신축주택 취득자에 대한 양도소득세 특례의 적용범위 등

관련 법령은 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있고, 동 특례규정은 입법 당시 침체된 주택건설경기의 활성화에 그 취지가 있으며, 처분청의 경정고지세액에 대한 국세징수권 소멸시효의 기산일은 그 납세고지에 의한 납부기한의 다음날이므로, 청구주장을 받아들이기 어려움

1. 처분개요

가. 청구인은 1997.12.31. OOO아파트 16동 402호(이하 “종전주택”이라 한다)를 취득하여 보유하다가 재건축사업이 시행되자 조합원 자격으로 참여하여 2001.12.21. OOO111동 601호(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 취득하였다.

나. 청구인은 2006.4.28. 쟁점주택을 OOO원에 양도한 후, 그에 따른 양도소득세 과세표준을 OOO원으로 하여 산출한 양도소득세 OOO원이「조세특례제한법」(2006.12.30 법률 제8146호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제99조의3 제1항에 따라 전액 감면되는 것으로 보아 농어촌특별세 OOO원을 2006.6.30. 신고하였다.

다. 그 후 청구인은 쟁점주택의 양도소득세 과세표준은 OOO원 이나, 2006.6.30. 양도소득세 신고 당시 OOO원으로 잘못 신고하였다고 보아 처분청에 경정청구를 하여 2007.2.5. 처분청으로부터 과오납한 농어촌특별세 OOO원을 환급받았다.

라. 처분청은 쟁점주택의 양도에 따른 양도소득세 감면 소득은 쟁점주택을 취득한 후 5년간 발생한 양도소득만 해당됨에도 청구인은 산 출한 양도소득세 전액을 납부하지 않았다고 보아 쟁점주택의 양도소득 금액을 재산정하여 산출한 양도소득세 OOO원(납부불성실 가산세 포함)을 2012.4.23. 청구인에게 결정 고지하였다.

마. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.23. 이의신청을 거쳐 2012.11.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 쟁점주택은 취득한 날부터 5년 내에 양도한 것으로서 청구인은「조세 특례제한법」제99조의3 제1항의 규정에 따라 적법하게 양도소득세를 신고하였으므로 처분청이 쟁점주택에 대하여 추가로 양도소득세를 결정 고지한 처분(이하 “이 건 처분”이라 한다)은 위법하다.

(2) 신고납부세목의 경우 그 소멸시효기산일은 법정 신고납부기한의 다음날이나 이 건과 같이 처분청이 경정 결정을 한 경우에는 그 경정 결정일의 다음날이 소멸시효기산일이 되므로 처분청이 경정 결정을 한 날(2007.2.5.)부터 5년이 경과하여 부과한 이 건 처분은 위법하다.

나. 처분청 의견

(1) 「조세특례제한법」제99조의3 의 입법 취지는 신규주택의 수요를 촉진하여 주택건설경기를 부양하고자 도입된 것으로서 신축주택을 취득 후 양도 시 신축주택의 보유기간 중에 발생한 양도소득세를 감면 해주는 조항일 뿐 당초부터 보유하던 종전주택에서 발생한 양도소득 금액까지 감면대상으로 하는 것은 아니므로 처분청이 청구인에게 쟁점 주택에 대한 양도소득세를 결정 고지한 것은 적법하다.

(2) 「국세기본법 시행령」제12조의4 에서 신고납부세목의 경우 그 법정신고기한의 다음 날이 소멸시효의 기산일이 되고 처분청이 쟁점 주택의 양도소득세 법정신고기한일(2007.5.31.)부터 5년 내인 2012.4.23. 청구인에게 부과한 이 건 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

(1) 「조세특례제한법」제99조의3 규정에 의한 신축주택을 취득한 후 5년 이내에 당해 주택을 양도하였으므로 양도소득금액 전액을 감면하여야 한다는 청구 주장의 당부

(2) 처분청은 2007.2.5. 쟁점주택에 대한 농어촌특별세를 경정하였으므로 그 날부터 5년이 경과한 후 쟁점주택에 대한 양도소득세 부과처분은 소멸시효가 경과한 부당한 처분이라는 청구 주장의 당부

나. 사실관계 및 판단

(1) 사실관계에 대하여 살펴본다. 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다. (가) 청구인이 2006.6.30. 신고한 쟁점주택의「양도소득세 과세표준 신고 및 자진납부계산서」를 보면, 청구인은 쟁점주택을 양도한 후 양도차익을 OOO원으로, 양도소득세 과세표준을 OOO원으로 하여 산출한 양도소득세 OOO원이 「조세특례제한법」제99조의3 제1항의 규정에 따라 전액 감면 되는 것으로 보아 양도소득세 감면에 따른 농어촌특별세 OOO원을 신고 납부하였다. 그 후 청구인은 쟁점주택의 양도차익은 당초 신고한 OOO원이 아니라 OOO원으로 보아 쟁점주택의 양도소득세 과세표준을 OOO,OOO,OOO원으로, 양도소득세 산출세액을 OOO원으로 각각 변경 하여 처분청에 양도소득세 경정 청구를 하였으며, 처분청은 2007.2.5. 청구인이 납부한 농어촌특별세 OOO원 중 OOO원을 환급하는 경정 결정을 하였다. (다) 종전주택과 쟁점주택의 기준시가 관련 사항은 아래와 같다.

기준일

종전주택

취득 당시

쟁점주택

취득 당시

쟁점주택 취득 후 5년이 되는 날

쟁점주택 양도시

기준시가

OOO

OOO

OOO

OOO

(라) 처분청은 쟁점주택의 양도소득세 감면 소득은 쟁점주택 신축 후 5년간 발생한 양도소득임에도 청구인은 종전주택의 보유기간 중 발생한 양도소득까지 감면대상으로 하여 양도소득세를 신고하였다고 보아 「조세특례제한법 시행령」제40조 제1항의 산식에 따라 쟁점주택의 양도에 따른 감면소득비율을 50.12%로 산정하고, 이를 쟁점주택의 양도 소득금액(OOO원)에 적용하여 적정 감면소득금액을 OOO원 으로 결정한 후 여기에 「소득세법」 제 90조의 규정을 적용하여 양도 소득세 감면세액을 OO,OOO,OOO원으로 산출하였다. 처분청은 쟁점주택의 양도소득세 감면세액은 위와 같이 OOO원 임에도 청구인이 산출세액

1) 전부를 감면하여 신고하였다고 보아 그 차액 OOO원에 납부불성실 가산세를 더하고 기 납부 세액을 차감한 양도소득세 OOO원을 청구인에게 결정 고지하였다.

(2) 쟁점(1)에 대하여 살펴본다. (가) 「조세특례제한법」제99조의3 제1항 본문 및 제2호에서 거주자가 자기가 건설한 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득 금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다 고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제40조 제1항은 “당해 부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다고 규정하고 있다.

양도소득금액

×

(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)

(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)

(나) 청구인은 「조세특례제한법」제99조의3 규정에 의한 신축주택을 취득한 후 5년 이내에 당해 주택을 양도하였으므로 양도소득세 전액을 감면하여야 한다고 주장하고 있으나, 「조세특례제한법」제99조의3 의 입법 취지가 신규주택의 수요를 촉진하여 주택건설경기를 부양하고자 도입된 것으로서 신축주택을 취득 후 양도 시 신축주택의 보유기간 중에 발생한 양도소득세를 감면하는 조항일 뿐 당초부터 보유하던 종전주택에서 발생한 양도소득금액까지 감면대상으로 하는 것은 아니라고 할 것이므로 이 건의 경우 종전 주택 취득 시부터 쟁점주택 취득 전까지 발생한 양도소득금액은 감면대상이 아닌 것으로 보아야 할 것이다. 따라서 처분청이 「조세특례제한법」제99조의3 및 같은 법 시행령 제40조 제1항의 산식에 따라 양도소득세 감면소득을 산출하고 그 감면소득에 「소득세 법」제90조의 규정을 적용하여 양도소득세 감면세액을 산출 한 후, 이를 쟁점주택의 양도소득세 산출세액에서 차감하여 청구인이 납부 하여야 할 양도소득세를 결정한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

(3) 쟁점(2)에 대하여 살펴본다. (가) 「국세기본법」제27조 제1항은 국세의 징수를 목적으로 하는 국가의 권리는 이를 행사할 수 있는 때부터 5년간 행사하지 아니하면 소멸시효가 완성된다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제12조의4 제1항 본문 및 제1호에서 과세표준과 세액의 신고에 의하여 납세의무가 확정되는 국세의 경우 신고한 세액에 대해서는 그 법정 신고납부기한의 다음 날을 「국세기본법」제27조 제3항에서 규정한 국세의 징수를 목적으로 하는 국가의 권리를 행사할 수 있는 때로 규정하고 있고, 제2호는 과세표준과 세액을 정부가 결정, 경정 또는 수시 부과 결정하는 경우 납세고지한 세액에 대해서는 그 고지에 따른 납부기한의 다음 날을 국가의 권리를 행사할 수 있는 때로 규정하고 있다. (나) 청구인은 처분청이 2007.2.5. 쟁점주택에 대한 농어촌특별세를 경정하였으므로 그 날부터 5년이 경과한 후 쟁점주택에 대한 양도소 득세 부과처분은 소멸시효가 완성된 위법한 처분이라고 주장하고 있으나, 국세징수권의 소멸시효는 신고, 결정, 경정 등으로 조세채권이 확정된 당해 세액에만 한하여 진행되는 것으로서, 이 건 과세처분의 경우에는 청구인이 양도소득세 신고 및 경정청구시 잘못 신고한 감면세액과 납부할 세액을 부과제척기간(법정신고기한일의 다음 날)기산일 부터 5년 이내에 처분청이 경정하여 고지한 것이므로 정당한 과세처분에 해당하고, 처분청의 경정고지세액에 대한 징수권의 소멸시효 기 산일은 그 납세고지에 의한 납부기한의 다음날이므로 소멸시효가 완성 되었다는 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.