지정지역 부동산에 대하여 기준시가로 과세해야 된다는 주장의 당부(기각)

조세특례제한법 제85조 의 규정은 소득세법 제96조 제2항 제7호의 지정지역 지정에 따라 실지거래가액으로 과세되는 부동산에 한정하는 것이지 소득세법 제96조 제2항 각호의 모든 경우까지 기준시가로 과세한다는 규정은 아니라고 해석함이 타당함

1. 처분개요

가. 청구인은 1세대 2주택을 소유하던 중 위 1주택인 OOO 토지 및 주택(이하 “쟁점주택”이라 한다)을 2006.7.4. OOO에 양도(수용)하고 2006.9.30. 조세특례제한법제85조(지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세 특례)를적용하여 기준시가에 의한 양도차익을 계산하여 양도소득세 43,561,430원을 신고·납부하였다.

나. 처분청은 1세대 2주택의 소유자가소득세법 제96조제2항(1세대 2주택 등은 실지거래가액에 의함)의 규정과조세특례제한법 제85조의 규정이 동시에 해당하는 자산을 양도하는 경우에는조세특례제한법 제85조의 규정을 배제하고소득세법 제96조제2항의 규정을 적용하여야 한다고 보아 실지거래가액에 의한 양도차익을 계산하여 2007.9.10. 청구인에게 2006년도 양도소득세 46,955,940원을 경정고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2007.11.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

쟁점주택은 1987.11.25. 상속으로 취득하여 보존하고 있던 중에 2003.7.19. 주택투기지역지정 및 택지예정지구지정으로 2006.7.4. 사업시행자에게 강제수용되었으므로조세특례제한법 제85조의 규정에 따라 기준시가에 의한 양도차익을 계산하여야 함에도 실지거래가액에 의한 양도차익을 계산하여 과세하였으므로 이 건 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

소득세법 제96조제2항 제9호의 규정과조세특례제한법 제85조의 규정이 동시에 해당하는 자산을 양도하는 경우에는소득세법 제96조제2항 제9호의 규정에 의하여 실지거래가액에 의한 양도차익을 계산하여 과세하는 것이므로 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점1세대 2주택을 소유한 자가 지정지역내에 소재한 1주택을 양도(수용)한 경우조세특례제한법 제85조(지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세 특례)에 해당하지 않는 것으로 보아소득세법 제96조제2항 제9호의 규정에 의한 실지거래가액으로 양도소득세를 과세한 처분의 당부

나. 관련법령

(1)소득세법 제96조【양도가액】

① 제94조 제1항 각 호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의한다.

② 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산을 2006년 12월 31일까지 양도하는 경우에 그 자산의 양도가액은 제1항의 규정에 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다.

1. 제89조 제1항 제3호의 규정에 의한 고가주택의 기준에 해당하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)인 경우

2. 제94조 제1항 제2호 가목의 규정에 의한 부동산을 취득할 수 있는 권리인 경우

3. 제104조 제3항의 규정에 의한 미등기양도자산인 경우

4. 취득 후 1년 이내의 부동산인 경우

5. 허위계약서의 작성, 주민등록의 허위이전 등 부정한 방법으로 부동산을 취득 또는 양도하는 경우로서 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 경우

6. 양도자가 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 제110조 제1항의 규정에 의한 확정신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우

7. 제104조의 2 제2항의 규정에 의한 지정지역 안의 부동산인 경우

8. 제104조의 3의 규정에 의한 비사업용 토지인 경우

9. 그 밖에 당해 자산의 종류ㆍ보유기간ㆍ보유수ㆍ거래규모 및 거래방법 등을 감안하여대통령령이 정하는 경우제97조【양도소득의 필요경비계산】

① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.1.취득가액가. 제94조 제1항 각호의 자산의 취득에 소요된 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각호 외의 본문에 해당하는 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가(2)소득세법시행령 제162조의2【양도가액】

⑤ 법 제96조 제2항 제9호에서 “대통령령이 정하는 경우”라 함은 2주택 이상을 소유한 1세대가 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)을 양도하는 경우를 말한다. 이 경우 다가구주택의 주택수 계산에 대하여는 제155조 제15항의 규정을 준용(거주자가 선택하는 경우에 한한다)하고, 공동상속주택의 주택수 계산에 대하여는 제167조의3 제2항 제2호의 규정을 준용하며, 2개 이상의 주택을 같은 날에 양도하는 경우의 양도주택의 결정방법에 대하여는 제154조 제9항의 규정을 준용한다.

(3) 조세특례제한법(2006.12.30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것) 제85조 【지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례】거주자가「소득세법」 제104조의2제1항의 규정에 의한 지정지역내의 부동산을 다음 각호의 1에서 규정하고 있는 날(관계 행정기관의 장이 관보 또는 공보에 고시한 날을 말하며, 그 고시한 날이 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이내인 경우에는 사업인정고시일부터 소급하여 2년이 되는 날, 그 고시한 날이「소득세법」 제104조의2제1항의 규정에 의한 지정지역 지정 후 도래하는 경우에는 지정지역을 지정한 날을 말한다) 전에 취득하여 2006년 12월 31일 이전에 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 또는 그 밖의 법률에 의하여 당해 사업시행자에게 양도(수용되는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)하는 경우에는「소득세법」 제104조의2제1항 및동법 제97조제1항 제1호 가목 본문의 규정에 불구하고 동법의 규정에 의한 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있다. (단서 생략)

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 1987.11.25. 쟁점주택을 상속으로 취득하여 1세대 2주택을 소유하던 중 위 1주택인 쟁점주택을 2006.7.4. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 의해 OOO에 양도(수용)하한 후 기준시가에의한 양도차익을 계산하여 양도소득세를 신고·납부하였고, 처분청은 1세대 2주택 소유자가소득세법 제96조제2항의 규정과조세특례제한법 제85조의 규정이 동시에 해당하는 자산을 양도하는 경우에는소득세법 제96조제2항의 규정에 따라 실지거래가액에 의한 양도차익을 계산하여야 한다고 보아 이 건 경정고지하였으며, 쟁점주택이 소재한 OOO 전지역은 2003.7.19. 주택투기지정지역으로 고시되었고, 2004.2.25. 쟁점주택은 OOO로 지정되었음이 이 건 심리자료에 의하여 확인된다.

(2)소득세법 제96조제1항 및 제97조 제1항 제1호 (가)목에 의하면 제94조 제1항의 규정에 의한 자산의 양도가액 및 취득가액은 실지거래가액에 의하되, 다만 기준시가에 의하는 경우로 같은 법 제96조 제2항 각호 외의 본문에 해당하는 경우를 규정하고 있으며, 한편 구조세특례제한법 제85조는 부동산가격이 급등하였거나 급등할 우려가 있어 재정경제부장관이 지정하는 지역(이하 “지정지역”이라 한다) 내의 공익사업용 부동산을 2006.12.31. 이전에 당해 사업시행자에게 양도(수용 포함)하는 경우에는소득세법 제104조의2제1항 및 제97조 제1항 제1호 (가)목 본문의 규정에도 불구하고 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있다고 규정하고 있다.

(3) 청구인이 1987.11.25. 취득한 쟁점주택의 양도는소득세법 제96조제2항 제7호(지정지역내 부동산), 제9호(1가구 2주택)의 요건을 충족하는 한편, 2003.7.19. 투기지역으로 지정되었고, 2004.2.25. OOO로 지정되어서 투기지역지정일인 2003.7.19 전에 취득하여 2006.12.31.이전에 공익사업 부동산으로 양도(수용)되었으므로조세특례제한법 제85조의 요건을 충족한다.이러한 경우, 즉소득세법 제96조제2항 제7호의 투기지역 내에서 공익사업용으로 양도하는 경우에 해당하면서,소득세법 제96조제2항의 규정 중 제1호(고가주택), 제3호(미등기양도), 제8호(비사업용토지), 제9호(1세대 2주택) 등의 규정에 해당하는 경우 구조세특례법 제85조의 규정을 적용하여소득세법 제96조제2항의 규정을 배제하고 기준시가로 양도차액을 산정하여야 하는지가 이 사건의 쟁점이라 할 것이다.

(4) 살피건대,소득세법 제96조에 의하면 양도소득세는 실지거래가액에 의하여 과세하는 것이 원칙이고 예외적으로 기준시가에 의하여 과세하도록 하고 있는 점, 구조세특례제한법 제85조에서소득세법 제97조제1항 제1호 (가)목 단서 조항을 포함시키지 않고 본문만 규정한 점, 지정지역내 소재하는 부동산이라는 이유만으로 모두 기준시가로 과세한다면 지정지역이 아닌 지역에 소재하는 고가주택, 1가구 2주택 등의 양도시 실지거래가액으로 과세되는 것에 비해 오히려 지정지역 부동산을 우대하여 지정지역 실가과세 제도의 취지에 반하는 점 등을 고려하여 보았을 때,소득세법 제96조제2항 각호는 각각 독립적으로 적용되는 것으로서 각호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 양도가액을 실지거래가액으로 산정하여야 한다고 보아야 한다. 즉,조세특례제한법 제85조의 규정은소득세법 제96조제2항 제7호의 지정지역 지정에 따라 실지거래가액으로 과세되는 부동산에 한정하는 것이지소득세법 제96조제2항 각호의 모든 경우까지 기준시가로 과세한다는 규정은 아니라고 해석함이 타당하다.

따라서 청구인이 1세대 2주택을 소유하던 중 위 1주택인 쟁점주택이 수용된 것에 대하여 처분청이소득세법 제96조제2항 제9호를 적용하여 실지거래가액에 의한 양도차익을 계산하여 과세한 이 건 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.