조합원입주권의 관리처분계획인가 이후 양도차익분에 대하여 장기보유특별공제를 적용할 수 있는지 여부

장기보유특별공제액을 규정한 소득세법 제95조 제2항 본문에서 조합원입주권의 경우 도시 및 주거환경정비법 제48조 에 따른 관리처분계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정하고 있는바 관리처분계획인가 후의 양도차익에 대하여도 장기보유특별공제를 적용하여야 한다는 청구인의 주장은 받아들이기 어려움

1. 처분개요

가.청구인은 1987.12.30.OOO호(이하 “쟁점아파트”라 한다)를 아들 OOO과 각 1/2 지분으로취득하여 보유하던 중 2005.5.16. 관리처분계획의 인가로 조합원입주권(이하 “쟁점입주권”이라 한다)으로 변경된 상태에서 2013.5.31. OOO만원)에 양도하고 1세대 1주택으로 고가주택에 해당하여 관리처분계획인가 전 양도차익에 대해 장기보유특별공제를 적용하여 2013.7.30. 양도소득세를 신고하였다가 2014.3.10.관리처분계획인가 후 양도차익도 장기보유특별공제를 적용하여야 한다는 경정청구를 하여 2014.5.22. 양도소득세 OOO원을 환급받았다.

나. OOO지방국세청장은 2015년 7월 OOO세무서에 대한 종합감사시 2013.1.1. 이후 양도한 조합원입주권은 개정된「소득세법」제95조제2항의 규정에 따라 장기보유특별공제 적용 대상이 아니라는 감사지적을 하였고, 처분청은 2016.3.21. 청구인에게 2013년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2016.4.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 장기보유특별공제는 일반 토지·건물·조합원입주권과 1세대 1주택대상 자산을 구분하여 적용하여야 하는바, 양도차익에서 차감하는 장기보유특별공제는 양도자산 중「소득세법」제94조제1항 제1호에 따른 토지, 건물과 제2호에 따른 자산 중 조합원입주권을 적용 대상으로 하며 해당 양도차익에「소득세법」제95조제2항의 표1의 공제율을 적용하여 계산함을 원칙으로 하나, 1세대 1주택에 해당하는 자산의 경우에는 같은 항 표2를 적용하도록 단서 규정을 두고 있어 일반 토지·건물·조합원입주권과 1세대 1주택 대상자산을 구분하여 적용하고 있다.

(2) 1세대 1주택에 해당하는 조합원입주권은 주택으로 의제되므로 아래와 <표1>과 같이 일반 조합원입주권과는 양도차익, 장기보유특별공제에 있어서 달리 적용되어야 할 것임에도 처분청은 고가주택 양도차익 계산이나 장기보유특별공제율은 1세대 1주택 조합원입주권의 규정을 적용하면서도 장기보유특별공제대상 양도차익은 일반 조합원입주권 규정을 적용한 것은 법리를 오해한 것이다.OOO

(3) 1세대 1주택 비과세 대상인 조합원입주권에 대한 장기보유특별공제 적용 양도차익을 관리처분계획인가 전 양도차익으로 한정하기 위해서는「소득세법 시행령」제159조의2규정에서 “「소득세법 시행령」제155조제17항에 해당하는 1세대 1주택 비과세 대상 조합원입주권을 제외”하는 규정을 두거나 또는「소득세법」제95조제2항 단서 조항에서 “조합원입주권의 경우 관리처분계획인가일 전 양도차익에 한정한다”는 규정을 두었어야 할 것인바, 세법상 제외 규정이 없는 이상 1세대 1주택 비과세 대상 조합원입주권에 대한 장기보유특별공제는「소득세법」제95조제2항의 단서규정 적용대상으로 전체 양도차익에 대하여 장기보유특별공제를 적용하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1)청구인이 경정청구시 제시한 심판례(국심 2005중1231, 2006.1.20.)에 따라 경정청구를 인용하였으나,「소득세법」제95조제2항 본문 규정 개정 전에 대한 심판례이고,「소득세법」제95조가 2013.1.1. 법률 제11161호로 개정되면서 2013.1.1. 이후 조합원입주권을 양도하는경우에는 “「도시 및주거환경정비법」제48조에 따른 관리처분계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다”고 규정하고 있다.

(2) 청구인은「소득세법」제95조제2항 본문 규정이 아닌 단서 규정을적용받아야 할 것이므로 관리처분계획인가 후 양도차익에 대해서도장기보유특별공제를 적용하여야 한다고 주장하나,「소득세법」제95조제2항 단서에서 “그 자산의 양도차익에 표2에 따른 보유기간별 공제율을곱하여 계산한 금액을 말한다”고 하고 있을 뿐 관리처분계획인가 후장기보유특별공제액을 공제한다는 규정은 없으므로 과세처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

조합원입주권의 관리처분계획인가 이후 양도차익분에 대하여 장기보유특별공제를 적용할 수 있는지 여부

나. 관련 법령

(1)소득세법 제89조【비과세 양도소득】

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

1. 파산선고에 의한 처분으로 발생하는 소득

2. 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분합(分合)으로 발생하는 소득

3. 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

② 대통령령으로 정하는 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 「도시 및주거환경정비법」제48조에 따른 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위[같은 법에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)으로 한정하며, 이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 "조합원입주권"이라 한다]를 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 제1항에도 불구하고 같은 항 제3호를 적용하지 아니한다. 다만, 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우나 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.제95조【양도소득금액】①양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및주거환경정비법」제48조에 따른 관리처분계획 인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표1에 따른 보유기간별 공제율을곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.표1 표2

보유기간

공제율

보유기간

공제율

3년 이상 4년 미만

100분의 10

3년 이상 4년 미만

100분의 24

4년 이상 5년 미만

100분의 12

4년 이상 5년 미만

100분의 32

5년 이상 6년 미만

100분의 15

5년 이상 6년 미만

100분의 40

6년 이상 7년 미만

100분의 18

6년 이상 7년 미만

100분의 48

7년 이상 8년 미만

100분의 21

7년 이상 8년 미만

100분의 56

8년 이상 9년 미만

100분의 24

8년 이상 9년 미만

100분의 64

9년 이상 10년 미만

100분의 27

9년 이상 10년 미만

100분의 72

10년 이상

100분의 30

10년 이상

100분의 80

③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.

(2)소득세법 시행령 제155조【1세대 1주택의 특례】????법 제89조 제2항 본문에 따른 조합원입주권(이하 "조합원입주권"이라 한다)을 1개 소유한 1세대 [「도시 및주거환경정비법」제48조에 따른 관리처분계획의 인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 제154조 제1항에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대에 한한다]가 당해 조합원입주권을 양도하는 경우 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 법 제94조 제1항 제2호 가목에도 불구하고 제154조 제1항에 따른 1세대 1주택으로 본다.

1. 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우

2. 양도일 현재 1조합원입주권 외에 1주택을 소유한 경우로서 해당 1주택을 취득한 날부터 3년 이내에 해당 조합원입주권을 양도하는 경우(3년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)제159조의2【장기보유특별공제】법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조·제155조의2·제156조의2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 쟁점입주권 양도일 현재 다른 주택을 소유하고 있지 않아「소득세법 시행령」제155조제17항의 1세대 1주택에 해당하고, 양도가액이 OOO을 초과하여 고가주택인 사실에 대하여는 청구인과 처분청 간에 다툼이 없는바, 청구인은 쟁점아파트를 1987.12.30. 취득하여 보유하던 중 2005.5.16. 관리처분계획 인가된 후 2013.5.31. 쟁점입주권을 양도하였다.

(2) 청구인의 양도소득세 신고 및 경정청구내역은 아래 <표2>와 같고, 양도소득세 신고시 및 경정청구시의 장기보유특별공제 산출내역은 다음과 같다.OOO(가) 당초 양도소득세 신고시 관리처분계획인가 전 장기보유특별공제액을OOO으로 하였다.(나) 경정청구시 장기보유특별공제액은 관리처분계획인가 전 장기보유특별공제액 OOO+ 관리처분계획인가 후 장기보유특별공제액 OOO원으로 산정하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 장기보유특별공제액을 규정한「소득세법」제95조제2항은 본문과 단서로 구성되어 있고, 본문에서 그 대상을 부동산(토지 또는 건물)과 부동산을 취득할 수 있는 권리 중 조합원입주권으로 제한하면서 표1과 같이 그 자산의 양도차익에 보유기간별 공제율(10～30%)을 곱하여 계산한 금액을 각각 공제하도록 규정하고 있는데, 조합원입주권의 경우「도시 및주거환경정비법」제48조에 따른 관리처분계획인가 전 토지분또는 건물분의 양도차익으로 한정하고 있는바,「소득세법」제95조제2항단서에서 1세대 1주택의 경우 표2와 같이 보유기간별 공제율을 24～80%로 상향하여 적용하도록 한 것은 장기보유특별공제액의 범위를 확정한 것으로 관리처분계획인가 후의 양도차익에 대하여도 공제대상으로 적용한다는 의미는 아닌 것으로 보이므로 관리처분계획인가 후의 양도차익에 대하여도 장기보유특별공제를 적용하여야 한다는 청구인의 주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」 제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.