쟁점교회가 기부금공제 대상 단체에 해당하는지 여부 등

쟁점교회가 주무관청에 등록된 단체에 해당하는지 입증하지 못하고 있으므로 기부금단체에 해당한다고 볼 수 없고, 쟁점기부금에 대하여 과세관청이 공적인 견해표명을 한 사실이 나타나지 아니하므로 신의칙을 적용하기 어려움

1. 처분개요

가. 청구인은 OOO 소재 OOO교회(이하 “OOO교회”라 한다)로부터 발급받은 기부금영수증에 근거하여 2006년 귀속분 근로소득세 연말정산시 기부금 소득공제를 받았다.

나. OOO세무서장은 OOO교회에 대하여 2011.1.21. ～ 2011.5.31. 기부금영수증 발행에 대한 일반부분 조사를 실시하여 OOO교회가 지정기부금단체 요건인 주무관청에 등록을 한 사실이 없으므로 기부금 소득공제 대상에 해당되지 않는다고 보아 처분청에 과세자료를 통보하였고, 처분청은 기부금소득공제를 배제하고 2012.3.10. 청구인에게 2006년 귀속 종합소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.6.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) OOO교회는 1984.3.14. 종교의 보급 기타교화를 목적으로 설립되었고, 1993년 관할구청인 OOO구청으로부터 종교단체등록OOO을 하였으며, 1993년 관할세무서인 OOO세무서장으로부터「국세기본법」 제13조제2항에 의한 법인으로 보는 단체로 승인받았으므로「법인세법 시행령」 제36조제1항 제1호 마목에서 열거하고 있는 주무관청에 등록된 종교단체에 해당한다.

(2) OOO교회가 「법인세법 시행령」에서 정한 비적격의 기부금단체에 해당된다 하더라도 처분청은 오랜 기간 동안 청구인의 연말정산시 제출한 OOO교회가 발행한 기부금영수증에 대하여 아무런 지도나 제재조치가 없었으므로 이제 와서 기부금 소득공제가 부당하다하여 과세한 처분은 신의성실의 원칙에 위배된다.

나. 처분청 의견

(1) 적법한 지정기부금 단체는「법인세법 시행령」 제36조제1항 제1호 마목에서 규정한 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록한 단체이나 OOO교회는 이에 해당되지 않으며, 1993.10.15. 안양시 동안구청에서 발급한 종교단체 등록증명서는 「부동산등기법」에서 정한 부동산 등기시 필요한 법인격 없는 단체의 등기용 등록번호 부여절차에 따라 발급된 증명서에 불과하고, 1993년 OOO세무서장으로부터「국세기본법」 제13조제2항에 의한 법인으로 보는 단체로 승인받았다고 하나 이는 비영리법인으로 사업자 등록을 한 것으로 기부금단체로 정하고 있는 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체로 보기 어렵다.

(2) 신의성실의 원칙이라 함은 납세자의 신뢰의 대상이 되는 과세관청의 언동인 공적인 견해표시가 있고, 납세자가 공적인 언동을 신뢰하였으며, 그 신뢰에 귀책사유가 없어야 함을 요건으로 하고 있으나, OOO교회의 기부금 공제와 관련하여 과세관청이 공적인 견해를 표명한 적이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① OOO교회가 지정기부금 대상 단체에 해당하는지 여부

② 과세처분이 신의성실의 원칙에 위배되는지 여부

나. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 본다.(가)「소득세법」 제34조제1항, 같은 법 시행령 제80조 제1호,「법인세법 시행령」 제36조제1항 제1호 마목에 의하면, 소득금액을 계산할 때에 필요경비에 산입하는 지정기부금은 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체(이하 “지정기부금단체등”이라 한다)의 고유목적사업비로 지출하는 기부금을 말하며,「민법」 제32조와 「문화체육관광부 및 문화재청 소관 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙」 제3조 및 제4조에 의하면, 종교 등 비영리사업을 목적으로 하는 사단 또는 재단은 주무관청의 허가를 얻어 법인으로 할 수 있고, 주무관청은 법인설립허가신청의 내용이 법인의 목적과 사업이 실현 가능하며, 목적사업을 수행할 수 있는 충분한 능력이 있고, 재정적 기초가 확립되어 있거나 확립될 수 있는 경우에 한하여 허가한다고 규정되어 있다.(나) OOO세무서장은 OOO교회가 「소득세법」에 의하여 소득금액 계산시 필요경비에 산입할 수 있는 지정기부금단체에 해당하지 않는 것으로 조사하였다.

1) OOO교회의 2005사업연도부터 2009사업연도까지 발행한 기부금영수증 발행내역은 아래의 <표>와 같다.

2) 국세청 통합전산망 등에 의하면, OOO교회는 1984.3.14. 창립하였으며, OOO세무서장이 법인으로 보는 단체로 보아 1993.10.15.을 개업일로 하여 면세법인사업자로 직권 등록하였고, OOO구청장이 1993.10.15.「부동산등기법」 제41조의2제1항 제3호에 의한 부동산등기용 등록번호OOO를 부여하였으며, 2010.12.31. 경기도에 제출된 비영리법인 설립허가 신청은 공익을 해하고 법인설립 허가시 종교·사회적 갈등이 야기될 가능성이 높다는 사유 등으로 불허되었다.(다) 청구인은 OOO교회가 주무관청에 등록된 종교단체에 해당한다며 OOO세무서장이 발급한 사업자등록증, 「부동산등기법」에 따라 OOO구청장이 발급한 종교단체 등록증명서, 문화관광부 종무국이 2001년과 2002년에 발송한 종교단체 주요현황조사 협조요청 공문 등을 제출하였다.(라) 청구인은 OOO교회에 대한 기부금은 필요경비 산입 대상이라고 주장하나, OOO교회가 경기도 등 주무관청에 등록된 사실이 없어「법인세법 시행령」 제36조제1항 제1호 마목에서 규정하고 있는 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록한 지정기부금단체에 해당하지 아니하는 것으로 판단된다.

(2) 쟁점②에 대하여 본다.(가)「국세기본법」 제15조에 의하면, 납세자가 의무를 이행하거나 세무공무원이 직무를 수행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다고 규정되어 있고, 같은 법 제18조 제3항에 의하면, 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다고 규정되어 있다.(나) 청구인은 OOO교회가 「법인세법 시행령」에서 정한 비적격의 기부금단체에 해당된다 하더라도 과세당국에서 오랜 기간 동안 청구인의 연말정산시 제출한 OOO교회가 발행한 기부금영수증에 대하여 아무런 지도나 제재조치가 없었음에도, 별안간 청구인의 기부금 소득공제가 부당하다 하여 과세한 처분은 신의칙에도 위배된다는 주장이다.(다) 그러나 신의칙 내지 금반언의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호하는 것이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용하는 것으로, 그 적용을 위해서는 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하였을 것, 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰함에 있어 납세자에게 귀책사유가 없을 것, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고, 그에 따라 행위를 하였을 것, 과세관청이 위 견해에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되었을 것 등의 요건이 모두 충족되어야 할 것이나, 처분청이나 과세관청이 OOO교회가 발급한 기부금영수증에 대하여 과세를 하지 않겠다는 의사표시를 한 사실이 확인되지 아니하므로 신의칙에 위배된다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다(조심 2011구3604, 2011.11.24. 외).

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로「국세기본법」 제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.