납부세액에 가산 또는 공제하거나 환급세액에 가산 또는 공제하는 세액은 다음 각호의 산식에 의하여 계산한 금액으로 한다. 이 경우 경과된 과세기간의 수에 관하여는 제49조 제1항 본문 후단의 규정을 준용한다.

1. 건물 또는 구축물가산 또는 공제되는 세액 = 당해 재화의 매입세액×(1 - 5/100×경과된 과세기간의 수)×증가되거나 감소된 면세공급가액의 비율 또는 증가되거나 감소된 면세사용면적의 비율

2. 기타의 감가상각자산가산 또는 공제되는 세액 = 당해 재화의 매입세액×(1 - 25/100×경과된 과세기간의 수)×증가되거나 감소된 면세공급가액의 비율 또는 증가되거나 감소된 면세사용면적의 비율

④ 제49조의 규정이 적용되는 경우에는 제1항 및 제2항 규정을 적용하지 아니한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 이사회회의록 및 쟁점부동산에 대한 임대내역 등 처분청과 청구법인이 제시한 심리자료에 의하면, 아래와 같은 내용이 나타난다.(가) OOO는 2006.3.31. 사업자등록을 하여 2008년 2월 OOO 외 5필지의 토지에 건물을 신축한 후, 2008년 3월부터 부동산임대업을 영위하던 법인사업자로 2008.12.29. 청구법인과 ‘자산·부채 출연 계약’을 체결하고 2008.12.31. 쟁점부동산을 포함한 일체의 자산·부채 및 권리·의무를 양수인에 출연하고 같은 날 폐업하였다. 위 출연계약에 대한 청구법인의 이사회회의록에 의하면, 2008.12.30. 자산·부채 출연계약을 체결하기로 결의한 후, 감정평가법인의 평가를 거쳐 의료법인에의 출연에 대한 관할청의 허가를 받아 2008.12.31. 출연을 완료한 것으로 나타난다.(나) 지점법인은 2009.1.1.부터 쟁점부동산의 소재지에서 ‘OOO 부동산’이라는 상호로 부동산임대업을 계속 영위하다가 2010.10.31. 당시 임차인인 OOO을 양수하면서 2010.11.1. ‘OOO’으로 상호를 변경하였고, 주업종을 당초 부동산임대업에서 보건업으로 변경하면서 부업종으로 부동산임대업을 추가하였으며, 지점법인은 현재까지 보건업과 부동산임대업(임차인 : OOO)을 겸업하고 있다.(다) 쟁점부동산의 임대내역에 대하여 보면, 쟁점거래일인 2008.12.31. OOO의 임차인은 ‘OOO’과 ‘OOO’ 두 군데였고, 지점법인은 이들 임차인을 그대로 승계하였으며, OOO은 2010.10.31.까지, OOO은 현재까지 임대하고 있고, 이를 표로 요약하면 아래 <표1>과 같다.OOO

(2) 자산·부채 출연(무상증여) 계약서(2008.12.29.)의 주요 내용은 아래 <표2>와 같다.OOO

(3) OOO 위·수탁 운영 계약서의 주요 내용[2008.3.3. OOO(위탁인)과 청구법인 이사장(수탁인) 간에 작성한 OOO의 운영에 대한 계약서]은 아래 <표3>과 같다.OOO

(4) 처분청은 부가가치세 조사종결보고서 및 부가가치세 경정결의서 등의 과세자료와 함께 아래와 같은 이유를 제시하면서 이 건 처분이 정당하다는 의견이다.(가) 부가가치세 조사종결 보고서의 주요 내용은 아래와 같다.

1) 청구법인과 OOO는 특수관계자에 해당한다.

2) 청구법인과 쟁점부동산의 임차인 OOO 간에 작성한 자산·부채 포괄 양수도 계약서에 따라 청구법인에서 OOO을 인수하여 직영하였고, 지점법인명을 ‘OOO’으로 변경 후 2010.11.1.부터 지점법인에서 부동산임대업(임차인 : OOO)과 의료업을 겸업하고 관련 수입금액을 신고하였다.

3) 면세사업 일부전용 및 납부세액의 재계산에 대한 산출근거는 아래 <표4> 및 <표5>와 같다.OOO(나) 쟁점거래는 양도인과 양수인의 사업의 동일성이 유지되지 않았으므로 사업의 양도로 볼 수 없다는 청구법인의 주장은 아래와 같은 이유로 타당하지 아니하다.

1) ‘자산·부채 출연(무상증여) 계약서’ 및 ‘양수인의 이사회 회의록’을 살펴보면, 청구법인은 출연재산인 토지·건물 등 OOO원과 토지·건물에 담보된 은행 장기차입금 OOO원, 임대보증금 OOO원 등 일체의 자산·부채 및 권리·의무를 출연받은 것으로 확인되고, 청구법인은 쟁점부동산을 출연받으면서 타 사업장소재지(OOO)에서 의료업을 영위하는 본점법인과는 별도로 쟁점부동산 소재지에 양수일의 다음날(2009.1.1.)을 개업일로 하여 ‘OOO 부동산’이라는 상호로 부동산임대업 신규사업자 등록하고, OOO과 OOO 등의 임차인과 일체의 자산·부채 등을 승계하였다.

2) 청구법인은 부동산임대업을 기존 임대차 계약기간의 만료시점까지 일시적으로 영위하였다고 주장하나, 승계한 당초 임차인의 계약 만료시점은 모두 2018.3.2.까지로 되어 있고, 그 중 OOO은 현재까지 계속 임대중에 있으며, OOO은 2010.10.31. 청구법인이 인수하여 직영함에 따라 임대차 관계가 종료되어 임대차 계약이 종료될 때까지 약 1년 10개월 간 임대한 것으로 확인된다. 따라서 일시적으로 영위하였다는 청구법인의 주장은 사회통념상 받아들일 수 없다.(다) OOO의 실질은 청구법인이고, 청구법인은 임차인으로서 부동산임대업을 인수하였으므로 이는 사업의 양도에 해당하지 않는다는 청구법인의 주장은 아래와 같은 이유로 타당하지 아니하다.

1) 청구법인은 OOO 위·수탁 운영 계약서를 제시하면서 OOO은 형식적인 임차인에 불과하고 사실상 임차인은 청구법인이라고 주장하나, 조사 당시 당초 임대인인 OOO의 대표이사 김OOO으로부터 부동산임대차 내역을 확인한 결과, 임대차계약서는 ‘OOO의 대표이사 김OOO’과 ‘OOO’ 사이에 직접 작성한 것으로 그 계약이 적법한 것으로 확인되며, OOO와 청구법인과는 어떠한 임대차 관계도 없었던 것으로 확인된다.

2) 청구법인이 제시한 위·수탁 운영 계약서를 보면, 위탁인(OOO)은 ‘병원 운영권’을 청구법인에게 위탁하고, 청구법인은 수탁인으로서 병원운영에 대한 책임과 의무를 다하며, 수탁받은 재산에 대해서 선량한 관리자로서의 주의 의무를 다하여 성실하게 관리·보존하며, 위탁인의 동의 없이는 임의로 재산을 취득·처분·폐기할 수 없는 등의 내용이 기재되어 있다. 이는 청구법인이 수탁인으로서 갖는 권리와 의무를 규정한 것일 뿐 청구법인이 실제 임차인이라는 주장을 뒷받침하는 증거가 될 수 없다.

3) 위·수탁 운영 계약서 제5조(위탁보증금)를 보면, “

① 을(수탁인, 청구법인)은 위탁보증금으로 OOO원을 지급한다.

② 갑(위탁인, OOO)은 건물임대보증금을 담보로 제공한다. 계약해지 시에는 임대보증금을 을(수탁인, 청구법인)이 지급받는다.”고 기재되어 있다. 이는 청구법인(수탁인)이 위탁인으로부터 수탁한 병원운영과 관련하여 위탁인에게 보증금으로 OOO원을 지급해야 할 의무가 있고, 위탁인은 본인의 고유 재산권인 건물임대보증금 OOO원을 수탁인에게 반환해야 할 위탁보증금의 담보로 제공하고, 계약해지 시 청구법인은 담보로 제공된 건물임대보증금으로 위탁보증금을 지급한다는 당사자 사이의 채권채무의 지급 및 반환 방법에 관한 내용을 나타내는 것이다. 청구법인은 이에 따라 OOO에게 지급해야 할 위탁보증금을 OOO에게 직접 지급하였고, 이는 OOO장이 OOO에게 지급해야 할 임대보증금 OOO원의 지급에 갈음한 것이지 실제 임차인이기 때문에 지급한 것이 아니라 할 것이다.

4) 위와 같이 청구법인이 제출한 OOO 위·수탁 운영 계약서는 수탁인으로서 갖는 권리와 의무를 규정한 것일 뿐이고, OOO에게 임대보증금을 직접 송금한 것은 청구법인과 OOO 및 임대인 3자 간의 채권·채무의 정산을 원활히 이행하기 위한 결제 방법일 뿐 청구법인이 실제 임차인이라는 사실을 나타내는 것이 아니다. 따라서 OOO은 형식상의 임차인에 불과하고 실제 임차인은 자신이라는 청구법인의 주장은 이유없다.

(5) 청구법인은 쟁점거래가 포괄양수도가 아니고 처분청이 이 건을 면세전용으로 과세한 것은 부당하다고 주장하면서 아래와 같은 논거 등을 제시하고 있다.(가) 사업의 양수도가 되기 위해서는 사업의 동일성이 유지되어야 하는바, OOO가 청구법인에게 한 쟁점부동산의 출연은 사업의 양도로 볼 수 없다. 청구법인은 의료업을 영위할 목적으로 쟁점부동산을 출연받았고, 쟁점부동산에 대한 부동산 임대업을 기존 임대차계약의 만료시점까지만 일시적으로 영위하였으며, 청구법인은 과·면세 겸업자인 반면 OOO는 과세사업자(부동산임대업)로 사업의 동일성이 유지되지 않고, 당초 임차인이었던 OOO은 명의상 임차인이고 실제 임차인은 청구법인으로 쟁점거래는 부동산임대업자가 임차인에게 부동산을 양도하는 경우에 해당하고 이러한 경우에는 사업의 양도에 해당하지 않으므로 이 건 처분은 부당하다.(나) 청구법인은「의료법」 제49조제1항에서 규정한 부대사업을 제외한 사업을 한 때는 같은 법 제51조 제5호에 따라 설립허가의 취소 사유에 해당하는 의료법인으로서 부동산임대업을 목적으로 부동산을 취득할 수 없으므로 부동산임대업을 목적으로 사업양수를 할 수 있는 조건이 되지 않아 사업의 동일성이 유지될 수가 없다.(다) OOO와 형식상 임차인인 OOO은 청구법인과 위수탁운영계약에 의하여 설립 및 운영되어 왔고, 실질 임차인은 청구법인이었다.

1) 위수탁운영계약에 의해 OOO장은 병원설립 행위에 대해서만 참여하였고, 그 외 병원 설립에 있어 모든 장비 및 자산, 병원 운영권 및 병원 운영자로서의 책임과 의무는 청구법인이 부담하도록 하였다.

2) 병원의 임차시 임대보증금은 청구법인이 부담하여 계약해지시 임대보증금은 청구법인이 지급받는 조건이며, 병원의 운영비 및 수익금으로 취득한 일체의 재산은 청구법인에 귀속된다.

3) 위·수탁료를 정산함에 있어 OOO재활병원장은 사업소득 인정범위액을 정하여 병원 운영이 순이익이나 순손실 중 어떠한 경우에도 일정한 소득을 보장받도록 위수탁료를 정산받게 되어 있다. 이와 같이 OOO재활병원장은 형식적인 임차인이고, 병원의 임대보증금과 임차료를 부담하고 잉여 재산의 귀속과 영업의 결과 발생한 이익과 손실에 대한 모든 권리와 책임을 가지는 청구법인이 바로 실질적인 임차인이다.

4) 실제 OOO의 임차료를 청구법인이 OOO로 직접 송금(2008.6.4. 무통장입금증)하거나, 임대보증긍 OOO원을 청구법인이 OOO로 어음발행 및 송금의 방법으로 직접 지급( 어음부표 및 무통장송금증)하였다.

5) 2008년 6월부터 2010년10월까지 OOO재활병원에 대한 소득세차감전순이익(병원장 소득)을 일정하게 하기 위하여 기타수익(위탁료)을 조정하여 지급하였다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대,「부가가치세법」 제6조제6호에서 사업의 양도라 함은 사업장별로 그 사업에 관련된 모든 권리와 의무 및 인적·물적시설을 포괄적으로 양도하여 사업의 동일성을 유지하면서 경영주체만을 교체시키는 것을 의미하는 것으로 이 때 사업의 양도에 해당하려면 최소한 사업의 양도시점에는 양도인과 양수인의 사업간에 동일성이 유지되어야 할 것(조심 2008중4095, 2009.8.27. 같은 뜻임)인바,이 건의 경우 청구법인이 쟁점부동산을 출연받으면서 당초 임차인의 임대보증금 등 기존 임대차계약을 그대로 승계하여 양수일 이후에 부동산임대업(지점법인 명의)을 영위한 점, 청구법인은 쟁점거래가 사업의 양도가 아니라고 주장하나 양도자인 OOO가 쟁점거래와 관련하여 세금계산서를 발행하거나 부가가치세를 신고한 사실이 없는 점, 청구법인이 제시한 위·수탁 운영 계약서나 청구법인이 OOO로 대금을 지급한 내용만으로는 청구법인이 쟁점부동산의 실제 임차인이라는 사실이 객관적으로 확인된다고 보기도 어려운 점, 자산·부채 출연 계약서에서 OOO가 가지고 있는 자산 및 부채(제반 권리·의무 포함)를 포괄적으로 청구법인에게 출연하는 것으로 기재된 점 등에 비추어 사업의 양도 전·후에 양도자의 권리·의무를 청구법인이 승계하고 쟁점부동산의 임대차 및 이용현황이 동일하여 사업의 동질성이 유지된 것으로 보이므로 쟁점거래는 사업의 양도에 해당하는 것으로 판단된다.

따라서, 사업의 양도 이후에 임대사업장의 일부를 의료업에 공한 것은 면세사업에 사용한 것으로, 이는「부가가치세법 시행령」 제49조제2항에서 규정한 자가공급 등에 대한 과세표준의 계산의 대상이 된다고 할 것이어서 처분청이 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

(7) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은「부가가치세법 시행령」 제62조의2제4항에서 자가공급 등에 대한 과세표준의 계산 규정이 적용되는 경우에는 이를 적용하지 아니한다고 규정하고 있으므로 2011년 제1기 부가가치세 과세기간에 대한 과세처분이 부당하다고 주장하나, 사업자가 취득한 감가상각자산에 대하여「부가가치세법 시행령」 제49조제2항 또는 같은 법 시행령 제63조의 규정을 적용받은 과세기간 이후에 총공급가액에 대한 면세공급가액 비율이 증감된 경우에는 같은 법 시행령 제62조의2에 규정하는 계산방법을 준용하여 계산된 세액을 그 사유가 발생한 과세기간의 매출세액에 가산하거나 매입세액에 가산하는 것으로, 이 건 부가가치세 경정결의서에 의하면 2010년 제2기 부가가치세의 경우 청구법인이 출연받은 임대용부동산의 일부를 면세사업(의료업)에 사용한 것으로 보아 같은 법 시행령 제49조 제2항을 적용하여 간주공급가액을 OOO원으로 부가가치세를 경정하였고, 2011년 제1기 부가가치세의 경우는 직전기 대비 면세비율이 29.98% 증가된 것을 확인하여 같은 법 시행령 제62조에 따라 납부세액을 재계산하는 것이어서 동일한 과세기간에 과세표준이나 납부세액이 중복되어 계산된 것이 아니므로 2011년 제1기 부가가치세를 취소하여야 한다는 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」 제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.