청구법인의 부가가치세 공통매입세액 안분계산시 공통매입세액이 사업부문별로 그 실질귀속이 구분된다고 볼 것인지, 아니면 불분명하다고 보아 모든 사업장의 공급가액 비율을 기준으로 안분할 것인지 여부(기각)

처분청이 사업부문별 면세비율을 적용하여 청구법인의 공통매입세액을 안분계산한 후 면세관련 매입세액을 불공제한 처분은 정당함

1. 처분개요

가. 청구법인의 본사인 OOOOOO(OO OOOOOOO OO)는 철도여객 및 화물운송업 등을 목적으로 「OOOOOOO」에 따라 「철도산업발전기본법」에서 규정하고 있는 철도운영자산·부채를 「국유재산의 현물출자에 관한 법률」에 따라 현물출자 받아 2005.1.1. 정부가 전액 출자하여 신설된 법인으로 다수의 사업장으로 구성되어 있고, 수종의 과세사업과 면세사업을 영위하고 있는바,감사원은 2009년 2월 OOOOOOO에 대한 업무감사시 철도공사가 2005년 제1기부터 2008년 제2기 과세기간에 대한 부가가치세 신고를 하면서 경유 등 주요매입 재화의 용역관련 공통매입세액 안분계산시 재화 및 용역이 실지로 귀속되는 사업부문별 총공급가액에서 사업부문별 면세수입금액이 차지하는 비율을 면세비율로 산정하여야 함에도 모든 사업장의 면세사업부문 수입금액이 차지하는 비율을 면세비율로 산정하였다는 이유로 과다공제 받은 부가가치세 105,058백만원을 경정하라는 시정요구를 하였다.

나. 청구법인인 철도공사 OOOO는 2005년 제1기부터 2008년 제2기까지 과세·면세사업에 공통으로 사용된 매입세액 3,119백만원을「부가가치세법 시행령」제61조제5항 및 같은 법 시행규칙 제18조의2 제4항 규정에 따라 철도공사 본사의 해당 과세기간의 모든 사업장의 총공급가액과 면세공급가액의 비율(32.16%～45.14%)에 의하여 안분계산하여 1,221백만원을 면세사업 관련 불공제 매입세액으로 부가가치세를 신고·납부하였다.

다.OOOO국세청장은 2009년 6월 처분청에 대한 업무감사시 위 감사원의 OOOO국세청 감사결과를 토대로 청구법인도 과세·면세공통 매입세액의 과다공제로 부가가치세 1,562,920,930원이 부족 징수되었다고 시정지시하였고, 처분청은 청구법인이 과다공제받은 2005년 제1기 ～ 2008년 제2기 귀속분 부가가치세 1,068,249,271원을 매입세액 불공제하고 가산세를 포함하여 2010.5.13. 청구법인에게 부가가치세 8건 1,606,336,180원(2005년 제1기 351,186,920원, 2005년 제2기 679,397,670원, 2006년 제1기 355,750,360원, 2006년 제2기 50,702,220원, 2007년 제1기 32,977,470원, 2007년 제2기 45,019,330원, 2008년 제1기 36,393,830원, 2008년 제2기 54,908,380원)을 경정·고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2010.8.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1)「부가가치세법 시행령」 제61조제5항 및 같은 법 시행규칙 제18조의2 제4항에서 청구법인은 공통매입세액을 해당 과세기간의 전 사업장의 공급가액을 기준으로 안분할 수 있도록 명기하고 있으므로 이 건 처분은 아래와 같은 이유로 부당하다. (가)「부가가치세법 시행령」제61조제1항 및 같은 법 시행규칙 제18조의2 제1항에서 사업장 단위로 공통매입세액을 안분하도록 규정하고 있고, 예외규정으로 같은 법 시행령 제61조 제5항 및 시행규칙 제18조의2 제4항에서「OOOOOOO」에 의한 철도공사의 경우 공통매입세액은 해당 과세기간의 모든 사업장의 총공급가액과 해당 과세기간의 모든 사업장의 면세공급가액의 비율에 의하여 안분할 수 있는 것으로 규정하고 있음에도 처분청이 전사업장의 공급가액 비율이 아닌 관련된 사업부문의 전사업장의 공급가액 비율에 의하여 안분계산하는 것으로 판단하는 것은 조세법의 유추·확대해석을 금지하고 있는 조세법률주의에 부합하지 아니한 것으로 부당하다.

(나) 관련 유권해석(부가 46015-1007, 1997.5.8., 서면3팀-3250, 2006.12.26.) 등에 의하면, 여러 개의 사업장이 있는 사업자의 경우 공통매입세액의 안분계산은 사업장 단위로 하는 것이 원칙이나 예외적으로 각 사업장에 공통으로 사용되는 매입세액은 각 사업장의 공급가액의 합계액에 의하여 안분하는 것으로 하고 있고, 청구법인 이외의 사업자에 대하여도 공통매입세액이 여러 사업장에 걸쳐서 사용되는 경우에는 관련된 모든 사업장의 공급가액 비율에 의하여 공통매입세액을 안분할 수 있도록 하고 있는바,감사원 의견과 같이 청구법인에 대하여 개별 공통매입세액별로 관련된 사업장과 사업부문을 구분하여 공통매입세액을 안분하여야 한다면, 청구법인의 경우「부가가치세법 시행령」제61조제1항을 적용하는 경우와 같게 되어 같은 조 제5항의 규정이 필요 없게 되며, 청구법인의 모든 공통매입세액에 대하여 관련 사업부문을 판단하고 각각에 대하여 사업장 및 사업부문별 공급가액을 확인하여 공통매입세액을 안분하여야 하는 것으로 현실적으로 매우 어렵고, 추가 납세협력비용이 발생하여「부가가치세법 시행령」제61조제5항 및 시행규칙 제18조의2 제4항의 입법취지에도 부합하지 아니하여 부당하다. (다) 또한, 감사원이 지적한 4개 항목의 공통 재화·용역매입 관련 세액은 청구법인(OOOO OOO)에서는 발생하지 않는 항목이며, 감사원에서 철도공사의 안분방식(단일 면세비율)을 지적한 4개 이외에 수많은 공통매입항목과 대부분 유사한 항목들이 발생하는 바, 청구법인의 경우 감사원이 지적한 4개 항목에 대한 매입이 발생하지 않기 때문에 본사의 다른 많은 공통매입세액과 마찬가지로 전사업장의 안분방식을 적용함이 타당하다.

특히, 처분청은 감사원 시정조치 사유의 본질을 잘못 이해하는바, 감사원은 4가지 지적항목 이외의 항목에 대해 감사 실시 후 실지귀속이 어렵다고 판단하여 청구법인이 사업부문별 구분없이 공통매입세액을 전체 수입금액기준으로 안분계산한 사실을 인정하여 시정요구를 하지 아니하였고, OOOO(청구법인)의 경우 감사원 지적항목관련 공통매입 재화 및 용역은 발생하지 아니하고 실지귀속이 불가능한 감사원 비지적 항목만 발생하고 있음에도, 처분청은 감사원 시정조치 본질을 오해하여 실지귀속이 불가능한 항목에 대하여 감사원이 계산한 사업부문별 면세비율 중 제일 높은 비율(약 72%)을 잘못 적용한 것으로 부당하다. (라) 따라서, 청구법인의 공통매입세액은 당초 기 신고한 바와 같이「부가가치세법 시행령」제61조제5항 및 시행규칙 제18조의2 제4항에 의하여 해당 과세기간 모든 사업장의 공급가액 비율에 의하여 안분하는 것이 타당하다.

(2) 설령, 감사원과 같이 청구법인의 공통매입세액을 개별 공통매입세액별로 실지 귀속되는 사업부문의 전 사업장의 공급가액 비율에 의하여 안분한다 하더라도, 이 건 공통매입세액 안분계산 방법은 감사원 시정조치와 일치하지 아니하여 부당하다.(가) 처분청은 청구법인에 대한 과세 처분시 감사원 시정조치에 의거 공통매입세액별로 관련되는 사업부문을 판단하여 해당 매입세액과 관련된 사업부문의 전 사업장의 공급가액 비율에 의하여 안분하여야 하는바,처분청은 청구법인의 공통매입세액을 안분함에 있어

1) 개별 항목별로 관련되는 사업부문이 구분되는지 여부를 판단하지 아니하였고,

2) 별도의 근거도 없이 모든 공통매입세액에 대하여 단일 면세비율을 적용하였으며,

3) 일반철도 선로 등 사용료의 경우 청구법인의 경우 매입이 발생하지 아니하고 본사에서만 발생하는 매입임에도 동 비율을 청구법인에 적용하였고,일반철도 선로 등 사용료의 경우로 보더라도 청구법인과 무관한 사업부문(광역전철, 고속철도 면세분 등)이 포함되어 있음에도 이에 대한 고려 없이 그 안분비율을 그대로 적용하였는데, 이는 실지귀속되는 사업부문을 판단하여 사업부문별로 공통매입세액을 안분하여야 한다는 감사원의 시정요구와도 상충된다.(나) 따라서, 청구법인 관내는 고속철도 노선이 없고 일반철도 만이 있으므로 공통매입세액에 대하여 안분비율을 산정하려면 각각의 공통매입 재화와 용역별로 관련 사업부문을 판단하여 안분비율을 산출하는 것이 타당하고, 청구법인의 경우 광역전철운송, 고속철도 여객운송 등이 없으므로 아래 <표1>과 같이 이들 항목을 제거한 비율〔(일반철도 여객운송, 기타 면세) ÷ 〈(일반철도 여객운송, 기타 면세) + (화물운송, 철도유지보수 수탁, 기타 과세)〉〕로 면세비율을 적용하여 재계산함이 타당하다.OOOOOOOOOO OOOO OOOO(OO O OO, O)

나. 처분청 의견

(1) 사업부문별 실지귀속이 구분된다고 본 처분에 대하여(가) 철도공사(본사)는 과세사업으로 고속철도 여객운송사업(OOO, OOOOOOOO O OOOOOOOO OO), 화물운송사업 및 철도유지보수 수탁사업을, 면세사업으로 일반철도 여객운송사업(OOOO, OOOO OO), 광역전철운송사업 및 고속철도여객운송사업(OOOOOOOO O OOOOOOOO OO)을 영위하고 있는데,철도공사가 매입한 주요 재화와 용역이 사용되는 사업부문 및 면세·과세 여부를 살펴보면,

① 경유 및 기관차 구입비는 면세사업인 일반철도 여객운송과 과세사업인 화물운송에만 공통으로 사용되고,

② 일반철도 선로 등 사용료는 면세사업인 일반철도 여객운송, 광역전철운송, 면세구간 일반철도선로 운행구간에 공통으로 사용되며,

③ 고속열차차량 매입비는 고속철도 여객 운송사업 과세구간(OOOOOOOO, OOOOOOOO) 및 면세구간(OOOOOOOO, OOOOOOOO)에 공통으로 사용되는 등 관련 사업부문이 명확히 구분되는바,청구법인은 과세기간별로 매출세액에서 공제받지 못하는 매입세액 산정시 실지귀속에 따라 매입세액을 유형별로 나눈 후 관련되는 과세·면세사업 부문의 총공급가액에서 면세사업 부문의 수입금액이 차지하는 비율을 기준으로 면세사업에 관련된 매입세액을 계산하여야 함에도 불구하고 경유 등 주요매입 재화와 용역이 실지 귀속되는 관련 사업을 구분하지 아니한 채 일률적으로 전체 사업장을 대상으로 모든 면세사업과 과세사업의 총공급가액에서 모든 면세사업의 수입금액이 차지하는 비율로 면세사업과 관련된 매입세액 비율을 계산하여 면세비율을 과소하게 계상한 것이다. (나)청구법인은「부가가치세법 시행령」 제61조제5항 및 같은 법 시행규칙 제18조의2 제4항에서 청구법인에 대하여 공통매입세액을 ‘해당 과세기간의 전 사업장’의 공급가액을 기준으로 안분할 수 있는 것으로 명기하고 있고 동 법령은 청구법인의 사업적 특수성을 고려하여 입법된 것으로써 처분청이 조세법률주의 및 법령의 입법취지와 부합하지 않는 결정을 하였다고 주장하나,조세법 전반의 실질과세 원칙과 전단계매입세액공제 방식과 관련 면세분 매입세액의 불공제를 근간으로 하는 부가가치세제의 기본원리 상 매입세액계산은 실지귀속을 원칙으로 하되 실지귀속을 구분할 수 없는 경우에 한해 공통매입세액 계산을 하도록 한 것으로서, 과세·면세사업에 공통으로 사용되는 재화나 용역의 실지귀속을 구분할 수 없는 경우에도 재화나 용역이 실지 사용되는 관련 사업장에 대해서만 공통매입세액을 안분하는 것이 법 취지에 가장 부합하는 것이다.

(다)청구법인이 개정 건의하여 2007.4.2. 신설된「부가가치세법 시행규칙」 제18조의2제4항의 개정 배경을 살펴보면, 청구법인이 제출한 개정건의서에 첨부된 설명자료에서 청구법인은 전기통신사업자와는 달리 관련 사업별 공통매입세액 안분이 어려운 사유 예시로 “청구법인의 특성상 컴퓨터, 책상, 피복 등은 사실상 관련 사업장을 특정하기가 어려워 공통매입세액 안분계산 적용에 어려움이 있고, 위 컴퓨터, 책상, 피복 등을 관련 사업별로 구분없이 일률적으로 모든 사업장 면세비율로 안분하면 오히려 불공제되는 공통매입세액이 늘어난다.”는 건의를 받아서 단순히 컴퓨터, 책상, 피복 등 관련 사업장을 특정하여 정의하기가 어려운 재화나 용역에 대해서는 납세자의 협력비용 절감을 위해 예외적으로 모든 사업장 면세비율로 계산할 수 있도록 계산상의 편의를 부여한 것이지, 공통매입세액과 관련 없는 것이 분명한 사업장까지 포함하여 안분계산할 수 있다는 취지로 입법한 것은 아니라는 것이 기획재정부 세제실의 답변이며(감사원장이 2009.3.6. 이건 관련 질의함),위 시행규칙의 취지는 단지 시행령의 “전 사업장의 공급가액”이라는 용어의 의미를 재차 설명한 것 뿐이고, 실지귀속을 구분할 수 있거나 관련 사업장이나 관련 없는 사업장을 특정할 수 있는 경우까지 실지귀속과 상관없이 전 사업장에 대하여 계산할 수 있도록 한 것이 아님을 기획재정부 세제실로부터 확인한 바 있으며,설령, 위 시행규칙의 개정취지가 위와 달리 청구법인에 대하여는 모든 공통매입세액의 안분계산을 실지귀속과 상관없이 전체 사업장의 총공급가액으로 할 수 있도록 인정하였다는 것이라면, 위 시행규칙은 같은 법 시행령 제61조 제1항 및 제5항의 상위규정에 위배되어 그 자체로 위법하고 조세법률주의에 반하여 유지될 수 없는 것이다.

(라)더구나, 국세청장은 청구법인과 같이 수종의 재화·용역을 공급하고 있으며 청구법인이 동 조항에 삽입되기 이전부터 같은 조항에 규정되어 있던 전기통신사업자에 대해서도 일관되게 공통매입세액 안분계산은 공통매입세액에 사업부문별 면세비율에 의하여 안분계산 하도록 해석·적용하고 있다(재소비46015-58, 2000.2.2., 부가46015-283, 2000.2.11. 참조).

따라서, 청구법인이 경유 등 주요 매입 재화와 용역이 실제로 귀속되는 관련 사업을 구분하지 아니한 채 일률적으로 전체 사업장을 대상으로 모든 면세사업과 과세사업의 총공급가액에서 모든 면세사업의 수입금액이 차지하는 비율로 면세사업과 관련된 매입세액 비율을 계산한 것에 대하여 처분청에서 실지귀속에 따라 매입세액을 유형별로 나눈 후 관련되는 과세·면세사업 부문의 총공급가액에서 면세사업 부문의 수입금액이 차지하는 비율을 기준으로 면세사업에 관련된 매입세액을 재계산하여 과세한 처분은 적법하다.

(2) 공통매입세액을 전사업장의 일반철도 선로 등 사용료를 안분하는데 사용한 면세비율을 적용하여 재계산한 처분에 대하여(가) 청구법인의 관할구역에는 고속철도 노선이 없이 일반철도만이 위치하고 있고, 공통매입세액은 여객수입에서 발생함을 알 수 있으며, 공통매입세액이 발생되는 여객수입은 감사원 시정요구에 의하면 “일반철도 선로 등 사용료” 관련 사업부문에 속하므로 전사업장의 일반철도 선로 등 사용료 면세비율에 의거 청구법인의 공통매입세액을 안분계산함이 타당하다.(나) 또한, 청구법인의 일반철도 선로 등 사용료 관련 사업부문의 매입이 없다면 구체적으로 입증하여야 하나 전체적인 매입내역 및 공제받지 못할 매입세액·공통매입 면세사업분 내역 등을 제출하지 못하고 있어 청구법인 주장은 신빙성이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 청구법인의 부가가치세 공통매입세액 안분계산시 공통매입세액이 사업부문별로 그 실질귀속이 구분된다고 볼 것인지, 아니면 불분명하다고 보아 모든 사업장의 공급가액 비율을 기준으로 안분할 것인지 여부

② 청구법인의 공통매입세액을 안분함에 있어 감사원이 철도공사 전사업장의 일반철도 선로 등 사용료를 안분하는데 적용한 면세비율을 적용하여 과세한 처분의 당부

나. 관련법령

(1)부가가치세법 제17조【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액" 이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액

⑦ 제2항의 규정에 의하여 공제되지 아니하는 매입세액의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2)부가가치세법 시행령 제4조【사업장의 범위】

① 법 제4조 제1항에 규정하는 사업장은 사업자 또는 그 사용인이 상시 주재하여 거래의 전부 또는 일부를 행하는 장소로 한다. 다만, 다음 각호의 사업에 있어서는 당해 각호에 규정하는 장소를 사업장으로 한다.

10. 「OOOOOOO」에 의한 한국철도공사가 영위하는 사업에 있어서는 그 사업에 관한 업무를 지역별로 총괄하는 장소제61조【매입세액의 안분계산】

① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다.면세사업에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 × 면세공급가액 / 총공급가액

⑤ 제1항의 규정을 적용함에 있어 「전기통신사업법」에 의한 전기통신사업자 및 「OOOOOOO」에 의한 한국철도공사의 경우 공통매입세액의 안분계산은 다음 산식에 의하여 계산할 수 있다.면세사업에 관련된 매입세액 ＝ 공통매입세액 × 전 사업장의 면세공급가액 / 전 사업장의 총공급가액(3)부가가치세법 시행규칙 제18조의2【매입세액의 안분계산】①영 제61조 제1항 및 제3항에서 “총공급가액”이라 함은 공통매입세액에 관련된 당해 과세기간의 과세사업에 대한 공급가액과 면세사업에 대한 수입금액의 합계액을 말하며, “면세공급가액”이라 함은 공통매입세액에 관련된 당해 과세기간의 면세사업에 대한 수입금액을 말한다.

④영 제61조 제5항의 산식에서 “전 사업장의 총공급가액”이라 함은 해당 과세기간의 모든 사업장(「전기통신사업법」에 따른 전기통신사업자의 경우에는 공통매입세액과 관련된 해당 과세기간의 모든 사업장)의 과세사업에 대한 공급가액과 면세사업에 대한 수입금액의 합계액을 말하고, “전 사업장의 면세공급가액”이라 함은 해당 과세기간의 모든 사업장(「전기통신사업법」에 따른 전기통신사업자의 경우에는 공통매입세액과 관련된 해당 과세기간의 모든 사업장)의 면세사업에 대한 수입금액을 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 과세관련 자료에 의하면 아래의 사실이 나타난다.(가)철도공사는 과세사업인 고속철도 여객운송사업(OOO, OOOOO OOOO O OOOOO OOOO OO), 화물운송사업, 철도유지보수 수탁사업 및 임대·광고 등 기타사업과 면세사업인 일반철도 여객운송사업(OOOO, OOOO OO), 광역전철운송사업 및 고속철도여객운송사업(OOOOOO OOO O OOOOOO OOO OO)을 영위하고 있다.(나) 철도공사가 매입한 주요 재화와 용역이 사용되는 사업부문을 보면,

① 경유 및 기관차구입비는 면세사업인 일반철도 여객운송과 과세사업인 화물운송에 공통으로 사용되고,

② 일반철도 선로 등 사용료는 면세사업인 일반철도 여객운송, 광역전철운송, 면세구간 고속철도 여객운송과 과세사업인 화물운송, 고속철도 여객운송 과세분 중 일반철도선로 운행구간에 공통으로 사용되며,

③ 고속열차차량 구입비는 고속철도 여객운송사업 과세구간(OOOOOOOO, OOOOOOOO) 및 면세구간(OOOOOOOO, OOOOOOOO)에 공통으로 사용되는 것으로 심리자료에 나타난다.(다) 철도공사는 아래 <표2>와 같이 크게 6개의 과세사업과 3개의 면세사업을 운영하면서 분기별로 공통매입세액에 대한 면세비율을 적용하면서 공사 전체에 대하여 하나의 면세비율을 산출하여 과세기간별로 32.16%에서 45.14%의 단일률을 구한 후 이를 공통매입세액에 곱하여 불공제 매입세액을 산정하였고, 감사원은

① 경유·기관차 매입관련,

② 일반철도 선로 등 사용료 매입관련,

③ 고속열차차량 매입관련은 사업별로 실지 귀속이 가능하다고 보아 사업별로 별도의 면세비율을 산출하여 적용하도록 하고, 기타의 공통매입세액은 실지귀속이 불가능하다고 보아 철도공사의 면세비율 계산방식(단일 면세비율 적용)을 적용하도록 시정조치하였으며, 처분청은 감사원 시정조치에 따라 위 사업부문별 면세비율을 적용하여 아래 <표3>과 같이 사업부문별 면세비율을 산정하여 과세하도록 시정지시하였다.OOOOOOOOOO OOOOO OOOO(OOOO OO)

※ A～D 산출산식- A : 전 사업장의 모든 면세사업(일반철도 여객운송, 광역전철운송, 고속철도 여객운송 면세분, 기타 면세, a) 공급가액 ÷ 전 사업장의 모든 면세(a)·과세사업(고속철도 여객운송 과세분, 화물운송, 철도 유지보수 수탁, 기타 과세)공급가액- B : 전 사업장의 경유·기관차 매입관련 면세사업(일반철도여객운송사업, b) 공급가액 ÷ 전 사업장의 경유·기관차 매입관련 면세(b)·과세사업(화물운송) 공급가액- C : 전 사업장의 일반철도선로 등 사용료관련 면세사업(일반철도 여객운송, 광역전철운송, 고속철도 여객운송 면세분, c) ÷ 전 사업장의 일반철도선로 등 사용료관련 면세(c)·과세사업(화물운송, 고속철도 여객운송 과세분 중 일반철도선로 운행구간)- D : 전 사업장의 고속열차차량 매입관련 면세사업(고속철도 여객운송 면세분) ÷ 전 사업장의 고속열차차량 매입관련(면세분 + 과세분) 공급가액(라) 청구법인(OOOO)의 공통매입세액에 대한 면세분 신고에 대하여 처분청이 재계산하여 과세한 내역은 <표4>와 같다.OOOOOOOOOO OOOOO OO O OOO OO OO(OO O O, O)

(2) 쟁점①에 대하여(가) 청구법인은 철도 운영사업자의 특성상 매입한 자산 등이 여러 개의 사업장에 함께 관련되어 있고 대부분의 시설이 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 사업장별로 계산이 어려우므로 전체 사업장을 기준으로 매입세액을 안분계산할 수 있도록「부가가치세법 시행령」제61조제5항이 개정된 것이고, 동항은 일반사업자에 대한 특례로 규정한 것이므로 청구법인에 대하여는 공통매입세액 안분계산시 모든 사업장의 면세비율로 안분하여야 한다고 주장한다.(나) 그러나 위 항에 규정된 “전 사업장”의 개념은 “공통매입세액에 관련된 사업부문별 전 사업장”으로 보여지고, 위 규정의 입법취지로 볼 때 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액의 안분계산은 우선 사업부문별로 그 실지귀속을 따져 보고, 그러한 이후에도 매입한 재화나 용역의 특성상 사업부문별 실지귀속을 구분하기 어렵고, 관련 사업장 또는 사업부문을 특정할 수 없는 경우에 한하여 공통매입세액에 관련된 모든 사업장의 공급가액 비율을 기준으로 안분계산하는 것이 타당하다고 보이며,「부가가치세법 시행규칙」제18조의2제4항의 규정은 “전 사업장의 의 공급가액”이라는 용어의 의미를 재차 설명하고 있을 뿐이고, 공통매입세액이라고 하더라도 관련 사업부문을 특정할 수 있는 경우까지 실지귀속에 불구하고 모든 사업장의 면세비율을 적용하여 매입세액을 계산할 수 있도록 한 것은 아니라 할 것이므로, 처분청이 사업부문별 면세비율을 적용하여 청구법인의 공통매입세액을 안분계산한 후 면세관련 매입세액을 불공제한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.(조심 2009전3230, 2010.4.2. 조세심판관 합동회의 같은 뜻)

(3) 쟁점②에 대하여(가) 처분청은 청구법인의 공통매입세액을 안분함에 있어 철도공사의 전사업장에 대한 일반철도 선로 등 사용료의 면세비율을 적용하여 과세하였는바, 그 내용을 보면 분자는 전사업장의 일반철도 선로 등 사용료 관련 면세사업 공급가액인 일반철도 여객운송, 광역전철운송, 고속철도 여객운송 면세분 등으로, 분모는 위 분자에 전사업장의 일반철도 선로 등 사용료 과세사업인 화물운송, 고속철도 여객운송 과세분 등을 합한 공급가액으로 하여 면세비율을 계산한 것으로 되어 있다. (나) 청구법인은 관내에 고속철도 노선이 없고 일반철도 만이 있으므로 실지귀속에 따라 공통매입세액을 안분하려고 한다면, 관련 사업부문 고려시 광역전철운송 및 고속철도 여객운송 사업부문은 없으므로 이들 항목을 분자 및 분모에서 각 제거한 후 면세비율을 계산하여야 한다고 하면서 그럴 경우 위 <표1>과 같이 면세비율이 계산된다는 주장이다.

(다) 그러나, 청구법인(OOOO)의 경우 경유 및 기관차 구입관련 사업부문 및 고속열차 차량구입관련 사업부문 등은 발생하지 않는 것으로 조사되어 있고, 일반철도 선로 등 사용료의 사업부문만 발생하는 것으로 조사된 점, 전사업장의 동일한 사업부문에서 발생한 공통매입세액은 전사업장에 대하여 단일 면세비율을 적용하고 있고 동일한 사업부문이 서로 유기적으로 연결되어 있는데 청구법인만 별도로 사업장을 분리하여 별도의 면세비율을 정하는 것은 합리적으로 보기 어려운 점 등을 감안할 때, 청구법인의 공통매입세액이 일반철도 선로 등 사용료의 사업부문에서 발생한 것이라면, 전사업장의 일반철도 선로 등 사용료에 적용되는 면세비율을 적용하여 과세하는 것이 타당하다 할 것이므로, 청구법인의 공통매입세액이 일반철도 선로 등 사용료관련 사업부문에서 발생한 것이 아니라는 입증이 없는 한 청구법인(OOOO OOOO)에 대하여도 전사업장의 동일 사업부문 면세비율을 적용하여 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.