청구인이 주장하는 금융비용 등 1,498,218,695원을 손금으로 추기 인정할 수 있는지 여부(경정)

청구인이 제출한 2006.1.17.자 상계1동장의 지방세 세목별 과세증명서(2매)에 의하면 쟁점토지와 관련하여 취득·등록세 등 194,732,440원 및 83,148,410원, 계 277,880,850원을 납부하였으므로 277,880,550원을 추가로 손금산입하여 OOOOOOO의 2005사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 경정한 후 청구인에 대한 납부통지액을 재산정함이 타당하다고 보여지고, 2005년 귀속 소득금액변동통지금액에서 이를 차감하는 것이 타당함

1. 처분개요

가. (주)OOOOOOO(OO OOOOOOOOOOO OO)은 2002.8.13. OOOOO OOO OOO OOOO OOOO 야구장 합숙소에 사업장 서비스/부동산분양대행 업종으로 사업자등록을 한 법인으로 명의상 대표자는 이OO(OOOOOOOOOOOOOO)이나 실지 대표자는 청구인이다.

나. OOOOOOOO OOOOO OOOOO OOO OOOOOOO OOOOOO OOO OOOO OOOO(O)외 지주들로부터 위 도시개발사업지구 내 잡종지 등 48,464㎡를 247억8,700만원에 취득 후 2005년 OOOO 등에 498억300만원에 양도하였고, 같은 지구 내 OOO OOOOOO O OOO 15,739㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 당시 명의상 대표이사인 이OO(청구인의 여동생) 명의로 78억5,600만원에 취득 후 2005.5.31.OOOO 등에 109억9,800만원에 양도하였다.

다. 처분청은 이OO 명의로 취득 및 양도한 쟁점토지의 양도차익 31억4,200만원을 OOOOOOOO OOOO(OOOO)OO(OOO OO OOOOO OO OOOOO OOOO), 증빙이 없는 용역비 39억원(상여처분), 증빙없는 비용 10억원(상여처분), 업무무관비용 55억원(35억원 상여처분)을 손금불산입하여 2010.4.15. 처분청은 OOOOOOO에게 2005사업연도 법인세 5,646,406,420원을 경정·고지하였으나 체납되어, 2010.5.27. OOOOOOO의 사실상 100% 출자자인 청구인을 출자자의 2차 납세의무자 지정하고 가산금 169,352,190원을 가산하여 5,815,798,610원을 납부통지하였다. 한편, 처분청은 OOOOOOO이 2006.3.31. 폐업하여 위 상여처분금액 115억4,200만원을 실지 대표자인 청구인에게 2010.5.27. 소득금액변동통지하였으나, 심리일 현재까지 관련 종합소득세를 고지하지는 아니하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2010.8.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 쟁점토지의 판매이익과 관련된 익금산입액 중 1,498,218,695원의 추가 손금산입에 대하여 쟁점토지에 대하여 명의수탁자 이OO의 양도소득세 결정을 취소하고 OOOOOOO에게 법인세를 과세하는 것은 이의가 없으나, 법인세를 과세한다면 양도가액에서 취득가액 뿐만 아니라 그 제반비용 등을 차감한 금액을 익금산입하여 법인세를 과세함이 타당함에도 불구하고 양도가액에서 제비용을 무시하고 취득가액만을 차감한 금액을 익금산입하고 상여로 소득처분하는 것은 부당하므로 미반영한 아래의 비용 1,498,218,695원을 추가로 손금산입하여야 한다.

① 쟁점토지 중 OOO 1184-3, 1185, 1186, 1187, 1185-1 토지 취득과 관련하여 토지 위에 존재하던 농사시설 및 작물을 3억4,400만원에 매매하는 매매약정서를 작성하였는바, 동 약정서를 근거로 위 금액을 손금으로 추가 인정하여야 한다.

② 지방세 납세증명서에 의거 취·등록세 277,880,850원을 납부한 사실이 확인되므로 손금으로 추가 인정하여야 한다.

③ 이OO는 쟁점토지 중 OOO 1193, 1194 토지를 손OO으로부터 2003.3.5. 21억7,666만원에 취득하였으며 매입대금은 2003.2.14. 매매계약금 2억4,980만원, 비닐하우스 및 작물 매매계약금 1억3,200만원, 토지 매매잔금 17억9,486만원, 비닐하우스 및 작물 매매잔금 1억1,880만원을 지급하였는바, 동 대금은 OOOOOOOOO 대출금 20억원의 일부로 지급하였고 총 이자비용이 665,633,038원이나 그 중 쟁점토지의 이자비용이 332,816,519원이며 대출취급 수수료 20,000,000원을 지급하였으므로 352,816,519원을 손금으로 추가 인정하여야 한다.

④ 2003.3.5. OOOOOOOO으로부터 대출받은 차입금 23억원의 이자비용 443,170,642원 및 2005.2.4. OOOOOOOOO으로부터 대출받은 차입금 52억원의 이자비용 80,350,684원은 쟁점토지와 관련된 것이므로 손금으로 추가 인정하여야 한다.

(2) 증빙이 없는 용역비 39억원의 손금인정 여부 OOOOOOO은 철거 및 보상 대행업체와의 계약에 의하여 토지주 등에 대한 철거보상비 등 지불조건으로 40억원을 지급하였으나 그 중 1억원만 증빙이 존재하고 나머지 39억원에 대한 지출증빙이 없는 바, 이를 손금불산입하고 대표자 상여로 소득처분함은 아래와 같은 이유로 실질과세 원칙에 어긋나 부당하다. OOOOOOO의 실지 대표자인 청구인은 2006.7.25.자로 서울중앙지검에 의하여 「특정경제범죄 가중처벌 등에 관한 법률」위반(배임)으로 불구속되는 등 2004년부터 2년 동안 검찰의 조사를 받았고, 그 과정에서 사무실, 주거지 등에 대한 압수수색을 당하였으며, 그에 따라 조사와 관련된 모든 장부 및 증빙자료를 압수당한 상태일 뿐만 아니라 철거 및 보상 대행업체의 대표자는 사망하였으며, 법인은 폐업상태라 용역대금에 대한 수령확인을 받을 수 없는 상태이다. 앞으로 검찰에 압수된 자료를 반환받아 위 누락된 지출증빙을 찾을 수 있다면 이를 제시하겠으나, 토지주 등이 이주되어 모든 보상이 완료된 점 등을 비추어 보면, OOOOOOO이 철거보상비로 지출한 증빙을 일일이 제시하지 못하더라도 지출사실을 추정할 수 있으므로 39억원을 손금으로 인정하여야 한다.

(3) 쟁점토지의 양도차익을 청구인에게 상여로 소득처분한 것에 대하여 도시개발로 수용된 쟁점토지 등의 보상가액(양도가액)은 관련 부동산이 (주)OOOOOOO에 부동산담보신탁되어 그 보상대금이 바로 OOOOO(주) 등 채권자에게 차입금 원리금으로 지출되고 그 잔액도 OOOOOOO에 입금되었음이 분명하므로, 쟁점토지의 판매이익 3,141,908,663원 중 위 1,498,218,695원은 익금산입을 취소하고 나머지 1,643,689,968원은 소득처분을 대표자 상여로 할 것이 아니라 기타사외유출로 하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점토지의 판매이익과 관련된 익금산입액 중 1,498,218,695원의 추가 손금산입에 대하여

① 농사시설 등 3억4,400만원에 대하여 쟁점토지 중 OOO 1184-3, 1185, 1186, 1187, 1185-1 토지 취득과 관련된 농사시설 등 3억4,400만원을 추가로 손금인정할 것을 주장하나, 위 토지는 2005.2.4. 5,678,987,000원에 매입한 것으로 매매약정서의 특약사항 4항 및 영수증에 의하여 위 금액이 매매대금에 포함된 것으로 확인되므로 손금으로 추가 인정할 수 없다.

② 취·등록세 277,880,850원은 지방세 납세 증명서에 의거 납부 사실이 확인되므로 손금 인정하여 법인세 경정고지 하고자 한다.

③ OOOOOOOOO 이자비용 등 352,816,519원에 대하여 OOOOOOOOO 대출금 20억원은 쟁접토지 취득 5개월 전인 2002.9.17. 대출이 발생한 것으로 확인되지만 동 대출금이 쟁점토지의 취득에 직접 사용되었다는 근거를 제시한 바 없고, 쟁점토지 취득에 지급되지 아니한 것으로 확인되어 관련 대출금 이자는 취득과 관련이 없으므로 손금으로 인정할 수 없다.

④ OOOOOOOO 대출금 관련 이자 443,170,642원 및 OOOOOOOOO 대출금 관련 이자 80,350,684원은 건설중인 자산계정에 기 계상되었으므로 손금으로 인정할 수 없다.

(2) 증빙이 없는 용역비 39억원의 손금인정 여부 청구인은 (주)OOOOO와 작성한 합의약정서상 용역금액 40억원 전액을 손금으로 인정할 것을 주장하나, 객관적으로 지급사실이 확인되는 것은 1억원이며, (주)OOOOO는 OOOOOOO을 OOOOO OOO OOOO OOOOOO 도시개발사업의 시행사로 지정받는 업무를 용역받았으나 OOOOOOO은 시행사로 지정받지 못하였고, 어떤 용역을 수행하였는지에 대해 세무조사 과정에서 제출된바 없고, 증빙 또한 없으며, 법인과의 거래에서 세금계산서를 수취하지 않았으므로 지급 근거 및 지급받은 자의 신원을 알 수 없는 39억원을 손금불산입한 처분은 정당하다.

(3) 쟁점토지의 양도차익을 청구인에게 상여로 소득처분한 것에 대하여 쟁점토지 중 2005.1.25. 경매된 29억원의 관련 토지 취득대금은 21억7,666만원으로 OOOOOOOO이 29억558만원 전액을 배당받았으나, OOOOOOOO 대출금은 145억500만원으로 위 부동산 취득대금과 또 다른 사업목적으로 대출을 받아 사용하던 중 경매된 것으로 추정되며, 근저당채무자가 (주)OOOO으로 위 대출금이 쟁점토지의 취득에 사용되었다는 객관적인 증빙이 없어 위 배당액이 쟁점토지 중 위 경매된 토지의 취득과 관련된 금액만으로 볼 수 없다.

쟁점토지 중 2005.5.31. OOOO에 수용된 80억9,700만원의 토지 취득대금은 56억7,898만원이고, 2005.2.4. (주)OOOOO O (O)OOOOO를 채무자로 하여 OOOOOOOOO이 채권최고액 각 62억4,000만원으로 근저당을 설정하였는바, OOOOOOOOO으로부터 대출받은 금액이 104억원으로 위 토지 취득대금을 초과하여 토지 취득대금과 별도로 청구인이 다른 사업목적으로 사용한 것으로 추정되며 토지 근저당 채무자 (주)OOOOO, (O)OOOOO가 대출받은 금액이 토지 취득에 전부 사용된 사실을 확인할 수 없고, 2005.5.31. OOOOO O,OOO,OOO,OOOO OOOO O O,OOO,OOO,OOOOO OOOOO(O)로, 1,492,789,715원은 OOOOOOO 계좌로 구분 지급신청을 하였으나, 1,492,789,715원은 법인 계좌가 아니라 2005.6.2. 이OO 계좌로 입금되어 청구인이 개인적 용도로 사용하였음이 확인되므로 청구주장을 신뢰할 수 없고, 청구인이 제출한 OOOOOOOO OO OOOO OOOO OOO OOOOO에 있는 (주)OOOOOO에 14억5,000만원이 상환처리되었다는 내용의 토지는 쟁점토지와 관련이 없으며, 근저당권자로서 택지수용보상금조로 상환처리하였다는 주장 또한 토지 등기부등본상 근저당 설정 내용이 확인되지 아니한다. 따라서, 쟁점토지의 양도차익을 청구인에게 상여로 소득처분한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 청구인이 주장하는 금융비용 등 1,498,218,695원을 손금으로 추기 인정할 수 있는지 여부

② 지출증빙이 없는 용역비 39억원을 정황 등을 참작하여 손금으로 인정할 수 있는지 여부

③ 쟁점토지의 판매이익에 대한 소득처분이 상여인지, 아니면 기타사외유출인지 여부

나. 관련법령

(1) 법인세법 제15조 【익금의 범위】

① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다. 제19조【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. 제27조【업무와 관련없는 비용의 손금불산입】내국법인이 각 사업연도에 지출한 비용 중 다음 각호의 금액은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.

1. 당해 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산으로서 대통령령이 정하는 자산을 취득ㆍ관리함으로써 생기는 비용 등 대통령령이 정하는 금액

2. 제1호외에 그 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 지출금액으로서 대통령령이 정하는 것 제67조【소득처분】제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여ㆍ배당ㆍ기타 사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다. 제116조【지출증빙서류의 수취 및 보관】

① 법인은 각 사업연도에 그 사업과 관련된 모든 거래에 관한 증빙서류를 작성 또는 수취하여 제60조의 규정에 의한 신고기한이 경과한 날부터 5년간 이를 보관하여야 한다.

② 제1항의 경우에 법인이 대통령령이 정하는 사업자로부터 재화 또는 용역을 공급받고 그 대가를 지급하는 경우에는 다음 각호의 1에 해당하는 증빙서류를 수취하여 이를 보관하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 여신전문금융업법에 의한 신용카드매출전표(신용카드와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 것을 사용하여 거래하는 경우에는 그 증빙서류를 포함한다)

2. 부가가치세법 제16조 의 규정에 의한 세금계산서

3. 제121조 및 소득세법 제163조 의 규정에 의한 계산서

(2) 국세기본법 제14조 【실질과세】

① 과세의 대상이 되는 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다. 제39조【출자자의 제2차 납세의무】

① 법인(주식을 한국증권거래소에 상장한 법인을 제외한다)의 재산으로 그 법인에게 부과되거나 그 법인이 납부할 국세ㆍ가산금과 체납처분비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무의 성립일 현재 다음 각호의 1에 해당하는 자는 그 부족액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. (단서 생략)

2. 과점주주 중 다음 각목의 1에 해당하는 자 가. 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 51 이상의 주식 또는 출자지분에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자 나. 명예회장ㆍ회장ㆍ사장ㆍ부사장ㆍ전무ㆍ상무ㆍ이사 기타 그 명칭에 불구하고 법인의 경영을 사실상 지배하는 자

(3) 법인세법 시행령 제106조 【소득처분】

① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(제87조 제2항의 규정에 의한 소액주주가 아닌 주주 등인 임원 및 그와 동조 제4항의 규정에 의한 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식 등을 합하여 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고， 「조세특례제한법」 제46조 제12항의 규정에 의하여 법인에게 원천징수의무가 면제되는 경우로서 주주 등인 임원 중에 당해 법인을 대표하고 있는 자가 따로 있다고 당해 법인이 신고한 때에는 그 신고한 자를 대표자로 하며, 대표자가 2인 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

가. 귀속자가 주주 등(임원 또는 사용인인 주주 등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당 나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여 다. 귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우에는 기타 사외유출. 다만, 그 분여된 이익이 내국법인 또는 법 제94조의 규정에 의한 외국법인의 국내사업장의 각 사업연도의 소득이나 거주자 또는 「소득세법」 제135조 의 규정에 의한 비거주자의 국내사업장의 사업소득을 구성하는 경우에 한한다.

라. 귀속자가 가목 내지 다목외의 자인 경우에는 그 귀속자에 대한 기타소득

(4) 소득세법 시행령 제192조 【소득처분에 의한 배당ㆍ상여 및 기타소득의 지급시기 의제】

① 「법인세법」에 의하여 세무서장 또는 지방국세청장이 법인소득금액을 결정 또는 경정함에 있어서 처분되는 배당ㆍ상여 및 기타소득은 법인소득금액을 결정 또는 경정하는 세무서장 또는 지방국세청장이 그 결정일 또는 경정일부터 15일내에 재정경제부령이 정하는 소득금액변동통지서에 의하여 당해 법인에게 통지하여야 한다. 다만, 당해 법인의 소재지가 분명하지 아니하거나 그 통지서를 송달할 수 없는 경우 또는 당해 법인이 「국세징수법」 제86조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호의 규정에 해당하는 경우에는 당해 주주 및 당해 상여나 기타소득의 처분을 받은 거주자에게 통지하여야 한다.

② 제1항의 경우에 당해 배당ㆍ상여 및 기타소득은 그 통지서를 받은 날에 지급하거나 회수한 것으로 본다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 과세관련 자료에 의하면 아래의 사실이 나타난다. (가) 처분청은 OOOOOOO에 대하여 2009.4.15～2009.6.29.까지 세무조사를 하였다가 용역비 지급증빙 등 소명요구 사항에 대하여 관련 증빙을 제출할 수 없음을 이유로 2009.6.26.부터 2009.12.31.까지 조사 중지한 후, 2010.1.6.～2010.3.22. 세무조사를 하였다. (나) OOOOOOO은 2002.8.13. 사업장을 OOOOO OOO OOO OOOO OOOO 야구장 합숙소로 하여 서비스/부동산분양대행 업종으로 사업자등록을 하였으며 명의상 대표자는 이OO(OOOOOOO OOOOOOO)이나 실지 대표자는 청구인이다. (다) OOOOOOO은 2002년 OOOOOOO 도시개발사업 정보를 입수하여 위 개발사업지구 내의 지주들로부터 잡종지 등 48,464㎡를 247억8,700만원에 취득 후 2005년 OOOO 등에 498억300만원에 양도하였고, 위 부동산을 건설 중인 자산으로 계상하였으나 처분청은 OOOOOOO이 건설업을 영위한 사실이 없고 개발예정 토지를 고가에 판매할 목적으로 매입한 토지로 판단된다는 이유로 건설 중인 자산계정을 손익계정으로 정정하여 소득금액을 정정하였다. 한편, 같은 개발사업지구 내인 쟁점토지를 당시 명의상 대표이사인 이OO 명의로 78억5,600만원에 취득 후 2005.5.31. OOOO 등에 109억9,800만원에 양도하고 이OO 명의로 양도소득세로 신고한 것에 대하여, 처분청은 쟁점토지의 양도차익 3,142백만원 익금산입하고 이OO의 양도소득세를 결정취소하였으며, 명의신탁 사실에 대하여「부동산 실권리자 명의 등기에 관한 법률」위반으로 관할 구청장에게 자료 통보하고, 이OO가 납부한 4천만원은 OOOOOOO의 기 납부세액으로 공제하였다.

(라) OOOOOOOOO(OOOO OOO)은 청구인이 위 부동산 취득자금을 포함한 개인자금 조달을 목적으로 (주)OOOOO(OOO OOOO, OOOOOOOOOOOO)외 4개 관련기업의 어음을 남발하여 부도처리 및 어음 재발행·연장하는 방법으로 법인자금을 유용하고 회사에 손해를 끼친 업무상 배임죄로 2006.7.25. OOOOOOOO에 기소하였고, 재판진행 중 선고기일(2007.12.20.)에 청구인(피고)이 불출석하여 판결 선고가 추정(추후 정함)된 상태이며, 청구인은 구속을 면하기 위하여 도피생활 중이다. (마) 2004.9.18. 위 피의사건과 관련하여 OOOOOOOOOO OOOOOOO 및 관련업체의 금융관련 서류 및 회계장부를 압수당한바, 처분청은 압수물 열람신청을 하였으나 압수자료를 확보하지 못하였고, 세무대리인에게 압수목록 제출을 요구하였으나 분실을 이유로 제출하지 아니하였다. (바) 처분청은 OOOOOOO이 지급한 용역수수료 중 위 토지사업과 관련된 무허가 건물의 철거 및 점유자 퇴거 용역비로 (주)OOOOO와 계약한 용역비 40억원에 대하여 용역비를 지급받은 자의 신원이 불명하고 대금지급 증빙이 1억원만 확인된다 하여 증빙이 없는 39억원은 손금불산입하고 지급사실이 확인되는 1억원을 자료 통보하였다. (사) 처분청은 위의 내용과 기타 업무무관비용 55억원을 손금불산입하고, 지출증빙이 없는 수수료 10억원을 손금불산입하는 등으로 하여 2010.4.15. OOOOOOO에게 2005사업연도 법인세 5,646,406,420원을 경정고지하였으나 체납되어 2010.5.6. 사실상 100% 출자자인 청구인에게 출자자의 2차 납세의무자로 지정하고 가산금 169,352,190원을 가산하여 5,815,798,610원을 납부통지하였다.

(2) 쟁점①에 대하여 (가) 청구인이 주장하는 쟁점토지 상의 농사시설 등 3억4,400만원을 손금으로 추가 인정할 수 있는지 본다.

1) 청구인은 쟁점토지 중 OOO OOOOOO, OOOO, OOOO, OOOO, OOOOOO 토지취득시 토지 위에 존재하던 농사시설 및 작물을 3억4,400만원에 매매하는 약정서를 작성하였고, 동 약정서에 따라 위 금액을 실지 지급하였으므로 손금으로 추가 인정할 것을 주장하며, 2003.3.5.자 윤OO(매도인)와 OOOOOOO 대표 이OO 간에 작성한 매매약정서를 제출하였다.

2) 위 약정서에 의하면, 약정금액이 3억4,400만원으로 되어 있으나, 특약사항 4.에 2003.4.21.까지 매매대금(금 56억7,899만원에서 약정금액을 제외한 잔금)이 매도인에게 지급되지 않을 시는 본 매매약정은 해약되며 위 약정금은 위약금으로 몰취한다고 되어 있는 점에 비추어 토지대금에는 위 농사시설 등의 약정금액 3억4,400만원이 포함되었다고 보여지므로 이를 손금으로 인정하기는 어렵다고 판단된다. (나) 청구인이 제출한 2006.1.17.자 상계1동장의 지방세 세목별 과세증명서(2매)에 의하면 쟁점토지와 관련하여 취득·등록세 등 194,732,440원 및 83,148,410원, 계 277,880,850원을 납부한 것으로 나타나고, 처분청도 이를 손금산입하여야 한다고 인정하고 있으므로 277,880,550원을 추가로 손금산입하여 OOOOOOO의 2005사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 경정한 후 청구인에 대한 납부통지액을 재산정함이 타당하다고 보여지고, 2005년 귀속 소득금액변동통지금액에서 이를 차감하는 것이 타당하다고 판단된다. (다) OOOOOOOOO 대출금 이자 352,816,519원을 손금으로 인정할 수 있는지 본다.

1) 청구인은 2003.3.5. 쟁점토지 중 OOO OOOO, OOOO 토지를 21억7,666만원에 취득하고 대금을 지급하면서 OOOOOOOOO 대출금 20억원의 일부로 지출하였고 총 이자가 665,633,038원이나 그 중 쟁점토지 관련 이자비용 등이 352,816,519원(대출수수료 2,000만원 포함)이므로 이를 손금으로 인정하여야 한다고 주장하며, 2002.9.17. 20억원을 대출받은 것으로 되어 있고 2003.10.17.～2004.12.31. 동안 이자상환액이 665,633,038원으로 기재된 OOOOOOOOOO OOOOOOO에 대한 대출거래내역표, 2002.9.17. 대출수수료 2,000만원을 징수한 것으로 된 (주)OOOOOOOOOOO(O OOOOOOOOO)의 기타비용 내역 요청에 대한 회신(관리-2호, 2006.3.28.)문을 제출하였다.

2) 그러나, 청구주장 대출금은 2002.9.17.이고 토지취득 대금의 지급은 2003.3.5.로 서로 상이하며, 처분청이 동 대출금으로 토지 대금을 지급한 사실이 없다고 조사한 점 등에 비추어 위 대출금 등에 대한 이자를 손금으로 추가 인정하기는 어렵다고 판단된다. (라) OOOOOOOO 대출금 이자 443,170,642원 및 OOOOOOOOO 대출금 이자 80,350,684원을 손금으로 추가 인정할 수 있는지 본다.

1) 청구인은 OOOOOOOO의 이자는 2003.3.5. 쟁점토지 취득과 관련하여 대출받은 23억원에 대한 이자이고, OOOOOOO의 이자는 2005.2.4. 대출받은 52억원에 대한 이자로 주장하며, OOOOOOO이 2003.3.5. OOOOOOOO으로부터 23억원을 대출받은 것으로 되어 있고 2003.3.5.～2004.6.30. 동안 이자상환액이 443,170,642원으로 기재된 대출거래내역 조회표, 2005.2.4. OOOOOOOOO으로부터 52억원을 대출받은 것으로 되어 있고 관련 이자상환액이 80,350,684원으로 된 대출거래내역 조회표를 제출하며 위 이자를 손금으로 추가 인정하여야 한다고 주장한다.

2) 그러나, 처분청의 조사내용에 의하면, OOOOOOO이 아래 <표1> 및 <표2>와 같이 위 대출금에 대한 이자를 건설중인 자산계정에 기 반영하였다고 확인하고 있으므로 이를 손금으로 인정하기는 어렵다고 판단된다. OOOOOOOOOO OOOOOOOO OOOO OO OOOO OO OOO O (O)OOOOOOO OOOO O OOOO OO

(3) 쟁점②에 대하여 (가) 청구인이 제출한 OOOOOOO(갑) 및 (주)OOOOO(OO OOO, O) 간에 작성한 날짜 미상 합의 약정서(OOO OOO)에 의하면, 제1조(목적) OOO OOOO의 도시개발사업을 관련법에 의한 질의서 작성하여 갑을 시행사로 지정토록 하고, 제2조(업무분담)

2) 을의 업무로 개발사업과 관련하여 대관청으로부터 법조항에 의거 갑이 시행사로 지정받은 업무 및 개발사업과 관련한 시행사로 지정받은 질의서 작성, 접수, 회수에 대한 서류작성 업무 등, 제3조(용역금액)

1) 을의 용역금액은 도시개발사업 관련 사업계획서(원가분석 포함) 서류작성, 검토, 회신으로 하며,

2) 을의 용역금액은 40억원으로 하고, 구분내용은 업무 컨설팅, 지구단위 계획안, 기타보상 등이며,

3) 자금원동계획서와 방법 등에 대한 내용으로 되어 있다. (나) 청구인은 2년 이상 검찰에 불구속 기소되어 조사를 받았고, 압수수색 등으로 관련 증빙을 제출할 수 없으나 위 철거보상 용역관련 약정서가 있고 토지 지주 등이 이주한 것 등의 정황으로 보아 증빙을 제출할 수 없다 하더라도 지출 사실을 추정할 수 있으므로 위 용역수수료 40억원 중 증빙이 있는 1억원만 손금으로 인정할 것이 아니라 증빙이 없는 39억원도 손금으로 인정하여야 한다고 주장한다. (다) 청구인이 제출한 위 약정서 제1조(목적)에서 쟁점토지 등의 도시개발사업과 관련하여 OOOOOOO을 시행자로 지정토록 하는데 있다고 되어 있고 제2조(업무분담)에서 용역업체인 (주)OOOOO의 업무는 위 개발사업과 관련되어 OOOOOOO이 시행사로 지정받은 업무와 시행사로 지정받은 질의서 작성, 접수, 회수에 대한 서류작성 업무로 되어 있으나, OOOOOOO이 시행사로 지정받지 못한 점, 위 약정서 외에 OOOOOOO이 (주)OOOOO로부터 어떤 용역을 제공받았는지 알 수 있는 자료를 제출하지 못하는 점, 용역대금의 지급사실을 알 수 있는 증빙을 제출하지 못하는 점 등을 감안할 때, 증빙이 없는 39억원을 손금으로 인정하기는 어렵다고 판단된다.

(4) 쟁점③에 대하여 (가) 처분청은 OOOOOOO이 당시 대표이사인 이OO 명의로 쟁점토지를 7,866백만원에 취득하여, 2005.3.8. 및 2005.5.31. 10,998백만원에 임의 경매 및 OOOO에 양도한 것에 대하여 3,141,908,663원의 양도차익을 익금산입하고 실지 대표자인 청구인에게 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였다. (나) 청구인은 2005.2.14.자 이OO(위탁자)와 (주)OOOOOOO(수탁자) 간에 작성한 쟁점토지에 대한 부동산관리신탁계약서, 쟁점토지의 양도가액 및 취득가액(취득가액 증빙 첨부) 요약서, 양도가액(보상가액) 증빙 및 양도가액(경매) 관련 법원 배당표, OOOOOOOO OOOO에 요청한 보상금 구분지급 확인서 등을 증빙으로 제출하면서 익금산입한 3,141,908,663원 중 1,498,218,695원(쟁점①)은 손금산입(익금제외)하여야 하고, 나머지 1,643,689,968원은 쟁점토지의 양도대금이 (주)OOOOOOOO OOOOOOOOO O OOOOO OO OOOOO(O) 등의 채권자에게 차입금 원리금으로 지출되거나 OOOOOOO에 입금되었음이 분명하므로 소득처분을 대표자 상여로 할 것이 아니라 기타사외유출로 하여야 한다고 주장한다. (다) 처분청의 조사내용에 의하면, 경매로 양도된 29억원(취득가액 21억7,644만원)의 경우 OOOOOOOO이 전액 배정받았으나 대출금이 145억원이고 근저당채무자가 (주)OOOO으로 조사된 점에 비추어 위 대출금이 다른 사업목적 등으로 대출받은 것으로 보이므로 위 배당액을 쟁점토지 취득과 관련되었다고 인정하기는 어렵다.

또한, OOOO에 수용된 80억9,700만원(취득가액 56억7,898만원)의 경우 80억6,600만원 중 65억7,300만원은 OOOOO(O)로 나머지 14억9,200만원은 OOOOOOO 계좌로 구분하여 지급신청하였으나 14억9,200만원이 법인 계좌가 아니라 청구인이 개인 용도로 사용하였다고 조사된 점에 비추어 청구주장을 그대로 받아들이기는 어렵다고 판단되므로 쟁점토지와 관련된 익금산입액 3,141,908,663원 중 쟁점①에서 인정한 취·등록세 납부액 277,880,850원을 제외한 나머지 금액을 익금에 산입하고 대표자 상여로 소득처분한 것은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.