쟁점토지의 최초 사업시행인가·고시일을 사업인정고시일로 보아 과세한 처분의 당부

89.12.18. 도시계획사업 실시계획의 인가 및 고시가 있었고, 쟁점토지 지번의 세목이 고시된 점, 05.10.13. 도시계획사업 실시 계획 변경 인가 및 세목고시는 토지의 세목을 추가로 고시한 것이 아니라, 당초 고시된 바 있는 토지가 지적분할되어 변경고시된 점 등을 종합하여 볼 때, 사업인정고시일을 89년으로 보아 과세한 처분은 잘못이 없음

1. 처분개요

가. 청구인은 서울특별시OOO 621.3㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 2002.9.6. 취득하여 보유하던 중 2006.12.4. 서울특별시에 수용됨에 따라 실지거래가액(양도가액 OOO을 신고·납부하였다.

나. 이후 청구인은 쟁점토지에 대한 사업인정고시일을 세목이 고시된 2005.10.4.로 보고, 사업인정고시일로부터 소급하여 2년 전에 취득하여 2006.12.31. 이전에 양도한 공익사업용 부동산에 대하여는 양도가액 및취득가액을 기준시가로 할 수 있다는 「조세특례제한법」(2006.12.26. 법률 제8086호로 개정되기 전의 것, 이하 “구「조세특례제한법」”이라고 한다) 제85조 규정에따라 기준시가로 양도소득을 재산정하여 2009.2.27. 경정청구하였고, 처분청은 이를 받아들여 2009.10.29. 양도소득세OOO원을 환급결정하였다.

다. 감사원은 2010.12.2.∼2010.12.29. 국세환급 및 체납관리실태 특정감사를 실시하여, 사업인정고시일은 최초 도시계획사업 실시계획이 인가·고시된 1989.12.18.이므로 구「조세특례제한법」제85조의 규정에 해당하지 않음에도 부당하게 양도소득세 환급결정이 이루어졌다고 감사지적하였고, 그에 따라 처분청은 사업인정고시일을 1989.12.18.로 보아 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 적용하여 2011.7.11. 기환급세액 OOO을 추징하는 것으로 재경정·고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2011.9.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

쟁점토지에 대한 사업인정고시일은 새로운 세목을 처음으로 고시한날로 보아야 하므로, 쟁점토지에 대한 서울특별시 OOOOO OOOOO-OOO도시계획사업 실시계획 변경인가 및 세목고시일인 2005.10.13.이 사업인정고시일이고, 중앙토지수용위원회의 재결서와 토지보상을 위한 감정평가서에서도 2005.10.13.을 사업인정고시일로 보아 토지보상이 이루어졌으므로, 구「조세특례제한법」제85조규정에 따라 기준시가로 양도소득세를 산정하여야 함에도 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 하여 양도소득세를 과세한 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

서울특별시에서 쟁점토지에 대하여 1989.12.18. 도시계획사업 실시계획을인가하는 공고를 하였으므로 수용된 토지의 사업인정고시일은 1989.12.18.이고,청구인은 사업인정고시일 이후인 2002.9.6. 쟁점토지를 취득하였으므로,구「소득세법」제96조및 제97조에 따라 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로하여 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

최초도시계획사업 실시계획 인가·고시일을 사업인정고시일로 보아 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 하여 양도소득세를과세한 처분의 당부

나. 관련법령

(1)소득세법 제96조【양도가액】

① 제94조 제1항 각 호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의한다.

② 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산을 2006년 12월 31일까지 양도하는 경우에 그 자산의 양도가액은 제1항의 규정에 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 당해 자산의 양도 당시의 기준시가에 의한다.

7. 제104조의2 제2항의 규정에 의한 지정지역 안의 부동산인 경우제97조【양도소득의 필요경비 계산】

① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 부분에 해당하는 경우에는 그 자산 취득 당시의 기준시가제104조의2【지정지역의 운영】

① 재정경제부장관은 당해 지역의 부동산가격상승률이 전국소비자물가상승률보다 높은 지역으로서 전국부동산가격상승률 등을 감안하여 당해 지역의 부동산가격이 급등하였거나 급등할 우려가 있는 경우에 대통령령이 정하는 기준 및 방법에 따라 지정지역으로 지정할 수 있다.

② 제96조 제2항 제7호 및 제104조 제4항 제1호와 제2호에서 “지정지역 안의 부동산”이라 함은 제1항의 규정에 의한 지정지역에 소재하는 부동산 중 대통령령이 정하는 부동산을 말한다.

(2)조세특례제한법 제85조【지정지역 내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례】거주자가「소득세법」제104조의2제1항의 규정에 의한 지정지역 내의 부동산을 다음 각 호의 1에서 규정하고 있는 날(관계 행정기관의 장이 관보 또는 공보에 고시한 날을 말하며, 그 고시한 날이 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이내인 경우에는 사업인정고시일부터 소급하여 2년이 되는 날, 그 고시한 날이「소득세법」제104조의2제1항의 규정에 의한 지정지역 지정 후 도래하는 경우에는 지정지역을 지정한 날을 말한다) 전에 취득하여 2006년 12월 31일 이전에「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」또는 그 밖의 법률에 의하여 당해 사업시행자에게 양도(수용되는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)하는 경우에는「소득세법」제104조의2제1항 및동법 제97조제1항 제1호 가목 본문의 규정에 불구하고 동법의 규정에 의한 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있다. (단서 생략)

5. 제1호 내지 제4호 외의 법률에 의하여 양도하는 부동산의 경우에는 당해 법률에 의하여 부동산이 속한 사업지역에 대한 예정지구·지역, 개발권역 지정, 보상계획공고 그 밖에 이와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 날(3)조세특례제한법 시행령 제79조의2【지정지역 내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례】

① 법 제85조 제5호에서 “그 밖에 이와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 날”이라 함은 별표 7의 기준시가 과세기준일을 말하며, 기준시가 과세기준일이 없는 경우에는「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」의 규정에 의하여 보상계획을 공고한 날을 말한다.[별표 7]2.「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제91조의 규정에 의하여 실 시계획을 인가한 날

(4) 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제88조【실시계획의 작성 및 인가 등】

① 도시계획시설사업의 시행자는 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 도시계획시설사업에 관한 실시계획(이하 “실시계획”이라 한다)을 작성하여야 한다.

② 도시계획시설사업의 시행자(괄호 생략)는 제1항의 규정에 의하여 실시계획을 작성한 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 건설교통부장관 또는 시·도지사의 인가를 받아야 한다. (이하 생략)

③ 제2항의 규정은 인가를 받은 실시계획을 변경 또는 폐지하는 경우에 이를 준용한다. (단서 생략)

④ 실시계획에는 사업시행에 필요한 설계도서·자금계획 및 시행기간 그 밖에 대통령령이 정하는 사항을 명시하거나 첨부하여야 한다.제91조【실시계획의 고시】건설교통부장관 또는 시·도지사는 제88조의 규정에 의하여 실시계획을 작성하거나 인가한 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 그 내용을 고시하여야 한다.제95조【토지 등의 수용 및 사용】

① 도시계획시설사업의 시행자는 도시계획시설사업에 필요한 다음 각 호의 물건 또는 권리를 수용 또는 사용할 수 있다.

1. 토지·건축물 또는 그 토지에 정착된 물건제96조【공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률의 준용】

① 제95조의 규정에 의한 수용 및 사용에 관하여는 이 법에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」을 준용한다.

② 제1항의 규정에 의하여「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」을 준용함에 있어서 제91조의 규정에 의한 실시계획의 고시가 있은 때에는「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」제20조 제1항 및 제22조의 규정에 의한 사업인정 및 그 고시가 있은 것으로 본다.

(5) 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 시행령제97조【실시계획의 인가】

④ 법 제88조 제4항에서 “그 밖에 대통령령이 정하는 사항”이라 함은 다음 각 호의 사항을 말한다.

3. 수용 또는 사용할 토지 또는 건물의 소재지·지번·지목 및 면적, 소유권과 소유권 외의 권리의 명세 및 그 소유자·권리자의 성명·주소제100조【실시계획의 고시】

① 법 제91조의 규정에 의한 실시계획의 고시는 건설교통부장관이 하는 경우에는 관보에, 시·도지사가 하는 경우에는 당해 시·도의 다음 각 호의 사항을 게재하는 방법에 의한다.

6. 수용 또는 사용할 토지 또는 건물의 소재지·지번·지목 및 면적, 소유권과 소유권 외의 권리의 명세 및 그 소유자·권리자의 성명·주소

(6) 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제20조【사업인정】

① 사업시행자는 제19조의 규정에 따라 토지 등을 수용 또는 사용하고자 하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 건설교통부장관의 사업인정을 받아야 한다.제22조【사업인정의 고시】

① 건설교통부장관은 제20조의 규정에 의한 사업인정을 한 때에는 지체없이 그 뜻을 사업시행자, 토지소유자 및 관계인, 관계 시·도지사에게 통지하고 사업시행자의 성명 또는 명칭·사업의 종류·사업지역 및 수용 또는 사용할 토지의 세목을 관보에 고시하여야 한다.

③사업인정은 제1항의 규정에 따라 고시한 날부터 그 효력을 발생한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 서울특별시고시 제518호에 의하면, OOO은 1989.12.18.관련 규정에 의거 도시계획사업(녹지) 실시계획을 인가·고시하였는바, 토지조서에는 OOOO OOOO-O OO OOOOOO, OOO OOO, OOOO OOOO-O OO OOOOOO, (O)OO OO”라고 기재되어 있다.

(2)쟁점토지에 대한 토지대장에 의하면, 1989.12.18. 사업인정고시당시OOO OOOO-O OOOOOO 1362.1㎡이었으나,1993.4.15. 분할되어621.3㎡만이 남게 되었고,OOO OOOO-O OO의 경우 1989.12.18. 사업인정고시 당시면적은 390.3㎡이었으나, 1993.4.15. 분할되어 229㎡만이 남게 되었음이확인된다.

(3)OOOOO OOOOO-OOO에 의하면,OOO은 2005.10.13. 사업기간 연장 및 토지의 소유자 개인별 세목고시가 생략된 토지, 건축물에 대한 보상을 위하여「국토의 개발 및 이용에 관한 법률」제91조 및 같은 법 시행령 제100조에 따라도시계획사업(녹지조성, 토지보상) 실시계획변경인가 및 세목고시를 하였는바, 토지조서에는 “OOO 청구인 소유”라고 기재되어 있다.

(4)감사원 시정요구사항(2011.6.30.)을 보면, 서울특별시에서는 쟁점토지에 대하여 1989.12.18. 도시계획사업 실시계획을 인가하는 공고를 하였으므로, 위 수용된 쟁점토지의 사업인정고시일은 1989.12.18.이고, 청구인은 쟁점토지를 사업인정고시일 이후인 2002.9.6. 취득하였으므로 구「소득세법」제96조및 제97조의 규정에 따라 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 하여 양도소득세를 과세하여야 했음에도,처분청은 청구인의 경정청구를 인정하여 양도소득세OOO원을 부당하게 환급하였는바, 이를 징수 결정하기 바란다고 기재되어 있다.

(5)수용재결서 정본(중앙토지수용위원회, 2006.11.23.)에 의하면, 사업자서울특별시장은 도시계획시설사업(경부고속도로변 시설녹지 조성사업)을 위하여「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제91조의 규정에 따라 이를 고시(OOO2005.10.13.)한 후 위 사업에 편입되는 쟁점토지의 취득을 위하여 청구인과 협의를 하였으나, 보상금 저렴 등의 사유로 협의가 성립되지 아니하여 재결신청에 이르렀다고 기재되어 있다.

(6)OOO OOOOOO(2006.2.17.), (주)OOOOOOOO, (O)OOOOOOOOO(각 작성일자 미확인)의 각 감정평가서에 의하면,쟁점토지에 대한 사업인정고시일이 2005.10.13.이므로 이 시점보다 앞선 2005.1.1. 고시된공시지가 표준지를 기준으로 하여 쟁점토지의 가격을 산출한다고 기재되어있고, 토지수용(협의매수)확인서(OOO 2010.12.9.)에 의하면, 사업인가 일자는 1989.12.5.이라고 기재되어 있으며, 수기로 세목고시일은2005.10.13.이라고 기재되어 있다.

(7) 토지수용업무편람(국토해양부 중앙토지수용위원회, 2009년 1월)에는, “사업인정 후 사업계획 변경으로 토지세목이 추가로 고시된 경우(감정평가협회 토지보상평가지침 제10조 제2항을 참조)에는 토지의 세목이 추가로 고시된 날짜를 사업인정고시일로 봄(추가로 고시된 당해 토지에 한하여 적용하는 것임), 다만,사업구역의 확장이나 변경없이 지적분할 등에 의하여 토지의 세목이 변경고시된 경우에는 당초 고시일을 사업인정고시일로 봄”이라고 되어 있다.

(8) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대,수용된 토지의 세목을 고시하는 것은 사업인정에 의하여 지정된 범위 내에서 구체적으로 수용할 수 있는 목적물을 임시로 결정하는 행위로 목적물에 대하여 막연한 효력 밖에 없었던 사업인정을 현실화하고 구체화하는 것(대법원 87누1141, 1998.12.27., 같은 뜻)으로, 위 개발구역 지정으로 인하여 청구인이 자유로운 매매거래 등 재산권행사를 법령상의 제한으로 인하여 원천적으로 할 수 없게 된 점과 비사업용 토지에 대한 중과세 제도의 근본취지 등을 종합적으로 감안해 볼 때,개발사업과 관련하여 사업시행자가 지정되고 수용된 토지의 세부목록이 고시된 날을사업인정고시일로 보는 것이 합리적이라 할 것인바(조심 2010중1641, 2010.10.26. 참조),1989.12.18.도시계획사업 실시계획의인가·고시가 있었고, 쟁점토지 지번의 세목이 고시된 점, 2005.10.13.자도시계획사업 실시계획변경인가및 세목고시는토지의세목을 추가로 고시한 것이 아니라, 1989.12.18. 고시된바 있는 토지가 지적분할되어 변경고시된 점,1989.12.18. 쟁점토지에 관한세목고시에 있어서 면적을 잘못 표시한측면이 있으나 이를 당연무효라고 보기는 어려운 점(대법원 2009두11607, 2009.11.26. 참조) 등에 비추어 처분청의 과세처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.