모친으로부터 증여받은 쟁점주택의 양도에 대하여 「소득세법」 제95조 제2항 [표2]의 장기보유특별공제율을 적용할 수 있는지 여부

소득세법에서 동일 세대원이 증여한 주택을 양도하는 경우 증여자와 수증자의 보유기간 및 거주기간을 통산한다고 규정하고 있지 않은 점, 모친으로부터 쟁점주택을 증여받은 날 이후, 청구인의 종전주택과 쟁점주택에서의 거주한 기간은 각각 2년이 되지 않아 「소득세법」 제95조 제2항 [표2] 요건을 갖추지 못한 점 등에 비추어, 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단됨

1. 처분개요

가. 청구인은 2013.9.23. 모친인 A로부터 서울특별시 관악구 OOO 대지 100.4㎡ 중 2분의 1 지분 및 위 지상 주택(이하 “종전주택”이라 한다)을 증여받았고, 종전주택은 2015.2.17. 관리처분계획이 인가되어 서울특별시 관악구 OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)로 전환되었다.

나. 청구인은 2021.4.22. 쟁점주택을 OOO원에 양도하면서, 2021.6.8. 처분청에 ‘쟁점주택은 1세대1주택 비과세 규정이 적용되어야 하고, 고가주택이므로 비과세 부분을 제외한 나머지는 「소득세법」 제95조 제2항 [표2]의 장기보유특별공제율(최대 80%, 이하 “[표2]의 장기보유특별공제율”이라 한다)을 적용하여야 한다’하여 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.

다. 처분청은 ‘쟁점주택 취득일은 종전주택의 취득일(2008.3.12.)이 아닌 종전주택의 증여일(2013.9.23.)로 보아야 하고, 청구인은 쟁점주택의 취득일부터 양도일까지 2년 이상 거주하지 않았으므로, [표2]의 장기보유특별공제율이 아닌 「소득세법」 제95조 제2항 [표1] 의 장기보유특별공제율(최대 30%, 이하 “[표1]의 장기보유특별공제율”이라 한다)이 적용되어야 한다’고 보아, 2024.12.18. 청구인에게 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2025.2.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

처분청은 쟁점주택의 양도에 대하여 [표1]의 장기보유특별공제율을 적용하였으나, [표2]의 장기보유특별공제율이 적용되어야 한다.

(1) 「소득세법」 제95조 제2항에서 말하는 ‘장기보유 특별공제액’은 같은 법 제94조 제1항 제1호에 따른 자산으로서 보유기간이 3년 이상인 경우 일정한 공제율을 곱하여 계산한 금액이고, [표1]의 장기보유특별공제율(30%)과 [표2]의 장기보유특별공제율(80%)을 다르게 규정한 취지는 투기 목적으로 주택을 소유하는 것을 억제함으로써 주거생활의 안정과 주택가격안정을 실현시키기 위한 것이다. 청구인은 1세대1주택인 쟁점주택을 양도하였으므로, 입법취지상 [표2]의 장기보유특별공제율을 적용하는 것이 타당하다.

(2) 또한, 「소득세법」 제95조 제4항 단서에서 ‘제97조의2 제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산한다’고 규정되어 있다. 위 규정의 취지도 상속이나 증여로 인하여 [표1]의 장기보유특별공제를 받는 불이익이 없도록 한 것이고, 청구인은 종전주택을 모친인 A로부터 증여받았으므로 쟁점주택의 기산일은 종전주택의 증여일(2013.9.23.)이 아닌 종전주택의 취득일(2008.3.12.)로 보아야 하며, 쟁점주택의 기산일이 종전주택의 취득일(2008.3.12.)이라면 3년 이상 보유 및 2년 이상 거주하였으므로 [표2]의 장기보유특별공제가 적용되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인은 쟁점주택의 취득일을 종전주택의 증여일(2013.9.23.)이 아닌 종전주택의 취득일(2008.3.12.)이라고 주장하나, 「소득세법 시행령」이 개정되면서 2020.1.1. 이후 양도분부터 [표2]의 장기보유특별공제율을 적용받기 위해서는 거주기간이 2년 이상이어야 한다. 개정 취지는 보유주택에 거주하는 실수요자 중심으로 제도 전환하고자 함이고, 기존 유권해석(사전-2021-법령해석재산-202, 2021.8.24.)과 달리, 변경된 유권해석에서 ‘2021.1.1. 양도하는 상속주택은 상속 개시 전 상속인과 피상속인이 동일세대로서 보유·거주한 기간은 통산할 수 없다(사전-2022-법규재산-32, 2023.1.17.)’고 하여 실거주 요건이 강화되었다. 이러한 개정 취지에 비추어 보면 청구인은 1세대1주택 비과세 요건 중 거주요건을 갖추지 못하였고, 그렇다면 [표2]의 장기보유특별공제율을 적용할 수 없으며, [표1]의 장기보유특별공제율이 적용되어야 한다.

(2) 또한, 청구인은 「소득세법」 제95조 제4항 단서에서 ‘97조의2 제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산한다’고 규정한 것이 상속이나 증여로 인하여 [표2]의 장기보유특별공제율이 아닌 [표1]의 장기보유특별공제를 받는 불이익이 없도록 한 것이라고 주장하나, 위 규정은 거주자가 양도일부터 소급하여 5년 이내에 그 배우자 등에게 증여받은 물건을 양도할 때 장기보유특별공제율을 적용하기 위한 보유기간 기산일을 증여자의 취득일로 한다는 취지인바, 청구인은 2013.9.23. 증여받아 2021.4.22. 양도하였으므로, 양도일부터 소급하여 5년 이내인 경우가 아니므로, 위 규정을 적용할 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

모친으로부터 증여받은 쟁점주택의 양도에 대하여 「소득세법」 제95조 제2항 [표2]의 장기보유특별공제율을 적용할 수 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 소득세법제94조(양도소득의 범위)

① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지[「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 발생하는 소득가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 딸린 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다)나. 지상권다. 전세권과 등기된 부동산임차권제95조(양도소득금액과 장기보유 특별공제액)

① 양도소득금액은 양도차익에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 같은 표에 따른 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다.

④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조의2 제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)하고, 같은 조 제4항 제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산한다.제97조의2(양도소득의 필요경비 계산 특례)

① 거주자가 양도일부터 소급하여 5년 이내에 그 배우자(양도 당시 혼인관계가 소멸된 경우를 포함하되, 사망으로 혼인관계가 소멸된 경우는 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 직계존비속으로부터 증여받은 제94조 제1항 제1호에 따른 자산이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 자산의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 제97조 제2항에 따르되, 취득가액은 그 배우자 또는 직계존비속의 취득 당시 제97조 제1항 제1호에 따른 금액으로 한다. 이 경우 거주자가 증여받은 자산에 대하여 납부하였거나 납부할 증여세 상당액이 있는 경우에는 제97조 제2항에도 불구하고 필요경비에 산입한다.

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항을 적용하지 아니한다.

1. 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이전에 증여받은 경우로서 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용된 경우

2. 제1항을 적용할 경우 제89조 제1항 제3호 각 목의 주택[같은 호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다)을 포함한다]의 양도에 해당하게 되는 경우

3. 제1항을 적용하여 계산한 양도소득 결정세액이 제1항을 적용하지 아니하고 계산한 양도소득 결정세액보다 적은 경우제98조(양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.

(2) 소득세법 시행령제159조의4(장기보유특별공제) 법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서 및 같은 조 제5항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 1세대 1주택”이란 각각 1세대가 양도일(주택의 매매계약을 체결한 후 해당 계약에 따라 주택을 주택 외의 용도로 용도변경하여 양도하는 경우에는 해당 주택의 매매계약일을 말한다) 현재 국내에 1주택(제155조ㆍ제155조의2ㆍ제156조의2ㆍ제156조의3 및 그 밖의 규정에 따라 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것을 말한다. 이 경우 해당 1주택이 제155조 제3항 각 호 외의 부분 본문에 따른 공동상속주택인 경우 거주기간은 해당 주택에 거주한 공동상속인 중 그 거주기간이 가장 긴 사람이 거주한 기간으로 판단한다.제162조(양도 또는 취득의 시기)

① 법 제98조 전단에서 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다.

5. 상속 또는 증여에 의하여 취득한 자산에 대하여는 그 상속이 개시된 날 또는 증여를 받은 날

다. 사실관계 및 판단

(1)청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.(가)청구인의 부친 B은 1990.10.10. 종전주택을 취득하였고, 이후 부친이 사망하면서 2008.3.12. 모친인 A가 협의분할에 의한 상속을 원인으로 종전주택을 취득하였다. 청구인의 주민등록초본에 의하면, 청구인은 1998.2.21. 종전주택에 전입한 뒤, 2015.5.18. 전출하였다. 청구인은 이후 관리처분계획인가일(2015.2.17.)부터 쟁점주택의 양도일(2021.4.22.)까지 쟁점주택에 거주하지 않았다.(나) 청구인은 2013.9.23. 모친인 A로부터 종전주택의 임차보증금 OOO원 및 담보대출 OOO원을 인수하는 조건으로 종전주택을 증여받았고, 종전주택은 2015.2.17. 주택재개발정비사업으로 관리처분계획인가되었으며, 청구인은 관리처분계획인가에 따른 분담금 OOO원을 납부한 후 쟁점주택을 취득하여, 2021.4.22. 서유선에게 쟁점주택을 OOO원에 양도하였다.(다) 청구인은 2021.6.8. 처분청에 쟁점주택 양도와 관련하여 양도가액 OOO원, 취득가액 OOO원, 장기보유특별공제액 OOO원, 납부할세액 OOO원으로 하여 아래 ＜표1＞과 같이 2021년 귀속 양도소득세를 신고하였다.

＜표1＞

쟁점주택 양도소득세 신고서

ㅇ

ㅇ

ㅇ(라) 처분청은 2024.12.18. 청구인에게 ‘쟁점주택 취득일은 종전주택 취득일(2008.3.12.)이 아닌 종전주택을 증여받은 날(2013.9.23.)로 보아야 하고, 청구인은 쟁점주택 취득일부터 양도일(2021.4.22.)까지 2년 이상 거주한 사실이 없으므로, [표2]의 장기보유특별공제율(최대 80%)이 아닌 [표1]의 장기보유특별공제율(최대 30%)이 적용되어야 한다’고 보아 아래 ＜표2＞와 같이 경정·고지하였다.

＜표2＞

쟁점주택 양도소득세 결정결의서

ㅇ

ㅇ

ㅇ

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점주택에서 청구인의 거주기간이 2년 이상이므로, 「소득세법」 제95조 제2항 [표2]의 장기보유특별공제율이 적용되어야 한다고 주장하나, 「소득세법」 제98조 및 같은 법 시행령 제162조 제1항 제5호는 증여에 의하여 취득한 자산에 대하여는 증여를 받은 날을 그 취득시기로 보도록 규정하고 있고, 그 밖에 달리 「소득세법」에서 동일 세대원이 증여한 주택을 양도하는 경우 증여자와 수증자의 보유기간 및 거주기간을 통산한다고 규정하고 있지 않은 점, 모친으로부터 쟁점주택을 증여받은 날 이후의, 청구인의 종전주택과 쟁점주택에서의 거주한 기간은 1년 8개월로, 이는 거주기간이 2년이 되지 않아 비과세 요건을 갖추지 못한 점, 청구인이 주장하는 「소득세법」 제97조의2 제1항은 배우자 등 이월과세 시 적용대상으로 청구인에게 이를 적용하기 위해서는 양도일로부터 소급하여 5년 이내에 증여받았어야 하는데, 5년을 초과하여 동 규정을 적용할 여지가 없어 보이는 점 등에 비추어, 위와 같은 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.