청구법인이 쟁점학원에 쟁점건물을 저가로 임대하였다고 보아 부당행위계산부인하여 부가가치세 및 법인세를 과세한 처분의 당부

청구법인과 쟁점♤♤이 세무목적상 별도의 사업자로 등록되어 있고, 청구법인은 쟁점건물 임대와 관련하여 스스로 간주임대료를 산정하여 부가가치세를 신고ㆍ납부하였는바, 청구법인은 특수관계인이자 독립된 사업자로 등록되어 있는 쟁점♤♤에 부동산임대용역을 제공한 것으로 보이고 이와 같은 거래 과정에서 부당행위계산 부인 규정의 적용을 배제할 특별한 사정이 확인되지 아니하는 점 등에 비추어 이 건 과세처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨

1. 처분개요

가. 청구법인은 2004.7.22. OOO 대 486.6㎡ 및 지상 4층 건물(이하 “쟁점건물”이라 한다)을 취득하여 OOO(사업자등록상 명의는 “OOO”, 교장은 청구법인의 대표자 OOO의 배우자인 OOO, 이하 “쟁점학원”이라 한다)에 별도의 월차임 없이 임대보증금(이하 “쟁점임대보증금”이라 한다)을 OOO원으로 하여 쟁점건물을 임대한 후, 동 보증금에 대한 간주임대료를 과세표준으로 보아 부가가치세를 신고·납부하였다.

나. 처분청은 쟁점학원의 교장인 OOO에 대한 종합소득세 부분조사를 실시하여 청구법인이 특수관계인인 쟁점학원에 쟁점건물을 저가로 임대한 것으로 보아 부당행위계산부인을 하여 2015.11.23. 청구법인에게 부가가치세 2011년 제1기분 OOO원을 각 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2016.1.7. 이의신청을 거쳐 2016.3.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인의 대표자 OOO은 청구법인 명의로 쟁점건물을 구입하여 지상 건물에 OOO, OOO 및 쟁점학원을 운영하고 있고, 쟁점학원은 청구법인의 선교사업 일환으로 운영되는 교육기관이며, OOO은 청구법인과 쟁점학원의 대표자로서 쟁점건물에서 자신의 부인 OOO이 교장으로 재직중인 쟁점학원을 운영하도록 한 것인바, 청구법인과 쟁점학원은 실질적으로 동일한 단체이므로 청구법인이 쟁점학원에 사업목적으로 임대용역을 제공한 것으로 보기 어려운 점, 쟁점임대보증금 OOO원은 사업자등록을 위한 신청 서류에 기재된 것일 뿐 실제로 그 금액이 수수된 사실이 없는 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점학원에 쟁점건물을 저가로 임대하였다고 보아 부가가치세 및 법인세를 과세한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

쟁점학원은 외국어학원을 주업종으로 하여 등록된 독립적인 사업자로서 쟁점학원의 수입 또한 학원운영경비, 대출금 상환 등 청구법인과 독립적으로 사용된 것으로 나타나는바, 이와 같이 청구법인과 쟁점학원을 독립된 사업자로 본다면 부당행위계산부인 규정의 적용을 배제할 사정, 즉 청구법인이 쟁점건물을 저가로 임대할 경제적 합리성이 있었다고 보기 어려우므로(청구법인의 주장대로 실제로 임대차계약이 체결되지 않았다 하더라도 쟁점건물의 무상사용에 대한 부당행위계산부인 규정이 적용되어야 한다) 청구법인이 쟁점학원에 쟁점건물을 저가로 임대하였다고 보아 부가가치세 및 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 쟁점학원에 쟁점건물을 저가로 임대하였다고 보아 부당행위계산부인하여 부가가치세 및 법인세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1)법인세법 제3조[과세소득의 범위]

③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

1. 제조업, 건설업, 도매업·소매업, 소비자용품수리업, 부동산·임대 및 사업서비스업 등의 사업으로서 대통령령으로 정하는 것제52조[부당행위계산의 부인]

① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 “특수관계인”이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

②제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한다.

③ 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 사업연도에 특수관계인과 거래한 내용이 적힌 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정(算定) 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2)법인세법 시행령 제88조[부당행위계산의 유형 등]

① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

6. 금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율·요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우.(단서 생략)제89조[시가의 범위 등]

④ 제88조 제1항 제6호 및 제7호의 규정에 의한 자산(금전을 제외한다) 또는 용역의 제공에 있어서 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 다음 각 호의 규정에 의하여 계산한 금액을 시가로 한다.

1. 유형 또는 무형의 자산을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 자산시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액(3)부가가치세법 제3조[납세의무자] 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로서 개인, 법인(괄호 생략), 법인격이 없는 사단·재단 또는 그 밖의 단체는 이 법에 따라 부가가치세를 납부할 의무가 있다.

1. 사업자제29조[과세표준]

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.

② 재화의 수입에 대한 부가가치세의 과세표준은 그 재화에 대한 관세의 과세가격과 관세, 개별소비세, 주세, 교육세, 농어촌특별세 및 교통·에너지·환경세를 합한 금액으로 한다.

③ 제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우 : 그 대가.(단서 생략)2.금전 외의 대가를 받는 경우 : 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가(4)부가가치세법 시행령 제62조[시가의 기준] 법 제29조 제3항 및 제4항에 따른 시가(時價)는 다음 각 호의 가격으로 한다.1.사업자가 특수관계인이 아닌 자와 해당 거래와 유사한 상황에서 계속적으로 거래한 가격 또는 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격

2. 제1호의 가격이 없는 경우에는 사업자가 그 대가로 받은 재화 또는 용역의 가격(공급받은 사업자가 특수관계인이 아닌 자와 해당 거래와 유사한 상황에서 계속적으로 거래한 해당 재화 및 용역의 가격 또는 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격을 말한다)

3. 제1호나 제2호에 따른 가격이 없거나 시가가 불분명한 경우에는「소득세법 시행령」 제98조제3항 및 제4항 또는「법인세법 시행령」 제89조제2항 및 제4항에 따른 가격

다. 사실관계 및 판단

(1) 국세통합전산망 자료에 의하면, 청구법인(대표자 OOO)은 비영리법인으로 1994.1.21. 개업한 것으로 나타나고, OOO은 2004.7.7. 상호를 ‘OOO’으로 한 쟁점학원을 개업하여 개인사업자로 등록한 후 매년 종합소득세를 신고한 것으로 나타나며, 청구법인은 2011년 제1기부터 2013년 제2기까지 쟁점건물에 대한 간주임대료를 과세표준으로 하여 부가가치세를 신고·납부한 것으로 나타나고, 그 구체적인 내역은 아래 <표1>과 같다.

<표1>

청구법인의 부가가치세 신고·납부 내역

(2) 처분청의 OOO에 대한 종합소득세 부분조사 종결보고서(2015년 9월)에 의하면, 쟁점학원은 쟁점건물의 1층부터 옥상까지에 위치하고 있는 것으로 나타나고, 그 구체적인 사용현황은 아래 <표2>와 같다.

<표2>

쟁점건물의 실제 사용현황

(3) 청구법인의 정관(1994년 5월)에는 OOO이 이사장으로, OOO이 이사로 기재되어 있고, 청구법인의 설립목적은 ‘OOO’로 되어 있다. 쟁점학원의 외국단체 등록신청서에는 OOO이 대표자로, 교장이 OOO으로 기재되어 있고, 쟁점학원의 설립목적은 ‘OOO의 영어 교육을 세계 각국에서 온 학생들에게 제공’하는 것으로 되어 있다.

(4) 그 밖에 청구법인은 쟁점학교의 OOO, OOO의 고유번호증 등을 제출하였다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인과 쟁점학원이 세무목적상 별도의 사업자로 등록되어 있고, 청구법인은 쟁점건물 임대와 관련하여 스스로 간주임대료를 산정하여 부가가치세를 신고·납부하여 왔는바, 청구법인은 특수관계인이자 독립된 사업자로 등록되어 있는 쟁점학원에 부동산임대용역을 제공한 것으로 보이고, 이와 같은 거래 과정에서 부당행위계산부인 규정의 적용을 배제할 특별한 사정이 확인되지 아니하는 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점학원에 쟁점건물을 저가로 임대하였다고 보아 부가가치세 및 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.