청구법인이 쟁점토지를 3년 이상 고유목적사업에 직접 사용하지 아니하였다고 보아 법인세를 부과한 처분의 당부

청구법인의 결산서, 예금계좌 등의 심리자료에 의하면, 청구법인은 쟁점토지 중 농지를 임대하여 임대료를 얻은 것으로 확인될 뿐이고, 상당수가 직접 청구법인의 고유목적사업에 사용된 사실을 입증할 수 있는 증빙자료를 제출하지 못하고 있는 점, 종중인 청구법인의 특성상 쟁점토지는 전체가 이 건 사적지에 포함되어 있지 아니한 이상, 단순히 재산관리의 목적으로 보유하던 것으로 봄이 타당한 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점토지를 장기간 소유하였을 뿐 그 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용하였다고 보기는 어려우므로 처분청이 쟁점토지의 처분에 따른 소득을 과세대상으로 보아 청구법인에게 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없음

1. 처분개요

가. 청구법인은 2003.6.10. 법인으로 보는 단체로 승인받은 종중으로, 2014.11.28. 대구광역시 OOO”이라 한다) 368 외 14필지[면적 합계 24,813㎡(전5필지3,707㎡,답5필지6,216㎡,임야 5필지14,890㎡), 이하 “쟁점토지”라 한다]를 국토교통부에 양도(수용,양도가액OOO원을 신고·납부하였다.

나. 청구법인은 2015.3.10. 처분청에 경정청구를 하여 쟁점토지를 지방문화재인 표OOO(이하 “이 건 사적지”라 한다)를 관리하기위한 경비조달목적으로 사용하였으므로「법인세법」제3조제3항제5호에 의하여 비영리법인이 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산에 해당하므로 법인세가 비과세된다는 이유로 당초 신고·납부한 양도소득세를 환급하여 줄 것을 요청하였으나,처분청은 2016.5.10. 법인으로 보는 단체인 청구법인이 쟁점토지에 대한 양도소득을 법인세가 아니라 양도소득세로 잘못 신고하였다고보아 당초 신고·납부한 양도소득세 및 농어촌특별세를 환급하는한편, 청구법인에 대한 조사를 실시한 결과, 청구법인이 쟁점토지를3년 이상 계속하여 고유목적사업에 사용하지 아니하였다고 보아 2017.1.10. 청구법인에게 2014사업연도 법인세OOO원)을 제외한 것]을 경정·고지하였다.

다.청구인은 이에 불복하여 2017.2.23. 이의신청을 거쳐 2017.6.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

쟁점토지는 그 처분일 현재 3년 이상 고유목적사업에 직접 사용된것이므로 그 양도소득에 대하여 법인세를 부과한 이 건 처분은 부당하다. 첫 번째로, 청구법인은 개인종중이 아니라 문화재를 관리하는 공익법인에 유사한 단체로서 쟁점토지는 관련 비용을 충당에 사용되었다. 청구법인은 장OOO(휘 신OOO의 후손이고, 쟁점토지는 고려 개국 당시 태조가 장OOO을 기리기 위하여 사찰(지묘사)을 세우게 하면서 그 경비를 조달할 목적으로 하사{당초 일품전지(一品田地) 300무[1무(畝)는 사방 100步(6척)]였는데, 이를 토대로 하사 당시 면적을 추산하면 54,540㎡(16,527평)이고, 일제강점기인 1935년 중 등기함}한 것이다(동 사찰은 OOO로 지정되어 있고, 2014.2.12. 이후 국가지정문화재 승격을 위한 검토 중에 있음). 또한, 청구법인은 매년 봄과 가을 중 이 건 사적지에서 향제[4월 5일개최되는 OOO에는 중중원(1,500명 이상)과 대구광역시장 및 일반인 참석]를 지내는 등 많은 행사를 개최하고 있고, 이와 관련된 비용으로 연간 OOO원 이상을 부담(문화재청의「문화재의 보수 및 정비규정」에 의하면, 문화재의 보수정비는 원칙적으로 소유자가 하여야 함)하고 있으며, 이는 당초 하사받은 토지의 매각자금으로 취득한 건물의 임대료(연간 약 OOO원) 이자수입, 영농수입(이 건 사적지 유지보수 관리비용의 조달을 위하여 임야를 개간하여 영농을 하였음), 도조 수입, 성금 등으로 조달된 것인바, 이와 같이 이 건 사적지의 유지·관리 및 보수, 관련 행사비용 조달을 위해 노력하고 있다.

쟁점토지 중 농지(10필지)는 청구법인이 오랜 기간 중 임대한 후 그 임대료를 청구법인 명의의 예금계좌로 받아 도조수입이, 임야(5필지)는 도시계획 등으로 수용된 후 그 양도대금으로 건물 매입(임대료 발생) 및 정기예금 이자소득이 각 발생하였고, 이는 이 건 사적지의 유지·관리 및 보수, 관련 행사비용에 충당하였다처분청은 쟁점토지가 이 건 사적지와 떨어져 있다는 등의 이유로 이를 3년 이상 직접 고유목적에 사용한 것으로 볼 수 없다는 의견 이나, 당초 하사받은 토지 중 도시계획 등으로 주거지, 도로 등으로편입되는 등의 이유로 상당 부분의 소유권이 이전됨에 따라 쟁점토지가동 사적지에서 떨어지게 된 것이고 위와 같이 이를 이 건 사적지의 유지·관리 등을 위한 비용 충당에 사용하였으므로 처분청의 의견은 부당하다. 두 번째로,관련 법령의 해석에 따라 쟁점토지를 3년 이상 고유 목적사업에 직접 사용한 것으로 보아야 한다. 「법인세법」제3조제3항 및 같은 법 제2조 제2항에 의하면, 그 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적에 직접 사용한 고정자산의 처분은 법인세가 과세되지 아니한다. 또한,「향교재산법」제2조에 의하면, 향교재산은 향교를 유지하고 운영하기 위하여 조성된 동산과 부동산, 그 밖의 재산을 의미하고, 국세청 해석사례(서면2팀-992, 2008.5.21., 이하 “이 건 해석사례”라 한다)에 의하면, 향교가 제사비용을 조달하기 위하여 사용하던 농지가 향교의 고유목적사업에 직접 사용된 사실이 객관적으로 입증되는 부분은 법인세 과세대상에서 제외되는바, 향교재산이 비영리법인의고유목적사업에 직접 사용되는 고정자산으로 인정된다면, 이와 유사한성격의 종중인 청구법인이 이 건 사적지와 관련하여 보유하는 쟁점 토지에 대해서도 동일하게 보아야 한다.

나. 처분청 의견

쟁점토지는 그 처분일 현재 3년 이상 고유목적사업에 직접 사용된 것으로 볼 수 없으므로 그 양도소득에 대하여 법인세를 부과한 이 건 처분은 정당하다. 쟁점토지(15필지) 중 임야(5필지)에는 분묘·사당이 없을 뿐 아니라 이를 농작물 경작 등 다른 용도로 사용하지 아니하였고, 이외의 농지(10필지)는 이를 종중원이 아닌 사람에게 임대하여 그 수입금액(임대료)을 종중의 경비에 충당하였다는 사실에 대하여는 양측의 다툼이 없다. 그러나, 임야의 경우 이 건 사적지와 상당한 거리(남남서쪽으로 직선거리 약 1km)에 위치하고 있을 뿐 아니라(그 산세의 경사도가 심함)동 사적지(OOO 소재 임야만 해당)에서 제외되어 있고, 농지의 경우에도 그 자체를 고유목적사업을 위한 비용을 충당하는데사용하지 아니하였을 뿐 아니라(이를 고유목적사업에 직접 사용된 고정자산으로 볼 경우 청구법인이 보유하는 임대용 건물도 동일하게 보게 됨) 이를 임대하여 발생한 소득(임대료)도 청구법인의 전체 수입금액 중 극히 일부(0.43%)에 불과한 것으로 확인되었고, 나아가 한국표준산업분류 및「법인세법 시행령」제2조에 의하면, 농지의 임대는 수익사업에 해당하며 수익사업에 사용된 고정자산은 고유목적사업에 직접 사용된 것으로 보지 아니하는 것이다. 한편, 청구법인은이 건 해석사례를 근거로 쟁점토지를 고유목적사업에 직접 사용된 것으로 보아야 한다고 주장하나, 이에 의하더라도 제사비용을 조달하기 위하여 사용하던농지가 비영리법인(향교)의 고유목적사업에 직접 사용되었다는 사실이 객관적으로 인정되는 부분만 비과세되는 것인바, 쟁점토지의 임대료 수입이 청구법인의 전체 수입금액 중 극히 일부인이 건에 동 해석사례를 적용할 수는 없는 것이다.

요컨대, 설사 쟁점토지가 오랜 기간 동안 청구법인 명의로 되어 있었다고 하더라도 문화재에 해당되지 아니하는 이상, 그 소유 자체만으로 고유목적사업에 직접 사용하였다고 볼 수 없는 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 쟁점토지를 3년 이상 고유목적사업에 직접 사용하지 아니하였다고 보아 법인세를 부과한 처분의 당부

나. 관련 법령 등

(1) 법인세법제3조[과세소득의 범위]

① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 부과한다. 다만,비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 법인세를 부과한다.

3. 제55조의2 및 제95조의2에 따른토지 등 양도소득

③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.5.고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입(2)법인세법 시행령(2017.2.3. 대통령령 제27828호로 일부개정되기 전의 것)제2조[수익사업의 범위] ①「법인세법」(이하 "법"이라 한다) 제3조 제3항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 통계청장이 고시하는한국표준산업분류(이하 "한국표준산업분류"라 한다)에 의한 각 사업중 수입이 발생하는 것을 말한다. (단서 생략)②법 제3조 제3항 제5호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란해당고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 해당 고정자산의 유지·관리 등을 위한 관람료·입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다.

(3) 향교재산법제2조[정의] 이 법에서 “향교재산”이란향교(鄕校)를 유지하고 운영하기 위하여 조성된 동산(動産)과 부동산, 그 밖의 재산을 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1)쟁점토지의 양도, 이 건 과세처분 근거 등의 내역은 아래와 같다.(가)등기부등본(쟁점토지 관련) 등 심리자료에 의하면, 청구법인은1935.6.26. 쟁점토지를 취득하였고, 2014.11.18. 아래 <표1> 기재와 같이OOO원에국토교통부에양도(수용)하였다.

<표1>

쟁점토지의 양도내역(단위 : ㎡, 백만원)(나) 청구법인은 2014.11.28. 쟁점토지의 양도 후 「소득세법」에 따라 당초 신고납부를 한 후, 2015.3.10. 이 건 경정청구를 하였고,처분청은 2016.5.10. 수익사업을 하는 청구법인[2005.5.27. 대구광역시 동구 OOO 소재 건물(면적 1,255㎡)을 취득한 이후같은 장소에서 부동산임대업을 영위하고 있음]의 경우 「소득세법」이아니라 「법인세법」에 따른 과세표준 및 세액의 신고를 하여야 한다[법인세법」제62조의2에 의하면, 비영리내국법인(수익사업을 하는 비영리내국법인 제외)은 자산의 양도소득에 대하여 같은 법 제60조에 따른 과세표준 등의 신고가 아니라「소득세법」제92조를 준용하여 계산한 과세표준에 법인세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부할 수 있음]는 이유로 당초 신고납부한 양도소득세를 환급한 후 청구법인에 대한 법인세 조사를 실시하였다.

(다) 처분청은 청구법인에 대한 조사 결과, 아래와 같은 사실관계 등을 이유로 쟁점토지를 ‘그 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유 목적사업에 직접 사용한 고정자산’으로 볼 수 없다고 보았다.1)쟁점토지는 이 건 사적지로부터 약 1km 떨어진 곳에 소재 하고 있고, 분묘 및 사당은 없는 것으로 확인되었다[쟁점토지 중 임야(5필지)는 산세의 경사도가 심한 지형을 이루고 있음].2)쟁점토지는 이 건 사적지에 포함되어 있지 아니하다[대구광역시는 1982.3.4. OOO 유적’(OOO 소재, 면적 : 7,805㎡)]을 ‘대구광역시 기념물’ 제1호로 지정되었고, 2014년 중 국가문화재위원회는 이 건 사적지를 포함한 면적 합계 45,180㎡[이 건 사적지(OOO) 및 그 외 6필지(같은 동 523～527·534)의 면적으로, 쟁점토지는 포함되지 아니함]를 국가문화재로 지정하기 위한 심의를 하였으나, 역사적·학술적 가치에 대한 추가 조사·연구 및 고증자료를 확보한 후 다시 검토하기로 하고 의결을 보류한 바가 있음].3)쟁점토지 중 다른 사람(종중원이 아님)에게 임대한 농지(10필지)를 고유목적사업에 직접 사용하였다고 볼 수 있다고 하더라도, 아래 <표2> 및 <표3> 기재와 같이그 처분일 현재 계속하여 3년 이상 계속 임대한 농지는 3필지에 불과하고,그 임대료 수입도 청구법인의 연간 평균 수입금액의 극히 일부(0.43%)에 불과하다.

<표2>

쟁점토지 중 농지(10필지)의 임대 내역(단위 : 천원)주1) OOO(쟁점토지의 소재지)주2)청구법인의 2014년 주요사업보고서에 의하면, 청구법인은 국가로부터 쟁점토지의 양도대금 외 ‘지장물 보상금액’을 받았고, 이를 ‘영농자 및 토지사용자’에게 전액 지급할 예정이라는 내용이 나타남<표3> 임대료수입(위 <표2> 기재)의 총수입금액 비중(청구법인의 결산서상 기재내역)(단위 : 천원, %)주1) 결산서상 기재내역주2) 위 <표2> 기재의 임대료수입주3) 총수입금액(①) 중 쟁점토지분 임대료수입(②)의 비중(라) 처분청은 청구법인에 대한 조사결과, 아래와 같은 이 건 사적지의 현황 등을 확인하였다.1)이 건 사적지에는다음과 같이 그 설립 취지 등이 기재되어 있으나, 쟁점토지가 태조(왕건)로부터 직접 하사받은 것인지 여부, 취득일 등은 확인되지 아니하였다.- 다 음 -OOO의 죽음을 애통히 여겨 지묘사를 세워 명복을 빌게 하는 한편, 일품전지(一品田地) 삼백무(三百畝)를 하사하여 수호하게 하였다. 2006년 편찬된 종중의 표층사지 2집에 기록된 자료에 의하면, 그 재산목록 토지는 임야 83,648평, 전·답·대지 26,396평 합계 11만 44평*으로 되어 있었는데, 신시가지가 들어서면서 도로에 기부(편입)된 면적과 매각된 대지면적을 합하면, 이를 훨씬 상회할 것으로 보인다”2)청구법인의 종중규약(2014.5.13. 개정된 것)을 살펴보면, 그 목적 및 사업내역이 아래와 같이 나타난다.- 다 음 -·목적 : 청구법인은 종원이 단결하여 선조를 경모하고, 중원 간 우애를 돈독히 하며, 후손의 번영과 인재 양성 등·사업 : 청구법인은 그 목적을 달성하기 위하여 다음 각 호의 사업을 한다.1.OOO 및 영각 유허의 향사 및 수호 관리에 관한 사항2. 관련 문헌의 수집에 관한 사항3.

상호 부조와 친목 도모에 관한 사항4. 선조의 유적 보존 및 천장에 관한 사항5. 종중 재산의 관리에 관한 사항

6. 상호 부조와 친목도모에 관한 사항

7. 기타 총회에서 의결된 사항3)청구법인은 아래 <표4>와 같이 이 건 과세처분일 현재토지(합계 34만 4,448㎡) 및 건물(연면적 1,255㎡)을 보유·관리하고 있다[이 중 이 건 사적지는 그 면적이 20,184㎡임].

<표4>

청구법인의 보유·관리자산 내역(이 건 과세처분일 현재)(단위 : ㎡)주1) 동호동(대구광역시 북구)을 제외한 나머지는 같은 시 동구 소재주2) 건물(연면적 1,255㎡, 대구광역시 동구 용계동 소재)은 위 표에 미기재4)청구법인의 각 사업연도 결산보고서에 의하면, 매년 이자수입, 정기예탁금, 도조수입, 성금 등을 수입금액{2014사업연도:OOO원[이 중 정기예탁금(약 OOO원)을 제외하면, 약 OOO원임]}으로 하여 각종 행사비용, 인건비 등 관리 비용 등으로 지출한 것으로 나타난다.

(2)이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구 법인은 개인종중이 아니라 문화재를 관리하는 공익법인과 유사한 단체로서 쟁점토지에서 발생한 수입금액을 이 건 사적지 관리 등을 위한 비용으로 충당하였으므로 동 토지가「법인세법」제3조제3항 제5호에 의한 ‘비영리법인이 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산’에 해당되어 그 양도소득이 비과세대상임에도 법인세의 과세소득으로 보아 한 이 건 처분이 부당하다고 주장하나, 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입이 비영리법인의 과세소득에 해당되지 않기 위해서는「법인세법」제3조제3항 및같은 법 시행령 제2조 제2항 전단에 따라 비영리법인이 고정자산을 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용되어야 한다 할 것인바,청구법인의 결산서, 예금계좌 등의 심리자료에 의하면, 청구법인은 쟁점토지 중 농지(10필지)를 임대하여 임대료를 얻은 것[나머지(임야 5필지)는 산림으로 보일 뿐 다른 용도로 이용하였음이 입증되지 아니하였음]으로 확인될 뿐이고, 상당수가 직접 청구법인의 고유목적사업에 사용된 사실을 입증할 수 있는 증빙자료를 제출하지 못하고 있는 점[쟁점토지 중 농지(10필지)의 임대료수입을 고유목적사업에 사용하였다고 하더라도,청구법인이 직접 사용하였다고 보기는 어려움], 종중인 청구법인의 특성상 쟁점토지는 전체가 이 건 사적지에 포함되어 있지 아니한 이상(분묘·사당도 없음), 단순히 재산관리의 목적으로 보유하던 것으로 봄이 타당한 점 등에비추어청구법인이 쟁점토지를 장기간 소유하였을 뿐 그 처분일 현재 3년이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용하였다고 보기는 어려우므로,처분청이 쟁점토지의 처분에 따른 소득을 과세대상으로 보아 청구법인에게 법인세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는

것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.