쟁점시스템 개발을 위한 쟁점위탁용역비가 연구.인력개발비세액공제대상인지 여부

쟁점시스템은 기본적으로 기업의 인적.물적 자원을 전자적 형태로 관리하기 위한 유형.무형의 설비라는 “전사적 기업자원 관리설비”와 본질적 또는 근본적으로 다르다고 보기 어려운 점 등에 비추어 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 없음

1. 처분개요

가. 청구법인은 은행업을 영위하는 법인으로, 2016～2019사업연도에 차세대 전산시스템(이하 “쟁점시스템”이라 한다) 구축을 위한 용역비로 OOO원(이하 “쟁점위탁용역비”라 한다)을 지출하였는데, 쟁점위탁용역비는 「조세특례제한법」상 연구인력개발비 세액공제가 적용된다면서, 2022.3.29. 처분청에 그 세액공제액을 이월하여 2020사업연도 법인세 OOO원을 환급해 달라는 경정청구를 제기하였다.

나. 처분청은 2010.2.18. 개정된 「조세특례제한법 시행령」 [별표6](이하 “쟁점규정”이라 한다)에 따르면 쟁점위탁용역비의 경우 연구인력개발비 세액공제의 적용대상이 될 수 없다고 보아, 2022.5.30. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2022.8.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

처분청이 제시하고 있는 쟁점규정은 단순한 자산 취득행위에 불과한 ERP도입비용 등에 대한 세제지원을 배제하려는 것일 뿐, 모든 전산시스템 개발비용을 배제하려는 것은 아니다. 이 사건 쟁점시스템 구축은 과학적.기술적 진전이 수반되는 활동으로서 그에 따라 저작권, 소유권, 지적재산권 등이 청구법인에게 귀속되므로, 관련 세액공제는 적용되어야 한다.

나. 처분청 의견

쟁점규정이 시스템개발을 위한 위탁비용을 세제지원 대상에서 제외한 취지는 전산시스템은 필수자산임에도, 규모와 기술이 지속적으로 확대.발전되는 현실을 감안하여, 세제지원 대상에서 일률적으로 제외시킨 것으로 보아야 하는바, 쟁점시스템을 차세대 등 종전보다 개선되었다는 이유만으로 세액공제 대상이 될 수는 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점위탁용역비에 대한 연구개발비세액공제의 적용 여부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2015.7.24. 법률 제13426호로 개정) 제5조의2(중소기업 정보화 지원사업에 대한 과세특례) 대통령령으로 정하는 중소사업자가 「중소기업기술혁신 촉진법」 제18조 , 「산업기술혁신 촉진법」 제19조 및 「정보통신산업 진흥법」 제44조 제1항에 따라 2015년 12월 31일까지 지급받는 중소기업 정보화 지원사업을 위한 출연금 등을 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 설비에 투자하는 경우에는 그 투자금액을 「소득세법」 제32조 및 「법인세법」 제36조 를 준용하여 손금에 산입할 수 있다.

1. 구매ㆍ설계ㆍ건설ㆍ생산ㆍ재고ㆍ인력 및 경영정보 등 기업의 인적ㆍ물적 자원을 전자적 형태로 관리하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신설비, 그 밖의 유형ㆍ무형의 설비로서 감가상각 기간이 2년 이상인 설비(이하 “전사적(全社的) 기업자원 관리설비”라 한다) 제9조(연구·인력개발준비금의 손금산입)

① 내국인이 2013년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 연구개발 및 인력개발(이하 "연구·인력개발"이라 한다)에 필요한 비용에 충당하기 위하여 연구·인력개발준비금을 적립한 경우에는 해당 과세연도의 수입금액( 「법인세법」 제43조 의 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다. 이하 제10조에서 같다)에 100분의 3을 곱하여 산출한 금액의 범위에서 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 해당 금액을 손금에 산입한다.

② 제1항에 따라 손금에 산입한 연구ㆍ인력개발준비금은 다음 각 호에 따라 익금에 산입한다. ＜개정 2011.12.31.＞

1. 해당 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 끝나는 날까지 연구ㆍ인력개발에 필요한 비용(새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용만 해당한다) 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 "연구ㆍ인력개발비"라 한다)에 사용한 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 각 과세연도의 소득금액을 계산할 때 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 해당 과세연도의 개월 수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다.

⑤ 제1항에 따른 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말하고, 인력개발은 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인을 교육·훈련시키는 활동을 말하며 그 구체적인 범위는 대통령령으로 정한다.

(2) 조세특례제한법 시행령(2015.12.28. 대통령령 제26763호로 개정) 제8조(연구 및 인력개발준비금의 범위 등)

① 법 제9조 제2항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다.

[별표6] 연구·인력개발비세액공제를 적용받는 비용(제8조 제1항 관련)

구분

비용

1. 연구개발

나. 위탁 및 공동기술개발

①다음의 기관에게 연구개발용역 등을 위탁함에 따른 비용(전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외한다. 이하 이 목에서 같다) 및 이들 기관과의 공동연구개발을 수행함에 따른 비용

※ 적용시기 : 2010.1.1. 이후 최초로 개시하는 과세연도부터

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2016.1.22. 설립되어, 2017.4.5. 은행업 인가를 득하고 2020.6.4. 현재의 사명으로 변경한 뒤 은행업무 등을 영위하고 있으며, ㈜OOO 등과 차세대시스템 구축 계약을 체결하여 2016.2017사업연도에 위탁비로 OOO원을 지급하였으나 2016～2017사업연도에는 결손 발생으로 연구인력개발비 세액공제를 신청하지 않았다.

(2) 이 사건 경정청구내역은 OOO와 같다.

(3) 처분청의 이 건 처분 근거를 정리하면 OOO과 같다.

(4) 청구법인의 항변 등을 정리하면 OOO과 같다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점시스템의 구축은 과학적.기술적 진전이 수반되는 활동이므로, 그에 대한 지출인 쟁점위탁용역비에 대하여 연구개발비세액공제가 가능하다고 주장하나, 쟁점규정은 명문으로 “전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외한다”고 직접 규정하고 있는데, 이는 개정 당시 기업의 전산시스템 규모가 날로 확대되는 현실을 감안하여 연구개발비 세액공제에서 제외되는 대상을 포괄적으로 규정한 것으로, 과학기술의 발전에 따라 새로이 등장하는 전산시스템에 대해 입법기술상 일일이 열거하는 방식으로 배제하기 어려웠던 것으로 보이는 점, 쟁점시스템은 청구법인의 전산시스템을 새롭게 재구축하는 것이므로, 기술적 측면에서 기존보다 향상된 것으로 보이기는 하나, 기본적으로 기업의 인적.물적 자원을 전자적 형태로 관리하기 위한 유형.무형의 설비라는 “전사적 기업자원 관리설비”와 본질적 또는 근본적으로 다르다고 보기 어려운 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점위탁용역비에 대하여 연구개발비 세액공제가 적용되지 않음을 전제로 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.