부담부증여 초과 부분에 대하여 공익법인에게 출연한 무상공급 규정을 적용하여 부가세를 면제할 수 있는지 여부

무상 공급 부동산에 채무가 일부 설정되었다 하여 부동산 가액 전체를 부가세 과세표준으로 하여 기부자에게 부가세를 과세하는 것은 해당 조문의 입법 취지에도 부합하지 아니한 것으로 보이는 바, 부담부증여분에 상당하는 가액만을 유상공급된 것으로 보아 부가세를 과세하고, 초과 부분은 부가가치세가 면제되는 무상 공급으로 보는 것이 타당한 측면이 있음

1. 처분개요

가. 청구인은 2008.12.30. OOO 소재 지상 건물 1,379㎡(OOO빌딩, 이하 “쟁점건물”이라 한다)에서 부동산임대업을 영위하는 것으로 사업자등록을 한 자로, 부동산임대업에 사용하던 쟁점건물과 그 부지를 2010.11.18. 청구인이 대표자인 의료법인 OOO의료재단(2010.11.16. 설립, 이하 “OOO의료재단”이라 함)에 부담부증여를 한 후, 청구인이 쟁점건물을 공익단체에 무상으로 공급하였으므로 이에 대하여 부가가치세가 면제된다고 보고 부가가치세 신고시 쟁점건물의 가액을 부가가치세 과세표준에 산입하지 아니하였다.

나. 처분청은 청구인이 과세사업용 자산인 쟁점건물을 부담부증여(공급대가 OOO원)하여 유상 공급하였으므로 부가가치세 과세대상이며, 쟁점건물의 시가(공급가액 OOO원)를 부가가치세 과세표준으로 하여 2012.9.10. 청구인에게 2011년 제2기 부가가치세 OOO원(세금계산서미발급가산세 OOO원 포함)을 결정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.11.19. 심판청구를 하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인은 치과병원을 운영 중인 치과의사로, 요양병원을 추가로 운영하고자 하였으나 「의료법」상 치과의사는 요양병원을 운영할 수 없도록 제한되어 있어 청구인이 보유하던 부지에 요양병원에 사용하기 위하여 쟁점건물을 지은 후, 백OOO 등의 다른 의사 명의를 빌려 쟁점건물에서 요양병원을 실질적으로 운영하다가, 의료법인을 설립하여 동 재단에 쟁점건물을 증여하는 한편 동 의료법인에 요양병원의 사업을 양도하였는바, 이는 의료법상 의료기관 운영주체 제한을 피하기 위하여 형식상 갖춘 형태였을 뿐 실질은 청구인이 쟁점건물에서 요양병원을 운영하여 면세사업인 의료업에 사용하다가 의료법인에 증여한 것이므로 부가가치세 과세대상에 해당하지 아니한다.

(2) 청구인이 쟁점건물을 의료법인에 출연한 것은 「부가가치세법」제12조 제1항 제18호의 규정에 의하여 사업자가 재화를 공익단체에 무상으로 공급한 것에 해당하여 부가가치세 면세 대상이며, 설사 부담부증여를 한 경우는 무상으로 공급한 것이 아니라서 부가가치세 과세대상 재화의 공급에 해당한다 하더라도 그 과세표준은 유상양도에 해당하는 인수한 채무상당액이다.

(3) 이 건이 「부가가치세법」제12조 제1항 제18호의 규정에 의하여 사업자가 재화를 공익단체에 무상으로 공급한 것으로 부가가치세 면세 대상이 아니라고 본다면, 사업자가 자기의 사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화를 증여한 경우(사업상 증여)로서 간주공급에 해당하여 세금계산서 교부의무가 면제되므로 세금계산서미발급가산세 적용대상이 아니다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인은 부동산 임대업자로 사업자등록하고 부가가치세 신고를 하여 쟁점건물 신축 관련 매입세액을 환급받는 등 쟁점건물에 대하여 부동산 임대업을 영위한 자이고, 백OOO 등은 청구인으로부터 쟁점건물을 임차하여 그 곳에서 의료기관개설허가를 받아 OOO요양병원을 운영하고 이를 통해 얻은 수익에 대하여 종합소득세를 신고한 자임에도, 청구인이 쟁점건물을 증여한 것에 대하여 부가가치세가 과세되자 청구인이 타인 명의를 빌려 쟁점건물에서 의료기관을 운영하였으므로 부가가치세 면세대상이라고 주장함은 신의성실의 원칙에 반하여 부당하다.

(2) 사업자가 사업용으로 사용하던 재화를 공익단체에 채무를 인수하는 조건으로 출연하는 경우는 무상 공급이 아니므로 부가가치세 면세대상이 아니며, 「부가가치세법」제13조 제1항 제3호에 의거 당해 재화의 시가가 과세표준이 되는 것이므로 쟁점건물의 감정가액을 과세표준으로 하여 과세한 처분은 타당하다.

(3) 청구인은 자기의 부동산 임대업에 사용하던 쟁점건물을 의료법인에 출자하면서 그 피담보채무도 함께 이전하였으므로 「부가가치세법」 제6조 제1항 및 같은 법 시행령 제14조 제1항 제4호의 규정에 의한 재화의 공급에 해당하여 세금계산서 미교부 가산세 대상이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

(1) 청구인이 사실상 쟁점건물을 면세사업에 사용하다가 증여하였으므로 면세사업자의 공급으로 부가가치세 면세대상인지 여부

(2) 사업자가 공익단체에 재화를 부담부증여한 경우도, 공익단체에 대한 재화의 무상공급으로서 부가가치세 면세대상인지 여부

(3) 세금계산서미교부가산세 부과처분의 당부

나. 사실관계 및 판단

(1) 부동산등기부, 건축물대장, 공사도급계약서 등 이 건 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구인은 2007.12.30. 쟁점건물의 부지를 취득하여 2008.5.1. 그 곳에 의료시설 용도의 쟁점건물 신축한 후, 2008.12.30. 쟁점건물에서 부동산임대업을 영위하는 것으로 사업자등록을 하고 쟁점건물 신축공사 관련 부가가치세 매입세액을 매출세액에서 공제하여 2008년 제2기부터 2009년 제1기까지 부가가치세 OOO원을 환급받았고, 쟁점건물을 완공한 이후로는 이를 백OOO, 심OOO 등에게 임차하여 임대수입을 얻은 것으로 부가가치세 및 종합소득세를 신고하였다. (나) 쟁점건물을 임차한 백OOO, 심OOO은 의료기관개설허가를 받아 2009년 5월경부터 쟁점건물에서 부가가치세가 면제되는 OOO요양병원을 운영하는 것으로 사업자등록을 하고 OOO요양병원의 수입금액에 대하여 종합소득세를 신고하였다. (다) 그러던 중 청구인은 2010.11.18. 쟁점건물을 주사무소로 하여 의료법인 OOO의료재단을 설립하여 쟁점건물과 그 부지를 당해 부동산에 설정된 근저당권의 피담보채무(건물 부분 OOO원)도 함께 이전하는 조건으로 OOO의료재단에 증여한 후, 2010.11.22. 부동산임대업의 폐업신고를 하였고, 공익단체에 쟁점건물을 무상으로 공급하였으므로 부가가치세 면제대상이라고 보고 부가가치세 신고시 쟁점건물의 가액을 부가가치세 과세표준에 산입하지 아니하였다. (라) 처분청은 사업자가 공익단체에 재화를 부담부증여한 경우는 유상 공급으로서 부가가치세 과세대상이며, 당해 재화의 시가가 부가가치세 과세표준이 되는 것이라며 쟁점건물의 시가(감정가액의 평균액)를 과세표준에 가산하여 이 건 부가가치세를 과세하였다.

(2) 쟁점①, 면세사업자의 공급으로서 부가가치세가 면제되는 것인지에 대하여 본다. (가) 청구인은 치과의사인 청구인 명의로는 요양병원을 개설할 수 없어 청구인이 보유하던 토지에 요양병원 개설 목적으로 쟁점건물을 신축하고 일반의사 백OOO, 심OOO 명의로 OOO요양병원을 개원하여 청구인이 실질적으로 운영하였으므로 청구인의 면세사업자로서 쟁점건물을 공급한 것으로서 부가가치세가 면제된다고 주장하며, 청구인과 백OOO 등 병원 대표자 사이에 병원운영에 관하여 작성한 계약서(각종 책임과 이익을 청구인에게 귀속시키고 대표자는 일정 급여를 받기로 한다는 취지), 심OOO의 의사면허증, 심OOO·제약회사 직원·OOO요양병원 직원·노무사 등이 청구인의 배우자 민OOO에게 보낸 업무관련 메일, OOO요양병원의 내부결제문서, 백OOO·심OOO의 사실확인서, OOO요양병원 계좌(OOO, 3510052053XXX)의 거래내역, OOO요양병원에 대한 권리 양도·양수 계약서 등을 제출하였다. (나) 「의료법」제33조 는 의료인은 「의료법」에 따른 의료기관을 개설하지 아니하고는 의료업을 할 수 없으며, 치과의사는 치과병원 또는 치과병원만을 개설할 수 있도록 규정하고 있다.

(다) 이와 같은 사정을 종합하여 보건대, 청구인은 의료법상 의료기관 개설자격제한을 피하기 위해 백OOO과 심OOO 명의로 쟁점건물에서 OOO요양병원을 운영하다가 쟁점건물을 공익단체에 증여하였다고 주장하나, 청구인은 쟁점건물에서 부동산임대업을 영위하는 과세사업자로, 백OOO과 심OOO은 쟁점건물을 임차하여 그 곳에서 면세사업인 요양병원개설허가를 받아 요양병원업을 영위하는 면세사업자로 각 사업자등록을 하고 각자의 사업에 대한 부가가치세 및 종합소득세를 신고·납부하고, 청구인은 쟁점건물을 과세사업인 부동산임대업에 사용하기 위하여 신축한 것으로 관련 매입세액을 공제받았으며, 백OOO과 심OOO은 면세사업을 영위한다 하여 부가가치세도 면제받았는데, 이제 와서 청구인이 쟁점건물을 자신이 설립한 의료재단에 부담부증여하면서 쟁점건물의 공급에 대한 부가가치세를 납부하지 않기 위해 사실은 청구인이 타인 명의로 면세사업인 요양병원업을 영위하였다고 주장하는 것은 청구인, 백OOO, 심OOO의 사업자등록 및 제세신고 내용에 반하는 것이어서 신의칙에 반할 뿐 아니라, 과세관청이 「의료법」상 요양병원 개설하여 운영할 자격이 없는 자가 요양병원을 운영한 것으로 인정하여 요양병원 관련 부가가치세를 면제한다면 「의료법」상 의료기관 개설자격 제한에 대한 탈법행위를 경제적으로 추인하는 것과 같은 결과를 가져오게 되어 곤란하므로 이를 받아들이기 어렵다.

(4) 쟁점②, 사업자가 공익단체에 재화를 부담부증여한 경우도, 공익단체에 대한 재화의 무상공급으로서 부가가치세가 면제되는지에 대하여 본다. (가) 「부가가치세법」 제12조 제1항 제19호는 ‘국가 지방자치단체, 지방자치단체조합 또는 대통령령으로 정하는 공익단체에 무상으로 공급 하는 재화 또는 용역’의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다고 규정하고 있다. (나) 일반적으로 부동산에 근저당권이 설정되어 있는 경우 그 부동산의 실질적 가치는 부동산 가액에서 근저당권의 피담보채무액을 공제한 나머지 금액으로 봄이 상당한 점, 「상속세 및 증여세법」 제47조 제1항 및 「소득세법」 제88조 제1항에서도 부담부증여에 있어서 증여재산에 담보된 채무를 수증자가 인수하는 경우 증여가액 중 그 채무액에 상당하는 부분은 자산이 유상으로 이전된 것으로 보고 나머지 금액을 기준으로 증여세를 부과하는 것으로 규정하고 있는 점 등에 비추어 보면, 국가 등에 부동산을 공급하면서 별도의 대가를 지급받지는 아니하고 그 부동산에 설정되어 있는 근저당권의 피담보채무를 국가 등으로 하여금 함께 인수하도록 한 경우에는 그 채무액을 초과하는 부분에 한해서는 무상 공급을 인정하여 면세 조항을 적용함이 타당하다 할 것이다(의정부지방법원 2012.6.19. 선고 2012구합22 판결 참조). (다) 따라서, 쟁점건물의 가액(공급대가 OOO원) 중 청구인이 제출한 자료에 의하여 확인되는 피담보채무액(OOO원) 상당액만 과세표준으로 하고, 나머지(OOO원)는 과세표준에서 차감하여 부가가치세를 과세함이 타당하다고 판단된다.

(3) 쟁점③, 세금계산서미교부가산세 부과처분에 대하여 본다. 쟁점②에서 본 바와 같이 사업자가 국가 등에 부동산을 공급하면서 별도의 대가를 지급받지는 아니하고 그 부동산에 설정되어 있는 근저당권의 피담보채무를 국가 등으로 하여금 함께 인수하도록 한 경우, 그 채무액에 상당하는 부분은 자산이 유상으로 이전되는 것이므로 부가가치세 과세대상 재화의 실제공급이 있는 것에 해당하고 채무액을 초과하는 부분에 한해서는 자산이 무상으로 이전되는 것으로서 「부가가치세법」 제12조 제1항 제19호에 따라 부가가치세가 면제되므로 부동산의 가액 중 유상으로 공급한 채무인수액 상당액에 대하여만 세금계산서를 발급하면 된다. 따라서, 청구인이 공익단체에 부담부증여한 쟁점건물 가액 중 쟁점건물의 가액에서 채무인수액을 차감한 잔액으로서 무상으로 공급한 OOO원에 대하여는 세금계산서미발급가산세도 부과하지 아니함이 타당하다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.