공통매입세액 안분한 금액(투입된 원재료비)의 실제 귀속이 분명하므로 전액 매입세액공제를 하고, 면세 사업사용분은 자가공급으로 과세해야 한다는 청구주장의 당부

청구법인은 과·면세 겸영사업자로 건설사로부터 용역을 발주받아 원재료를 매입하여 생산한 제품에 인력·경비를 투입하여 국민주택 건설용역(면세)에 설치·시공한 용역의 공급은 면세전용에 해당하지 않는 점(조심 2019서3737, 2020.11.23.)

1. 처분개요

가. 청구법인은 철 구조물을 제조 및 실내건축공사업을 영위하는「부가가치세법」상 과·면세 겸업사업자로, 2020년 제2기 부가가치세 신고 시 전체 매입세액을 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율로 안분하여 매입세액 불공제 처리하였다가, OOO에 소재하는 공장[알루미늄 경량 철골을 제조(과세사업), 이하 “파주공장”이라 한다]에 투입된 원재료 등의 매입세액은 전액 공제하고, 생산한 제품 중 일부는 면세 공사현장(실내건축공사)에 소비된 것으로 자가 공급(면세 전용)으로 보아 부가가치세를 과세하여야 하는 등의 사유로 2025.7.24. 처분청에 2020년 제1기 부가가치세 OOO원의 경정청구를 하였다.

나. 처분청은 청구법인과 같은 과세와 면세 겸업 사업자의 경우 매입세액은 면세매출이 총 매출에서 차지하는 비율에 따라 안분하여 공제받지 못할 매입세액으로 차감하는 것이 타당하다고 보아 2025.9.22. 청구법인에게 경정청구 거부처분을 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.11.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 본사(파주 공장)에 경량 철골 등을 제조하는 공장을 하고 있고, 전문건설업등록을 하고 실내건축공사업을 영위하고 있으며, 파주 공장에서 아연도강판이나 알루미늄을 원재료로 경량 철골, 천장재를 생산하여 제품의 대부분 외부에 판매(과세)하며, 일부는 청구법인의 건축공사 현장에서 건축자재로 사용하고 있다.건축공사 현장은 대부분 국민주택규모 이하의 주택건설용역공급으로 부가가치세가 면세되는 공급에 해당하나, 어린이집 등에는 과세 분으로 용역계약서를 작성하여 공사를 하고 있고, 건설공사표준하도급계약서를 작성하여 공사를 시행하고 있으며, 이 계약서에는 부가가치세 과세표준 금액과 부가가치세 면제 공급가액이 나타나 있는바, 공장에서 생산된 과세 재화가 공사 현장별로 수불된 내역이 관리되고 있다.당초 2020년 제1기 부가가치세 신고 시 파주 공장에서 생산된 제품에 대한 매입세액을 포함하여 전체 매입세액에 대하여 총 공급가액 중 면세 공급가액이 차지하는 비율만큼 안분계산하여 매입세액 불공제하여 부가가치세를 신고하였으나, 파주 공장에서 제품생산을 위해 투입된 원재료 등의 매입세액은 과세 재화인 제품 생산에 직접 사용된 것이므로 실지 귀속이 명확하여 전액 공제 대상에 해당하고, 공장에서 생산된 제품 중 청구법인의 면세사업을 위하여 직접 사용된 부분은 부가가치세법상 재화의 공급(자가공급)에 해당하므로 해당 가액을 과세표준에 포함하여 부가가치세를 납부해야 하여야 할 것이다.이에 2020년 제1기 파주 공장 제품 생산 관련 매입세액 OOO원(공급가액 OOO원)을 전액 공제받아야 할 것(기존 불공제 처리된 부분의 공제 전환)이고, 면세 사업에 전용한 자가공급에 해당하는 공급가액 OOO원 및 매출세액 OOO원을 과세표준 및 매출세액에 각각 추가하여야 할 것이다.

(2) 처분청은 청구법인이 본점 사업장에서 청구법인의 다른 사업장으로 반출하는 것이 아닌 타 사업자의 건설사업장으로 재화를 포함한 하나의 건설 용역을 공급하는 것이어서 자기의 동일 사업장 내에서 반출하는 경우에 적용되는 면세전용을 적용할 여지가 없다는 의견이나, 당초 파주공장 매입세액을 안분계산한 것은 잘못이므로 재계산하여야 하고, 처분청은 타 사업자의 건설 사업장으로 재화를 반출하였다는 의견이나 이는 사실이 아니며, 청구법인이 도급받아 용역을 제공하는 청구법인의 사업장이다.또한, 청구법인의 건설공사 사업장은 과세분과 면세분이 혼합된 사업장이고, 청구법인의 파주공장 과세재화를 청구법인의 건설사업장으로 재화를 반출한 것으로, 과세재화가 면세용역 공급에 제공된 부분에 대하여 자가 공급에 해당하여 부가가치세 과세표준으로 계산하여야 할 것이다.

(3) 청구법인은 등기부상 본사를 OOO에 두고 있고, 지점은 OOO에 있으나, 사실상 지점이 본점역할을 하고 있다.「부가가치세법」제40조(공통매입세액의 안분)는 사업자가 과세사업과 면세사업 등을 겸영하는 경우에 과세사업과 면세사업 등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분하여 계산한다고 규정하고 있는바, 청구법인은 매입세금계산서를 OOO에서 받고 있으나 OOO 분, OOO 지점 분, 공사현장 분의 매입내역을 구분할 수 있다.즉, 청구법인의 2020년 제1기 총매입가액은 OOO원인데 파주공장 관련 매입가액은 OOO원, 공사관련 매입가액은 OOO원, OOO 지점분은 OOO원으로 명확히 구분할 수 있으므로, 실지귀속이 불분명할 때 적용하는 공통매입세액의 안분을 적용할 수 없다.

(4) 각 사업장별 매출액 및 매입세액을 계산하여 보면, 다음과 같다.(가) 파주공장은, 타인에게 공급한 가액은 OOO원, 세액은 OOO원, 당사 면세사업의 공사현장에 투입된 자가공급 가액은 OOO원, 세액은 OOO원으로 합계 공급가액은 OOO원 세액 OOO원이고, 파주공장의 제조 관련 매입세금계산서 공급가액은 OOO원, 세액은 OOO원으로 이 부분은 100% 공제를 받야야 할 것이다.(나) 파주공장 관련 매입세액은 전부 과세재화 생산에 투입된 것으로 전부 공제를 하여야 하고, 생산된 재화 중 면세공사현장의 재료로 투입된 금액은 자가 공급으로 부가가치세를 납부하여야 할 것이다.(다) 공사현장 관련 매출액 및 매입세액을 계산해보면, 공사현장 과세공급가액은 OOO원, 세액 OOO원, 면세공급가액은 OOO원으로, 공사현장 공동매입가액은 OOO원, 세액 OOO원이다[매입세액 OOO원×공사 과세+(공사과세+공사면세)=OOO원].(라) OOO의 매출 및 매입세액을 계산해보면, 매출액 OOO원으로, 공통매입세액 OOO원을 안분계산하면 공제금액 OOO원이다[매입세액 OOO원×(파주과세+공사과세)÷(파주과세+공사과세+ 공사면세)](마) 과세재화를 생산하여 면세 사업에 공하는 경우 자가공급으로 보아 과세표준에 산입하여야 하고 매입세액을 전액 공제가 가능한바, 매입내역을 사업(장)별로 구분하여 매입세액 공제 여부를 실지귀속에 따라 판단하야 함에도 처분청은 사실관계를 조사도 하지 아니하고 귀속이 불분명하다고 보아 청구법인의 경정청구를 거부하였는바, 사실관계를 조사하여 결정하여야 한다.

나. 처분청 의견

청구법인은 청구법인이 생산한 제품은 과세재화로서 이를 자기의 면세 사업현장에 직접 사용·소비하였으므로 「부가가치세법」제10조 제1항에서 규정한 재화의 공급에 해당하는 것으로 보아 파주공장 매입세액 전액을 매입세액 공제하고, 면세사업에 전용한 자가공급에 해당하는 금액을 과세표준에 포함하여야 한다고 주장하나,「부가가치세법」제10조 제1항에서의 자기의 사업과 관련하여 생산 또는 소비하는 경우에 이를 재화의 공급으로 의제하는 취지는, 부가가치세는 최종소비자에게 전가가 예정된 간접소비세인데, 과세사업을 위하여 생산 또는 취득함으로써 그 매입세액을 공제받은 재화를 면세사업에 전용하는 경우에는 매출세액이 발생하지 아니하여 부가가치세의 전가가 중단됨으로, 이러한 경우의 사업자를 최종소비자의 지위에 있는 것과 마찬가지로 봄으로써 부가가치세의 기본구조를 유지하고, 아울러 다른 면세사업자는 그와 같은 재화를 공급받는데 부가가치세를 부담하므로 그 사이에 과세의 형평을 유지하기 위함이다.또한, 「부가가치세법」제10조 제1항의 면세전용은 사업자가 생산하거나 취득한 재화를 원래 목적인 거래처에 판매하거나 용역을 제공하려던 것을 자기의 면세사업을 위하여 사용·소비한 것을 의미하고, 이 경우 “자기의 면세사업을 위하여 사용·소비하는 것”이란 “생산·취득한 재화를 사용·소비하는 행위가 자사가 운영하는 동일한 사업장 내에서만” 함께 이루어지는 경우를 뜻하는 것이므로, 청구법인의 사업장에서 제품을 생산하여 이를 자사가 운영하는 동일 사업장이 아닌 거래처의 사업장에서 사용·소비한 경우에는 면세 전용 규정 자체가 적용될 수 없는 것이다.

따라서, 청구법인의 경우 본점 사업장에서 청구법인의 다른 사업장으로 반출한 것이 아닌 타 사업자의 건설 사업장으로 재화를 포함한 하나의 건설용역을 공급하는 것인바, 면세전용을 적용할 여지가 없고, 청구법인은 과·면세 겸영사업자로 공통매입세액은 안분계산하여 매입세액 불공제함이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인의 과세사업(제조업)에 관련된 매입세액은 전액 공제하여야 하고, 제조업에서 생산한 제품을 면세 공사 현장에 소비한 것은 자가공급(면세전용)으로 보아 부가가치세를 과세하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 부가가치세법제9조(재화의 공급)

① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다.

② 제1항에 따른 재화의 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.제10조(재화 공급의 특례)

① 사업자가 자기의 과세사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화(이하 이 조에서 “자기생산ㆍ취득재화”라 한다)를 자기의 면세사업을 위하여 직접 사용하거나 소비하는 것은 재화의 공급으로 본다.

1. 제38조에 따른 매입세액, 그 밖에 이 법 및 다른 법률에 따른 매입세액이 공제된 재화제38조(공제하는 매입세액)

① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)제39조(공제하지 아니하는 매입세액)

① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

7. 면세사업 등에 관련된 매입세액(면세사업 등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액제40조(공통매입세액의 안분) 사업자가 과세사업과 면세사업 등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업 등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 “공통매입세액 안분기준”이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다.

(2) 부가가치세법 시행령제81조(공통매입세액 안분 계산)

① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업 등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)이 있는 경우 면세사업 등에 관련된 매입세액은 인원 수 등에 따르는 등 재정경제부령으로 정하는 경우를 제외하고 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(면세사업 등에 대한 공급가액과 사업자가 해당 면세사업 등과 관련하여 받았으나 법 제29조의 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금 및 이와 유사한 금액의 합계액을 말한다. 이하 이 조부터 제83조까지의 규정에서 같다)의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다.

면세사업 등에 관련된 매입세액

=

공통매입세액

×

면세공급가액

총공급가액

(3) 조세특례제한법제106조(부가가치세의 면제 등)

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다. 단서 생략

4. 대통령령으로 정하는 국민주택 및 그 주택의 건설용역(대통령령으로 정하는 리모델링 용역을 포함한다)

(4) 조세특례제한법 시행령제106조(부가가치세 면제 등)

④ 법 제106조 제1항 제4호에서 “대통령령으로 정하는 국민주택 및 그 주택의 건설용역”이란 다음 각 호의 것을 말한다.

1. 제51조의2 제3항에 규정된 규모 이하의 주택

2. 제1호의 규정에 의한 주택의 건설용역으로서 「건설산업기본법」ㆍ「전기공사업법」ㆍ「소방시설공사업법」ㆍ「정보통신공사업법」ㆍ「주택법」ㆍ「하수도법」 및 「가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률」에 의하여 등록을 한 자가 공급하는 것. 다만, 「소방시설공사업법」에 따른 소방공사감리업은 제외한다.

3. 제1호의 규정에 의한 주택의 설계용역으로서 「건축사법」, 「전력기술관리법」, 「소방시설공사업법」, 「기술사법」 및 「엔지니어링산업 진흥법」에 따라 등록 또는 신고를 한 자가 공급하는 것

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제시한 청구법인의 사업자 기본사항은 아래 ＜표1＞과 같다.

＜표1＞

청구법인의 사업자 기본사항

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(2) 경기도 파주시장이 2003.5.16. 발행한 건설업등록증에 의하면 청구법인은 「건설산업기본법」 제9조에 의하여 실내건축공사업을 업종으로 하여 등록한 건설업자임이 아래와 같이 확인된다.

＜청구법인의 건설업등록증＞

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(3) 청구법인은 공사, 제조/파주공장, 상품판매 등 매입내역에 대하여 구분하여 분류를 하고 있다고 주장하며 2020년 제1기 매입에 대한 엑셀 파일을 제출하였고, 각 사용현장을 기준으로 일부 내용은 아래 ＜표2＞∼＜표4＞와 같다.

＜표2＞

사용현장(공사)

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ㅇ＜표3＞ 사용현장(제조/OOO)

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ㅇ＜표4＞ 사용현장(상품판매)

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(4) 청구법인이 제출한 2020년 제1기 확정의 부가가치세 경정청구 검토표는 아래와 같다.

＜2020년 제1기 확정의 부가가치세 경정청구 검토표＞

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(5) 청구법인이 2019년 제2기 부가가치세 과세기간에 대하여 한 심판청구(2025인3779, 2026.2.20.)의 주요 결정 내용은 아래와 같다.

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(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 과세사업(제조업)에 관련된 매입세액은 전액 공제하여야 하고, 제조업에서 생산한 제품 중 면세 공사 현장에서 소비한 것은 자가공급(면세전용)으로 보아 부가가치세를 과세하여야 한다고 주장하나, 청구법인이 원재료를 매입한 후 생산한 제품을 곧바로 사용·소비하는 것이 아닌 인력·경비 등을 투입하여 국민주택 규모 이하 건설에 설치·시공한 용역의 공급을 청구법인이 최종 소비자의 지위에서 직접 소비·사용하였다고 보기 어려운 점(조심 2019서3737, 2020.11.23. 같은 뜻), 청구법인은 파주 공장분, 공사현장 분 등의 매입내역을 구분할 수 있다고도 주장하나, 당초 알루미늄 등 원재료를 매입하여 생산한 제품 중 일부는 과세사업에 사용(판매)되고, 일부는 면세사업에 사용하는 것이나 한 과세기간에 제품의 생산 및 면세 사업에 사용되는 것이 아닌한 생산 및 사용에 시차가 있을 것으로, 원재료 매입단계에서는 면세 매출에 직접 대응되는 원재료의 매입이 구분되지 아니하여 당초 매입액이 구분·사용된 것으로 보기 어려운 점 등에 비추어, 위와 같은 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.