쟁점직원들의 인건비가 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상에 해당하는지 여부

조사청이 청구법인의 기업부설연구소를 현장확인한 결과, 직원 및 설비가 없는 것으로 조사되었고, 청구법인의 조직도, 인사 관련 서류 및 경비 사용내역 등에서 쟁점직원들이 타부서 소속인 것으로 확인되는 점, 청구법인의 기업부설연구소에서 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 연구개발 등이 수행되었고, 그 업무를 쟁점직원들이 전담하였음을 입증할 수 있는 객관적 증빙의 제시가 없는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점직원들의 인건비에 대하여 「조세특례제한법」 제10조 에 따른 연구ㆍ인력개발비 세액공제를 배제하여 법인세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없음

1. 처분개요

가. 청구인은 2012.8.2.부터 경기도 OOO에서 OOO(이하 “쟁점사업장”이라 한다)라는 상호로 프랜차이즈 사업을 영위하다가 2013.5.1. 주식회사 OOO으로 법인전환하여 동일한 사업을 영위하였다.

나. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 청구인에 대한 세무조사를 실시하여 2012ㆍ2013년 귀속분 매출신고누락액 OOO원을 적출하고 필요경비 OOO원을 추인하는 등의 조사내용을 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 <별지> 기재와 같이 청구인에게 2013년 귀속 종합소득세 OOO원 및 2012년 제1기부터2013년 제1기까지 부가가치세 합계 OOO원을 각 경정ㆍ고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2016.2.26.심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 조사청은 매출신고누락액에 대응하는 원가로 금융증빙에 따라 확인된 비용 OOO원만 인정하였던바, 청구인은 영세한 가맹점이 세금계산서 수취를 기피함에 따라 부득이 세금계산서를 발급하지아니하고 현금을 수취하여 매출신고를 누락하였으며, 인테리어 자재비및 인건비 등은 매출신고를 누락한 현금으로 지급하여 그 지급처를 확인할 수 없으나 비용지출 사실은 명백하므로 당초 종합소득세 신고서상 매출원가율(72.3%)을 적용한 금액까지는 대응원가로 인정해야 한다.

(2) 청구인과 가맹점 간에 작성한 인테리어거래명세서는 부가가치세를 별도로 구분하지 아니한 채 작성한 것으로 확인서에 매출신고누락액으로 기재된 금액은 부가가치세가 포함된 공급대가로 보아야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 필요경비는 거래당사자 간에 실지 거래된 가액으로서 객관적인 증빙서류에 의하여 확인되는 가액을 말하는 것으로 이를 뒷받침하는 객관적인 증빙의 제시가 없는 이 건의 경우 청구주장은 받아들이기 어렵다.

(2) 조사청은 세무조사 당시 수입금액 누락액을 청구인과 가맹점사이에 작성된 인테리어거래명세서 등을 통해 확인하였고, 매출액은 다음 <표1>과 같이 공사대금에서 부가가치세를 제외한 공급가액으로 결정하였다. 따라서, 매출신고누락액이 부가가치세를 포함한 공급대가로 결정되었다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

<표1>

(단위 : 원)

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 부외원가 인정 여부

② 확인서에 기재된 매출신고누락액에 부가가치세가 포함되었는지 여부

나. 관련 법령

(1) 소득세법제26조(총수입금액 불산입)

⑨ 부가가치세의 매출세액은 해당 과세기간의 소득금액을 계산할 때 총수입금액에 산입하지 아니한다.제27조(사업소득의 필요경비의 계산)

① 사업소득금액을 계산할 때 필요경비에 산입할 금액은 해당 과세기간의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다.

② 해당 과세기간 전의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 그 과세기간에 확정된 것에 대해서는 그 과세기간 전에 필요경비로 계상하지 아니한 것만 그 과세기간의 필요경비로 본다.

③ 필요경비의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 소득세법 시행령제55조(사업소득의 필요경비의 계산)

① 사업소득의 각 과세기간의 총수입금액에 대응하는 필요경비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것 외에는 다음 각 호에 규정한 것으로 한다.

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가격(매입에누리 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용. 이 경우 사업용 외의 목적으로 매입한 것을 사업용으로 사용한 것에 대하여는 당해 사업자가 당초에 매입한 때의 매입가액과 그 부대비용으로 한다.1의

2. 판매한 상품 또는 제품의 보관료, 포장비, 운반비, 판매장려금 및 판매수당 등 판매와 관련한 부대비용(판매장려금 및 판매수당의 경우 사전약정 없이 지급하는 경우를 포함한다)

다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다.(가)청구인이 2015년 9월에 작성한 확인서의 주요내용은 다음과 같다.(나) 처분청이 제출한 인테리어거래명세서에 항목별로 비용이 기재되어 있고, 부가가치세액이 별도로 구분되어 있지 아니한 것으로 나타난다.(다) 처분청이 제출한 가맹점별 수입금액누락금액 내역에 기재된 금액은 가맹점별 인테리어거래명세서상 금액을 1.1.로 나누어 산정한 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 매출신고누락액에 매출원가율을 적용한 금액을 부외원가로 인정해야 한다고 주장하나, 청구인은 매출원가율만을 제시하였을 뿐 대응원가가 실제로 지급되었음을 확인할 수 있는 객관적인 증빙을 제출하지 아니하였으므로 부외원가를 추가로 인정해야 한다는 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(3) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 확인서에 기재된 매출신고누락액이 부가가치세가 포함된 금액이라고 주장하나, 조사청은 인테리어거래명세서상 금액을 1.1로 나눈 금액을 집계하여 매출신고누락액을 산정한 것으로 나타나는 점, 청구인이 작성한 확인서에 매출신고누락액이 공급가액으로 기재되어 있는 점 등에 비추어 매출신고누락액에 부가가치세가 포함되었다는 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.