청구법인의 특수관계 내국법인의 주식 100분의 30 초과보유분에 대하여 10년의 부과제척기간을 적용하여 증여세 가산세를 부과한 처분의 당부

이 건 가산세는 상증법 제48조 제9항에 따라 증여세 과세가액에 포함되어 세목은 증여세로 보아야 하고, 증여세의 부과제척기간은 「국세기본법」제26조의2 제4항에 따라 10년으로 규정하고 있는 점, 청구법인은 2011~2015사업연도의 외부회계 감사보고서를 미제출하였고, 2016사업연도의 감사보고서는 지연 제출하여 성실공익법인에 해당하지 않으므로 상증법 제48조 제9항에 따른 특수관계 있는 내국법인 주식 보유한도비율(30%)을 적용받아 이에 미달한 것에 대하여 처분청이 청구법인에게 이 건 증여세 가산세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨

1. 처분개요

가. 청구법인은 「사회복지사업법」에 따라 사회복지시설 지원 및 저소득층 지원을 목적으로 2005.3.1. 설립된 공익법인이다.

나. OOO청장(이하 “조사청”이라 한다)은 공익법인의 세법상 의무사항 전반에 대하여 검증한 결과, 청구법인이 「상속세 및 증여세법」(이하 “상증법”이라 한다) 제48조 제9항을 위반하여 특수관계에 있는 내국법인의 주식을 청구법인 총 재산가액의 100분의 30을 초과하여 보유하고 있는 것을 확인하여 처분청에 통보하였고, 처분청은 공익법인의 주식보유기준 초과분에 대한 가산세를 적용하여 2021.11.12. 및 2021.11.17. 청구법인에게 증여세 합계 OOO원(2011.12.31. 귀속분 OOO원, 2012.12.31. 귀속분 OOO원, 2013.12.31. 귀속분 OOO원, 2014.12.31. 귀속분 OOO원, 2015.12.31. 귀속분 OOO원, 2016.12.31. 귀속분 OOO원)을 각 결정.고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2022.2.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 처분청은 이 건의 세목을 증여세로 고지하였으나, 실질적으로 증여와 무관한 가산세이므로 이에 대하여 10년의 부과제척기간을 적용하여 과세한 처분은 부당하다.(가) 가산세는 독립된 세목이 있는 것이 아니라 개별 세법에 의하여 산출한 소득세, 법인세, 상속세 등 본세에 가산세를 가산한 금액을 전체 세액으로서 징수하나, 이는 징수절차의 편의에 기인한 것일 뿐 세법이 정하는 바에 따라 성립.확정하는 국세와는 본질적으로 그 성질이 다르다(대법원 2001.10.26. 선고 2000두7520 판결, 같은 뜻임).(나)상증법 제48조제9항에 따라 내국법인의 주식 보유기준을 초과하는 경우 공익법인이 납부할 세액에 가산하여 부과하는 이 건 가산세는 실질적으로 청구법인이 납부할 법인세에 가산하여 부과하는 가산세로 보아야 한다.(다) 국세청이 과거 공익법인의 주식 보유기준 초과에 대하여 가산세를 부과하지 않다가 최근에야 10년의 부과제척기간을 적용하여 가산세를 부과하는 것은 오랜 기간 동안 스스로 형성한 관행을 위반하는 것이고, 관련 법령의 개정이 없었음에도 불구하고 합리적인 이유없이 ‘과거’의 공익법인과 ‘현재’의 공익법인을 차별하는 것이라는 점에서 조세공평주의를 위반하는 처분이라고 할 것이다.

(2) 처분청은 이 건과 관련하여 2016.10.21. 청구법인에게 해명자료 제출 안내를 보내 조사를 진행하였고, 청구법인이 이에 대하여 소명자료와 외부감사보고서를 제출한 뒤 종결된 사안임에도 불구하고 2021.3.31. 해명자료 제출 안내를 통해 이 건 부과처분을 한 것은 납세자의 보호할 가치 있는 신뢰를 침해하였다는 점에서 신의성실의 원칙을 위반한 과세처분이라 할 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인(공익법인)의 의무위반에 대하여 10년의 부과제척기간을 적용하여 증여세 가산세를 부과하여 처분한 것은 적법하다.(가) 조세심판원은 공익법인의 상증법상 의무위반에 대하여 10년의 부과제척기간을 적용하여 증여세(가산세)를 고지한 처분이 적법하다고 결정하였다(조심 2021서1495, 2021.12.22. 등 다수, 같은 뜻임).(나) 청구법인이 주장하는 비과세관행이 성립하려면 상당한 기간에 걸쳐 과세를 하지 아니한 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라, 과세관청이 그 사항에 관하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 과세하지 않는다는 의사가 있어야 하며, 단순한 과세누락과는 달리 과세관청이 상당기간의 비과세 상태에 대하여 과세하지 않겠다는 의사표시를 한 것으로 볼 수 있는 사정이 있어야 하는 것(대법원 1991.5.28. 선고 90누8947 판결)인바, 이 건은 위와 같은 사정은 확인할 수 없고, 위의 선결정례와 같이 공익법인의 의무위반에 대하여 10년의 부과제척기간을 적용하여 증여세(가산세)를 부과한 사례가 다수 있음에도 오히려 청구법인에게 과세를 하지 않는 것이 조세공평주의(조세평등주의)를 위반하는 것이라고 할 것이다.

(2) 처분청이 청구법인에 대하여 이 건 증여세 가산세를 부과한 처분은 신의성실의 원칙을 위반하지 않았다.(가) 청구법인은 2016년 10월 처분청의 해명자료 제출 요구에 따라 2016년 귀속 외부감사보고서를 2017년 9월경 제출하였고, 이 후 사업연도에 대하여 외부감사를 진행하였으며, 이에 대한 처분청의 가산세 부과처분은 없었으나, 해명요구 후 과세하지 않았다는 사실만으로 납세자에게 해당 사유로는 앞으로 과세를 하지 않겠다는 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 한 것으로 볼 수는 없다.(나) 청구법인은 외부감사를 미이행한 2011∼2015사업연도 및 지연 이행한 2016사업연도에 대하여 과세되지 않을 것을 신뢰했다고 보기 어렵고, 신의성실의 원칙은 합법성을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의, 형평에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있는 경우에 적용되나, 이 건의 경우 청구법인의 특별한 사정은 확인되지 않으며, 오히려 청구법인에 대한 과세는 공익법인을 이용한 계열법인에 대한 지배력 강화 방지라는 법령의 취지에 부합하는 적법한 처분이라고 할 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 청구법인의 특수관계 내국법인의 주식 100분의 30 초과보유분에 대하여 처분청이 10년의 부과제척기간을 적용하여 증여세 가산세를 부과한 처분의 당부

② 신의성실원칙의 위반여부나. 관련 법률

(1) 국세기본법제3조(세법 등과의 관계)

① 국세에 관하여 세법에 별도의 규정이 있는 경우를 제외하고는 이 법에서 정하는 바에 따른다.제15조(신의ㆍ성실) 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다.제26조의2(국세의 부과제척기간)

① 국세를 부과할 수 있는 기간(이하 “부과제척기간”이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다.

④ 제1항 및 제2항에도 불구하고 상속세ㆍ증여세의 부과제척기간은 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년으로 하고, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 15년으로 한다. 부담부증여에 따라 증여세와 함께「소득세법」 제88조제1호 각 목 외의 부분 후단에 따른 소득세가 과세되는 경우에 그 소득세의 부과제척기간도 또한 같다.제47조(가산세 부과)

① 정부는 세법에서 규정한 의무를 위반한 자에게 이 법 또는 세법에서 정하는 바에 따라 가산세를 부과할 수 있다.

② 가산세는 해당 의무가 규정된 세법의 해당 국세의 세목(稅目)으로 한다. 다만, 해당 국세를 감면하는 경우에는 가산세는 그 감면대상에 포함시키지 아니하는 것으로 한다.

(2) 상속세 및 증여세법(2020.12.22, 법률 제17654호로 개정되기 전의 것)제48조(공익법인등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입등)

⑨ 공익법인등(국가나 지방자치단체가 설립한 공익법인등 및 이에 준하는 것으로서 대통령령으로 정하는 공익법인등과 성실공익법인등은 제외한다)이 대통령령으로 정하는 특수관계에 있는 내국법인의 주식등을 보유하는 경우로서 그 내국법인의 주식등의 가액이 해당 공익법인등의 총 재산가액의 100분의 30(제50조 제3항에 따른 회계감사, 제50조의2에 따른 전용계좌 개설·사용 및 제50조의3에 따른 결산서류등의 공시를 이행하는 공익법인등에 해당하는 경우에는 100분의 50)을 초과하는 경우에는 제78조 제7항에 따른 가산세를 부과한다. 이 경우 그 초과하는 내국법인의 주식등의 가액 산정에 관하여는 대통령령으로 정한다.제78조(가산세 등)

⑦ 세무서장등은 공익법인등이 제48조 제9항에 따른 내국법인의 주식등의 보유기준을 초과하여 주식등을 보유하는 경우에는 매 사업연도 말 현재 그 초과하여 보유하는 주식등의 시가의 100분의 5에 상당하는 금액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 공익법인등이 납부할 세액에 가산하여 부과한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 조사청의 청구법인에 대한 조사종결보고서(2021년 9월)의 주요 내용은 다음과 같다.OOO

(2) 처분청은 2016.10.21. “공익법인 의무이행 해명자료 제출 안내”라는 공문을 통해 청구법인에게 주식보유비율의 적정 여부를 확인할 수 있는 서류를 제출할 것을 요청하였고, 청구법인은 회계감사, 공시를 이행하는 경우 주식보유제한비율 50%를 적용받을 수 있으며, ㈜AAA개발 및 ㈜AAA컨벤션은 양사 대주주인 BBB과 기존 대주주인 CCC이 협의이혼(2015.1.22.)하여 특수관계 있는 내국법인에 해당하지 않으므로 주식보유비율 50%를 초과하지 않았다는 취지로 답변하였고, 2016사업연도의 감사보고서(OOO회계법인 작성)를 제출하였다.

(3) 처분청은 2021.3.31. “공익법인 신고 관련 해명자료 제출 안내”라는 공문을 통해 청구법인에게 2011∼2019사업연도 공익법인 신고 서류 제출(출연재산의 적정사용 여부 확인, 외부전문가의 세무확인서 보고 의무 관련, 외부 회계감사를 받아야 할 의무 관련)을 요청하였고, 청구법인은 2016사업연도 이후의 감사보고서를 제출하였다.

(4) 청구법인과 처분청은 청구법인과 내국법인과의 특수관계 여부, 주식보유기준을 초과하여 주식 등을 보유한 사실, 가산세 금액에 대하여는 다툼이 없으며, 청구법인이 소유하고 있는 주식은 모두 특수관계에 있는 내국법인의 주식이고, 총 자산가액의 30%를 초과하여 보유하는 주식의 매 사업연도 말 시가의 5%가 가산세로 고지된 것으로 확인된다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 이 건 증여세 가산세 부과처분이 실질적으로 증여와 무관한 가산세이므로 처분청이 이에 대하여 10년의 부과제척기간을 적용하여 과세한 처분은 부당하다고 주장하나,「국세기본법」 제47조제2항에 따르면, 가산세는 해당 의무가 규정된 세법의 해당 국세의 세목으로 규정하고 있는바, 이 건 가산세는상증법 제48조제9항에 따라 증여세 과세가액에 포함되어 세목은 증여세로 보아야 하고, 증여세의 부과제척기간은「국세기본법」 제26조의2제4항에 따라 10년으로 규정하고 있는 점, 우리 원은 공익법인의 보유주식 제한비율을 초과하여 보유하는 분에 대한 처분청의 증여세 가산세 부과처분이 타당하다고 판단한 점(조심 2018서43, 2018.6.7., 같은 뜻임), 청구법인은 2011∼2015사업연도의 외부회계감사보고서를 미제출하였고, 2016사업연도의 감사보고서는 지연 제출하여 성실공익법인에 해당하지 않으므로상증법 제48조제9항에 따른 특수관계 있는 내국법인 주식 보유한도비율(30%)을 적용받아 이를 초과한 것에 대하여 처분청이 청구법인에게 이 건 증여세 가산세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 처분청으로부터 이 건에 관련하여 “공익법인 신고 관련 해명자료 제출안내”를 받아 소명자료를 제출하여 종결되었고, 종결된 사건에 대하여 다시 과세하였으므로 이 건 증여세 가산세 부과처분은 신의성실의 원칙을 위반하여 위법하다고 주장하나, 처분청이 청구법인의 의무위반에 대하여 해명자료 제출을 요구하고, 이에 대하여 즉시 부과처분을 하지 않았다고 하여 보유주식 한도를 초과한 부분에 대하여 과세하지 않겠다는 ‘공적인 견해표명’을 하였다고 보기 어려운 점 등에 비추어 위와 같은 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다(조심 2018구3459, 2018.11.16. 외 다수, 같은 뜻임).

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」 제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.