종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지 발생한 양도소득금액이 조세특례제한법 제99조의3 의 양도소득세 과세특례 대상인지 여부

종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지 발생한 양도소득금액은 조세특례제한법 제99조의3 에서 규정한 감면대상이 아님

1. 처분 개요

가.청구인은 OOO(7분의2지분으로서 이하 “종전주택”이라 한다)를 재건축한 OOO(7분의2지분으로서 이하 “쟁점주택”이라 한다)를 2002.5.27. 신축하여 소유하다가 취득일부터 5년이 경과한 2008.8.8. 쟁점주택을 OOO(쟁점주택의 총 양도가액은 OOO이다)에 양도한 후, 쟁점주택이 「조세특례제한법」제99조의3 제1항에서 규정한 신축주택의 감면대상에 해당된다고 보아 양도소득세를 전액 감면 대상으로 신고하였다.

나. 처분청은 쟁점주택의 양도소득금액 중 종전주택 취득일(1991.4.19.) 부터 쟁점주택의 취득일 (2002.5.27.) 전일까지 발생한 양도소득금액은 「조세특례제한법」제99조의3 제1항에서 규정한 감면 대상에 해당되지 않는다고 보아 2013.4.3. 청구인에게 쟁점주택의 양도에 따른 2008년 귀속 양도소득세 OOO을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2013.7.3. 이의신청을 거쳐 2013.11.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 국세청 해석처럼 신축주택 취득일전 양도소득을 감면대상 양도 소득에서 제외하는 것이라면, 전체 양도소득 중 일부에 감면대상 양도 소득이 있는 경우에 해당하므로 5년 이내 양도하는 경우나 5년을 경과 하여 양도하는 경우 모두 「소득세법」제90조 에 따른 세액감면을 하면 되는 것이지 현행 「조세특례제한법」제99조의3 과 같이 5년 이내 양도 하는 경우는 세액감면방식으로, 5년을 경과하여 양도하는 경우는 과세 대상 양도소득에서 차감하는 방식으로 감면방식을 달리할 이유가 없다.

(2) 양도일 현재 양도자산은 종전주택이 아니라 「조세특례제한법」 제99조의3 제1항 각호의 조건을 충족한 신축주택이고,「조세특례제한법」상 신축주택의 양도로 인하여 발생한 양도소득금액에는 신축주택 취득일전 양도소득금액도 포함되어 있으므로 이는 당연히 신축주택과 관련한 양도소득에 해당되어 감면대상이다.

(3) 세액감면신청서상의 기재방식에 따르면 신축주택을 5년 이내 양도한 경우 양도일 현재 발생한 전체보유기간의 양도소득금액이 5년 이내 발생한 소득금액과 일치하도록 되어 있고 5년 이내 발생한 양도 소득금액에 대한 100% 양도세 감면이 되므로, 과세관청의 견해와 달리 종전주택의 취득일부터 신축주택 완성일 전일까지의 양도소득금액을 감면대상 양도소득금액에 포함한다.

나. 처분청 의견

「조세특례제한법 시행령」제99조의3 제1항에서「조세특례제한법」 양도소득세 감면대상 소득을 “당해 신축주택의 취득일 부터 5년간 발 생한 양도소득금액이라고 규정하고 있으므로 종전주택 취득일부터 신축(쟁점) 주택 취득일까지의 양도소득은 감면 대상 소득금액에서 제외되는 것인바, 처분청이「조세특례제한법 시행령」제40조 제1항 산식 에서 분모의 “취득당시 기준시가”는 종전주택의 취득 당시 기준시가로, 분자의 “취득 당시 기준시가”는 쟁점 주택의 신축 당시 기준시가로 보아 감면대상 소득을 산출한 후, 동 금액을 쟁점주택의 양도소득금액(종전주택의 양도소득금액을 포함한다)에서 차감하여 산출한 양도소득세를 청구인 에게 부과한 처분은 적법하다( 조심2011서1349 , 2011.6.30. 참조).

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점 종전주택의 취득일부터 쟁점주택의 취득(신축)일까지 발생한 양도 소득금액이 「조세특례제한법」제99조의3 제1항에서 규정한 감면 대상에 해당되지 않는다고 보아 양도소득세를 부과한 처분의 당부 나. 심리 및 판단

(1) 청구인은 1991.4.19. 쟁점주택(7분의 2지분)을 상속을 원인으로 취득하여 소유하다가 종전주택이 주택재개발사업부지에 포함됨에 따라 주택재개발사업에 조합원으로 참여하여 2002.5.27. 쟁점주택을 취득한 것으로 보인다. 그 후 청구인은 쟁점주택의 취득일부터 5년이 경과한 2008.8.8.에 쟁점주택을 OOO에 양도한 후, 쟁점주택의 양도당시 기준시가OOO가 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가( OO,OOO,OOOO)보다 적으므로 쟁점주택의 양도소득세는 취득일부터 5년이내에 발생하였다고 보아 200810.31. 처분청에 쟁점주택의 양도소득세 전액 감면 신청을 하였다.

(2) 처분청은 쟁점주택과 같이 취득(신축)일부터 5년이 경과한 후에 양도한 주택이라 하더라도 그 감면대상 소득금액은 신축(쟁점)주택의 취득일부터 양도일까지 발생한 양도소득금액에 한정될 뿐 종전주택의 보유기간 중에 발생한 양도소득은 감면대상 소득금액에서 제외된다고 보아 쟁점주택의 보유기간 동안 발생한 양도소득금액(감면대상소득)을 산출하기 위하여 쟁점주택과 종전주택의 기준시가(청구인의 지분으로 안분하기 전의 가액이다)를 아래와 같이 결정 하였다. 한편 「조세특례제한법 시행령」제40조 제1항에서 규정한 감면대상 양도소득금액 산식은 아래와 같다.

양도소득금액

×

(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)

(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)

(3) 처분청은 위 산식에서 분모의 “취득 당시의 기준시가”를 종전 주택의 취득(1991.4.19.)당시 기준시가인 OOO으로, 분자의 “취득 당시의 기준시가”는 쟁점주택의 신축(2002.5.27.) 당시의 기준시가인 OO,OOO,OOOO으로, 분모의 “양도당시 기준시가는 OOO으로, 분자 의 “취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가”는 OOO으로 보아 감면 대상소득의 비율을 52.73%로 결정하고 이를 양도소득금액 OO,OOO,OOO O 에 적용하여 감면대상소득 OOO을 구한 후 감면대상 소득을 양도소득금액에서 차감하여 양도소득세 과세표준 OOO을 산출하였고 , 이를 근거로 양도소득세 OOO(가산세 OOO 포함)을 산출하여 청구인에게 경정·고지하였다.

(6) 「조세특례제한법」제99조의3 제1항 본문 및 제2호에서 거주자가 자기가 건설한 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함 으로써 발생하는 소득 중 2009년 12월 31일까지의 양도분에 대하여는 100분의 100 에 상당하는 세액을 감면하되 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다 고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제40조 제1항은 “당해 부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액” 이라 함은 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다고 규정하고 있다.

(7) 위 법령과 사실관계 등을 종합하여 살피건대, 위와 같은 「조세특례제한법」제99조의3 제1항 명문의 규정상 신축주택 양도에 따른 양도소득 중 그 취득한 날부터 5년내에 양도하는 경우 5년간 발생한 양도소득금액만이 감면대상인 것이 명확하므로 종전주택 취득시점부터 쟁점주택 취득 전까지 발생한 양도소득금액 등은 감면대상이 아닌 것으로 보아야 할 것인바, 처분청이「조세특례제한법 시행령」 제40조 제1항 산식 에서 분자의 “취득당시의 기준시가”는 쟁점주택의 신축당시 기준시가로 , 분모의 “취득당시의 기준시가”는 종전주택의 취득당시 기준시가로 보아 감면대상 소득금액을 계산한 것은 타당하다고 할 것인바(조심 2012서2934, 2012.8.22. 외 다수 같은 뜻), 처분청이 종전주택의 보유기간 중 발생한 양도소득금액을 감면대상 소득에서 제외하여 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.