청구법인 매출을 본점매출로 하여 부가가치세를 신고·납부한 것에 대하여 청구법인에게 세금계산서미교부가산세 등을 과세한 처분의 당부

부가가치세는 사업장마다 신고·납부하도록 규정하고 있으므로 청구법인의 공급가액을 본점의 매출에 포함하여 신고한 것은 청구법인의 부가가치세 신고로서는 효력이 없는 것으로 청구법인에게 사업자미등록가산세, 세금계산서 미교부가산세, 무신고가산세를 과세한 것은 타당함

1. 처분개요

가. OOO 유한회사(이하 “본점”이라 한다)는 OOO의 OOO 코퍼레이션(OOO Corporation)이 전액 출자한 컴퓨터 하드웨어, 소프트웨어 등 제조, 수입, 중개 등을 영위하는 외국인 투자법인으로, 2002.2.4. 청구법인을 설립하여 일반인 등을 대상으로 교육용역을 제공한 뒤, 교육용역, 사업장임차료 관련 세금계산서 및 계산서를 본점 명의로 수수하여 부가가치세 신고를 하였다.

나. 처분청은 2005년 제2기부터 2010년 제1기 부가가치세 과세기간의 공급가액 167억9,858만원에 대하여, 청구법인이 발행하여야 할 매출세금계산서를 본점이 발행하고 매출처별세금계산서합계표에 포함하여 신고하였고, 청구법인은 별도의 사업장에 해당하나 사업자등록을 하지 아니하였다 하여 2011.1.12. 청구법인에게 사업자미등록가산세 31,643,650원, 세금계산서 미교부가산세 175,026,190원, 무신고가산세 206,669,840원, 납부불성실가산세 69,012,400원, 합계 482,352,080원을 적용한 부가가치세 1,673,919,990원(2005년 제2기 222,118,110원, 2006년 제1기 111,509,030원, 2006년 제2기 115,109,310원, 2007년 제1기 120,855,810원, 2007년 제2기 260,185,350원, 2008년 제1기 265,915,220원, 2008년 제2기 284,532,590원, 2009년 제1기 273,984,340원, 2010년 제1기 19,710,230원)을 결정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.4.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 조세회피의도를 가지고 신고 및 납부 등 의무를 불이행한 것이 아니라 단순한 업무상의 착오로 본점 소재지에서 매출세금계산서를 발행하고 부가가치세를 신고납부하였는바, 부가가치세를 신고 및 납부한 세무서가 처분청이 주장하는 세무서(청구법인 소재지)와 상이한 것일 뿐이다.

(2) 납세자가 본점 이외의 소재지에서 부가가치세를 신고 및 납부하는 경우 과세당국 입장에서는 부가가치세가 납부되지 아니함에 따른 재정수입 일실이 발생하지 아니하였으므로 납부불성실가산세는 부당(국심 2003중3465, 2004.3.6. 같은 뜻임)하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인(교육센터)은 영업부 등 별도의 조직을 구성하고 본점과 다른 소재지에서 고객상담 및 교육용역을 제공하였으므로 본점과는 별도의 사업자에 해당되는 것이며, 「부가가치세법」 제22조 제2항 제1호는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 공급자에게 필요적 기재사항을 정확히 기재한 세금계산서를 작성·교부할 의무를 부과하고 있는바, 이에 위반한 때에는 고의·과실을 고려함이 없이 가산세를 제재로서 과하는 것(대법원 1998.9.18. 선고 1997누20625 참조)이다.

(2) 부가가치세는 사업장별로 신고·납부하는 것으로 본점은 총괄납부승인을 득한 사실이 없는바, 납부불성실가산세를 부과하지 않을 경우 본점에서는 납부한 부가가치세 관련 환급가산금이 발생하고 청구법인에게는 납부불성실가산세를 부과할 수 없는 불합리한 결과가 발생하는 등 청구법인의 주장은 타당하지 아니하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인(교육센터)매출을 본점매출로 하여 부가가치세를 신고·납부한 것에 대하여 청구법인에게 세금계산서미교부가산세 등을 과세한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 부가가치세법 제4조 【신고ㆍ납세지】

① 부가가치세는 사업장마다 신고ㆍ납부하여야 한다. 제5조 【등 록】

① 사업자는 사업장마다 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업개시일부터 20일 이내에 사업장 관할세무서장에게 등록하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 시작하려는 자는 사업개시일 전이라도 등록할 수 있다. (2006.12.30., 법률 제8142호로 개정되기 전의 것) 제22조 【가산세】

① 사업자가 제5조 제1항에 규정하는 기한내에 등록을 신청하지 아니한 경우에는 사업개시일부터 등록을 신청한 날이 속하는 예정신고기간(예정신고기간이 경과한 경우에는 당해 과세기간)까지의 공급가액에 대하여 100분의 1에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.

② 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 공급가액에 대하여 100분의 1에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.

1. 제16조 제1항의 규정에 의한 세금계산서를 교부하지 아니한 때 또는 교부한 분에 대한 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다른 때

⑤ 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 규정된 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.

2. 제18조 제4항 또는 제19조 제2항의 규정에 의하여 납부하지 아니하거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미달하거나 환급받은 세액이 환급받아야 할 세액을 초과하는 때에는 다음 각목의 금액의 합계액 가. 납부하지 아니한 세액(미달하게 납부한 경우에는 그 미달한 세액)×납부기한의 다음날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간×금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율을 감안하여 대통령령이 정하는 이자율

⑦ 제1항의 규정이 적용되는 부분에 대하여는 제2항 또는 제3항의 규정을 적용하지 아니하고, 제3항의 규정이 적용되는 부분에 대하여는 제2항의 규정을 적용하지 아니한다. (2006.12.30., 법률 제8142호로 개정된 것) 제22조 【가산세】

① 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 각 호에 따른 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.

1. 제5조 제1항의 규정에 따른 기한 이내에 등록을 신청하지 아니한 경 우에는 사업개시일부터 등록을 신청한 날이 속하는 예정신고기간(예정신고기간이 경과한 경우에는 그 과세기간을 말한다)까지의 공급가액에 대하여 100분의 1에 상당하는 금액

② 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 공급가액에 대하여 100분의 1에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.

1. 제16조 제1항의 규정에 따라 교부한 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 착오 또는 과실로 기재되지 아니하거나 사실과 다른 때

③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 공급가액(제2호의 경우에는 그 세금계산서에 기재된 금액을 말한다)에 대하여 100분의 2에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.

1. 제16조 제1항의 규정에 따른 세금계산서를 교부하지 아니한 때

3. 재화 또는 용역을 공급하고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자 외의 자의 명의로 세금계산서를 발행한 때

⑧ 제1항의 규정이 적용되는 부분에 대하여는 제2항 내지 제4항의 규정을 적용하지 아니하고, 제4항의 규정이 적용되는 부분에 대하여는 제2항 및 제3항의 규정을 적용하지 아니한다. (2007.12.31, 법률 제8826호로 개정된 것) 제22조 【가산세】

⑧ 제1항이 적용되는 부분에 대하여는 제2항 및 제4항을 적용하지 아니하고, 제3항이 적용되는 부분에 대하여는 제1항ㆍ제4항 및 제5항을 적용하지 아니하며, 제4항이 적용되는 부분에 대하여는 제2항을 적용하지 아니한다. (2007.12.31, 법률 제8826호로 개정된 것) 부칙 제3조 【가산세에 관한 적용례】 제22조 제3항 및 제8항의 개정규정은 이 법 시행 후 개시하는 과세기간에 대하여 가산세를 부과하는 분부터 적용한다.

(2) 국세기본법 제47조의2 【무신고가산세】

① 납세자가 법정신고기한 내에 세법에 따른 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 세법에 따른 산출세액(법인세의 경우에는 「법인세법」 제55조의 2 의 규정에 따른 토지 등 양도소득에 대한 법인세를, 상속세 및 증여세의 경우에는 「상속세 및 증여세법」 제27조 또는 제57조의 규정에 따라 가산하는 금액을 각각 포함하고, 부가가치세의 경우에는 「부가가치세법」 제17조 및 제26조 제2항의 규정에 따른 납부세액을 말한다. 이하 이 절에서 “산출세액”이라 한다)의 100분의 20에 상당하는 금액(이하 이 항에서 “일반무신고가산세액”이라 한다)을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. 다만, 대통령령이 정하는 복식부기의무자(이하 이 절에서 "복식부기의무자" 라 한다) 또는 법인이 소득세과세표준신고서 또는 법인세과세표준신고서를 제출하지 아니한 때에는 산출세액의 100분의 20에 상당하는 금액과 수입금액에 1만분의 7을 곱하여 계산한 금액 중 큰 금액을 납부할 소득세액 또는 법인세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2002.2.4.자로 OOO사무소로부터 구 「근로자직업훈련촉진법」제2조 의 규정에 의거 직업훈련개발훈련시설로 지정되었는바, 2002.2.4.～2009.5.31. 기간중에는 OOO 23-10, 2009.6.1.～2010.5.31. 기간중에는 OOO(본점 소재지), 2010.6.1.부터 현재까지 OOO에 소재하고 있으며, 교육과정별로 고용노동부에 직업능력개발훈련과정 지정승인을 받은 경우에는 부가가치세 면세용역으로 계산서를, 요건을 충족하지 못해 승인을 받지 못한 과정에 대하여는 부가가치세 과세용역으로 세금계산서를 발행하고 있고, 부서별 인원현황 및 담당업무는 아래 <표1>과 같다. <표1> : 청구법인 부서별 인원현황 및 담당업무

부서명

인원

담당업무

본부장

1

업무총괄, 감독

운영사업부

5

노동부 관련업무, 사무실운영 등

영업부

10

영업 및 영업지원

강사

10

강의

(2) 제출된 심리자료에 의하면, 교육용역 제공과 관련하여 청구법인은 수강신청과 관련된 상담, 교육용역 제공 등을 하였고, 교육에 대한 안내, 계약, 대금수수 등의 업무, 세금계산서 발행 및 부가가치세 신고납부는 본점에서 수행하며, 본점명의로 발행한 세금계산서를 보면, 공급자의 등록번호란에는 본점의 사업자등록번호가, 사업장 주소란에는 본점 소재지가, 업종란에는 서비스/소프트웨어개발 공급 및 교육으로, 품목란에는 에듀케이션(education)이라고 개재되어 있고, 본점은 주사업장 총괄납부승인을 받지 아니한 것으로 나타난다.

(3) 처분청은 본점 및 청구법인(직권으로 사업자등록)에 대하여 아래 <표2>와 같이 가산세를 고지하였다. <표2> : 처분청 과세내역 (단위 : 원)

과세기간

본점

( 세금계산서합 계표 불성실가산세)

청구법인(교육센터)

무(과소)신고

가산세

납부불성실가산세

사업자미등록가산세 등

세액

종류

2005년 제2기

12,758,800

12,758,800

69,012,400

12,758,800

사업자미등록가산세(1%)

2006년 제1기

9,292,410

9,292,410

-

9,292,410

2006년 제2기

9,592,440

9,592,440

-

9,592,440

2007년 제1기

8,632,550

17,265,110

-

17,265,110

세금계산서

미교부가산세

(2%)

2007년 제2기

18,584,660

37,169,330

-

37,169,330

2008년 제1기

18,993,940

37,987,880

-

37,987,880

2008년 제2기

20,323,750

40,647,510

-

40,647,510

2009년 제1기

19,570,310

39,140,620

-

39,140,620

2009년 제2기

-

-

-

-

미과세

2010년 제1기

1,407,870

2,815,740

-

2,815,740

세금계산서

미교부가산세(2%)

합계

119,156,730

206,669,480

69,012,400

206,669,840

* 면세분 공급가액에 대하여는 가산세 미적용

(4) 관련 법령 및 위 사실관계를 종합하면, 청구법인은 단순한 업무상의 착오로 본점에서 매출세금계산서를 발행하고 부가가치세를 신고납부한 것으로 처분청의 과세처분은 부당하다 주장하나, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 사유없이 법에 규정된 신고·납세 등 각종 의무를 위반한 경우 고의과실은 고려되지 않는 것인바(대법원 1997.8.22. 선고 1996누15404 판결 참조), 「부가가치세법」제4조 제1항에서 부가가치세는 사업장마다 납부하도록 규정하고 있어 지점(청구법인) 사업장의 공급가액을 본점의 매출액에 포함하여 신고한 것은 본점과 별개 사업장인 지점(청구법인)의 예정 및 확정신고로서는 효력이 없으므로 처분청이 청구법인에게 사업자미등록가산세, 세금계산서 미교부가산세, 무신고가산세를 과세한 것은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

다만, 사업자미등록가산세(1%)가 적용되는 경우 세금계산서미교부가산세(공급가액의 2％ 적용분)의 중복적용을 배제하는 「부가가치세법」제22조 의 규정은, 2008.1.1. 이후 개시하는 과세기간부터 세금계산서미교부가산세(공급가액의 2％ 적용분)가 적용되는 경우 사업자미등록가산세 및 매출(입)처별 세금계산서합계표 불성실가산세를 적용하지 아니하도록 추가되었는바(2007.12.31, 법률 제8826호로 개정), 이는 2007.12.31. 이전 과세기간에 세금계산서미교부가산세와 사업자미등록가산세 및 매출(입)처별 세금계산서합계표 불성실가산세가 경합하는 경우 사업자미등록가산세 또는 매출(입)처별 세금계산서합계표 불성실가산세만 적용되는 것이므로, 2007년 제1기(공급가액 863,255,846원) 및 제2기(공급가액 1,858,466,846원) 세금계산서 미교부가산세(2%) 17,265,110원 및 37,169,330원을 적용한 과세처분은 사업자미등록가산세(1%) 8,632,550원 및 18,584,660원을 적용하는 것으로 경정해야할 것으로 보이고, 납부불성실가산세는 예정신고 또는 확정신고에 의하여 납부하여야 할 세액을 납부하지 아니하거나, 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미달하는 때 또는 환급받은 세액이 환급받아야 할 세액을 초과하는 때에 과세하는 것인데, 이 건의 경우 청구법인이 주사업장 총괄납부승인을 득하지 아니하였으나 청구법인이 납부하여야 할 세액을 본점에서 납부하여 결과적으로는 납부하여야 할 세액을 납부하지 아니하거나 당해 납부세액이 납부하여야 할 세액에 미달 또는 환급받은 세액이 환급받아야 할 세액을 초과하였다고 보기 어려우므로 처분청이 2005년 제2기 과세기간에 대하여 납부불성실가산세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것(조심 2010부382, 2010.8.10. 같은 뜻임)으로

판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 「국세기본법」 제81조 , 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.