신축주택 취득하고 5년이 경과한 후 양도하는 경우, 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득을 과세소득에서 차감하여 과세표준 및 세액을 계산하여야 한다는 청구주장의 당부 (쟁점2 관련)

신축주택 취득하고 5년이 경과한 후 양도하는 경우, 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득을 과세소득에서 차감하여 과세표준 및 세액을 계산함이 타당함

1. 처분개요

가. 청구인은 1995.3.30. 취득한 OOO 21-14 대지 158.7㎡(이하 “종전대지”라 한다)에 다세대주택의 신축으로 2001.7.18. 취득한 같은 동 21-14 101호(이하 “쟁점①주택”이라 한다), 201호(이하 “쟁점②주택”이라 하고, 쟁점①주택을 합하여 “쟁점주택”이라 한다)를 2006.5.1., 2006.12.26. 각각 양도한 후 종전대지의 취득일로부터 쟁점주택의 신축 후 5년간의 양도소득에 대하여「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제99조의3에 의한 양도소득세 과세특례 규정이 적용되는 것으로 보아 양도소득세를 신고·납부하였다.

나. 처분청은 종전대지의 취득일로부터 쟁점주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상이 아니라 하여 2012.5.2. 청구인에게2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.30. 이의신청을 거쳐 2012.12.6.심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 조특법제99조의3 및 같은 법 시행령 제40조 제1항에 따른 <표>의산식은 취득당시의 기준시가로만 되어 있으므로 엄격해석의 원칙에 따라 적용하여야 하는 바, 처분청이 동일한 문구로 되어 있음에도 분자의 취득당시 기준시가는 쟁점주택 취득당시 기준시가를, 분모의 경우에는 종전대지의 기준시가를 적용하여 감면혜택을 축소하는 것은 자의적인 유추·확장해석이라 할 것이므로 분모의 취득당시 기준시가를 종전대지 취득당시 기준시가를 적용하는 것은 부당하다.

(2) 대법원의 판결(대법 2010두3725, 2012.6.28.)과 같이 신축주택 취득일부터 5년 경과후 양도하는 경우감면대상 소득을 양도소득금액에서 직접 차감하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1)조특법 제99조의3의 입법취지가 “신축주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 있고, 신축주택의취득일로부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을“해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로규정하고 있어 명문상 종전대지의 취득일로부터 쟁점주택의 취득일전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려우므로 당초과세처분은 잘못이 없다.

(2)「소득세법」제90조는 거주자에게 발생한 소득 중 감면소득이 있는 경우 감면소득금액이 포함된 양도소득세 산출세액에서 양도소득 과세표준 중 감면소득금액이 차지하는 비율을 곱하여 감면세액을 계산하는 것으로 규정하고 있는 점 등으로 보아 이와 다른 청구인의 주장은 받아들일 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점주택 양도에 따른 양도소득세 감면대상 소득금액 계산시 적용되는조특법 시행령 제40조제1항 산식 중 분모·분자의 취득당시의기준시가를 쟁점주택 및 종전대지 취득당시의 기준시가로 해석하여 과세한 처분의 당부

② 쟁점②주택의 경우 감면대상 소득을 양도소득금액에서 직접 차감하여 과세하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2005.12.31. 법률 제7839호로 개정된 것) 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역 외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다.

(2) 조세특례제한법 시행령(2005.2.19. 대통령령 제18704호로 개정된 것) 제40조【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】

① 법 제43조 제1항에서 “당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은「소득세법」제95조제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는「법인세법」제99조제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다) 중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다.

양도소득금액 ×

취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가

－ 취득당시의 기준시가

양도당시의 기준시가

－ 취득당시의 기준시가

제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

② 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

(3)국세기본법 제15조【신의ㆍ성실】납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다제18조【세법해석의 기준, 소급과세의 금지】

① 세법의 해석ㆍ적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래에 대하여는 그 성립 후의 새로운 세법에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다.

(4)소득세법 제90조【양도소득세액의 감면】제95조의 규정에 의한 양도소득금액에 이 법 또는 이 법외의 법률에서 규정하는 감면소득금액이 있는 때에는 제92조제2항의 규정에 의한 양도소득과세표준에 제104조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 금액에 당해 감면소득금액에서 제103조제2항의 규정에 의한 양도소득기본공제를 한 후의 금액이 양도소득과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 양도소득세를 면제한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 제시된 심리자료에 의하면 아래와 같은 사실이 나타난다.(가) 청구인은 2006.5.1. 쟁점①주택을, 2006.12.26. 쟁점②주택을 각각양도한 후, 양도가액은 OOO원, 취득가액은 OOO원으로 한뒤, 양도소득금액 OOO원에 대하여 종전대지 취득일로부터 신축주택 취득 후 5년간의 양도소득을 감면대상 소득금액으로 보아 양도소득세를 감면신청하였다.(나) 처분청은조특법 시행령 제40조제1항 산식 분자의 취득당시 기준시가를 신축주택 취득당시 기준시가를 적용하여 감면소득금액을 산출한뒤, 산출세액(OOO원)에 감면소득금액에서 기본공제(0원)를 차감한 후의 금액이 과세표준(OOO원)에서 차지하는 비율을 곱하여 감면세액을 산출하고, 이를 산출세액에서 차감하여 이 건 양도소득세를 과세하였다.

(2) 쟁점①에 대하여 본다.(가) 청구인은 처분청이 2011.2.10. 변경된 해석에 의해서조특법 시행령 제40조제1항 산식 중 분모·분자의 취득당시의 기준시가를 쟁점주택 및 종전대지 취득당시의 기준시가를적용하여 감면혜택을 축소하는 것은 자의적인 유추·확장해석이므로 부당하다는 주장이다.(나) 살피건대,조특법 제99조의3제1항에 의하면 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 종전대지의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 해석하기 어렵고, 과세관청의 종전 해석(서면4팀-2109, 2005.11.8. 등)이 종전대지의 보유로 인한 양도소득금액을 감면소득으로 본다고 명확하게 규정하고 있지 아니한 점, 국세청 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)에서 종전대지의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은조특법 제99조의3규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니한 것으로 해석하고 있는 등 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기 어려운 점 등으로 볼 때, 처분청이 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은조특법 제99조의3에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상이 아닌 것으로 보아 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2010중3160, 2010.11.30., 같은 뜻임).

(3) 쟁점②에 대하여 본다.(가) 처분청은「소득세법」제90조등에 비추어 감면소득금액이 포함된 양도소득세 산출세액에서 양도소득 과세표준 중 감면소득금액이 차지하는 비율을 곱하여 감면세액을 계산하여야 한다는 의견이다.(나) 살피건대, 조특법 및 그 시행령에서는 세액의 감면뿐만 아니라 소득공제 등 다양한 형태의 조세특례를 규정하고 있는데,조특법 제99조의3은 신축주택을 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와 그 이후에 양도하는 경우를 구분하여 전자에 대하여는 세액을 감면하고, 후자에 대하여는 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 과세대상 소득금액에서 차감하도록 명문으로 달리 규정하고 있는 점, 양자에 대하여 동일한 방법으로 양도소득세를 감면하여야만조특법 제99조의3은 입법 목적을 달성할 수 있다고 보기 어려운 점, 그리고 조세법규에 대한 엄격해석의 원칙 등을 종합하여 보면,조특법 제99조의3에서 규정한 신축주택을 그 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우 그에 따른 양도소득세의 과세표준 및 세액은 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하는 방법으로 산정하여야 하고, 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와 마찬가지로 그 양도소득금액에 대한 세액을 감면하는 방법으로 산정할 것은 아니다 할 것이다(대법원 2012.6.28. 선고 2010두3725 판결 같은 뜻임).

따라서, 청구인이 취득일(2001.7.18.)로부터 5년이 경과된 후에 양도한쟁점②주택에 대해서는조특법 제99조의3제1항에 따른 양도소득세 감면대상 소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 직접 차감하여 그 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로「국세기본법」 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.