장부상 가액이 아닌 쟁점계약서상 매매대금을 실지거래가액으로 보아 쟁점부동산의 취득가액을 산정하여야 한다는 청구주장의 당부

o처분청, 청구인이 임대업을 영위한 복식부기의무자로서 오랜 기간 동안 장부를 기장하고 종합소득세를 신고해 왔으므로 당초부동산의 장부상가액(OOO원)에서 이미 분할양도분의 가액을 차감한 쟁점장부가액*을 쟁점부동산의 실지취득가액으로 산정하여야 한다는 의견이나, * 당초부동산의 최초 장부상가액(OOO원)에서 이미 분할양도한 가액을 차감한 잔여가액 OOO원 o청구인이 당초부동산을 취득한 시기(2003.12.29.)는 실거래가 등기부기재 제도(2006.6.1. 시행) 및 양도소득세의 실지거래가액 과세제도(2007.1.1. 시행)가 시행되기 전으로, 실제 매매가액보다 낮은 가액으로 검인계약서를 작성하여 취득·등록세를 신고하는 관행이 있었고 청구인은 당초부동산의 취득세 과세표준(OO억원)과 유사한 수준으로 장부상가액(OO억원)을 계상한 것으로 보이는 점, 한울문서감정원의 감정서(2026.1.9.자)에 따르면 쟁점계약서(작성일:2003.10.7.)와 2003.10.30.자 중도금 OOO원 및 2003.12.29.자 매매정산금 OOO원의 각 영수증은 기재년도 경에 작성된 문서일 가능성이 높은 것으로 추정된다는 내용이 확인되고, 청구인이 2026.6.16. 조세심판관 회의에 출석하여 직접 제시한 쟁점계약서 원본 및 영수증을 확인한바 양도소득세 신고를 위해 사후에 임의로 만든 문서라고 보기 어려운 점, 청구인은 당초부동산을 분할하여 2009.12.29. 및 2011.4.27. 양도한 사실이 있고 처분청이 제출한 2011.4.27. 양도분 양도소득세 신고 자료에 따르면 청구인은 쟁점계약서상 매매대금에 근거하여 취득가액을 신고하였으며 처분청은 이를 시인한 것으로 나타나는 점 등에 비추어, 청구인이 제시한 쟁점계약서상 매매대금(OOO원)을 실지거래가액으로 보아 쟁점부동산의 취득가액을 산정하는 것이 타당하다고

판단됨.

1. 처분개요

가. 청구인은 2003.12.29. 대구광역시 북구 OOO 외 2필지 2,294㎡ 및 그 지상의 건물 2,423.54㎡(토지와 건물을 합하여 이하 “당초부동산”이라 한다)를 취득하고, 2009.12.29. 및 2011.4.27. 당초부동산 중 일부를 분할 양도한 후, 2024.1.11. 잔여토지 1,138㎡ 및 건물 1,965.27㎡(잔여건물 1,684.86㎡와 증축분 280.41㎡를 합한 면적이고, 잔여토지와 잔여건물을 합하여 이하 “쟁점부동산”이라 하며, 쟁점부동산과 증축분을 합하여 이하 “쟁점부동산등”이라 한다)를 ㈜A에 OOO원에 양도하고 2024.3.15. 아래 ＜표1＞과 같이 2024년 귀속 양도소득세 예정신고·납부를 하였으며, 처분청은 이를 시인하였다.

＜표1＞

청구인의 2024년 귀속 양도소득세 신고내역

○○○

나. 부산지방국세청장은 2025.4.8.∼2025.4.25. 기간 동안 처분청에 대한 종합감사를 실시한 결과, 청구인이 쟁점부동산등의 양도에 대하여 양도소득세 신고 시 쟁점부동산의 취득가액을 입증하는 서류로 제출한 당초부동산의 부동산매매계약서(이하 “쟁점계약서”라 한다)가 계약일 이후 소급하여 작성된 계약서이고 대금거래증빙이 확인되지 않는다고 보아, 청구인이 쟁점계약서의 매매대금(OOO원)에서 분할 양도분의 가액을 차감하여 신고한 쟁점부동산의 취득가액 OOO원(이하 “쟁점취득가액”이라 한다)을 부인하고 장부상가액(OOO원)에서 분할 양도분의 가액을 차감한 OOO원(이하 “쟁점장부가액”이라 한다)에 당초부동산의 증축비(OOO원)와 감가상각비(OOO원)을 차가감하여 관련 양도소득세를 경정하도록 감사결과 처분지시를 하였고, 2025.12.17. 청구인에게 2024년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2026.2.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인은 2003.12.29. 당초부동산을OOO원이고, 이 금액에서 분할양도한 부분을 제외하여 쟁점부동산에 해당하는 과세표준을 계산하면 OOO원으로서 쟁점장부가액 OOO원에 근접하는 점에서 볼 때, 쟁점장부가액은 검인계약서 금액에 따라 기재한 것임을 알 수 있다.(다) 당초부동산은 대구광역시 북구 외곽의 주택지인 OOO 초입 대로변에 소재하여 취득 당시 인근 택지개발 호재로 부동산 가격이 높게 형성되었으나, 택지개발 완료 후 중심상권이 택지지구로 이동하면서 당초부동산은 개발에서 소외되고 부동산 가격이 정체된 상태로 남게 되었는데, 인터넷 포털(카카오맵)에서 거리뷰를 확인해보면 2008년 10월과 2025년 9월의 상태(취득연도인 2003년도의 거리뷰 자료는 없음)가 거의 변화가 없는 것으로 확인된다.(라) 쟁점부동산의 취득 및 양도가액 비교표(아래 ＜표2＞ 참조)를 살펴보면, ㉠기준시가 기준 상승률 99.5%와 ㉡청구인의 양도소득세 신고(쟁점취득가액) 기준 상승률 70.8%는 차이가 작은 반면, ㉢처분청의 결정(쟁점장부가액) 기준 상승률은 179.9%로 현저히 높은 것으로 나타나므로, 쟁점장부가액이 실지거래가액을 반영하지 못한 임의의 금액임을 알 수 있다.

＜표2＞

쟁점부동산의 취득 및 양도가액 비교표

○○○

(마) 처분청은 당초부동산의 매매대금이 쟁점계약서상 가액(OOO원)이었다면 건물 잔금 OOO원을 지급하기 위해 청구인 소유의 다른 토지에 공동담보를 설정할 필요가 없었을 것이라는 의견이나, 청구인은 관할 구청에는 검인계약서 금액으로 신고를 하였는데 당초부동산에 이미 채무담보(채권최고액 OOO원) 및 임대보증금 OOO원에 대한 근저당권·전세권이 이미 설정된 상태였으므로 OOO원의 대출(채권최고액 OOO원)을 받기 위해서는 공동담보가 필요했다.(바) 처분청은 청구인이 이 건 처분 이전에 처분청에 해명할 당시와 심판청구 당시 주장하는 내용에 차이가 있다는 의견이나, 처분청은 2025.4.16. 청구인에게 2025.4.21.까지 쟁점계약서 관련 금융거래내역 등을 해명하라고 요구하여, 청구인은 82세의 고령으로 당시의 구체적인 상황이나 사실을 정확하게 기억하지 못하는 상황에서도 금융기관을 방문하여 최대한 22년 전 거래의 증빙을 찾아 제출하고자 하였으나 금융기관도 20여년 전의 거래원장 등을 보관하지 않아 해명에 시간적·물리적 어려움을 겪었고, 심적 부담이 가중된 상태에서 청구인의 딸(B)을 통해 간접적으로 해명자료를 작성하였으므로 다소 미흡하거나 착오에 따라 기재한 사항이 있었으나, 이 건 심판청구 시 추가 입증자료 등을 찾아 쟁점계약서상 매매대금을 지급하였음을 입증하였다.

(2) 청구인은 당초부동산의 취득가액을 해명하는 과정에서 처분청에 쟁점계약서를 제출한 사실이 있고, 쟁점계약서는 소급하여 작성된 것이 아닌 분명한 원본으로서 실지거래의 증빙으로 인정되어야 한다.(가) 청구인은 2025.4.16. 처분청의 해명 요구를 받고 쟁점계약서 원본을 처분청에 제출하는 등 적극 협조하였고, 처분청 담당공무원이 “쟁점계약서에 대해 포렌식 문서 감정을 하려고 하는데 동의할 수 있냐”고 하여 지체 없이 동의하였으며(실제로 포렌식은 진행되지 아니함), 감사기간 종료 후 쟁점계약서 원본을 돌려받았다.(나) 처분청은 「공인중개사법」의 개정연혁에 비추어 볼 때, “소속공인중개사”라는 용어는 당초부동산 취득 당시 법령에 없던 용어였으므로 쟁점계약서가 2005.7.29. 「공인중개사법」개정 이후에 작성된 것이라는 의견이나, 2002.11.21. 건설교통부령 제338호로 개정된 「부동산중개업법 시행규칙」별지 제15호 서식의 [중개대상물 확인·설명서(Ⅰ)] 제3쪽 중하단에 “소속공인중개사” 성명·서명 기재란이 있음이 확인되므로 처분청의 판단은 관련 규정을 오인한 것이다.(다) 쟁점계약서는 계약서의 형식, 종이의 질감, 변색 정도, 보관 상태, 인영 및 필적, 특약사항 등 모든 면에서 진정한 원본임이 육안으로 쉽게 판별되고, 불복 준비 과정에서 전국 법원에 등록된 감정원인 OOO에 감정을 의뢰한 결과 취득시점인 2003년에 작성된 계약서로 감정되었으며, 청구인이 당초부동산의 종전소유자인 C(이하 “종전소유자”라 한다)를 수소문하여 찾아 쟁점계약서상 매매대금으로 작성된 ‘거래사실 및 대금영수 확인서’도 수령하였다.

(3) 청구인이 당초부동산을 취득한 시기는 양도소득세의 실지거래가액 과세제도 시행(2007.1.1.) 및 부동산 실거래가 등기부 기재 제도 시행(2006.6.1.) 이전임에도 처분청이 법적 근거도 없이 청구인에게 적격증빙을 요구하며 실지거래가액을 부인한 것은 부당하다.(가) 청구인은 2003.10.17. 종전소유자와 당초부동산을 OOO원에 매매하기로 하는 쟁점계약서를 작성하였고, 종전소유자의 요청에 따라 수표, 현금인출 등 현금성 화폐로 대금의 상당부분을 지급하였는데, 2000년대 초반은 대금결제 수단으로 계좌이체보다 현금(수표) 지급이 훨씬 빈번하고 일반적으로 여겨지던 시기였다.(나) 청구인은 처분청의 자료제출 요구를 받고 당시 대금거래를 입증하고자 금융기관을 방문하였으나, 22년 전의 금융거래자료는 확인할 수 없다는 답변을 받았고, 또한 청구인은 양도소득세의 실지거래가액 과세제도 시행(2007.1.1.) 및 부동산 실거래가 등기부 기재 제도 시행(2006.6.1.) 이전에 당초부동산을 취득하였으므로 현행 규정에 따른 적격증빙을 보관할 의무도 없다.

(4) 청구인은 쟁점취득가액을 입증할 금융거래증빙을 최대한 찾아냈고, 총 OOO원을 입증할 메모(OOO원), 계좌입금내역(OOO원), 대금수령영수증(OOO원), 계좌출금내역(OOO원) 등을 제출하였으며, 위 금액에 청구인이 취득 시 승계한 임대보증금 채무(OOO원), 쟁점계약서 특약사항에 표시된 3층 주택 임대보증금 (OOO원)을 합하면 쟁점취득가액 중 OOO원(95.3%)이 증빙을 통해 확인된다.

(5) 처분청은 청구인이 신고한 실지거래가액을 부인하고 청구인이 당초부동산에서 임대업을 영위하면서 장부에 기재한 쟁점장부가액을 실지거래가액으로 보아 이 건 양도소득세를 부과하였는데, 처분청은 쟁점장부가액이 실지거래가액임을 입증하지 못하였으므로 이 건 부과처분은 위법하다. (가) 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 「소득세법」 제97조 제1항 가목에 따라 실지거래가액을 우선 적용하고, 이후 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액을 순차적으로 적용한 금액을 적용하는 것인데, 이는 2007.1.1. 양도소득세 과세체계가 실지거래가액 과세제도로 변경되면서 개정 규정 시행 이전에 이미 부동산을 취득한 납세자의 불이익을 방지하고, 과세의 편의를 도모하기 위하여 취득가액 적용 순서를 정해놓은 것으로 볼 수 있다. (나) 납세의무자가 작성·비치하고 있는 장부에 자산가액이 기재되어 있다 하더라도 그 기재가 자산의 실지취득가액을 확정시키는 효과가 있는 것이 아니고, 납세의무자가 신고한 실지거래가액을 부인하고 장부가액을 실지취득가액으로 적용하기 위해서는 과세관청이 장부가액을 실지취득가액으로 볼 수 있는 지를 입증하여야 하나(대법원 1988.2.9. 선고 87누536 판결, 대법원 2015.10.29. 선고 2015두47379 판결 등, 같은 뜻임), 처분청은 이를 입증하지 아니하고 청구인이 장부에 기록한 취득가액으로 종합소득세 신고를 해왔다는 점만으로 쟁점장부가액을 쟁점부동산의 취득가액으로 적용한 것으로서 이는 명백히 잘못되었다.

(다) 또한 청구인이 2011.4.27. 당초부동산의 일부를 분할 양도한 후 양도소득세를 신고할 당시에도 쟁점계약서상 실지거래가액(OOO원)을 기준으로 취득가액을 신고하였고, 당시 관할 세무서장은 이를 취득가액으로 정상 인정하였는데, 이로부터 14년이 경과한 시점에서 동일한 계약서의 거래가액을 실지거래가액이 아니라고 본 처분은 「국세기본법」 제15조에 따른 신의성실원칙에 어긋난다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점계약서의 중개대상물확인·설명서(Ⅰ) 서식이 당초부동산의 취득 당시에 실제로 통용되던 서식이라고 해서 쟁점계약서에 기재된 내용까지 모두 사실로 인정되는 것은 아니다.(가) 부산지방국세청장의 처분청에 대한 종합감사 과정에서 청구인이 취득가액으로 신고한 쟁점취득가액이 당시 기준시가나 지방세 시가표준액보다 월등하게 높고, 쟁점부동산 중 건물 시세도 2000년대 초반 인근지역의 상가 건물 시세와 큰 차이가 있는 점을 확인하여, 2025.4.15. 청구인에게 쟁점계약서의 원본과 대금지급내역 등을 요청하였는데, 청구인이 제출한 대금지급증빙은 거래를 명확하게 입증하지 못하였고 쟁점계약서 원본은 제출되지 아니하여, 처분청은 쟁점계약서를 매매계약일 이후에 소급작성되어 사실과 다른 계약서로 판단하고 쟁점장부가액을 취득가액으로 적용하여 청구인에게 이 건 양도소득세를 부과하였다.(나) 청구인은 당초부동산 중 건물의 잔금을 지급하기 위해 해당 건물과 청구인이 2000.3.29. 매입한 대구광역시 서구 OOO 소재 건물 343㎡ 및 토지 841㎡에 공동담보를 설정하여 총 OOO원을 대출받은 사실이 있는데, 만일 청구주장대로 당초부동산의 실지거래가액이 OOO원이었다면 청구인은 당초부동산을 단독담보로 하여 충분히 대출이 가능하였을 것이다.

(2) 청구인이 당초부동산 취득 당시 취득세 신고 과세표준과 일치하는 쟁점장부가액이 실지거래가액이 아니라 쟁점계약서에 따른 쟁점취득가액이 실지거래가액이라고 주장하기 위해서는 금융거래내역 등의 객관적인 증빙을 통해 이를 입증하여야 하나, 청구인은 이를 입증하지 못하였다.(가) 청구인은 쟁점계약서상 중도금 지급일과 무관하게 쟁점취득가액을 현금(수표)으로 출금하여 공인중개사 입회하에 종전소유자에게 지급하였다고 주장하며, 고액의 현금출금 내역과 종전소유자 및 그 대리인이 작성한 수령확인서를 제시하였으나, 이러한 자료를 쟁점취득가액이 실제로 종전소유자에게 전달되었는지를 입증하는 객관적인 금융거래증빙으로 볼 수는 없다.(나) 또한 청구인이 쟁점계약서상 매매대금의 지급과 관련하여 부산지방국세청장의 감사 당시 처분청에 소명한 내용과 이 건 심판청구에서 주장하는 내용을 비교하면 아래 ＜표3＞과 같이 상이하다.

＜표3＞

청구주장에 따른 대금지급내역과 감사 당시 해명내역 비교

○○○

(다) 청구인이 청구주장과 같이 당초부동산의 매매대금을 수표로 지급하였다면, 종전소유자가 배서하여 현금화했음이 입증될 것이나, 종전소유자의 계좌(OOO 계좌번호 092-95-0031**-***)를 통해 확인되는 입금액은 2003.10.17. 계약금 OOO원, 2003.12.2. 중도금 OOO원, 2003.12.9. OOO원 등 총 OOO원에 불과하다.(라) 청구인이 당초부동산 취득과 관련하여 종전소유자에게 지급한 것으로 확인되는 금액은 위 OOO원과, 임대보증금 승계액 OOO원, 종전소유자의 축협 대출금 상환액 OOO원, 주택부분의 종전소유자 임대보증금 OOO원 등 합계 OOO원으로서 쟁점계약서상 매매대금에 미치지 못한다.(마) 청구인이 제시한 OOO 계좌(계좌번호 75506*****)는 입출금이 수시로 반복되었고, 청구인은 해당 계좌에서 2003.10.30. OOO원을 출금하여 중도금 OOO원을 지급하였다고 주장하나 같은 날 다시 OOO원이 청구인의 같은 계좌로 입금되었으므로 이로써 중도금 OOO원을 종전소유자에게 지급한 사실이 입증된다고 볼 수 없다.(바) 2000년대 초반에도 금융계좌를 통한 이체는 이미 보편화되어 부동산을 거래할 때 계좌로 매매대금을 이체하는 것이 원칙이었음에도, OOO원이라는 고액의 현금을 출금하여 종전소유자에게 지급하였다는 것은 일반적인 형태라고 볼 수 없고, 그 거래내역을 객관적으로 확인할 수도 없다.

(3) 쟁점장부가액은 청구인이 부동산임대사업을 영위하면서 복식부기의무자로서 성실하게 기장해 온 장부에 근거한 것으로서, 청구인은 매년 임대소득 계산 시 장부에 기장한 건물의 감가상각비를 필요경비로 신고하였고, 2009.12.29. 대구광역시 북구 OOO 토지 취득, 같은 동의 1068-7 및 1068-8 토지 양도, 2011.4.27. 같은 동 1068-1 및 1068-10 토지와 건물의 양도 시에도 장부가액을 기준으로 하여 종합소득세를 신고하였으며, 2019년에 세무대리인을 변경하기 이전까지 장부가액을 재무제표에 반영해 왔으므로 이를 허위 작성이라고 볼 수 없고 실질과세원칙에 따라 쟁점장부가액을 배제할 이유도 없다.

(4) 청구인은 당초부동산을 취득할 당시에는 취득세 부담 완화를 목적으로 임의로 매매가액을 낮추어 기재한 검인계약서를 작성하는 것이 관행이었다고 주장하나, 관행에도 불구하고 검인계약서상 매매가액을 실지거래가액으로 신고하는 경우에도 특별한 사정이 없는 한 당사자 사이의 매매계약 내용대로 작성되었다고 추정하는 것으로서 검인계약서상 매매가액이 당연하게 부인되는 것이 아니다.(가) 청구주장대로 취득세 부담 완화를 위해 실제 계약서가 아닌 검인계약서 등을 작성하고 취득세 신고 후 이를 장부에 기재한 것이라면, 더욱이 청구인은 취득세 시가표준액(OOO원)보다OOO원이나 높은 거래가액(OOO원)으로 당초부동산의 취득세를 신고할 이유가 없었으므로 청구인이 실지거래가액으로 취득세를 신고하였다고 보아야 한다.(나) 일반적으로 상가건물을 매입하는 목적은 투자를 통한 양도차익 외에도 임대료 수익을 얻기 위함인데, 취득 당시 쟁점부동산의 건물의 임대수익률이나 장부가액은 인근지역의 유사 상가 건물과 비교해 보아도 더 높지 않았던바, 대구광역시에서 오랫동안 부동산 임대업을 영위하면서 인근 부동산 시세를 누구보다 더 잘 알았을 청구인이 굳이 주변 시세보다 약 OOO원 더 비싸게 상가를 매입하였다는 주장은 신빙성이 떨어지고, 또한 인근 유사 상가건물의 경우도 청구인보다 보유기간이 짧음에도 불구하고 취득가액 대비 양도가액의 변동률이 25~150%로 다양하므로 처분청의 결정 기준 취득가액 대비 양도가액 변동률이 179.9%라 해서 이를 불합리하다고 단정할 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

장부상 가액이 아닌 쟁점계약서상 매매대금을 실지거래가액으로 보아 쟁점부동산의 취득가액을 산정하여야 한다는 청구주장의 당부나. 관련 법률

(1) 소득세법제97조【양도소득의 필요경비 계산】

① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액. 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 나목의 금액을 적용한다.

가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액을 순차적으로 적용한 금액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것제114조【양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지】

⑥ 제4항을 적용할 때 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 따라 양도소득 과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 그 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 경우에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득 과세표준과 세액을 경정한다.

(2) 공인중개법(2005.7.29. 법률 제7638호로 개정된 것)제2조【정의】

4. “중개업자”라 함은 이 법에 의하여 중개사무소의 개설등록을 한 자를 말한다.

5. “소속공인중개사”라 함은 중개업자에 소속된 공인중개사(중개업자인 법인의 사원 또는 임원으로서 공인중개사인 자를 포함한다)로서 중개업무를 수행하거나 중개업자의 중개업무를 보조하는 자를 말한다. (신설 2005.7.29.)

6. “중개보조원”이라 함은 공인중개사가 아닌 자로서 중개업자에 소속되어 중개대상물에 대한 현장안내 및 일반서무 등 중개업자의 중개업무와 관련된 단순한 업무를 보조하는 자를 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점계약서(＜별지1＞ 참고)는 청구인이 2003.10.17. 당초부동산[대구광역시 북구 OOO 전부]을 종전소유자(대리인 D가 작성 및 날인함)로부터 양수하는 것을 내용으로 하여 부동산중개업자 E의 입회하에 작성되었고, 그 내용에 따르면 매매대금은 총 OOO원으로서 계약금 OOO원은 계약 시에, 중도금 OOO원은 2003.11.8.에, 잔금은 2003.12.30.까지 지급하며, 3층의 주택 부분은 2004년 말까지 OOO원에 종전소유자에게 임대한다는 특약 등이 확인된다.

(2) 청구인은 당초부동산 매매대금 OOO원 중 OOO원의 지급증빙이 확인되고, 포괄승계한 임대보증금 OOO원과 3층 주택 임대보증금 OOO원을 더하면 합계 OOO원의 지급 사실이 확인된다고 주장하며, 다음과 같은 자료를 제출하였다.(가) 청구인이 당초부동산 매매대금을 지급하고 종전소유자로부터 받았다고 주장하며 제출한 2003.10.30.자 중도금 OOO원 및 2003.12.29.자 매매정산금 OOO원의 영수증은 아래 ＜표4＞(영수증 관련 금융거래증빙은 ＜표6＞ 참고)와 같다.

＜표4＞

2003.10.30.자 및 2003.12.29.자 영수증(문서감정필)

○○○

(나) 청구인은 종전소유자가 당초부동산의 매매대금으로 OOO원(임대보증금 포함)을 영수하였다는 내용으로 작성한 2025.9.23.자 ‘거래사실 및 대금영수 확인서’를 아래 ＜표5＞와 같이 제출하였다.

＜표5＞

거래사실 및 대금영수 확인서(2025.9.23.자)

○○○

(다) 청구인은 당초부동산 매매대금 중 합계 OOO원의 지급(임대보증금 승계액 OOO원, 종전소유자의 주택 부분 임대보증금 OOO원 등을 포함하면 OOO원이고, 쟁점계약서상 매매대금은 OOO원임)과 관련한 금융거래내역을 아래 ＜표6＞과 같이 정리하여 제출하였고[＜별지3＞ 쟁점계약서 매매대금 지급 증빙, ＜별지4＞ 청구인 수첩 메모내용, ＜별지5＞ 무통장입금증 및 종전소유자 계좌(OOO 계좌번호092-95-0031**-***) 입금내역 참고],처분청은 이에 대하여 2003.10.30. 청구인의 계좌에서 OOO원이 출금된 후 바로 OOO원이 다시 청구인의 계좌로 입금되었기 때문에 이를 중도금 OOO원의 출금 증빙으로 볼 수 없고, 종전소유자의 계좌에 입금된 것으로 확인되는 금액은 계약금 OOO원과 중도금 OOO원 등 합계 OOO원으로서, 그 외의 임대보증금 승계액 OOO원, 종전소유자의 축협 대출 상환금액 OOO원, 종전소유자의 주택 부분 임대보증금 OOO원을 포함하여 합계 OOO원(취득세 신고 시 매매가액 OOO원, 장부가액 OOO원임)에 불과하다는 의견이다.

＜표6＞

당초부동산 매매대금 지급 관련 금융거래내역 정리

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(라) 당초부동산의 등기부상 담보설정 내역에 따르면, 청구인은 당초부동산 및 청구인 소유의 다른 부동산에 공동담보를 설정하여 2023.12.29. OOO원을 대출받아 잔금을 지급한 것으로 나타나고, 처분청은 청구인이 만약 당초부동산을 쟁점계약서상 매매대금으로 취득하였다면 단독담보로 대출이 가능하였을 것이라는 의견이나, 청구인은 이에 대하여 취득 당시 이미 당초부동산에 채무담보 및 임대보증금에 따른 근저당·전세권이 설정되어 있었기 때문에 공동담보가 필요했다고 설명하였다.

(3) 청구인은 쟁점계약서, 2003.10.30.자 영수증, 2003.12.29.자 영수증에 대하여 OOO(서울특별시 서초구 소재)에 문서 감정을 의뢰한 결과, 위 쟁점계약서 및 영수증들이 2003년경에 작성되었을 가능성이 높은 문서로 추정된다는 내용의 감정서(2026.1.9.자)를 ＜별지6＞과 같이 제출하였다.

(4) 청구인의 사업장(사업자번호 504-15-57***)의 연도별 표준대차대조표 및 표준손익계산서에 따르면 아래 ＜표7＞과 같이 장부를 계상한 것으로 확인된다.

＜표7＞

청구인의 종합소득세 신고 시 장부가액 내역

○○○

(5) 당초부동산의 취득세 시가표준액과 청구인이 신고한 취득세 과세표준 등을 비교하면 아래 ＜표8＞의 내용과 같고, 청구인은 취득세 시가표준액(OOO원)보다 OOO원 가량 높은 OOO원으로 취득세 과세표준을 신고하고 장부가액은 약 OOO원으로 계상한 것으로 나타나며, 청구인이 신고한 취득세 과세표준의 근거가 되는 검인계약서는 제출되지 아니하였다.

＜표8＞

당초부동산 취득세 시가표준액과 청구인의 취득세 과세표준 등

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(6) 처분청이 당초부동산 취득 시점의 인근 유사 상가건물의 거래내역을 조사하여 제출한 내역은 아래 ＜표9＞와 같고, 인근 유사 상가건물은 취득 당시 취득세 과세표준액(OOO원)을 거래가액으로 신고한 것으로 나타나며, 국세청 통합전산망에서 해당 상가건물의 임대수입을 조회하여 쟁점부동산과 비교한 결과, 대구광역시 북구 OOO건물의 임대수입이 가장 높고, 쟁점부동산의 임대수입이 가장 낮았던 것으로 확인되었다.

＜표9＞

당초부동산 인근 유사 상가건물 위치 및 거래내역

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(7) 처분청이 제출한 청구인의 사업자등록 내역은 아래 ＜표10＞과 같다.

＜표10＞

청구인의 사업자등록 내역

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(8) 청구인은 2009.12.29. 및 2011.4.27. 당초부동산 중 일부를 분할 양도하였고, 처분청은 아래 ＜표11＞과 같이 청구인의 2011.4.27. 양도분 양도소득세 신고 자료를 제출하였으며, 이에 따르면 청구인은 쟁점계약서상 매매대금에 근거하여 취득가액을 계산하여 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였고 처분청은 이를 시인한 것으로 나타난다.

＜표11＞

청구인의 2011.4.27. 분할 양도분 양도소득세 신고내역

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(9) 청구인은 2026.6.16. 우리 원의 조세심판관 회의에 출석하여 쟁점계약서 원본, 종전소유자가 작성한 2003.10.30.자 및 2003.12.29.자 영수증 원본, 청구인이 2003년도에 사용한 수첩 원본을 심판관들에게 제시하였고, 부산지방국세청 감사관실 소속 조사관은 청구인이 감사기간 종료 전에 쟁점계약서 원본의 반환을 요청하여 포렌식을 하지 못하였다고 진술하였으며, 청구인은 감사기간 종료 이후 처분청으로부터 쟁점계약서 원본을 돌려받았고 이에 따라 본인의 부담으로 문서 감정을 실시하게 되었다고 답변하였다.

(10) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구인이 임대업을 영위한 복식부기의무자로서 오랜 기간 동안 장부를 기장하고 종합소득세를 신고해 왔으므로 당초부동산의 장부상가액(OOO원)에서 분할양도분의 가액을 차감한 쟁점장부가액(OOO원)을 쟁점부동산의 취득가액으로 인정하여야 한다는 의견이나,청구인이 당초부동산을 취득한 시기(2003.12.29.)는 실거래가 등기부 기재 제도(2006.6.1. 시행) 및 양도소득세의 실지거래가액 과세 제도(2007.1.1. 시행)가 시행되기 전으로서 실제 매매가액보다 낮은 가액으로 검인계약서를 작성하여 취득·등록세를 신고하는 관행이 있었고 청구인은 취득세 과세표준(OOO원)과 유사한 수준으로 장부가액(약 OOO원)을 계상한 것으로 보이는 점, OOO의 감정서(2026.1.9.자)에 따르면 쟁점계약서와 2003.10.30.자 중도금 OOO원 및 2003.12.29.자 매매정산금 OOO원의 각 영수증은 기재연도 경에 작성된 문서일 가능성이 높은 것으로 추정된다는 내용이 확인되고, 청구인이 2026.6.16. 조세심판관 회의에 출석하여 직접 제시한 쟁점계약서 원본 및 영수증을 확인한바 양도소득세 신고를 위해 사후에 임의로 만든 문서라고 보기 어려운 점, 청구인은 당초부동산을 분할하여 2009.12.29. 및 2011.4.27. 양도한 사실이 있고 처분청이 제출한 2011.4.27. 양도분 양도소득세 신고 자료에 따르면 청구인은 쟁점매매계약서상 매매대금에 근거하여 취득가액을 신고하였으며 처분청은 이를 시인한 것으로 나타나는 점 등에 비추어, 청구인이 제시한 쟁점계약서상 매매대금(OOO원)을 실지거래가액으로 보아 쟁점부동산의 취득가액을 산정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지1＞

쟁점계약서(2003.10.17.자) 주요 내용

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＜별지2＞ 사업포괄양도양수계약서(2003.11.10.자)

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＜별지3＞ 쟁점계약서 매매대금 지급 증빙

① 청구인 명의 OOO 계좌(계좌번호 75506***-**)

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② 청구인 명의 구 OOO은행 계좌(구 계좌번호 049220*****)

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＜별지4＞ 청구인 수첩 메모내용

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＜별지5＞ 무통장입금증 및 C 계좌 입금내역

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＜별지6＞ OOO의 쟁점계약서 감정서

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