조특법 시행령 제40조 제1항 산식에서 분모의 취득당시의 기준시가를 종전주택의 취득당시 기준시가로 보아 양도소득세 감면소득을 산정한 것이 적법한지 여부

조특령 제40?

① 산식에서 분자의 “취득당시 기준시가”는 쟁점주택의 신축당시 기준시가로, 분모의 “취득당시 기준시가”는 종전주택의 취득당시 기준시가로 보아 쟁점주택의 감면대상 소득금액을 계산하는 것이 타당함

1. 처분개요

조 세 심 판 원가.청구인은 1999.7.19. OOO(이하 “구주택”이라 한다)를 취득하여 재건축 조합에 출자하고, 2004.12.14. 사용승인된 OOO(이하 “신축주택”이라 한다)를 분양받아 보유하다가 2007.5.30. 양도한 후 양도소득세 OOO원을 납부하였다가, 2008.7.21.「조세특례제한법」제99조3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례) 규정을 적용하여 신고납부한 양도소득세 100분의 100을 감면하는 내용의 고충청구서를 OOO세무서에 제출함에 따라 2008.7.30. 감면대상 신축주택으로 보아 양도소득세를 전액 환급하였다.

나.처분청은 신축주택 취득자에 대한 과세특례 적정여부 기획점검에 따라「조세특례제한법」제99조의3규정을 적용함에 있어서 구주택의 취득일로부터 신축주택 취득일까지의 양도소득금액은 감면대상에 해당하지 않는다고 보아 2012.4.15. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여2013.4.30. 이의신청을 거쳐 2013.9.13.심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

당초 환급을 결정한 것은 처분청이 쟁점주택에 대해 감면대상이라는 견해를 공적 표명한 것으로 이에 대해 다시 과세하는 것은 소급과세금지원칙 및 신뢰성보호 원칙에 어긋나고,「조세특례제한법」제99조의3의 취지상 준공 후 5년 내 양도시 양도소득세 전액을 감면하는 것으로 보아야 하므로 종전주택 취득부터 신축주택 취득까지의 양도소득에 대하여 감면 부인한 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

「소득세법」제114조에 의거하여 당초 환급결정에 오류가 발견되어 이를 경정 고지한 것이 부당하다 할 수 없고,「조세특례제한법」제99조의3의 감면소득에 구주택의 양도소득도 포함되는가와 관련하여 법조문 상 “신축주택을 취득하여 그 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여 양도소득세를 감면한다”고 명기되어있어 이를 구주택 취득일까지 확대해석할 이유가 없으므로 구주택 취득일로부터 신축주택 취득일까지 발생한 양도소득에 대하여 감면 배제하여 경정한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

재개발로 신축한 쟁점주택에 대하여 양도소득세를 전액 감면신청한데 대하여 신고시인하였다가 신축주택 완공일로부터 양도일까지의 양도소득에 대하여만 감면하는 것으로 경정하여 과세한 처분의 당부

나. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은「조세특례제한법」제99조의3의 규정에 의하여 구주택 취득일부터 신축주택 양도일까지의 양도소득 전부에 대하여 감면하여야 한다고 주장하고 있으나,「조세특례제한법」 제99조의3제1항, 같은 법 시행령 제40조 제1항 및 제99조의3 제2항에 의하면 “당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 {양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) / (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}로 계산한 금액”이라고 규정하고 있고,「조세특례제한법 시행령」제40조에서 규정하고 있는 산식에 있어 취득당시의 기준시가 중 분자에 적용되는 기준시가는 ‘신축주택의 취득당시 기준시가’이고, 분모에 적용되는 기준시가는 ‘구주택의 취득당시 기준시가’를 말하는 것이라 할 것인 바,구주택을 취득하여 보유하다가 주택재건축사업에 따라 신축주택을 취득하여 이를 양도한 경우,「조세특례제한법」제99조의3에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 그 감면대상은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액으로써 구주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은「조세특례제한법」제99조의3에 따른 감면대상 양도소득에 해당하지 아니하는 것이므로 청구인의 주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다(조심 2013서3328,2013.10.4. 외 다수 같은 뜻).

(2) 한편, 청구인은 처분청이 청구인이 납부한 양도소득세에 대하여 환급결정하였으므로 비과세관행이 성립되었고, 감면대상이라는 견해를 표명한 것으로 볼 수 있어 이를 번복하여 양도소득세를 과세한 처분은 신뢰성보호의 원칙 등에 위배되어 부당하다고 주장하고 있으나,「소득세법」제114조제3항에 의하면, 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 때에는 즉시 이를 다시 경정한다고 규정하고 있으므로 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다고 하겠다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.