종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액에 대하여 감면배제한 처분이 신의성실원칙 및 실질과세원칙에 위배되는지 여부

국세청 예규 등에서 종전주택의 보유로 인한 양도소득금액을 감면소득으로 본다는 공적인 견해표명을 하였다고 인정하기 어려운 점 등에 비추어, 처분청이 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액에 대하여 감면배제한 처분이 신의성실원칙 및 실질과세원칙에 위배된다고 보기 어려움

1. 처분개요

가. 청구인과 청구인의 배우자인 유OOO(亡)(이하 “청구인등”이라 한다)은 재건축아파트인 OOOOO OOO OOO OOO-O O OOOO아 파트(각각 1/2지분소유, 이하 “신축주택”이라 한다)를 신축일인 2 0 02.12.20.부터 5년 이내인 2006.9.28. 매매를 원인으로 양도한 후, 2006.11.9. 양도소득세 신고시 종전주택 취득일로부터 신축주택 양도일까지 발생한 양도소득 전액을 감면대상 소득금액으로 보아 신고하였다.

나. 처분청은「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제99조의3 규정을 적용함에 있어 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액에 상당하는 양도소득세는 감면대상이 아니라는 OOO지방국세청의 특정감사 지적에 따라 과다신고된 감면세액을 부인하고 2012.4.30., 2012.5.2. 청구인등에게 각각 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.30. 이의신청을 거쳐 2 012.12.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 신축주택 양도 당시 해당 법조문의 해석은 취득가액을 신축주택의 준공일이 아니라 종전주택의 취득일로 관례적으로 해석하여 왔으나, 사후 유권해석에 따라 재건축의 경우 종전주택의 양도소득에 대하여 감면을 배제하고 신고 및 납부불성실가산세를 적용하는 것은 신의성실원칙에 위배되고, 새로운 해석에 따라 감면소득을 계산함에 있어서도 그 방법이 실질과세원칙에 위배되므로 실제의 감면소득인 OOO원을 적용하여야 한다. 처분청은 신축주택을 5년 이내 양도할 때 감면대상소득을「전체의 양도소득 × (양도시 기준시가 - 준공일 현재 기준시가)/(양도시 기준시가 - 종전부동산 취득시 기준시가)」로 계산하였으나, 이는 양도가액과 분양가액이라는 실제거래가액과는 무관하게 취득시 기준시가가 양도시 기준시가보다 높으면 감면소득이 전혀 발생하지 않는 모순이 발생하며, 분양가액을 신축주택의 취득가액으로 인정하지 않는 결과가 되어 동일한 주택의 일반분양자와의 형평성에 문제가 있다.

(2) 청구인등의 양도소득계산에 있어 종전주택의 취득시기에 착오가 있는 것으로 판단되므로 이를 정정하여 양도소득을 계산하여야 한다. 당초 청구인은 신축주택의 소유에 기초가 되는 종전주택의 소유지분 변동시점을 종전주택 취득일로 소급하는 것으로 보아 양도소득세를 신고하였으나, 청구인등의 종전주택은 청구인이 토지를 소유하고 배우자인 유시종이 건물을 보유한 형태이었으나 재개발조합이 결성되 면서 부부공동명의로 신축주택을 신청하였으며 관리처분인가일( 2001.4.24.)에 권리가액이 확정되고 2001.9.9.에 공동명의 분양계약을 체결하였으므로, 종전주택의 소유권 변동시점을 종전주택 권리가 확정되는 관리처분인가일에 있는 것으로 보아, 종전 토지소유권의 1/2이 유OOO에게 2001.4.24. 이전되고, 건물소유권의 1/2이 청구인에게 동일자로 이전된 것으로 하여 취득가액을 산출하여 양도소득을 계산함이 타당하다. 감면대상 신축주택에는 분양권의 일부 지분을 배우자로부터 증여받아 취득하는 주택을 포함하지 아니한다는 국세청예규(서면4팀-2632, 2005.12.27.)를 적용하여 감면을 배제한다는 처분청의 주장은 자의적 해석이고, 건물의 존재여부에 따라 토지의 평가액이 영향을 받는 재개발·재건축의 경우, 토지 및 건물의 소유자별 개별적인 평가액과는 관계없이 권리가액은 하나이므로 1세대에 신축 1주택만을 배정하는 규정상 부부가 공동지분으로 배정받은 것을 사후 분양권을 서로 증여받은 것으로 간주하여 감면을 배제함은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인은 「조세특례제한법 시행령」(이하 “조특법시행령”이라 한다)제40조 제1항의 감면산식은 분모와 분자가 동일한 취득당시 기준시가임에도 분모는 종전주택 취득당시 기준시가, 분자는 신축주택 취득당시 기준시가로 해석하여 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 산정하는 것은 법문의 확대·유추해석으로 납세자의 재산권을 부당하게 침해하는 처분이라고 주장하나, 조특법 제99조의3 에 따른 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있고, 같은 조 제1항에서 “5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 차감한다”라고 규정하고 있어 양도소득세 감면대상은 “신축주택을 취득하여 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득으로 한정하는 것이지 구주택을 취득한 때로부터 신축주택을 양도한 때까지 전 기간에 발생한 소득으로 확대해석할 수 없다.

(2) 청구인 등은 당초 2006년 귀속 양도소득세 신고시 종전주택에 대한 소유지분을 무시하고 전체 취득가액의 1/2을 각자의 취득가액으로 하여 전액 감면신고하였고, 처분청은 2012년 감면자료 검토지시에 의거 종전주택에 대한 감면부분을 부인하고 경정·고지한 것에 대하여 청구인 등은 토지와 주택의 지분을 각자에게 1/2씩 증여라고 주장하나, 처분청의 입장은 기존 토지나 주택에 대하여 증여로 볼 수 있는 근거가 전혀 없고 주택재개발로 인한 관리처분인가일 이후 조합원 분양시 청구인 등이 각자 명의로 분양 받은 점, 종전주택 권리가액 OOO원 중 토지(이OOO) OOO원, 건물(유OOO) OOO원이고 수령한 청산금 OOO원을 빼고 OOO원이 신축주택 분양가이나 이는 분양가액 대부분이 이OOO지분에 해당하여, 신축주택 지분을 배우자로부터 증여받은 경우에 해당한다고 볼 수 있고, 증여받은 지분은 특례배제(서면4팀-2632, 2005.12.27. 등) 조특법 제99조의3 제1항 제1호에서 규정하는 “주택건설사업자로부터 취득하는 주택으로서 신축주택 취득기간 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택”에는 분양권의 일부지분을 배우자로부터 증여받아 취득하는 주택을 포함하지 아니하는 것으로 아내로부터 증여받은 지분(지분율 제한 없음)에 대하여는 동 규정의 감면을 적용받을 수 없는 것이다. 따라서, 유OOO에 대한 양도소득세 감면은 해당하지 아니하고, 장기보유특별공제 기산점도 종전주택과 신축주택 양도차익에 대하여 동일하게 30%를 적용할 수 없으며, 신축주택차익에 대하여는 증여일 기준이 되어 일부 경정의 대상이 되는 등 청구인들이 주장하는 관리처분일 기준으로 취득가액을 산정할 수 없어 당초 경정처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 종전주택 취득일부터 신축 주택 취득일 전일까지의 양도 소득금액에 대하여 감면 배제한 처분이 신의성실원칙 및 실질과세원칙에 위배되는지 여부

(2) 종전주택의 취득시기가 관리처분계획인가일이라는 청구주장의 당부

나. 관련법령

(1) 조세특례제한법(2006.12.30.법률제8146호로 개정되기 전의 것) 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 「소득세법」 제89조 제1항 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세 대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간 (이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택 (주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 조세특례제한법 시행령 제40조【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】

① 법 제43조 제1항에서 “당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 「소득세법」제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는 「법인세법」제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다.

양도소득금액 ×

취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득 당시의 기준시가

양도 당시의 기준시가 - 취득 당시의 기준시가

제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

② 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용 하여 계산한 금액으로 한다.

(3) 국세기본법 제15조【신의ㆍ성실】납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다. 제18조【세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지】

③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 1980.5.29. OOO 소재 임야 334㎡ 취득하였으며, 그 토지 위에 배우자 유OOO이 주택(이하 “종전주택”이라 한다)을 신축하여 함께 거주하던 중 주택재개발조합이 결성되어 1995.10.15. 청구인등이 공동명의로 분양신청을 하였으며, 2001.4.24. 관리처분계획인가가 되어 2001.9.9. 조합 및 건설업체와 최초로 부부 공동명의로 분양계약을 체결하였고 신축주택은 2002.12.20. 사용승인(준공일)을 받았으며 2003.10.13. 청구인등은 각 1/2지분으로 소유권보존 등기가 경료하였다.

(2) 청구인등은 신축주택을 신축일인 2002.12.20.부터 5년 이내인 2006.9.28. 문OOO, 전OOO에게 매매를 원인으로 OOO원에 양도한 후 2006.11.9. 양도소득세 신고시 종전주택 취득일로부터 신축주택 양도일까지 발생한 양도소득금액 전액을 감면대상 소득금액으로 보아 양도소득세는 0원, 농어촌특별세는 OOO원으로 각각 신고·납부하였다.

(3) 처분청은 조특법 제99조의3 규정을 적용함에 있어 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액에 상당하는 양도소득세는 감면대상이 아니라는 OOO지방국세청장의 특별 감사지적에 따라 과다신고된 감면세액을 부인하고 납부불성실가산세를 포함하여 2012.4.30., 2012.5.2. 청구인등에게 각각 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

(4) 조특법 시행령 제99조의3 제2항 및 제40조 제1항 에서 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례를 적용함에 있어 당해 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액 은 「소득세법」제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는 「법인세법」제99조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 중 취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가에서 취득당시의 기준시가를 뺀 금액이 양도당시의 기준시가에서 취득당시의 기준시가를 뺀 금액에서 차지하는 비율로 계산한 금액 을 말한다고 규정하고 있다.

(5) 청구인은 종전주택의 토지, 건물의 취득시기는 1980.5.29.인 것으로 임야대장 및 청구인의 신고서 상에 나타난다.

(6) 2001.4.24. 관리처분계획인가일 현재 종전주택의 권리가액 O OO,OOO,OOO원 중 청구인 소유의 토지 가액은 OOO원, 유OOO 소유의 건물가액은 O O,OOO,OOO원이며, 청산금 수령액은 OOO원으로 신축주택의 분양가액은 OOO원으로 나타난다.

(6) 쟁점①대하여 살펴보면, 조특법 제99조의3 에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하고 있어, 명문상 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기는 어려워 보이는 점, 조특법 시행령 제40조 에서 규정하고 있는 산식에 있어 취득당시의 기준시가 중 분자에 적용되는 기준시가는 ‘신축주택의 취득당시 기준시가’이고 분모에 적용되는 기준시가는 ‘종전주택의 취득당시 기준시가’를 말하는 것(조심 2011서1349,2011.6.30.외 다수 같은 뜻임)인 점, 국세청 예규 등에서 종전주택의 보유로 인한 양도소득금액을 감면소득으로 본다는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기 어려운 점 등을 종합하여 볼 때 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액에 대하여 감면 배제한 처분이 신의성실원칙 및 실질과세원칙에 위배된다는 청구인의 주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(7) 쟁점②에 대하여 살펴보면, 청구인은 관리처분계획인가일에 종전주택의 토지 및 건물의 권리가액이 확정되었으므로, 관리처분계획인가일에 청구인등이 토지 및 건물의 1/2지분을 각각 이전 것으로 보아 종전주택의 취득가액을 각각 산출하여야 한다고 주장하나, 토지 또는 건물은 권리의 이전이나 그 행사에 등기를 요하는 재산인 바, 청구인등이 관리처분계획인가일에 종전주택의 토지 및 건물의 1/2지분을 각각 취득하였음이 등기부등본 등에 나타나지 않으므로 청구인등의 종전주택 취득일을 관리처분계획인가일로 보아야 한다는 주장은 이유없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.