잔존재화에 대해 부담한 매출세액은 양도소득세 필요경비로 볼 수 없음(기각)

폐업시 잔존재화에 대해 부담한 매출세액인 쟁점세액은 쟁점부동산의 양도소득금액 계산 시 양도가액에서 차감하는 필요경비에 해당한다고 볼 수 없음

1. 처분개요

가. 청구인은 OOO OOO OOO OOOOOO외 1필지 대지 1,679㎡ 및 상가건물 2,357.34㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 2005.8.22. 및 2006.5.25. 2차례에 걸쳐 3,115,330,080원에 취득하여 임대사업을 영위하다가, OOOO에 쟁점부동산 중 위 대지는 2009.2.16. 2,673,740,000원에, 나머지 상가건물은 2009.5.15. 1,513,246,500원에 양도하고, 2009년 4월 양도소득과세표준 예정신고와 함께 양도소득세 144,890,933원을 자진납부하였다.

나. OO지방국세청장이 2010년 4월 처분청에 대한 정기감사를 실시하고, 청구인이 임대사업을 폐업함에 따라 쟁점부동산의 잔존재화에 대해 부담한 매출세액 102,202,329원(이하 “쟁점세액”이라 한다)이 쟁점부동산의 양도소득금액 산정시 필요경비로 과다공제되었다고 지적하자,처분청은 이를 청구인에게 통보하였고, 청구인은 2010.5.31.양도소득과세표준 확정신고를 하고 양도소득세 50,794,228원을 추가로 자진납부하였으며, 2010.6.7. 쟁점세액은 필요경비에 해당된다는 취지로 경정청구하였다.

다.처분청은 2010.8.9. 쟁점세액은 잔존재화의 취득 또는 양도와 관련된 비용이 아니므로 쟁점부동산의 양도소득세 계산에 있어 필요경비에 해당되지 아니하는 것으로 보아 청구인의 경정청구를 거부하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2010.9.3. 심판청구를 제기하였고, 처분청은 2010.10.14. 쟁점부동산의 수용에 따른 감면세액 과소신고 및 예정신고세액공제 미적용에 따른 양도소득세 23,747,481원을 환급하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 2006.5.25. 쟁점부동산을 취득하여 부동산임대업을 영위하던 중 OOOO가 쟁점부동산의 상가건물이 완전히 비어있는 상태에서만 건물가액이 지급된다고 하여 세입자들에게 위약금을 지급하고 모두 내보내고, 2009.3.24. 임대업을 폐업하였으며, 2009.5.15. OOOO에 수용되었다.「소득세법」 제95조에서 “양도소득은 양도가액에서 필요경비를 공제한 금액으로 한다”고 규정하고 있고,「부가가치세법」 제15조는 “사업자가 재화나 용역을 공급할 때는 법정 세율을 적용하여 계산한 부가가치세를 공급받은 자로부터 징수하여야 한다”고 규정하고 있으며, 같은 법 제6조 제4항에서 “사업자가 사업을 폐지하는 경우 남아있는 재화는 자기에게 공급한 것으로 본다”라고 규정하고 있는 바,청구인은「부가가치세법」 제15조의 규정에 의한 부가가치세의 거래·징수·납부를 이행할 수 없어 같은 법 제6조 제4항의 규정에 의한 잔존재화에 대한 부가가치세를 신고·납부하였으므로 같은 법 제15조의 규정에 의하여 거래·징수한 부가가치세는 쟁점부동산의 양도가액 산정시 포함되지 아니하나, 같은 법 제6조 제4항에 의한 폐업시 잔존재화로 부담한 매출세액은 양도가액에서 차감하지 아니하고, 필요경비로 인정하지도 아니하는 것은「국세기본법」제14조제2항의 “세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득 수익재산 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질내용에 따라 적용한다”는 규정에 위배되므로 이 건 양도소득세의 과세처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

쟁점부동산의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제하는 필요경비에 대하여는「소득세법」제97조및 같은 법 시행령 제94조의 규정에 의하여 폐업시 잔존재화에 대해 청구인이 부담한 매출세액인 쟁점세액은 필요경비에 해당되지 아니하는 바, 이 건 양도소득세의 과세처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

폐업시 잔존재화에 대해 부담한 매출세액을 당해 자산의 양도가액에서 공제하는 필요경비로 볼 수 있는지 여부

나. 관련법령

(1)소득세법 제97조【양도소득의 필요경비계산】

① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액가. 제94조 제1항 각 호의 자산의 취득에 소요된 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 본문에 해당하는 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가나. 가목 본문의 경우에 있어서 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적 지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것

3. (삭제, 2000. 12. 29.)

4. 양도비 등으로서 대통령령이 정하는 것(2)소득세법 시행령 제163조【양도자산의 필요경비】①～

② (생 략)③법 제97조 제1항 제2호에서 “자본적 지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액

2. 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용ㆍ화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액

3. 양도자산의 용도변경ㆍ개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용3의2.～

4. (생 략)

④ (삭제, 2000. 12. 29.)

⑤ 법 제97조 제1항 제4호에서 "대통령령이 정하는 것" 이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 법 제94조 제1항 각 호의 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용으로서 다음 각 목의 비용가. 「증권거래세법」에 따라 납부한 증권거래세나. 양도소득세과세표준 신고서 작성비용 및 계약서 작성비용다. 공증비용, 인지대 및 소개비라. 가목부터 다목까지의 비용과 유사한 비용으로서 기획재정부령으로 정하는 비용

2. 법 제94조 제1항 제1호의 자산을 취득함에 있어서 법령 등의 규정에 따라 매입한 국민주택채권 및 토지개발채권을 만기전에 양도함으로써 발생하는 매각차손. 이 경우 기획재정부령으로 정하는 금융기관(이하 이 호에서 “금융기관”이라 한다) 외의 자에게 양도한 경우에는 동일한 날에 금융기관에 양도하였을 경우 발생하는 매각차손을 한도로 한다.

(3)부가가치세법 제6조【재화의 공급】

① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다.

② 사업자가 자기의 사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화를 자기의 사업을 위하여 직접 사용ㆍ소비하는 경우에 대통령령이 정하는 것은 재화의 공급으로 본다.

③ 사업자가 자기의 사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화를 자기나 그 사용인의 개인적인 목적 또는 기타의 목적으로 사용ㆍ소비하거나 자기의 고객이나 불특정다수인에게 증여하는 경우에 대통령령이 정하는 것은 재화의 공급으로 본다.

④사업자가 사업을 폐지하는 때에 잔존하는 재화(제17조 제2항 각 호의 규정에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 재화를 제외한다)는 자기에게 공급하는 것으로 본다.제5조 제1항 단서의 규정에 의하여 등록한 경우에 사실상 사업을 개시하지 아니하게 되는 때에도 또한 같다.

(4)부가가치세법 시행령 제49조【자가공급 등에 대한 과세표준의 계산】

① 과세사업에 공한 재화가「소득세법 시행령」 제62조또는「법인세법 시행령」 제24조에 규정된 감가상각자산(이하 “감가상각자산”이라 한다)에 해당하는 경우에 당해 재화를 법 제6조 제2항 내지 제4항의 규정에 의하여 공급으로 보는 때에는 다음 각호의 산식에 의하여 계산된 금액을 당해 재화의 시가로 본다. 이 경우 경과된 과세기간의 수는 법 제3조의 규정에 의한 과세기간 단위로 계산하되, 건물 또는 구축물의 경과된 과세기간의 수가 20을 초과하는 때에는 20으로, 기타의 감가상각자산의 경과된 과세기간의 수가 4를 초과하는 때에는 4로 한다.

1. 건물 또는 구축물5당해 재화의 취득가액 × (1 － ── × 경과된 과세기간의 수)100＝ 시가

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 쟁점부동산 중 토지는 2005.8.22. 1,655,296,800원에, 나머지 건물은 2006.5.25. 1,460,033,280원에 취득하여 임대사업을 영위하다가, OOOO에 쟁점부동산 중 토지는 2009.2.16. 2,673,740,000원에, 나머지 상가건물은 2009.5.15. 1,513,246,500원에 양도하였음이 등기부등본, OOOO의 청구인에 대한 지장물보상합의서 및 청구인의 OOOOOO OOOO(OOOOOOOOOOOOOOOOO)에 의하여 확인되고, 쟁점부동산 양도소득과세표준 예정신고하면서, 위 상가건물분 양도소득금액 계산시 양도가액에서 쟁점세액을 차감하였음이 심리자료에 의하여 확인된다.

(2)「부가가치세법」제6조제4항 및 같은 법 시행령 제49조 제1항 제1호의 규정에 의하여 폐업시 잔존재화에 대한 매출세액을 다음 산식에 의하여 쟁점세액(102,202,329원)으로 산정되었다.

ㅇ 과세표준 = 1,460,033,280원×(1-5/100×6)×10% = 1,022,023,296원

(3) 청구인은 쟁점부동산 소재지에서 2005.9.1. 개업하여 부동산임대업을 영위하다가 2009.3.24. 폐업한 것으로 국세청통합전산망 사업자기본조회에 의하여 확인된다.

(4)「소득세법」제97조제1항 및 같은 법 시행령 제163조 제3항에서 거주자의 양도차익의 계산에 있어서양도가액에서 공제할 필요경비는 취득가액, 자본적 지출액, 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용ㆍ화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액, 양도자산의 용도변경ㆍ개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용, 당해 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용으로서 「증권거래세법」에 따라 납부한 증권거래세, 양도소득세과세표준 신고서 작성비용 및 계약서 작성비용, 공증비용, 인지대 및 소개비, 토지 또는 건물을 취득함에 있어서 법령 등의 규정에 따라 매입한 국민주택채권 및 토지개발채권을 만기전에 양도함으로써 발생하는 매각차손 등을 열거하여 규정하고 있다.

(5) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점부동산 중 상가건물을 취득하여 임대사업을 영위하다가 폐업한 후 양도하였으므로 위 상가건물의 잔존재화에 대해 부담한 매출세액인 쟁점세액은 양도가액에서 공제하는 필요경비에 해당한다고 주장하나, 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비를 규정하고 있는「소득세법」제97조제1항 및 같은 법 시행령 제163조 제3항에는 잔존재화에 대해 부담한 매출세액을 열거하고 있지 아니하므로, 쟁점세액을 쟁점부동산의 양도소득금액 계산시 양도가액에서 차감하는 필요경비에 해당한다고 볼 수 없는 바, 이 건 양도소득세의 과세처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로「국세기본법」 제81조및 제65조 제1항 제2호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.