쟁점토지가 조특법 제104조의19 제1항의 종합부동산세 합산배제대상인지 여부

청구법인은

○○○○

.

○.

○. 매매잔금을 완납하고 청구법인 명의로 쟁점토지의 소유권을 경료하였고, 경료된 소유권이전등기가 심리일 현재까지 말소되지 아니하고 그대로 유지되고 있으며, 대법원에서 심리불속행으로 확정된 ○○고등법원의 쟁점토지 관련 「건물철거 및 토지인도」에 대한 판결서에 의하면, 주무관청의 허가가 없는 재단법인의 기본재산의 매매계약은 그 효력이 발생할 여지가 없다고 할 것이나, 그 허가는 반드시 기본재산의 처분 전에 받아야만 하는 것은 아니고, 매매 등 계약성립 후에 받더라도 그 매매 등 계약이 유효하게 되는 것인바, 양도법인과 청구법인 사이의 이 사건 매매계약은

○○○○

.

○.

○. 주무관청의 정관변경 허가를 받음으로써 유효하게 되었고, 따라서 이 사건 매매계약을 원인으로 하여 청구법인 앞으로 경료된 소유권이전등기는 결국 실체관계에 부합하는 등기로서 유효하다고 판시한 점 등에 비추어 이 건 과세처분은 잘못이 없음

1. 처분개요

가. 청구법인은 서울특별시 OOO에 대하여 2009.12.9. 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제104조의19 제1항의 주택건설사업자가 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지로서 취득일부터 5년 이내에「주택법」에 따른 사업계획의 승인을 받을 토지에 해당한다고 보아종합부동산세 합산배제신청을 하였고, 쟁점토지는 이에 따라 2010년～2012년 귀속 종합부동산세 과세대상에서 배제되었다.

나. 처분청은 주택건설사업자인 청구법인이 쟁점토지를 등기접수일인2008.3.31. 취득하였음에도 취득한 날부터 5년 이내에 「주택법」에 따른 주택건설을 위하여 사업계획의 승인을 받지 못한 경우에 해당한다고 보아 2014.7.4. 청구법인에게 아래 <표>와 같이 2010～2012년 귀속 종합부동산세와 농어촌특별세를 각 결정·고지하였다.OOO다. 청구법인은이에 불복하여 2014.9.30. 이의신청을 거쳐 2015.3.23.심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 2008.3.31. 쟁점토지에 대하여 소유권이전등기를 마쳐소유권을 취득하고, 같은 날 쟁점토지를 OOO 주식회사에신탁을원인으로 소유권이전등기(2009.4.30. OOO 주식회사로 수탁자변경)를 하였으나, OOO 주식회사가 쟁점토지를 점유한 강OOO을 상대로 제기한 「건물철거 및 토지인도」 소송에 대하여 대법원은 2011.8.18. 쟁점토지의 양도자인 지OOO는재단법인으로서, 재단법인의 기본재산 처분은 재단법인 정관의 변경을초래하게 되므로 정관의 변경이 이루어지지 아니한다면 재단법인의 기본재산에 관한 처분행위는 그 효력을 발생할 수 없고, 재단법인의정관변경은 주무관청의 허가를 얻지 아니하면 그 효력이 없는바,쟁점토지양도의 경우 재단법인의 기본재산 처분에 관하여 주무관청의허가가 없는 경우에 해당하여 무효이므로 쟁점토지에 관한 청구법인 명의의 소유권이전등기는 원인무효이고, 이에 터잡아 이루어진OOO 주식회사 명의의 각 소유권이전등기 역시 모두 원인무효인 것으로선고OOO하였고, 이에 양도법인은2012.11.21. 이사회에서 쟁점토지 등의 처분에 관한 정관변경 허가신청을하며 정관변경 허가 없이 이루어진 2007.7.25.자쟁점토지 매매계약의하자를 치유하기로 한다는 내용의 결의를 한 다음,2012.11.27. 정관변경 허가신청을 하였고, 이에 따라 OOO은2012.12.11. 쟁점토지의 기본재산 처분에 관한 정관변경을 허가함으로써쟁점토지 매매계약은 비로소 유효하게 되었으며, 이러한 사실은OOO 주식회사가 쟁점토지를 점유한 권OOO 등을 상대로 제기한「건물철거 및 토지인도」 소송에 대한OOO에서도 확인되므로 청구법인이 쟁점토지를 사실상 취득한시기는OOO의 정관변경 허가일인 2012.12.11.이고, 청구법인이 쟁점토지를 취득한 날부터 5년이 경과하지 아니하였으므로

처분청이쟁점토지를종합부동산세 합산대상에 해당한다고 보아 종합부동산세등을과세한이 건 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

「소득세법 시행령」제162조는 자산의 취득시기는 당해 자산의 대금을청산한 날로 하되, 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기·등록접수일 또는명의개서일이라고 규정하고 있는바, 청구법인은 2007.7.25. 매매를원인으로2008.3.31. 소유권이전등기를하여 소유권을 취득하였고,쟁점토지에 대하여 이 건 심리일현재까지 양도법인 명의로 소유권환원등기가경료된 사실이 없으며, 청구법인은 2008.3.31. 쟁점토지를 취득한 후 쟁점토지에 대한 재산세납세의무를 이행하였고, 2009.12.9. 쟁점토지에 대하여 주택건설사업자가 주택을건설하기 위하여 취득한 토지이므로 종합부동산세 합산배제대상에 해당한다고 보아 합산배제신청을 한 점 등에 비추어 청구법인의쟁점토지 취득시기는 등기접수일인 2008.3.31.이고, 취득한 날부터 5년 이내에「주택법」에 따른 주택건설을 위하여 사업계획의 승인을 받지 못하였으므로 종합부동산세 등을 추징한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지가조특법 제104조의19제1항의 종합부동산세 합산배제 대상인지 여부

나. 관련 법령

: <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제시한 과세자료 등에 의하면, 청구법인은 2009.12.9.쟁점토지가조특법 제104조의19제1항의주택건설사업자가 주택을건설하기위하여 취득한 토지로서 취득일부터5년 이내에 「주택법」에따른 사업계획의 승인을 받을 토지에 해당한다고 보아 종합부동산세 합산배제신청을 하였고, 처분청은 이에 따라 2010년～2012년 쟁점토지를 종합합산과세대상에서 배제하였다가 청구법인이쟁점토지를 등기접수일인 2008.3.31. 취득하였음에도 취득한날부터 5년이내에 「주택법」에따른 주택건설을 위하여 사업계획의승인을받지 아니하였다고 보아 2014.7.4. 청구법인에게 이 건 처분을하였다.

(2) 처분청이 제시한 OOO의 쟁점토지에 대한 재산세 과세자료에 의하면, OOO은 2010년부터 2012년까지 쟁점토지의납세의무자를청구법인으로 하고, 쟁점토지를 종합합산과세대상으로 보아재산세를 과세한 것으로 나타난다.

(3) 쟁점토지의 등기사항전부증명서 등에 의하면, 청구법인은 2007.7.25.매매를 원인으로 2008.3.31. 쟁점토지의 소유권을 이전받았고, 청구법인은쟁점토지를 2008.3.31. OOO주식회사에 신탁을 원인으로 소유권이전등기하였다가 2009.4.30.OOO 주식회사로 수탁자를변경한 것으로 나타난다.

(4) OOO국세청장의 이 건 이의신청결정서(2014.12.12.)에 의하면,청구법인이 2007.7.25. 양도법인과 체결한 쟁점토지의 매매계약서에 기재된 매매대금은 총 OOO이고, 위 매매대금이2007.7.25.～2008.3.31. 지급된 내역이 금융증빙 등에서 확인된다고 기재되어 있다.

(5) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에서 확인되는 청구법인의 쟁점토지 취득과정은 다음과 같다. (가) 청구법인과 변OOO은 2005.5.7. 변OOO이 양도법인에 대하여 가지는 쟁점토지에 대한 매수청구권을 매수하기로 하는 계약을 체결하였다. (나) 청구법인은 2005.12.21. 양도법인을 상대로 쟁점토지에 대한 소유권이전등기청구소송을 제기하였고, 청구법인과 양도법인 사이에“청구법인은 양도법인에게 매매대금 OOO을 지급하고, 동시에 양도법인은2007.7.25. 매매를 원인으로 쟁점토지에 관한 소유권이전등기절차를 이행한다”는 내용의 조정이 2007.8.21. 성립되었으며, 양도법인은 2008.3.31. 청구법인에게 2007.7.25. 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 경료하였다. (다) 청구법인으로부터 쟁점토지를 수탁받은 OOO 주식회사가쟁점토지를 점유한 강OOO을 상대로 제기한 「건물철거 및 토지인도」소송에 대하여 대법원은 2011.8.18. 쟁점토지의 양도는 재단법인의 기본재산처분에 관하여 주무관청의 허가가 없는 경우에 해당하여무효이므로 쟁점토지에 관한 청구법인 명의의 소유권이전등기는 원인무효라고 선고OOO하였다. (라) 청구법인은 2011.12.23. 양도법인과 쟁점토지의 소유권 분쟁을종식시키기 위하여 양도법인에게 OOO을 지급하고, 양도법인은쟁점토지의처분에 관한 정관변경 허가신청 절차를 이행하고 2007.7.25.매매계약을추인한다는 내용의 약정을 체결하였다. (마) 양도법인은 2012.10.29.까지 위 (라)의 약정에 따른 대금 OOO을지급받고 2012.11.27. 기본재산 처분에 관한 정관변경허가를 신청하였고, OOO은 2012.12.11. 정관변경을 허가하였다.

(바)쟁점토지를 청구법인으로부터 수탁받은 OOO 주식회사가쟁점토지를 점유한 권OOO 등을 상대로 제기한 「건물철거 및 토지인도」소송에 대하여 대법원에서 2013.10.17. 심리불속행으로 확정된OOO의 주요내용은 다음과 같다.1)재단법인의 기본재산의 처분은 재단법인의 정관의 변경을 초래하므로정관의 변경이 이루어지지 아니하면 재단의 기본재산에관한 처분행위는 그 효력이 발생할 수 없다고 할 것이고, 정관의 변경은주무관청의 허가를 얻지 아니하면 그 효력이 없으므로 주무관청의 허가가 없는 재단법인의 기본재산의 매매계약은 그 효력이발생할여지가 없다고 할 것이나OOO, 그 허가는 반드시 기본재산의 처분 전에 받아야만 하는 것은 아니고, 매매 등 계약 성립 후에 받더라도 그 매매 등 계약이 유효하게 된다OOO.

2) 이 사건에서 보건대, 위 인정사실 및 제시증거에 의하면,

① 양도법인이 2007.7.25. 이 사건 제1토지 등을 처분할 당시에는 주무관청의 유효한 허가가 없었던 사실,

② 양도법인이 이 사건 제1토지 등에관한 청구법인과의 소유권분쟁을 종식시키기로 하여 2011.12.23. 청구법인과 사이에, 청구법인은 양도법인에게 OOO을 지급하고, 양도법인은 이 사건 제1토지 등의 처분에 관한 정관변경 허가신청 절차를 이행하고 이 사건 매매계약을 추인한다는 내용의 이 사건 약정을 체결한 사실,

③ 이후 양도법인은 2012.10.29.까지 이 사건 약정에 따른 대금 OOO을 모두 지급받은 사실,

④ 양도법인은 2012.11.21. 이사회에서 전원의 찬성으로, 이 사건 제1토지 등의 처분에 관한 정관변경 허가신청을 하며 정관변경 허가 없이 이루어진 2007.7.25.자 이 사건 매매계약의 하자를 치유하기로 한다는 내용의 결의를 한 다음,2012.11.27.경 정관변경 허가신청을 한 사실,

⑤ OOO은 2012.12.11.이 사건 제1토지 등의 기본재산 처분에 관한 정관변경을 허가한 사실을각 인정할 수 있는바, 이에 의하면 양도법인과 청구법인 사이의 이 사건매매계약은 2012.12.11. 주무관청의 정관변경 허가를 받음으로써 유효하게 되었다고 할 것이고, 따라서 별지 목록 제2·3·4항 기재각 토지에 관하여 이 사건 매매계약을 원인으로 하여 청구법인앞으로경료된 각 소유권이전등기와 그로부터 OOO 주식회사및 OOO 주식회사 앞으로 순차 경료된 각 소유권이전등기는 결국 실체관계에 부합하는 등기로서 유효하다고 할 것이다.

(6)청구법인은 쟁점토지를 사실상 취득한 시기는 2012.12.11.이라고주장하면서, 양도법인이 2012.11.28. OOO에게 송부한 지구단위계획 등 인허가 협조요청서OOO, OOO이2012.12.11.양도법인에게 발송한 정관변경허가 공문(쟁점토지의처분을 허가하며, 허가조건으로 처분 대금을 법인 목적사업 및 운영을위해 사용하고, 사용내역에 대해 증빙자료를 첨부하여 보고하며, 허가신청 내용상 허위사실이 있거나 관계법령 위반사항이 있을 경우 허가를취소할 수 있음), OOO 주식회사가 2012.12.13. 작성한 토지사용승낙서OOO, 양도법인의 토지사용승낙서(일자미상, 양도법인은 쟁점토지의 소유자로서 청구법인이 주택건설사업계획 승인을 위해 쟁점토지를 사용함에 있어 하등의 이의가 없기에 부지사용을 승낙함) 등을 제출하였다.

(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지의 사실상 취득시기는 OOO의 양도법인 정관변경허가일인 2012.12.11.이고, 청구법인이 쟁점토지를 취득한 날부터5년이경과하지 아니하였으므로 쟁점토지는 종합부동산세 합산배제대상이라고주장하나, 청구법인은 2008.3.31. 매매잔금을 완납하고 청구법인명의로쟁점토지의 소유권을 경료하였고, 경료된 소유권이전등기가 심리일 현재까지 말소되지아니하고그대로 유지되고 있으며,대법원에서 심리불속행으로 확정된OOO법원의 쟁점토지관련 「건물철거 및 토지인도」에 대한판결서OOO에 의하면, 주무관청의 허가가 없는 재단법인의기본재산의 매매계약은 그 효력이 발생할 여지가 없다고할 것이나, 그 허가는 반드시 기본재산의 처분 전에 받아야만 하는것은아니고, 매매 등 계약 성립 후에받더라도 그 매매 등 계약이유효하게되는 것인바, 양도법인과 청구법인 사이의 이 건 매매계약은2012.12.11. 주무관청의 정관변경 허가를 받음으로써 유효하게 되었고, 따라서 이 건 매매계약을 원인으로 하여 청구법인 앞으로 경료된 소유권이전등기는 결국 실체관계에 부합하는 등기로서 유효하다고 판시한 점 등에 비추어 청구법인의 쟁점토지 취득시기는 등기접수일인 2008.3.31.이고, 취득한 날부터 5년 이내에 「주택법」에 따른주택건설을 위하여 사업계획의 승인을 받지 못하였으므로 청구법인에게 종합부동산세등을 추징한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」 제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지>

관련 법령

(1) 소득세법(2010.1.1. 법률 제9924호로 개정된 것)제98조(양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다.

(2) 소득세법 시행령(2009.12.31. 대통령령 제21934호로 개정된 것)제162조(양도 또는 취득의 시기)

① 법 제98조의 규정에 의한취득시기 및 양도시기는 다음 각 호의 경우를 제외하고는 당해 자산의대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기·등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일

(3) 조세특례제한법(2010.1.1. 법률 제9921호로 개정된 것)제104조의19(주택건설사업자가 취득한 토지에 대한 과세특례)

① 「주택법」에 따라 주택건설사업자 등록을 한 주택건설사업자(「주택법」 제32조에 따른 주택조합 및 고용자인 사업주체와 「도시 및주거환경정비법」 제7조부터 제9조까지의 규정에 따른 사업시행자를 포함한다. 이하 "주택건설사업자"라 한다)가 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지 중 취득일부터 5년 이내에 「주택법」에 따른사업계획의 승인을 받을 토지는「종합부동산세법」 제13조제1항에따른 과세표준 합산의 대상이 되는 토지의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다.

② 제1항을 적용받으려는 자는 해당 연도 9월 16일부터 9월 30일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 토지의 보유현황을 신고하여야 한다.

③ 주택건설사업자가 제1항에 따라 취득한 날부터 5년 이내에 「주택법」에 따른 주택건설을 위하여 같은 법에 따른 사업계획의 승인을받지 못한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 종합부동산세액과이자상당가산액을 추징한다.

(4) 종합부동산세법(2009.5.27. 법률 제9710호로 개정된 것)제12조(납세의무자)

① 과세기준일 현재 토지분 재산세의 납세의무자로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 해당 토지에 대한 종합부동산세를 납부할 의무가 있다.1.종합합산과세대상인 경우에는 국내에 소재하는 해당 과세대상토지의공시가격을 합한 금액이 5억원을 초과하는 자2.별도합산과세대상인 경우에는 국내에 소재하는 해당 과세대상토지의공시가격을 합한 금액이 80억원을 초과하는 자

(5) 지방세법(2009.10.09. 법률 제9791호로 개정된 것)제182조(과세대상의 구분)

① 토지에 대한 재산세 과세대상은 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.

1. 종합합산과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지.다만, 다음 각 목의 1에 해당하는 토지는 종합합산과세대상으로 보지아니한다.

가.이 법 또는 관계법령의 규정에 의하여 재산세가 비과세 또는 면제되는토지나.이 법 또는 다른 법령의 규정에 의하여 재산세가 경감되는 토지의경감비율에 해당하는 토지

3. 분리과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지중 다음 각 목의 1에 해당하는 토지마. 가목 내지 라목의 규정에 의한 토지와 유사한 토지로서 분리과세 하여야 할 상당한 이유가 있는 것으로서 대통령령이 정하는 토지

(6) 지방세법 시행령(2010.1.1. 대통령령 제21975호로 개정된 것)제132조(분리과세 대상토지의 범위)

⑤ 법 제182조 제1항 제3호마목에서 "대통령령이 정하는 토지"라 함은 다음 각 호에서 정하는토지(법 제182조 제1항 제3호 다목에 따른 토지를 제외한다)를 말한다.다만, 제5호 및 제9호부터 제11호까지의 규정에 따른 토지는같은 호에 따른 시설 및 설비공사를 진행중인 토지를 포함하며, 제1호에따른 토지는 취득일부터 5년이 경과한 토지로서 용지조성사업 또는 건축을 착공하지 아니한 토지를 포함하지 아니한다.

8. 「주택법」에 의하여 주택건설사업자 등록을 한 주택건설사업자(「주택법」 제32조의 규정에 의한 주택조합 및 고용자인 사업주체와 「도시 및주거환경정비법」 제7조내지 제9조의 규정에 의한사업시행자를 포함한다)가 주택을 건설하기 위하여 동법에 의한 사업계획의 승인을 받은 토지로서 주택건설사업에 공여되고 있는 토지