주택재개발조합의 일반분양분에 대하여는 법인세 납세의무가 없고, 이중과세, 조세형평성문제 및 미실현소득에 대한 법인세과세라는 청구주장의 당부

처분청이 청구법인의 일반분양분이 수익사업에 해당된다 하여 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없음

1. 처분개요

가. 청구법인은 1996.12.13. 서울특별시 OOO 설립인가 및 사업시행인가를 받은 주택재개발조합으로 건설·주택판매업 영위로 발생된 일반분양분아파트 분양소득에 대하여 2008사업연도 법인세 OOO을 자진 신고·납부하였다가, 비영리법인으 로서 재개발조합이 아파트를 일반분양하는 것은 영리를 목적으로 하는 것이 아니라 하여 청구법인이 당초 신고·납부한 위 법 인세를 환급해 달라며 처분청에 경정청구(2011.12.10.)를 제기하였다 .

나. 처분청은 청구법인의 경정청구가 「조세특례제한법」제104조의7 및 같은 법 시행령 제104조의 4의 규정에 따라 재개발조합의 일반분양분은 수익사업에 해당된다 하여 2012.2.24. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.5.15. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

조합아파트의 일반분양은 영리목적의 사업수행이 아닌 사업시행에 초과 소요되는 공사비의 회수과정이고, 재개발조합은 조합원 각자의 토지를 소유가 아닌 단순 관리하는 수탁에 불과하므로 법인세 납세의무가 없고, 재개발조합이 일반분양하는 시점에서 법인세를 과세하는 것은 미래에 조합원이 양도하는 시점에서 납부하게 되는 양도소득세를 조기에 납부하고, 미래의 양도시점에서 또다시 법인세 부담분 소득에 대한 양도소득세를 부담하게 되어 이중과세의 효과가 있을 뿐만 아니라 재개발조합에 대한 법인세 과세는 동일한 아파트를 취득하는 거래임에도 조합원에게 일반분양자보다 더 많은 조세부담을 지우게 하는 효과가 있고, 신축주택의 소득실현 시기는 당해 주택을 양도하는 시점이므로 일반분양 하는 시점에서 과세는 미실현소득에 대한 과세이며, 1세대 1주택자일지라도 양도소득세를 부담하게 되므로 이에 대한 법인세 과세는 부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인은 구 도시재개발법에 의해 설립된 법인으로「조세특례제한법」 제104조의7 제2항에 의거 비영리내국법인에 해당되고, 「법인세법」제3조 에 규정한 소득에 대해서 법인세 납부의무가 있으며, 청구법인은 아파트 일반분양으로 발생된 수익에 대하여 법인결산 시 같은 법 시행령 제69조(용역제공 등에 의한 손익의 귀속사업연도), 같은 법 시행규칙 제76조(비영리법인의 구분경리) 및 「소득세법」제88조 (양도의 정의)요건에 따라 법인세를 정상적으로 자진 신고·납부하였는바, 이는 관련법령에 따른 당연한 결과이므로 이중과세라는 등의 청구주장은 이유 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점 주택재개발조합의 일반분양분에 대하여는 법인세 납세의무가 없고, 이중과세, 조세형평성 문제 및 미실현 소득에 대한 법인세 과세라는 청구주장의 당부

나. 사실관계 및 판단

(1) 「법인세법」제3조 제1항 및 제3항 제1호는 비영리내국법인의 건설업 등 각 사업연도의 수익사업에 대하여 법인세를 부과하고, 같은 법 제40조 제1항 및 같은 법 시행령 제69조는 건설·제조 기타용역(도급공사 및 예약매출을 포함)의 제공으로 인한 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속 사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다고 규정되어 있다. 한편, 「소득세법」제88조 제1항에서 "양도"라 함은 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말하고, 「조세특례제한법」제104조의7 제2항은「도시 및 주거환경정비법」제18조 에 따라 설립된 조합에 대해서는 「법인세법」제1조 에도 불구하고 2010년 12월 31일 이전에 끝나는 사업연도까지는 비영리내국법인으로 보아 법인세법을 적용(같은 법 제29조는 제외한다)하도록 규정하고 있다.

(2) 청구법인은 1996.12.13. 재개발조합 설립인가 및 사업시행인가를 받은 후 건설·주택판매업 영위로 발생한 일반분양분아파트 분양소득에 대하여 2008사업연도 법인세 신고(2009.3.) 시 수입금액 OOO, 과세표준 OOO, 산출세액 OOO으로 하여 자진신고·납부하였다가 2011.12.10. 비영리법인으로서 재개발조합이 아파트를 일반분양하는 것은 영리를 목적으로 하는 것이 아니므로 청구법인이 이미신고·납부한 법인세를 환급해 달라며 처분청에 경정청구를 제기하였고, 이에 처분청은 재개발조합의 일반분양분은 「조세특례제한법」제104조의7 및 같은 법 시행령 제104조의4 규정에 따라 수익사업에 해당되므로 청구법인의 당초 신고·납부는 정당하므로 2008년귀속 법인세를 경정할 수 없음을 2012.2.24. 통지한 것으로 나타난다.

(3) 살피건 대, 청구법인의 아파트 일반분양분은「 조세특례제한법」제104조의7 및 같은 법 시행령 제104조의4와 「법인세법」제3조 제1항 규정에 따라 수익사업 에 해당되는 것으로 보인다. 또한 청구법인이 「법인세법」제3조 제1항 제1호 및 같은 법 시행령 제69조 등의 규정에 따라 수익사업인 조합아파트 분양분에 대해 일반분양하는 시점에서 그 수익이 실현되어 이에 대하여 정상적으로 법인세를 자진 신고·납부한 것이므로 이를 두고 이중과세 및 미실현 소득에 대한 법인세 부과라는 등의 청구주장은 이유가 없어 보인다. 따라서, 처분청이 청구법인의 일반분양분이 수익사업에 해당된다 하여 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.