쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 장기보유특별공제를 배제하여 과세한 처분의 당부

청구인은 건설업체 회장 및 대주주로서 근로소득 등이 발생한 점 등으로 보아 자경농지로 보기 어렵고, 쟁점토지는 양도시까지 농지 본래의 용도인 경작에 제한을 받지 아니하여 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지로 보기도 어려우므로, 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 양도세를 과세한 처분은 잘못이 없음

1. 처분개요

가. 청구인은 2003.11.28. 취득한 OOO 전 673㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 2011.1.5. 서울특별시에 보상가액 OOO원에 협의양도하고, 장기보유특별공제 OOO원을 적용하여 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 처분청은 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 장기보유특별공제를 배제하고 2012.2.14. 청구인에게 2011년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다(이의신청시 OOO원이 감액되어 OOO원이 됨).

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.3.12. 이의신청을 거쳐 2012.4.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

쟁점토지는 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제30조의 규정에 의한 도시계획시설인 도로 예정지로 2008.4.3. 사업인가고시되었고 관계법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 농지로서「소득세법」 제104조의3제2항 및 같은 법 시행령 제168의14 제1항에 의하여 사업인가고시일(2008.4.3.)부터 양도일(2011.1.5.)까지 약 2년 9월(최근 3년 중 2년 이상)은 사업용 토지에 해당하므로 장기보유특별공제 적용대상에 해당한다. 쟁점토지는 2008.4.8. 서울특별시 구로구 항동 117-3에서 분할된 필지로 청구인이 취득시부터 양도시까지 고추 및 살구를 재배하였던바, 토지취득시 구로구청장이 발급한 토지거래허가증에 이용목적이 고추 및 살구나무 재배로 기재되어 있고, 이행강제금이나 범칙금이 부과된 사실이 없으며, 사업인가고시 후에 나무를 식재할 수 없어 고추, 파 등을 재배하였음에도 농지원부에 휴경이라고 기재된 사실만으로 자경을 인정하지 않는 것은 부당하다. 설령 청구인이 쟁점토지를 경작하지 않았다고 하더라도 분할 전 토지(3,559㎡) 중 117-3의 2,886㎡(81.1%)를 자경으로 인정하였다면 쟁점토지(673㎡)도 자경으로 인정하여야 하므로 쟁점토지를 비사업용토지로 보아 장기보유특별공제를 배제하고 과세한 처분은 취소하여야 한다.

나. 처분청 의견

법령에 따라 토지의 사용이 제한된 경우라 함은 지목, 용도지구 및 지역이나 건축법 등 법령에 의하여 정하여진 목적과 범위에서 그에 부합되게 이용토록 하는 토지의 용도에 따른 통상적인 제한의 범위를 넘어 특별히 사용이 제한된 경우를 말하는 것이나 쟁점토지는 이에 해당되지 아니하고, 청구인은 쟁점토지 등에서 농작물의 경작 또는 다년생식물 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력으로 경작 또는 재배하였다고 볼 수 없으며, 쟁점토지는 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따라 협의매수 되었으나 비사업용 토지 적용 제외대상 토지{사업인가고시일(2008.4.3.)부터 소급하여 5년 이전에 취득한 토지를 2008.1.1. 이후에 양도하는 경우}에도 해당되지 아니하므로, 쟁점토지를 비사업용토지로 보아 장기보유특별공제를 배제하고 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지를 비사업용토지로 보아 장기보유특별공제를 배제하고 과세한 처분의 당부

나. 사실관계 및 판단

(1)「소득세법」 제95조에 의하면 양도소득금액은 양도가액에서 필요경비를 공제한 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 하며, “장기보유특별공제액”이란 보유기간이 3년 이상인 자산의 양도차익에 보유기간별 공제율(7년 이상 8년 이하의 경우는 100분의 21)을 곱하여 계산한 금액을 말하고, 같은 법 제104조의3에 따른 비사업용 토지는 장기보유특별공제 대상 자산에서 제외하며, 같은 법 제104조의3 제1항 및 같은 법 시행령 제168조의6 제1호에 의하면 “비사업용 토지”란 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간과 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간 동안 소유자가 농지 소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지를 말하고, 같은 법 104조의3 제2항 및 같은 법 시행령 제168조의14 제1항 제1호에 의하면 토지를 취득한 후 법령 등에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지는 그 기간을 비사업용 토지에서 제외한다고 규정되어 있다.

(2) 처분청은 쟁점토지가 비사업용 토지로서 장기보유특별공제 대상에 해당하지 않는다며 관련 증빙을 제출하였다.(가) 토지대장 등에 의하면 청구인은 2003.12.1. OOO 답 830㎡및 117-3 전 2,879㎡(합계 3,709㎡)를 OOO원에 매매로 취득하였고, 쟁점토지(467㎡)는 2008.4.8. 117-3에서 분할되었다가 2009.10.14. 115-4와 합병(합병 후 673㎡)되었으며, 쟁점토지가 서울특별시의 ‘남부순환로 ∼ 부천시계 간 도로개설공사’ 구간에 편입되면서 2011.1.5. 서울특별시로 소유권이 이전되었다.(나) 2005.3.24. 최초 작성된 청구인의 농지원부에서 쟁점토지는 2008.4.8. 분할된 후 최초 현지확인일인 2008.11.6.부터 2011.1.24.까지 휴경 상태로 기재되었고, OOO동 담당자에 의하면 농지원부는 농지 소재지 농지원부 담당 공무원이 현지 출장하여 경작여부를 확인한 후 작성한 것으로 나타난다.(다) 쟁점토지의 공공용지 협의조서(2011.1.5.)에는 재배작물 및 수목에 대해 보상한 내역이 없고 토지만 보상한 것으로 나타나며, 서울특별시 도시기반시설본부장이 구로구청장에게 보낸 ‘보상제외요청’ 문서(토목부-675, 2009.1.16.)에 의하면, 청구인 등 5인은 ‘토지무상사용 동의서 및 보상제외 요청서’를 제출하였고, 이에 따라 서울특별시는 공사구간 중 일부 성토작업이 필요한 구간의 시공선 확보을 위한 보상업무 중 청구인 등에 대한 보상을 제외한 것으로 나타난다.(라) 청구인 명함 등에 의하면, 청구인은 OOO주식회사 및 OOO주식회사의 회장(공부상 대표자는 배우자 한OOO)이며, 쟁점토지 구입 전인 2000.5.24.부터 건축공사업을 영위하면서 발생한 수입금액 등은 <표2>와 같다.

(3) 청구인은 쟁점토지를 자경하였고, 법령에 의하여 사용이 제한된 토지로서 동 기간을 제외하면 비사업용 토지에 해당하지 않는다며 관련 증빙을 제출하였다.(가) 청구인의 농지원부(최초작성일 2005.3.24.)에는 OOO 농지는 자경, 쟁점토지는 휴경으로 기재되었다.(나) OOO이 2008.4.10. 발행한 영수증에는 청구인이 살구나무 600그루 및 유기질비료 50포를 구입하면서 대금 OOO원을 지급하였고, 경서농협이 2011.2.24. 발행한 영수증에는 청구인은 OOO농협으로부터 가축분퇴비 등을 구입하고 대금 OOO원을 지급한 것으로 기재되었다.(다) OOO구청장 및 서울특별시 SH공사 사장 공동 명의로 게시된 현장 안내판에는 ‘이 지구는 보금자리주택지구 지정을 위한 의견청취 공고(2010.3.31.)가 되었으므로 관계인께서는 죽목의 벌채 및 식재 금지 등을 금한다’고 기재되었고, 구로구청장의 토지거래계약허가증(2003.11.27.)에 청구인의 쟁점토지 취득시 이용목적이 ‘고추 및 살구나무 재배’로 기재되었으며, 토지이용계획확인서(2011.1.11.)에 쟁점토지가 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 등에 따라 도시지역, 자연녹지지역, 제1종지구단위계획구역 등으로 기재되었다.

(4) 청구인은 쟁점토지가 법령에 의하여 사용이 제한되었으므로 비사업용 토지에서 제외된다고 주장하나, 쟁점토지는 농지원부에 휴경으로 기재되어 있으며, 서울특별시와 보상 협의시 수목 등에 대한 보상 신청이 없었고, 서울특별시에 토지무상사용 동의서 및 보상제외 요청서를 제출하였으며, 청구인이 건설업체 회장 및 대주주로서 근로소득 등이 발생한 점 등으로 보아 자경 농지로 보기 어렵고,「소득세법 시행령」 제168조의14제1항 제1호의 “법령에 따라 토지의 사용이 제한된 경우”라 함은 지목, 용도지구 및 지역이나 건축법 등 법령에 의하여 정하여진 목적과 범위에서 그에 부합되게 이용토록 하는 토지의 용도에 따른 통상적인 제한의 범위를 넘어 특별히 사용이 제한되는 경우를 말하는 것으로(대법원 2003.10.10. 선고 2001두6234 판결, 참조), 법령에 따라 토지의 사용에 금지 또는 제한이 있다 하더라도 토지 본래의 용도인 경작, 산림의 육성 및 보존, 축산업 경영, 물건을 쌓아 두거나 건축물을 신축하는 행위가 가능한 토지는 동 규정의 적용대상이 되지 아니한다 할 것인바, 쟁점토지는 양도시까지 농지 본래의 용도인 경작에 제한을 받지 아니하였으므로 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지로 보기도 어려우므로, 처분청이 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 장기보유특별공제를 배제하고 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로「국세기본법」 제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.