주택 양도후 2년이 경과하여 양도한 잔존 부수토지에 대하여 1세대 1주택 비과세를 적용할 수 있는지 여부 (쟁점1 관련)

舊 소득세법 시행규칙 제72조 제2항 규정내용 등을 종합할 때, 주택 양도후 2년이 경과하여 양도한 잔존 부수토지에 대하여 1세대 1주택 비과세를 적용하기 어려움

1. 처분개요

가. 청구인은 1968.8.20. 취득한 OOO 대지 324㎡, 주택 407.2㎡ 중 대지 일부(96㎡) 및 주택 전부(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 2009.11.12. OOO에 협의 양도하고, 잔존 토지(228㎡, 이하 “쟁점토지”라 한다)를 2012.6.13.(등기접수일) OOO에 협의 양도하였으며, 2012.7.25. 쟁점토지에 대한 양도소득세(OOO원)를 신고ㆍ납부한 후, 쟁점토지가 1세대 1주택의 부수토지로서 비과세에 해당한다고 보아 2012.9.4. 기납부한 양도소득세의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

나. 처분청은 쟁점토지가 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 의한 쟁점주택 협의 양도일(2009.11.21.)부터 2년 경과 후에 양도되었으므로 쟁점주택의 부수토지에 해당하지 아니한다고 보아 2012.9.27. 청구인에게 환급 경정청구를 받아들일 수 없다는 뜻을 통지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.10.10. 이의신청을 거쳐 2012.11.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 쟁점주택 및 쟁점토지를 1968년부터 1세대 1주택으로 보유하던 중 2009.11.21. 쟁점주택을OOO에 협의양도하고, 쟁점토지는 2년이 경과한 2012.6.11. OOO에 협의양도하였으나, 쟁점토지는 OOO 사정으로 2년이 경과되었을 뿐 쟁점주택 양도 후 8개월만인 2010.7.5. 도시계획의 변경으로 도로로 편입되고 사업계획변경고시가 되었으므로 쟁점토지의 양도소득세를 청구인이 부담하는 것은 부당하다.「소득세법 시행규칙」 제72조2항의 주택이 수용된 후 ‘2년 이내’에 양도하는 잔여토지에 대한 비과세는 2012.6.29. ‘3년 이내’로 개정되었던바, 불과 18일(쟁점토지 양도일 2012.6.11., 시행규칙 시행일 2012.6.29.) 차이로 개정 규정을 적용받지 못하는 것은 억울하고, 2년(또는 3년)은 불변기간이 아닌 주택과 부수 토지가 시차를 두고 수용된 경우 사실상 하나의 거래로 보기 위한 보완적 규정이므로 1세대 1주택 적용시 2년 이내로 제한하는 것은 부당하며, 쟁점토지와 함께 협의양도된 지장물의 보상금 수령일(2012.7.2.)이 쟁점주택의 협의양도 후 3년 이내일 뿐만 아니라, 청구인이 쟁점주택에서 현재까지 거주하고 있으므로 쟁점토지를 쟁점주택과 연결된 하나의 거래로 보아 1세대 1주택 비과세를 인정하여야 한다.

나. 처분청 의견

쟁점토지는「소득세법 시행령」 제154조제1항 제2호 가목에 의하여 쟁점주택이 2009.11.12. 최초 수용된 후 2년이 경과된 2012.6.13. 별도로 협의 양도하였으므로 과세대상이며, 2012.6.29. 「소득세법 시행령」 개정 후인 2012.7.2. 잔금을 수령한 지장물은 쟁점토지와 무관한 부산광역시 사하구 신평동 257-4 토지의 지장물로서 쟁점토지와 관계없으므로, 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 주택과 부수토지 일부를 협의양도(2009.11.12.)하고, 2년 경과 후(2012.6.13.) 잔여토지를 협의양도한 경우, 그 잔여토지가 주택 부수토지로서 1세대 1주택 비과세 대상에 해당하는지 여부

② 잔여토지인 쟁점토지 지장물 보상금 수령일을 쟁점토지 양도일로 볼 수 있는지 여부

나. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 본다. (가)「소득세법」 제89조제1항 제3호, 같은 법 시행령 제154조 제1항 제2호 가목, 같은 법 시행규칙 제72조 제2항에 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 의하여 협의매수·수용이 되는 경우 당해 주택(부수토지 포함)과 그 양도일 또는 수용일부터 2년 이내에 양도하는 잔존토지 및 잔존주택(부수토지 포함)은 1세대 1주택 보유기간(3년)의 제한을 받지 아니한다고 규정되어 있고, 같은 법 시행규칙 제72조 제2항 중 ‘2년 이내에 양도하는 잔존토지 및 잔존주택’은 2012.6.29. ‘3년 이내에 양도하는 잔존토지 및 잔존주택’으로 개정(기획재정부령 제293호)되었으며, 2012.6.29. 이후 최초로 양도하는 분부터 적용되었다.

(나) OOO의 토지 등 수용사실 확인서 등에 의하면, 청구인은 쟁점주택을 OOO(OOO, 2006.1.12.)에 의하여 2009.11.12. OOO에 협의양도하였고, 쟁점토지가 OOO(OOO, 2010.7.5.)에 의하여 추가로 사업지구에 편입됨에 따라 협의양도에 의하여 2012.6.13. 소유권이전등기하고, 보상금(OOO원)을 2012.6.19. 수령한 것으로 나타난다.OOO(다) 관련 규정 취지를 살펴보면, 1세대 1주택에 부수되는 토지를 분할하여 양도하는 경우에 그 양도하는 부분의 토지는「소득세법」 제89조제3호에 규정하는 1세대 1주택에 부수되는 토지로 보지 아니하나, 이 경우에도 주택 및 그 부수토지의 일부가 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 의한 협의매수·수용 및 그 밖의 법률에 의하여 수용되는 경우의 당해 주택(부수토지 포함)과 그 양도(수용)일로부터 2년 이내에 양도하는 잔존토지 및 잔존주택(부수토지 포함)은 1세대 1주택으로 보아 양도소득세를 비과세하는 것으로서, 원래 1세대 1주택 부수토지의 양도로 인하여 발생하는 소득이 비과세소득이 되려면 양도 당시 그 지상에 주택이 정착되어 있어야 하나, 종전의 주택이 공익사업의 시행 등의 사유로 철거됨에 따라 부득이 나대지로 남게 된 그 잔여 부수토지를 양도하는 경우로서 일정 기간 내에 양도하는 경우에는 이를 종전 주택의 부수토지로 보아 1세대 1주택에 대한 양도소득세 비과세 특례를 적용하도록 하고 있다.

그러나 이 경우에도 주택이 철거·멸실되고 부수토지가 나대지로 있는 상태에서 무한히 장기간 경과된 후에 양도된 경우에는 주택의 부수토지를 양도한 것으로 보기 어렵고, 따라서 주택의 부수토지라는 개념이 인식되는 일정기간, 즉 2년의 기간을 정하여 그 기간 내에 양도된 경우에만 그 부수토지의 양도로 보는 것이 합리적이며, 관련법령에서 특별한 예외를 인정하고 있지 않는 한 2년의 기간을 불변기간으로 보아 종전주택 수용일로부터 2년이 지나서 잔여 부수토지가 양도된 경우 비과세 혜택을 받을 수 없다고 보는 것이 1세대 1주택 비과세 규정의 입법취지에 부합한다(국심 2004중3474, 2005.1.20., 같은 뜻임). (라) 청구인은 쟁점토지가 쟁점주택 협의양도(2009.11.12.) 후 8개월만인 2010.7.5. 사업계획이 변경되어 도로로 편입되었으므로 쟁점주택의 부수토지로 보아야 한다고 주장하나, 쟁점토지의 양도일은「소득세법」 제98조에 의하여 보상금 수령일인 2012.6.19.로 봄이 타당하고, 이는 쟁점주택의 협의양도 후 2년 7월이 경과된 후로서「소득세법 시행규칙」 제72조제2항의 ‘2년 이내에 양도하는 잔존토지’에 해당하지 아니하며, ‘3년’으로 개정된 같은 법 시행규칙의 규정은 개정(2012.6.29.) 이후 최초로 양도하는 분부터 적용되는 것으로서 쟁점토지에 적용되지 아니하는 것이므로 쟁점토지는 1세대 1주택 부수토지에 해당하지 아니하는 것으로 판단된다.

(2) 쟁점②에 대하여 본다.청구인은 지장물 보상금 수령일(2012.7.2.)이 쟁점토지의 양도일로서 2012.6.29. 개정된「소득세법 시행규칙」 제72조제2항의 ‘3년 이내에 양도하는 잔존토지’에 해당한다고 주장하나, 한국토지주택공사의 ‘토지등 수용사실 확인서’에 의하면 청구인이 2012.7.2. 보상금을 수령한 지장물(사무실 30.6㎡ 외 4건)은 OOO에 소재하여 쟁점토지OOO와 별개라 할 것이므로 해당 지장물 보상금 수령일을 쟁점토지의 양도일로 인정하기 어려운 것으로 판단된다.

따라서, 처분청이 쟁점토지를 쟁점주택의 부수토지에 해당하지 아니하는 것으로 보아 기납부 세액의 환급을 거부한 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로「국세기본법」 제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.