종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 이전까지의 양도소득이 조세특례제한법 제99조의3 에서 규정한 감면대상에 해당하는지 여부 등

종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 이전까지의 양도소득은 조세특례제한법 제99조의3 에서 규정한 감면대상에 해당한다고 보기 어려움

1. 처분개요

가.청구인은 1987.8.8. 서울특별시 OOO를 취득하여 보유하던중 재건축으로 인해 2002.10.26. 같은 곳 OOO를 취득하여 2007.1.4. OOO에 양도한뒤, 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)의 규정을 적용하여 양도소득세 과세표준을 신고하였다.

나. 처분청은 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상이 아니라고 보아 2012.2.10. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 OOO을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.4.10. 이의신청을 거쳐 2012.5.9. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1)조특법 제99조의3제1항은 “그 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제”하고, “해당 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 금액에서 빼는 것”으로 규정하고 있는바, 청구인은 “그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득”에 대하여 양도소득세 감면신청을 한 것이나, 처분청은 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을조특법 시행령 제99조의3제2항의 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다는 조항을 적용하여 감면소득 대상을 잘못 적용하여 조세법률주의를 위배하였으며,조특법 시행령 제99조의3제2항 및 같은 법 시행령 제40조 제1항은 “신축주택의 취득일부터 5년이 경과한 경우의 5년간 발생한 양도소득금액”을 계산하는 방법을 규정하고 있을 뿐 청구인의 경우와 같이 5년 이내에 처분한 경우 소득금액 계산방식을 규정하고 있는 것은 아니며, 관련 산식은 {양도소득 금액×(취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가-취득 당시의 기준시가)/(양도 당시의 기준시가-취득 당시의 기준시가)}로 되어있는데, 청구인은 취득일로부터 5년이 되는 날 이전에 처분하여 “취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가”가 부존재하므로조특법 시행령 제40조제1항에 규정된 산식을 적용할 수 없다.

(2)「소득세법 시행령」제166조의 양도차익 산정 규정은 2007.2.28.종래의 기준시가 방식에서 실지거래가 방식으로 변경되었으며, 같은 법 시행령 제166조 제1항을 준용하여 계산하면 아래<표1>과 같이 종전주택이 재개발되면서 분양가액은 OOO으로 책정되었고, 종전주택은 OOO으로 평가되어 청구인은 OOO을 추가부담하여, 종전주택으로 인한 소득금액이 OOO으로 확인되는바, 구「소득세법 시행령」제166조제5항은 소득발생기간의 소득금액 계산방식을 기준시가에 의한 경우만 규정하고 있을 뿐, 실가의 의한 경우는 같은 법 시행령 제166조 제1항 권리를 양도한 경우에서 구주택의 소득금액 방법으로 {(기준건물과 그 부수토지의 평가액-기존건물과 그 부수토지의 취득가액)-필요경비}을 규정하고 있는 점,조특법 시행령 제40조적용은 “5년이 되는 날”의 기준시가가 부존재하므로 기준시가에 의한 소득금액 배분은 부당한 점, 감면소득에 대한 개념을 양수도 시점의 법률에서 명확하게 규정하고 있지 아니하고, 추가부담금을 포함하고 있는 권리의 기간을 구주택의 소득으로 보아야 할 것인지는 이론이 있는데 납세자에게 불리하게 적용한 점 등을 종합하면, 기준시가에 의한 종전주택의 소득금액이 분양가액에 의한 소득금액을 초과하는 것은 실질과세 원칙에 위배되므로「소득세법 시행령」제166조제1항의 권리를 양도한 경우의 소득금액 계산방법{(기존건물과 그 부수토지의 평가액-기존건물과 그 부수토지의 취득가액)-필요경비}에 따른 소득금액만을 구주택의 소득금액으로 보아야 한다.OOOOOOOOOO : OOOOOO OO(OO : OO)

나. 처분청 의견

(1) 재건축사업으로 인하여 조합원이 조합용 주택을 취득하는 경우 사용승인이나 사용검사를 받은 날이 취득일이 되는 것이므로 양도소득세의 감면대상이 되는 취득일부터 5년 이내에 발생하는 소득이라 함은 신축주택의 취득일로부터 양도시까지 발생하는 소득을 의미하는 것이고, 신축주택의 양도당시「소득세법 시행령」제166조제5항에서 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존 건물과 그 부수토지를 제공하고 관리계획처분에 따라 취득한 신축건물 및 그 부수토지를 양도하는 경우의 기준시가에 의한 양도차익은 기존건물과 부수토지의 취득일부터 관리처분계획인가일 전일까지의 양도차익, 관리처분계획인가일부터 신축건물의 준공일 전일까지의 양도차익, 신축건물 준공일부터 양도일까지의 양도차익으로 나누어 계산하도록 규정하였으며, 그 이후에 개정된 같은 법 제2항에서도 관리처분계획인가전의 양도차익과 그 이후의 양도차익을 구분계산하여 양도차익을 산정하도록 규정하고 있음에 비추어보면,조특법 제99조의3제1항의 신축주택의 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득이라 함은 신축건물 준공일부터 양도일까지의 기간에 발생한 양도차익을 의미하는 것이므로 처분청의 과세처분은 잘못이 없다.OOO(2)조특법 시행령 제99조의3제2항은조특법 제99조의3에서 규정하고 있는 양도소득세 감면대상소득인 “당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 산식에 따라 분자의 취득당시 기준시가는 “신축주택의 취득당시 기준시가”, 분모의 취득당시 기준시가는 “종전주택의 취득당시 기준시가”를 적용하는 것이므로 처분청의 과세처분은 잘못이 없다.(조심 2011서1349, 2011.6.30.)

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

종전주택을 보유하다 이를 멸실하고 신축주택을 취득한 경우 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상이 아니라고 보아 과세한 처분의 당부

나. 관련법령

(1)조세특례제한법 제99조의3[신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례]

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이「소득세법」 제89조제1항제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택(2)조세특례제한법 시행령 제99조의3[신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례]

② 법 제99조의3제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.제40조 [구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등]

① 법 제43조제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은「소득세법」 제95조제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는「법인세법」 제99조제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다.{양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}

(3) 소득세법 시행령(2007.2.28. 대통령령 제19890호로 개정된 것)제166조 [양도차익의 산정 등]

① 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각 호의 산식에 의하여 계산한다.

1. 청산금을 납부한 경우[양도가액 － (기존건물과 그 부수토지의 평가액 ＋ 납부한 청산금) - 법 제97조제1항제2호 및 제4호에 따른 필요경비](이하 이 조에서 "관리처분계획인가후양도차익"이라 한다) ＋ [(기존건물과 그 부수토지의 평가액 － 기존건물과 그 부수토지의 취득가액) － 법 제97조제1항제2호 및 제4호 또는 제163조제6항에 따른 필요경비](이하 이 조에서 "관리처분계획인가전양도차익"이라 한다)

② 법 제100조에 따라 양도차익을 산정하는 경우 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우 실지거래가액에 의한 양도차익은 다음 각 호의 산식에 따라 계산한다.

1. 청산금을 납부한 경우[관리처분계획인가후양도차익 × 납부한 청산금 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)](이하 이 조에서 "청산금납부분양도차익"이라 한다) + {[관리처분계획인가후양도차익 × 기존건물과 그 부수토지의 평가액 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)] + 관리처분계획인가전양도차익}(이하 이 조에서 "기존건물분양도차익"이라 한다)

⑦ 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축건물 및 그 부수토지를 양도하는 경우 기준시가에 의한 양도차익은 다음 각호의 구분에 따라 계산한 양도차익의 합계액(청산금을 수령한 경우에는 이에 상당하는 양도차익을 차감한다)으로 한다.

1. 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 관리처분계획인가일 전일까지의 양도차익 : 관리처분계획인가일 전일 현재의 기존건물과 그 부수토지의 기준시가(법 제99조제1항제1호의 규정에 의한 것을 말한다. 이하 이 항에서 같다) － 기존건물과 그 부수토지의 취득일 현재의 기존건물과 그 부수토지의 기준시가 － 기존건물과 그 부수토지의 필요경비(제163조제6항의 규정에 의한 것을 말한다. 이하 이 항에서 같다)

2. 관리처분계획인가일부터 신축건물의 준공일(제162조제1항제4호의 규정에 의한 취득일을 말한다) 전일까지의 양도차익 : 신축건물의 준공일 전일 현재의 기존건물의 부수토지의 기준시가 － 관리처분계획인가일 현재의 기존건물의 부수토지의 기준시가

3. 신축건물의 준공일부터 신축건물의 양도일까지의 양도차익 : 신축건물의 양도일 현재의 신축건물과 그 부수토지의 기준시가 － 신축건물의 준공일 현재의 신축건물과 그 부수토지의 기준시가(신축주택의 양도일 현재 법 제99조제1항제1호 다목 및 라목의 규정에 의한 기준시가가 있는 경우에는 제164조제6항 및 제7항의 규정을 준용하여 계산한 기준시가) － 신축건물과 그 부수토지(기존건물의 부수토지보다 증가된 부분에 한한다)의 필요경비(4)소득세법 시행령(2007.2.28. 대통령령 제19890호로 개정되기 전의 것)제166조[양도차익의 산정 등]

① 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각호의 산식에 의하여 계산한다.

1. 청산금을 납부한 경우[양도가액 － (기존건물과 그 부수토지의 평가액 ＋ 납부한 청산금) - 법 제97조제1항제2호 및 제4호의 규정에 의한 필요경비] ＋ [(기존건물과 그 부수토지의 평가액 － 기존건물과 그 부수토지의 취득가액) － 법 제97조제1항제2호 및 제4호 또는 제163조제6항의 규정에 의한 필요경비]

⑤ 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축건물 및 그 부수토지를 양도하는 경우 기준시가에 의한 양도차익은 다음 각호의 구분에 따라 계산한 양도차익의 합계액(청산금을 수령한 경우에는 이에 상당하는 양도차익을 차감한다)으로 한다.

1. 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 관리처분계획인가일 전일까지의 양도차익 : 관리처분계획인가일 전일 현재의 기존건물과 그 부수토지의 기준시가(법 제99조제1항제1호의 규정에 의한 것을 말한다. 이하 이 항에서 같다) － 기존건물과 그 부수토지의 취득일 현재의 기존건물과 그 부수토지의 기준시가 － 기존건물과 그 부수토지의 필요경비(제163조제6항의 규정에 의한 것을 말한다. 이하 이 항에서 같다)

2. 관리처분계획인가일부터 신축건물의 준공일(제162조제1항제4호의 규정에 의한 취득일을 말한다) 전일까지의 양도차익 : 신축건물의 준공일 전일 현재의 기존건물의 부수토지의 기준시가 － 관리처분계획인가일 현재의 기존건물의 부수토지의 기준시가

3. 신축건물의 준공일부터 신축건물의 양도일까지의 양도차익 : 신축건물의 양도일 현재의 신축건물과 그 부수토지의 기준시가 － 신축건물의 준공일 현재의 신축건물과 그 부수토지의 기준시가(신축주택의 양도일 현재 법 제99조 제1항 제1호 다목 및 라목의 규정에 의한 기준시가가 있는 경우에는 제164조 제6항 및 제7항의 규정을 준용하여 계산한 기준시가) － 신축건물과 그 부수토지(기존건물의 부수토지보다 증가된 부분에 한한다)의 필요경비

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 양도소득세 경정내역은 아래 <표2>와 같다.OOOOOOOOOO OOOOO OOOO(OO : OO)O OOOO OO,OOOOOOOOOO OO,OOOOOO(OOOO OOOOOO OO,OOOOO - OOOO OOOO O,OOOOO)OOOOO OOO,OOOOO- OOOO OOOOOO OO,OOOOO O OOOOOO OOO,OOOOOOO(OOOO OOO OOO OOO OOOO OOO,OOOOO)-(OOOO OOOOO OO OOOO OOO,OOOOO)OOO(OOOO OOOO OOOO OOO,OOOOO)-(OOOO OOOO OOOO OO,OOOOO)O

(2) 살피건대, 청구인은 감면소득 대상을 잘못 적용하여 조세법률주의를 위배하였고, 취득일로부터 5년이 되는 날 이전에 처분하여 “취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가”가 부존재하므로조특법 시행령 제40조제1항에 규정된 산식을 적용할 수 없으며, 기준시가에 의한 종전주택의 소득금액이 분양가액에 의한 소득금액을 초과하는 것은 실질과세 원칙에 위배된다는 주장이나, 종전주택을 취득하여 보유하다가 재건축 등에 의해 신축주택을 취득하여 이를 양도한 경우,조특법 제99조의3에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 그 감면대상은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액인 바, 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은조특법 제99조의3에 따른 감면소득에 해당하지 아니하는 것이고,조특법 시행령 제99조의3제2항은조특법 제99조의3에서 규정하고 있는 양도소득세 감면대상소득인 ‘당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 명시하고 있는 바, 같은 법 시행령 제40조 제1항에 따른 감면대상 양도소득은 아래 산식과 같으며, 동 산식에 있어 취득당시의 기준시가 중 분자에 적용되는 기준시가는 ‘신축주택의 취득당시 기준시가’이고, 분모에 적용되는 기준시가는 ‘구주택의 취득당시 기준시가’를 말하는 것OOO이며,「소득세법 시행령」제166조제5항은 양도차익을 산정함에 있어서 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축건물 및 그 부수토지를 양도하는 경우 양도차익을 구분계산하는 방법에 대한 조항으로서 감면대상소득의 계산을 명시한 것으로 보기 어려우므로 청구주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다.

따라서, 처분청이 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상이 아니라고 보아 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로「국세기본법」 제81조및 제65조 제1항 제2호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.