이자소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있는지 여부(기각)

비영리법인이 과세표준신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 수정신고 또는 경정 등에 의하여 이를 과세표준에 포함시킬 수 없음

1. 처분개요

가. 청구법인은 1957.11.3. 설립된 재단법인 OOOOOOOOO OO OOOO 산하 비영리법인으로, 2008사업연도 법인세 신고기한이 도과한 후인 2009.4.6. OOOOOOOOO OOOOO으로부터 지급받은 이자소득 86,310,279원(이하 “쟁점이자소득”이라 한다)을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입하여, 쟁점이자소득에 대한 원천납부세액 12,082,318원에 대한 환급을 신청하는 내용의 신고를 하였고, 2009.8.25. 같은 내용의 경정청구를 하였다.

나.처분청은 비영리내국법인인 청구법인이 법인세 신고기한내에 쟁점이자소득을 손금에 산입하여 과세표준의 신고를 하지 아니하였다는이유로,「법인세법 시행령」제99조제2항에 따라 기한후 신고로는 이를 과세표준에 포함시킬 수 없다고 보아, 2009.11.18. 청구법인의기한후 신고에 대하여 환급신청을 거부한다는 내용을 통지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.11.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 OOOOOOOOOO OOOO(OOOOOOOOOOOO)를 교부받아 「국세기본법」상 법인으로 보는 단체에 해당하고 2008사업연도 중 쟁점이자소득만 있어, 2009.3.30. 이를 고유목적사업준비금으로 손금에 산입하여 법인세를 신고하였던바, 쟁점이자소득에 대하여 원천징수된 이자소득세액을 환급해 주어야 한다.

나. 처분청 의견

청구법인은 법인세 과세표준 신고기한 내에 신고서를 제출하지 아니하였던바,「법인세법 시행령」제99조제2항의 규정에 따라 청구법인의 이자소득금액 관련 납세의무는 원천징수에 의하여 종결되었다고 보아야 하므로, 원천징수세액 환급을 거부한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점쟁점이자소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있는지 여부

나. 관련법령

(1)법인세법 제29조【고유목적사업준비금의 손금산입】

① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령이 정하는 단체에 한한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금(이하 이 조에서 “고유목적사업 등”이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위 안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.1.「소득세법」 제16조제1항 제1호부터 제11호까지의 이자소득의 금액제60조【과세표준 등의 신고】

① 납세의무 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내에 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다.제62조【비영리내국법인의 과세표준신고 특례】

① 비영리내국법인은 제3조 제2항 제2호의 규정에 따른 이자ㆍ할인액 및 이익(「소득세법」제16조제1항 제12호의 비영업대금의 이익을 제외하고, 투자신탁의 이익을 포함하며, 이하 이 조에서 “이자소득”이라 한다)으로서 제73조의 규정에 따라 원천징수된 이자소득에 대하여는 제60조 제1항에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 이자소득은 제14조의 규정에 따른 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다.

② 제1항의 규정에 의한 비영리내국법인의 이자소득에 대한 법인세의 과세표준의 신고와 징수에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2)법인세법 시행령 제56조【고유목적사업준비금의 손금산입】

① 법 제29조 제1항 본문 중 “대통령령이 정하는 단체”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 단체를 말한다.

1. 제36조 제1항 제1호에 해당하는 단체제36조【지정기부금의 범위 등】

① 법 제24조 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령이 정하는 기부금”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 다음 각 목의 비영리법인(단체를 포함하며, 이하 이 조에서 “지정기부금단체 등”이라 한다)에 대하여 당해 지정기부금단체 등의 고유목적사업비로 지출하는 기부금. 다만, 사목에 따라 지정된 법인에 지출하는 기부금은 지정일이 속하는 사업연도와 그 다음 5개 사업연도 동안 지출하는 기부금에 한한다.

마. 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체제99조【비영리내국법인의 과세표준신고의 특례】

① 법 제62조 제1항의 규정을 적용함에 있어서 비영리내국법인은 원천징수된 이자소득 중 일부에 대하여도 과세표준신고를 하지 아니할 수 있다.

② 법 제62조 제1항의 규정에 의하여과세표준신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 수정신고 또는 경정 등에 의하여 이를 과세표준에 포함시킬 수 없다.

(3)국세기본법 제13조【법인으로 보는 단체】

① 법인격이 없는 사단ㆍ재단 기타 단체(이하 “법인격이 없는 단체”라 한다)중 다음 각호의 1에 해당하는 경우로서 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 것은 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 의하여 주무관청에 등록한 사단ㆍ재단 기타 단체로서 등기되지 아니한 것제45조의3(2006.12.30. 법률 제8139호로 개정된 것)【기한후 신고】

① 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 자는 관할세무서장이 세법에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액(이 법 및 세법에 의한 가산세를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 결정하여 통지하기 전까지 기한후 과세표준신고서를 제출할 수 있다. 다만,「자산재평가법」제15조의 규정에 따른 재평가신고의 경우에는 그러하지 아니하다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.(가) 청구법인은 2008사업연도 중 정기예금 및 보통예금에 대한 이자로 OOOOOOOOO OOOOO으로부터 쟁점이자소득을 지급받았고, OOOOOOOOO OOOOO은 이에 대한 소득세(법인세) 12,082,318원을 원천징수하였다.(나) 청구법인은 쟁점이자소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입하여 기납부 원천세액 △12,082,318원에 대한 환급을 구하는 법인세 과세표준 및 세액신고서를 제출하였고, 동 신고서상 날인된 접수일자는 2009.4.6.이다.

(2)「법인세법」제62조는 “비영리내국법인은원천징수된 이자소득에 대하여는 같은 법 제60조 제1항에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니”할 수 있다고 규정하였고, 같은 법 시행령 제99조 제2항은 “「법인세법」제62조제1항의 규정에 의하여 과세표준신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 수정신고 또는 경정 등에 의하여 이를 과세표준에 포함시킬 수 없다”고 규정하고 있는바, 비영리내국법인이 원천징수된 이자소득에 대하여 분리과세를 할지 아니면 합산과세를 할지 여부를 법인세 신고기한 내에 선택할 수 있으나, 기한내에 원천징수된 이자소득을 고유목적사업준비금으로 손금산입하여 법인세를 신고하지 아니하면 이에 따라 동 이자소득에 대한 과세절차는 원천징수에 의한 분리과세로 종결되었다고 보아야 하고(OO OOOOOOOO, OOOOOOOOOO OO O), 이와 같이「법인세법」제62조와 같은 법 시행령 제99조 제2항에 따라 기한내 무신고하여 원천징수에 의한 분리과세로 종결되었다면, 비록「국세기본법」제45조의3이 환급받을 세액이 있는 자도 기한후 신고를 할 수 있다고 규정하였다 하더라도, 기한후 신고로 원천징수된 이자소득을 과세표준에 포함시킬 수는 없다 할 것이다.

(3) 위와 같은 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살피건대, 청구법인은 2008사업연도 법인세 신고기한을 도과한 이후인 2009.4.6. 쟁점이자소득을 고유목적준비금으로 손금에 산입하여 기한후 신고를 하였으므로, 기한내 신고를 하지 아니함에 따라 쟁점이자소득에 대한 과세절차는 원천징수에 의한 분리과세로 종결되었고, 기한후 신고에 의해서는 쟁점이자소득을 과세표준에 포함시킬 수 없는 점, 청구법인은 비영리내국법인으로 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」의 적용대상이 아닌바 법인세 신고기한내에 과세표준에 포함시키지 아니한 쟁점이자소득을 기한후에 포함시킬 방법이 없는 점 등을 종합하였을 때, 쟁점이자소득은 기한내 무신고로 인하여 원천징수에 의한 분리과세대상이 된다고 보인다.

(4) 따라서, 쟁점이자소득을 청구법인의 2008사업연도 법인세 과세표준에 포함할 수 없다고 본 이 건 처분은 정당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.