비영리내국법인인 청구법인의 원천징수된 이자소득을 기한후 신고에 의하여 과세표준에 포함할 수 있는지 여부(기각)

비영리법인의 원천징수된 이자소득에 대하여 전부 또는 일부를 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있고 과세표준 신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 수정신고 또는 경정 등에 의하여 과세표준에 포함시킬 수 없도록 규정하고 있으므로 환급청구를 거부한 처분은 적법함

1. 처분개요

가. 청구법인은 2007.9.1. 설립된 비영리법인으로서 2008사업연도 법인세 과세표준신고서를 법정신고 기한내에 제출하지 아니하였다가, 2010.3.10. 고유목적사업준비금을 손금으로 계상하여 기한후신고를 하면서 원천징수된 이자소득세 40,241,630원(이하 “쟁점세액”이라 한다)의 환급을 신청하였다.

나. 처분청은 법정신고기한내에 신고를 하지 않은 경우 원천징수된 이자소득을 과세표준에 포함시킬 수 없다 하여, 2010.4.21. 청구법인에게 쟁점세액의 환급거부통지를 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.7.19. 이의신청을 거쳐 2010.11.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 OOOOOOOO에 설립·등록된 법인으로 학교안전사고를 예방하고, 학교안전사고로 인하여 입은 피해를 신속하게 보상하기 위하여 수익사업으로 학교 소독 및 저수조 청소사업을 하고 있으며, 국세심판원의 심판례(OO OOOOOOOOO, OOOOOOOOOO)에 의하면 신고기한 경과후의 법인세 환급세액 신고를 기한후 신고로 볼 수 있고, 「국세기본법」 제45조의3의 기한후 신고 규정을 “법정신고기한내 과세표준신고서를 제출하지 않은 자로서 납부할 세액이 있는 자”로 한정하였다가 환급받을 세액이 있는 자도 법정신고기간내 미신고에 따른 신고불성실가산세는 납부하면서 기한 후 신고제도를 이용하여 과다납부된 세액을 환급받을 수 있도록 하기 위하여 “법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 자”로 관련 법령을 개정한 사실이 있는 등 환급세액이 발생한 신고도 기한후 신고에 해당하므로 환급청구를 거부한 처분은 잘못이다.

나. 처분청 의견

기획재정부는 유권해석으로 비영리법인 기한후 환급신고 가능여부에 대해 환급불가로 해석(조세정책과-708, 2009.7.9.)하였으며, 「국세기본법」 제3조의 단서규정에 의하면 기한후 신고와 관련하여 「국세기본법」에 우선하여 특례규정을 따른다고 되어있는바, 비영리법인이 법정신고기한내에 원천징수된 이자소득에 대해 과세표준 신고를 하지 아니한 이상, 「법인세법 시행령」 제99조에 의거 기한후 신고로 과세표준에 포함시킬 수 없으므로 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

비영리내국법인인 청구법인의 원천징수된 이자소득을 기한후 신고에 의하여 과세표준에 포함할 수 있는지 여부

나. 관련법령

(1) 법인세법제3조【과세소득의 범위】

② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.2.「소득세법」 제16조 제1항 각호의 규정에 의한 이자ㆍ할인액 및 이익제29조【고유목적사업준비금의 손금산입】

① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령이 정하는 단체에 한한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금(이하 이 조에서 “고유목적사업 등”이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위 안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.1.「소득세법」 제16조 제1항 제1호부터 제11호까지의 이자소득의 금액제62조【비영리내국법인의 과세표준신고 특례】

① 비영리내국법인은 제3조 제2항 제2호의 규정에 따른 이자ㆍ할인액 및 이익(「소득세법」 제16조 제1항 제12호의 비영업대금의 이익을 제외하고, 투자신탁의 이익을 포함하며, 이하 이 조에서 “이자소득”이라 한다)으로서 제73조의 규정에 따라 원천징수된 이자소득에 대하여는 제60조 제1항에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 이자소득은 제14조의 규정에 따른 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다.

(2) 법인세법 시행령제99조【비영리내국법인의 과세표준신고의 특례】

① 법 제62조 제1항의 규정을 적용함에 있어서 비영리내국법인은 원천징수된 이자소득 중 일부에 대하여도 과세표준신고를 하지 아니할 수 있다.

② 법 제62조 제1항의 규정에 의하여과세표준신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 수정신고 또는 경정 등에 의하여 이를 과세표준에 포함시킬 수 없다.

(3) 국세기본법(2006.12.30. 법률 제8139호로 개정된 것)제45조의3【기한 후 신고】

① 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 자는 관할세무서장이 세법에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액(이 법 및 세법에 의한 가산세를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 결정하여 통지하기 전까지 기한후 과세표준신고서를 제출할 수 있다. 다만, 「자산재평가법」 제15조의 규정에 따른 재평가신고의 경우에는 그러하지 아니하다.

③ 제1항의 규정에 따라 기한후 과세표준신고서를 제출한 경우(납부할 세액이 있는 경우에는 해당 세액을 납부한 경우에 한한다) 관할세무서장은 세법에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정하여야 한다.

(4) 국세기본법(2006.12.30. 법률 제8139호로 개정되기 전의 것)제45조의3【기한 후 신고】

① 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 자로서 세법에 의하여 납부하여야 할 세액(세법에 의한 가산세를 제외한다)이 있는 자는 관할세무서장이 세법에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정하여 통지하기 전까지 기한후 과세표준신고서를 제출할 수 있다. 다만, 자산재평가법 제15조의 규정에 의한 재평가신고의 경우에는 그러하지 아니하다.

다. 사실관계 및 판단

(1)청구법인은 2007.9.1. 설립되어 학교안전사고를 예방하고, 학교안전사고로 인하여 입은 피해를 신속하게 보상해 주는 업무를 영위하는 비영리법인으로서, 2008사업연도에 저수조 청소사업 등의 수익사업으로 100,297,405원의 수입금액이 발생하였고, OOOO 등으로부터 287,451,545원의 이자소득이 발생하여 40,241,630원의 이자소득세(쟁점세액)를 원천징수 방식으로 납부하였다.

(2) 이 건 심리자료에 의하면, 청구법인은 2008사업연도 법인세 과세표준 신고를 법인세 신고기한인 2009.3.31.까지 하지 아니하였다가 기한 후인 2010.3.10. 원천징수 대상 이자소득을 과세표준에 포함하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상하고 원천납부세액(쟁점세액)의 환급을 청구하였으나, 처분청은 청구법인이 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니하였으므로 「법인세법」 제62조 및 「법인세법 시행령」 제99조에 의거 기한 후 신고에 의한 환급청구는 허용되지 아니한다 하여 쟁점세액의 환급거부통지를 한 것으로 나타난다.

(3) 청구법인은 「국세기본법」 제45조의3의 기한후 신고 규정이 2006.12.30. 개정되어 환급세액이 발생한 신고도 기한후 신고에 해당되고, 국세심판원의 심판례(OO OOOOOOOOO, OOOOOOOOOO)에 의하면 신고기한 경과후의 법인세 환급세액 신고를 기한후 신고로 볼 수 있는바, 환급을 거부한 처분은 부당하다고 주장하므로 이를 살펴본다. (가) 「법인세법」 제62조 제1항 및 같은 법 시행령 제99조에서는 비영리법인의 원천징수된 이자소득에 대하여 전부 또는 일부를 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있고, 과세표준 신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 수정신고 또는 경정 등에 의하여 과세표준에 포함시킬 수 없도록 규정하고 있는바, 이는 비영리법인의 이자소득의 과세방법에 대하여 선택권을 부여하되, 법적 안정을 위하여 일단 선택한 후에는 변경할 수 없게 하려는 취지이며, 기한 후 신고는 같은 법 제60조 제1항의 과세표준신고에 해당하지 아니하므로 비영리법인이 기한 후 신고를 하는 경우 원천징수 이자소득은 과세표준에 포함되지 아니하는 것으로 보인다. (나) 2010.1.1. 법률 제9911호로 개정된 「국세기본법」 제3조 제1항 및 2010.2.18. 대통령령 제22035호로 개정된 「법인세법 시행령」 제99조 제2항에서 비영리법인의 원천징수 이자소득에 대하여 기한 후 신고에 의하여 과세표준에 포함시킬 수 없도록 명시한 것은 본래의 규정 취지를 확인하는 규정으로 보이며, 조세심판원은 위 규정에 대하여 비영리법인이 원천징수 이자소득에 대해 신고기간내 과세표준신고서를 제출하지 않은 경우 원천징수과세방식을 선택한 것으로 보아 과세절차가 종결되므로 기한후 신고에 의한 환급신고를 할 수 없는 것(OO OOOOOOOOO, OOOOOOOOO OOOOO OOOO OO)으로 판단하고 있다.

(다) 살피건대, 「법인세법」 제62조 제1항 및 같은 법 시행령 제99조에서는 비영리법인의 원천징수된 이자소득에 대하여는 전부 또는 일부를 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있고, 과세표준 신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 수정신고 또는 경정 등에 의하여 과세표준에 포함시킬 수 없도록 규정하고 있는데, 이는 비영리법인의 이자소득의 과세방법에 대하여 선택권을 부여하되, 법적 안정을 위하여 일단 선택한 후에는 변경할 수 없게 하려는 취지로 보이는바, 청구법인은 신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니하였으므로 원천징수 과세방식을 선택한 것으로 보아 과세절차가 종결되었다 할 것이고, 따라서 기한 후 신고에 의하여 환급청구를 할 수 없는 것으로 보이므로, 처분청이 청구법인의 기한 후 신고에 의한 원천징수된 이자소득세(쟁점세액)의 환급청구를 거부한 처분에는 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없다고 판단되므로「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.