쟁점도급공사를 청구인이 직영한 것으로 보아 법인세 등을 부과한 처분의 당부(기각)

비자금을 조성하기 위하여 다른 회사와 하도급계약을 체결한 것처럼 가장하여 실 거래내용 없이 세금계산서를 수수한 것으로 확인되므로 매입세액을 불공제함

1. 처분개요

OOOO국세청장은 청구인에 대한 법인제세 통합조사를 실시한 결과 청구인이 2005.4.1 OOOOOOOOOO O OOOO(OO OOO)과 상하수도공사계약(공사도급계약 공급가액 2,680,000천원), OOOO(OO OOO)과 토목공사계약(공사도급급액 공급가액 2,570,000천원, 합계 5,250,000천원, 이하 “쟁점공사도급계약”이라 한다)을 체결하였으나 실제로는 청구인이 공사를 직영하면서 OOOOO OOOO과 공사하도급계약이 있는 것처럼 가장한 사실과 청구인이 특수관계에 있는 주식회사 OOOOOO O OOOO OOOOOO에게 2005사업연도～2007사업연도 중 법인자금을 대여하고 동 대여금에 대한 이자를 미수취하거나 과소수취한 사실, 가공노무비, 가공급여를 계상한 사실 등을 처분청에 과세자료로 통보하였다.

처분청은 청구인이 OOOOO OOOO로부터 수취한 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 쟁점공사도급액과 관련한 매입세액을 불공제하고, 쟁점공사도급액 중 3,474,697,431원을 손금불산입(OOOO OOO, OOOO OOOO OO OO OO O,OOO,OOO,OOOOO OOOO)하고 이외 주식회사 OOOOOO O OOOO OOOOOO이 청구인으로부터 대여받은 자금에 대하여법인세법 제52조(부당행위계산의 부인)를 적용하여 과소신고하거나 미수취한 이자 544,085,271원을 익금산입하는 등하여 2008.8.18. 청구인에게 2005사업연도 법인세 1,548,748,850원, 2006사업연도 법인세 218,650,330원, 2007사업연도 법인세 162,117,070원, 2005년 제1기 부가가치세 98,942,880원, 2005년 제2기 부가가치세 256,513,970원을 경정고지하고, 쟁점공사도급액 5,250,000,000원 중 장비사용료 등 실지지출이 확인되는 1,775,302,569원을 차감한 잔액에서 실지귀속자가 확인된 정OO에게 1,972,000,000원을 상여로 처분하고 1,502,697,431원은 대표이사 정OO에게 상여로 처분하였다. 청구인은 이에 불복하여 2008.11.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

① 청구인과 OOOO(OOO), OOOO(OOO)과의 쟁점공사 도급계약을 체결하고 공사를 시행한 것은 정당한 거래로, 위 업체들은 청구인과 별개의 독립한 사업자임에도 처분청이 이를 부인하고 법인의 소득으로 보아 청구인에게 법인세를 부과하고 상여로 처분한 것은 법인세법상 실질과세원칙에 위배되는 것이며 부당한 처분이다.

② OOOO(OOO), OOOO(OOO) 등 하청업체가 발행한 세금계산서는 가공세금계산서가 아니라 거래사실이 확인되는 세금계산서이며 가사, 쟁점도급공사를 청구법인이 행한 영업활동의 일부로 본다 하더라도 법인의 본·지점 등 내부거래에 대하여 세금계산서가 발행되고 수취되어야 하므로 청구인에게 부과한 2005년 제1기·제2기 부가가치세는 취소되어야 한다.

③ 주식회사 OOOOOOO OOOO OOOOOOOO은 청구인이 출자하거나 특수관계가 없는 바, 처분청이 인정이자율을 적용하여 법인세를 부과한 처분은 부당하다.

④ 청구인의 부당과소신고금액은법인세법 제118조제3항의 규정에 의하여 5,615,148천원에서 처분청이 실제 지출경비로 인정하여 손금으로 산입한 1,775,302천원을 차감한 3,839,846천원이므로 20%의 가산율이 적용되어야 되어 미달세액을 계산하여야 함에도 처분청은 부당과소신고금액을 5,615,148천원으로 보아 30%의 가산율을 적용하여 가산세를 부과한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

① OOOO(OOO), OOOO(OOO)은 다른 하도급업체와는 달리 청구법인이 비자금을 조성하기 위하여 위 회사와 하도급계약을 체결한 것처럼 가장하여 실 거래내용 없이 2,570백만원(공급가액)의 세금계산서를 수취하여 부당하게 조성한 자금은 청구인 대표이사 정OO과 그 가족명의의 정기예금으로 보유하거나, 차입금반제에 사용되었으므로 당초 처분은 정당하다.

② 청구인은 OOOO(OOO), OOOO(OOO) 등 하청업체가 발행한 세금계산서는 거래사실이 확인되는 세금계산서이며부가가치세법시행령 제60조제1항 1호의 4에 의하여 사업자명의를 착오기재하였다고 주장하고 있으나, OOOO(OOO), OOOO(OOO) 등의 하청업체가 발행한 세금계산서는 실질사주 정OO가 비자금을 조성하기 위하여 발행한 가공세금계산서이어서 거래실질이 다르므로 매입세액을 불공제한 당초 처분은 정당하다.

③ 청구인은 OOO(OOOO OOOO OO)가 최대주주(30%)이며, 그 가족이 100% 출자한 법인으로, 정OO가 청구법인의 실질적 지배주주로 임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 당해 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하는 자이며, 주식회사 OOOOOOO OOOO(OOO)O OOOO OOOO OOO OOO OOOO OOOO OOOOOO는법인세법 시행령 제87조의 “특수관계자의 범위”에 해당하며, 또한 정OO는 2002.10월 OOOO OOOOOOOO의 대표이사 또는 주주가 아니면서도 법인의 경영을 사실상 지배하는 자로 구속·기소되어 형사처벌을 받은 바 있고, 동 법인의 최대주주(100%)인 하OOO OOO의 남동생으로법인세법시행령 제87조의“특수관계자의 범위”에 해당하여 OOOO OOOOOOO OOOO OOOOOOO OOO가 임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 당해 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하는 자이어서 당초처분은 정당하다.

④ 청구인에 대한 부당과소신고금액은법인세법시행령 제118조제4항 제6호에 해당하는 익금을 고의로 누락하거나 손금을 허위로 계상하여 익금에 산입한 금액에 해당되므로 부당과소신고금액을 5,615,148천원으로 보아 30%의 가산율을 적용하여 가산세를 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① OOOO(OOO)O OOOO(OOO)은 적법하게 사업자등록을 마친 별도의 사업자임에도 청구인이 공사를 직영한 것으로 보아 이OOO OOO에게 귀속되는 소득과 경비를 법인의 소득에 산입하고 법인세 등을 부과한 처분의 당부

② OOOOO OOOO 등 하청업체가 발행한 세금계산서는 사업자명의가 다를 뿐 그 거래사실이 확인되므로 매입세액을 공제하여야 한다는 청구주장의 당부

③ 주식회사 OOOOOO O OOOO OOOOOO이 청구법인과 특수관계에 해당하는지 여부

④ 부당과소신고가산세 적용의 정당여부

나. 관련법령

(1)국세기본법 제14조【실질과세】

① 과세의 대상이 되는 소득 수익 재산 행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득 수익 재산 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 2 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

(2)부가가치세법 제17조【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.1의

2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.같은 법시행령제60조【매입세액의 범위】

① 법 제17조 제2항 제1호 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우는 다음 각호에 규정하는 경우로 한다.1의

4. 법 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서에 대한 매입처별세금계산서합계표의 거래처별등록번호 또는 공급가액이 착오로 사실과 다르게 기재된 경우로서 교부받은 세금계산서에 의하여 거래사실이 확인되는 경우(3)법인세법 제52조【부당행위계산의 부인】

① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 특수관계자 라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 부당행위계산 이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율 이자율 임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 시가 라 한다)을 기준으로 한다.법인세법 제76조(2006. 12. 30. 법률 제8141호로 개정되기 이전의 것)【가산세】

① 납세지 관할세무서장은 제71조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세를 징수함에 있어서 당해 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 규정하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 다만, 제1호의 규정을 적용하는 경우에는 제2호의 규정을 적용하지 아니하며, 비영리내국법인에 대하여는 제1호의 장부에 관한 가산세의 규정을 적용하지 아니한다.

1. 제60조의 규정에 의한 신고가 없거나 제112조의 규정에 의한 장부의 비치 기장의무를 이행하지 아니한 경우에는 납세지 관할세무서장이 결정한 산출세액(토지 등 양도소득에 대한 법인세액을 제외한다. 이하 이 항에서 같다)의 100분의 20에 상당하는 금액(그 금액이 당해 법인의 수입금액의 1만분의 7에 미달하거나 산출세액이 없는 때에는 그 수입금액의 1만분의 7에 상당하는 금액). 다만, 신고하지 아니한 소득금액이 50억원을 초과하는 경우에는 그 산출세액의 100분의 30에 상당하는 금액(그 금액이 당해 법인의 수입금액의 1만분의 10에 미달하거나 산출세액이 없는 경우에는 그 수입금액의 1만분의 10에 상당하는 금액)으로 한다.

2. 제60조의 규정에 의하여 신고하여야 할 과세표준에 미달하게 신고한 경우에는 다음 각목의 금액가.그 미달하게 신고한 금액이 신고하여야 할 과세표준의 3분의 1 이상이고대통령령이 정하는 부당과소신고금액(이하 이 호에서 부당과소신고금액 이라 한다)이 50억원을 초과하는 경우에는그 미달하게 신고한 금액에 해당하는 산출세액의 100분의 30에 상당하는 금액. 다만, 그 금액이 미달하게 신고한 금액의 1만분의 10 미만이거나 산출세액이 없는 경우에는 그 미달하게 신고한 금액의 1만분의 10으로 한다.

나. 가목외의 경우에는 그 미달하게 신고한 금액에 해당하는 산출세액의 100분의 10(부당과소신고금액에 대하여는 100분의 20)에 상당하는 금액. 다만，산출세액이 없는 경우에는 이를 적용하지 아니한다.같은 법시행령 제87조【특수관계자의 범위】

① 법 제52조 제1항에서 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자 라 함은 법인과 다음 각호의 1의 관계에 있는 자(이하 특수관계자 라 한다)를 말한다.

1. 임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 당해 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자(「상법」 제401조의 2제1항의 규정에 의하여 이사로 보는 자를 포함한다)와 그 친족

2. 주주 등(소액주주 등을 제외한다. 이하 이 관에서 같다)과 그 친족

3. 법인의 임원 사용인 또는 주주 등의 사용인(주주 등이 영리법인인 경우에는 그 임원을, 비영리법인인 경우에는 그 이사 및 설립자를 말한다)이나 사용인외의 자로서 법인 또는 주주 등의 금전 기타 자산에 의하여 생계를 유지하는 자와 이들과 생계를 함께 하는 친족같은 법시행령 제118조(2005. 2. 19. 대통령령 제18706호로 개정된 것)【과소신고금액의 계산 등】

① 법 제76조 제1항 제2호(가목 단서를 제외한다)의 규정을 적용함에 있어서 법인이 결손신고를 한 경우에는 과소신고금액은 그 결손이 없는 것으로 보아 계산한다. 다만, 동호 가목 본문의 규정은 그 결손금을 포함하여 계산한 과소신고금액이 신고하여야 할 과세표준의 3분의 1 이상이고 부당과소신고금액이 50억원을 초과하는 경우에 이를 적용한다.

② 법 제76조 제1항 제2호의 규정을 적용함에 있어서 신고한 과세표준에 과세표준이 되지 아니하는 금액이 포함되어 있는 경우에는 이를 공제한 금액을 신고한 과세표준으로 한다.

③ 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 익금에 산입한 금액에 대하여 그 익금과 직접 대응하는 손금이 있는 경우법 제76조 제1항 제2호의 규정에 의한 과소신고소득금액은 그 손금을 공제한 금액으로 한다.

④ 법 제76조 제1항 제2호 가목에서대통령령이 정하는 부당과소신고금액 이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 금액을 말한다.

1. 법 제52조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액

2. 법 제26조(동조 제4호를 제외한다) 법 제27조 및 법 제28조 제1항 제1호 제2호의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액

3. 법 또는 「조세특례제한법」에 의한 준비금 충당금의 손금산입, 비과세 또는 소득공제의 적용대상이 되지 아니하는 법인이 이를 적용함에 따라 익금에 산입한 금액. 다만, 손금산입한도액을 초과하는 금액을 제외한다.3의

2. 「국제조세조정에 관한 법률」제4조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액

4. 손익의 귀속사업연도를 법 또는 「조세특례제한법」과 달리 적용함에 따라 익금에 산입한 금액. 다만，기업회계기준에 의하여 정당하게 계상한 것으로서 세무조정에 의하여 익금에 산입한 금액을 제외한다.

5. 재화 또는 용역을 공급하고 그 대가를 장부에 계상하지 아니하거나 과소계상함에 따라 익금에 산입한 금액6.기타 익금을 고의로 누락하거나 손금을 허위로 계상하여 익금에 산입한 금액

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점 ①에 대하여 본다.(가) 청구인은 OOOOO OOOO이 적법하게 사업자등록을 마친 별도의 사업자임은 물론 건설산업기본법 소정의 건설업 등록기준에 따라 건설업자등록까지 마치고 청구인으로부터 하도급을 받은 사업체로서 청구인의 이사회에서 OOOOO OOOO의 사업장설치를 지점설치의 한 방법으로 의결한 적도 없고, OOOOO OOOO의 경영성과에 따른 이익과 비용을 청구인의 이익과 비용으로 삼았던 적도 없는 바, 처분청이 법률상 요건이 결여된 개인사업자의 영업활동이나 경영실적을 청구인에게 귀속되는 것으로 보는 것은 법인설립과 권리능력, 지점설치 요건 등을 규정하고 있는 민법·상법상의 규정에 어긋나는 무리한 판단이며, OOOOO OOOO의 공사이익이 청구인에게 실제 귀속되지 아니하였으므로 OOOOO OOOO은 적법한 사업자로 인정되어야 한다고 주장하고 있다.(나) OOOO국세청장의 청구인에 대한 조사내용은 다음과 같다.

1) 청구인은 2003.10.9.부터 주식회사 OOOOOO OOO OOOO OOOOO OOOOOOOOO OOOO OOOOOOOO에 흡수합병된 법인으로서 2004년부터 2006년까지 특수관계에 있는 주식회사 OOOO OOO OOOO를 도급받아 직영과 하도급 공사를 병행하면서 2005.4.1. OOOO(OO OOO)O OOOOOOO OOOO O,OOOOOO, OOOO(OO OOO)과 토목공사 2,627백만원, 2005.11.1. OOOO과 56백만원, OOOO과 200백만원의 하도급 계약을 체결한 사실이 심리자료에 의하여 나타난다.

2) OOOO(OOO)O OOOO(OOO)의 건설업 면허 취득 과정 및 사업자등록 과정을 살펴보면 정OO은 2005.2.4. OOOOOOOOOO OOOO에서 4억원을 대출받아 자신의 예금계좌(OOOOOOOOOOOOO)에 입금한 후, 같은 날 370백만원을 인출하여 하OO OOO OOOOOO, OOO OOO OOOOOOO OOOOO, OOO OOOOOO OOOOOOOOO OOO OOO OOO(OOOO) OOOO OOOO, OOO(OOOO) 명의로는 상하수도공사 면허를 신청한 후 2005.3.24. 정OOO OO OOO, OOO 계좌에 입금된 자금 370백만원을 인출하여 정OO의 대출금 상환에 사용한 사실 및 하OOO OOO의 계좌는 면허취득에 필요한 잔액증명서 발급을 위하여 입·출금 1회만하고 해지된 사실 등이 정OO이 작성한 확인서 와 심리자료 등에 나타난다.

3) OOOO(OOO), OOOO(OOO)O OOOOO OOO OOOOOOOO OOOO(OOOO OOOOO OO OOOO)OOO이 대리하여 2005.2.23. 사업자등록 신청(개업일 : 2005.2.1.)을 하였으며, 2006.2. 이OO(청구인 직원)이 대리하여 폐업신고(폐업일 : 2005.12.31.)를 한 사실과 하OO O OOOO OOO, OOO이 누군지도 모른다고 진술한 사실이 심리자료에 나타난다.

4) 2005.2.23.～2006.4.10.까지 OOOO, OOOOO「일일자금계획서」를 살펴보면 결재라인이 원도급업자인 청구인의 직원들인 김OO, OOO이 결재하고 있으며, 특히 청구인의 대표이사 정OO이 대부분 최종 결재하여 자금을 집행하고 있는 것으로 확인되고, OOOO, OOOO의 공사대금 관련계좌는 청구인의 직원 신OOO OOO, OOO, OOOO, OOOO의 통장을 모두 가지고 OOOO OOO OOO지점에서 자금을 이체한 사실 등이 심리자료에 나타난다.

5) OOOO OO OOOO OOOOO OOOOOOO O OOO OOOO OO(OOOO OOOOO OOOO OOOOOOOO OOOOOO OOOOO OOOO, OOO OOO OOOO OOOOOO OOOO OO)O OOO OOOO OOO은 사업자등록기간 중 청구인으로부터 급여소득 58백만원이 있는 사실, 청구인이 2005.6.10부터 2006.2.23.까지 OOOO(OOO) OOO OOO OOOO O,OOOOOOOOOOO O,OOOOOOO, OOOO(OOO) 계좌에 입금한 공사비는 2,825백만원[도급총액 2,948백만원]으로 확인되나, OOOOOOOOO의 공사비 수령 계좌 개설일(두 업체 모두 2005.2.4.로 동일)부터 입·출금을 확인한 바에 의하면, 사업 초기자금(공사비가 입금 되기 전)은 청구인이 관리하던 차명계좌(OOO)OO OOOO OOO 계좌로 인출되었다가 이후 주식회사 OOOOO OOOO O OOOOOOOOO OOOOOOOOOO 주식회사의 가설 전기공사대금 등으로 지출되었으나 이 대금들은 다시 청구인이 차명으로 관리하는 계좌(OOO)에 입금된 사실과, 2006.2.21. 및 2006.2.23. 하OOOOOO OOOO OOO O,OOOOOOO OOO OO(OO OOOOOOOOOOOOOOOO)에 전액입금된 사실 등이 심리자료 등에 나타난다.

(다) 위 사실관계를 종합하여 보면, 이OO, OOO은 자기사업을 하면서 사업자등록 및 폐업, 토공사 면허취득 및 공사규모, 공사진행 및 기성청구, 자금관리, 자금의 은행 입·출금 등 사업에 관한 업무를 원청회사인 청구법인 대표 정OO에게 위임하여 관리하였다고 진술하고 있는 사실과 처분청이 하OO O OOOOO에서 인출된 자금의 사용처를 추적한 결과 상당액이 공사비와 무관하게 사용되어진 사실 등을 고려하여 보면 쟁점도급공사는 실질적으로 청구인이 하고 OOOOOOOOO은 위장회사인 것으로 보여지므로 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다.

따라서, 처분청이 쟁점공사도급금액 중 실질지출경비를 제외한 3,475백만원을 손금불산입하여 청구인에게 법인세를 부과하고, 3,475백만원의 귀속자인 정OOO OOO에게 상여로 처분한 처분은 정당하다고 판단된다.

(2) 쟁점 ②에 대하여 본다.(가) OOOO(OOO), OOOO(OOO) 등 하청업체가 발행한 세금계산서는 가공세금계산서가 아니라 거래사실이 확인되는 세금계산서이며, 쟁점공사를 청구인이 직접한 것이라 하여도 이는 별도 사업장으로 볼 것인가의 차이일 뿐 가공거래는 아니어서 2005년 제1기 부가가치세와 2005년 제2기 부가가치세는 취소되어야 한다고 주장하므로 이에 대하여 본다.(나) OOOOO OOOO의 건설업단종면허 취득요건 상당금액은 쟁점 ①에서 살펴본 바와 같이 정OO의 대출자금에서 인출되었으며, 처분청조사서에 의하면 OOOOO OOOO은 공사기성청구내역이 전무하고 OOOOO OOOO의 쟁점도급공사와 관련하여 사업자등록·운영·자금집행·폐업 등을 청구인의 대표와 직원들이 직접 이행한 사실, OOOOO OOOO의 폐업이후 OOOOO OOOO의 대표명의로 남아있던 명목상의 이익이 정OO에게 입금된 사실 등이 심리자료에 나타난다.(다) 청구인은 쟁점공사를 청구법인이 직접한 것이라 하여도 이는 별도 사업장으로 볼 것인가의 차이일 뿐 쟁점거래가 정상거래라고 주장하고 있으나, 쟁점도급공사 등은 위에서 살펴본 바와 같이 OOOOO OOOO이 가공회사인 점, 거래의 실질도 OOOOO OOOO이 공사 등을 시행하여 매출을 한 것이 아니라 청구인이 직영한 것으로 보여져 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다.

따라서, 처분청이 쟁점거래에서 발생한 세금계산서를 거래실질이 다른 가공세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하고 청구인에게 부가가치세 등을 부과한 처분은 정당한 것으로 판단된다.

(3) 쟁점 ③에 대하여 본다.(가) 처분청은 청구인이 2005년～2007년 기간 중 특수관계에 있는 주식회사 OOOOOOO OOOO OOOOOOOO에 대하여 자금을 대여하고 동 대여금에 대한 이자를 미수취하거나 과소수취한 사실을 확인하고 동 대여금에 대하여 9%의 인정이자율을 적용(1,510,497천원)하여 청구인이 계상한 이자(966,412천원)와의 차액(544,085천원)을 익금산입한 사실이 심리자료에 나타난다.(나) 청구인은 법인세법상 특수관계에 해당하지 않는 주식회사 OOOOOOO OOOO OOOOOOOO에 대하여 인정이자율을 적용하여 과세한 처분이 부당하다고 주장하고 있다.(다) 청구인은 정OO가 최대주주(30%)이며, 그 가족이 100% 출자한 법인으로, 정OOO OOOO OOOOOOO OOOO OOOOOOOO의 임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 당해 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하는 자인 사실과, 2002.10. 주식회사 OOOOOOOOO OOOOO 비리와 관련하여 주식회사 OOOOOOOO의 대표이사 또는 주주가 아니면서도 법인의 경영을 사실상 지배하는 자로 구속·기소되어 형사처벌을 받은 사실이 심리자료에 나타난다.

따라서, 청구인과 주식회사 OOOOOOO OOOO OOOOOOOO이 특수관계에 해당한다고 보아 인정이자율을 적용한차액(544,085천원)을 익금산입한 처분은 정당하다고 판단된다.

(4) 쟁점 ④에 대하여 본다.(가) 청구인은 처분청이 부당과소신고금액을 5,615,148천원으로 보아 30%의 가산율을 적용하여 법인세를 부과하였으나, 처분청이 실제 지출경비로 인정한 금액 1,775,302천원을 차감하면 부당과소신고금액은 3,839,846천원이므로 50억원에 미달하여 20%의 가산율을 적용하여야 한다고 주장하고 있다.(나) 처분청은 청구인이 당초 신고한 익금산입액 3,243,670천원에서 5,615,148천원을 증액(가공노무비 188,977천원, 가공급여 108,092천원, 가지급금인정이자 36,484천원, 허위도급액 3,474,697천원, 기타 허위도급액 1,775,302천원 등)한 8,858,819천원을 익금으로 산입하고 부당과소신고금액을 5,615,148천원으로 보아 30% 가산세를 적용하여 법인세를 부과한 사실이 청구인의 2005사업연도 소득금액조정합계표 등에서 나타난다.(다)법인세법시행령 제118조제3항은 익금에 직접 대응하는 손금이 있는 경우 과소신고소득금액 계산시 그 손금을 공제하도록 되어 있다. 그러나, 동 규정은 익금과 손금을 동시에 신고누락한 경우 그 익금에 대응하는 손금을 공제하는 것인 바, 청구인에게 적용된 부당과소신고소득은 같은 법시행령 제118조 제4항 제6호에 해당하는 「익금을 고의로 누락하거나 손금을 허위로 계상하여 익금에 산입한 금액」에 해당되어 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.